seq1 = pF1KB8653.tfa, 702 bp
seq2 = pF1KB8653/gi568815576f_39250011.tfa (gi568815576f:39250011_39481911), 231901 bp

>pF1KB8653 702
>gi568815576f:39250011_39481911 (Chr22)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-337  (124306-124543)   100% ->
338-483  (126042-126187)   100% ->
484-702  (131686-131901)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGGGGGTGCGTACGGAGCGGGCAAAGCCGGGGGCGCCTTCGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGGGGGTGCGTACGGAGCGGGCAAAGCCGGGGGCGCCTTCGACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACACCCTGGTCCGGCAGCCGCACACCATCCTGCGCGTCGTGTCTTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 CTACACCCTGGTCCGGCAGCCGCACACCATCCTGCGCGTCGTGTCTTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         CTGTTCTCCATAGTGGTGTTCGGCTCCATCGTGAACGAGGGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TA...CAGCTGTTCTCCATAGTGGTGTTCGGCTCCATCGTGAACGAGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCTCAACAGCGCCTCCGAGGGGGAGGAGTTCTGCATCTACAACCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124348 TACCTCAACAGCGCCTCCGAGGGGGAGGAGTTCTGCATCTACAACCGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCAACGCCTGCAGCTATGGCGTGGCCGTGGGCGTGCTCGCCTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124398 CCCCAACGCCTGCAGCTATGGCGTGGCCGTGGGCGTGCTCGCCTTCCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTGCCTGCTGTACCTGGCCCTGGACGTGTACTTCCCGCAGATCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124448 CCTGCCTGCTGTACCTGGCCCTGGACGTGTACTTCCCGCAGATCAGCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCAAGGACCGCAAGAAAGCCGTCCTGTCCGACATCGGTGTCTCGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 124498 GTCAAGGACCGCAAGAAAGCCGTCCTGTCCGACATCGGTGTCTCGGGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338      CCTTCTGGGCTTTCCTCTGGTTCGTGGGATTCTGCTACCTGGCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124548 ..CAGCCTTCTGGGCTTTCCTCTGGTTCGTGGGATTCTGCTACCTGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCAGTGGCAGGTCTCCAAGCCCAAGGACAACCCACTGAACGAAGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126087 ACCAGTGGCAGGTCTCCAAGCCCAAGGACAACCCACTGAACGAAGGGACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACGCAGCCCGGGCCGCCATCGCCTTCTCCTTTTTCTCCATCTTCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126137 GACGCAGCCCGGGCCGCCATCGCCTTCTCCTTTTTCTCCATCTTCACCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 G         GCGGGCCAGGCTGTGCTGGCCTTCCAGCGGTACCAGATTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126187 GGTG...CAGGCGGGCCAGGCTGTGCTGGCCTTCCAGCGGTACCAGATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCGCCGACTCGGCCCTCTTCTCCCAGGACTACATGGACCCCAGCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131726 GCGCCGACTCGGCCCTCTTCTCCCAGGACTACATGGACCCCAGCCAGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCAGCATGCCTTACGCGCCCTACGTGGAGCCCAACACTGGGCCGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||-|--||||||||||||
 131776 TCCAGCATGCCTTACGCGCCCTACGTGGAGCCCA C  TGGGCCGGATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGCCGGTATGGGCGGCACCTACCAGCAGCCGGCCAACACCTTCGACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131823 CGCCGGTATGGGCGGCACCTACCAGCAGCCGGCCAACACCTTCGACACCG

    700     .    :    .    :    .
    674 AGCCCCAGGGCTACCAGTCGCAGGGCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 131873 AGCCCCAGGGCTACCAGTCGCAGGGCTAC