seq1 = pF1KB8650.tfa, 990 bp
seq2 = pF1KB8650/gi568815576f_39847107.tfa (gi568815576f:39847107_40071081), 223975 bp

>pF1KB8650 990
>gi568815576f:39847107_40071081 (Chr22)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-170  (108713-108804)   100% ->
171-290  (112949-113068)   100% ->
291-459  (118884-119052)   100% ->
460-690  (120936-121166)   100% ->
691-813  (122305-122427)   100% ->
814-990  (123799-123975)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCTGTTGCCAAGTTTGATTTCACTGCTTCAGGTGAGGATGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGCTGTTGCCAAGTTTGATTTCACTGCTTCAGGTGAGGATGAACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCTTTCACACTGGAGATGTTTTGAAG         ATTTTAAGTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 GAGCTTTCACACTGGAGATGTTTTGAAGGTA...TAGATTTTAAGTAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAGGAGTGGTTTAAGGCGGAGCTTGGGAGCCAGGAAGGATATGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108726 AAGAGGAGTGGTTTAAGGCGGAGCTTGGGAGCCAGGAAGGATATGTGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAATTTCATAGACATCCAGTTTCCCAA         ATGGTTTCACGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108776 AAGAATTTCATAGACATCCAGTTTCCCAAGTA...CAGATGGTTTCACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGCCTCTCTCGACACCAGGCAGAGAACTTACTCATGGGCAAGGAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112961 AGGCCTCTCTCGACACCAGGCAGAGAACTTACTCATGGGCAAGGAGGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTTCTTCATCATCCGGGCCAGCCAGAGCTCCCCAGGGGACTTCTCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113011 GCTTCTTCATCATCCGGGCCAGCCAGAGCTCCCCAGGGGACTTCTCCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTGTCAG         GCATGAGGATGACGTTCAACACTTCAAGGTCAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113061 TCTGTCAGGTA...CAGGCATGAGGATGACGTTCAACACTTCAAGGTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCGAGACAACAAGGGTAATTACTTTCTGTGGACTGAGAAGTTTCCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118917 GCGAGACAACAAGGGTAATTACTTTCTGTGGACTGAGAAGTTTCCATCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAAATAAGCTGGTAGACTACTACAGGACAAATTCCATCTCCAGACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118967 TAAATAAGCTGGTAGACTACTACAGGACAAATTCCATCTCCAGACAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGATCTTCCTTAGAGACAGAACCCGAGAAGACCAG         GGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 119017 CAGATCTTCCTTAGAGACAGAACCCGAGAAGACCAGGTA...CAGGGTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCGGGGCAACAGCCTGGACCGGAGGTCCCAGGGAGGCCCACACCTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120941 CCGGGGCAACAGCCTGGACCGGAGGTCCCAGGGAGGCCCACACCTCAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGGCTGTGGGAGAAGAAATCCGACCTTCGATGAACCGGAAGCTGTCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120991 GGGCTGTGGGAGAAGAAATCCGACCTTCGATGAACCGGAAGCTGTCGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACCCCCCGACCCTTCCCCTGCAGCAGCACCAGCACCAGCCACAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121041 CACCCCCCGACCCTTCCCCTGCAGCAGCACCAGCACCAGCCACAGCCTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCAATATGCCCCAGCGCCCCAGCAGCTGCAGCAGCCCCCACAGCAGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121091 GCAATATGCCCCAGCGCCCCAGCAGCTGCAGCAGCCCCCACAGCAGCGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATCTGCAGCACCACCATTTCCACCAG         GAACGCCGAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 121141 ATCTGCAGCACCACCATTTCCACCAGGTA...TAGGAACGCCGAGGAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCCTTGACATAAATGATGGGCATTGTGGCACCGGCTTGGGCAGTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122320 AGCCTTGACATAAATGATGGGCATTGTGGCACCGGCTTGGGCAGTGAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAATGCGGCCCTCATGCATCGGAGACACACAGACCCAGTGCAGCTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122370 GAATGCGGCCCTCATGCATCGGAGACACACAGACCCAGTGCAGCTCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGGCAGGG         CGAGTGCGGTGGGCCCGGGCGCTGTATGACTTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 122420 CGGCAGGGGTA...CAGCGAGTGCGGTGGGCCCGGGCGCTGTATGACTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGGCCCTGGAGGATGACGAGCTGGGGTTCCACAGCGGGGAGGTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123832 GAGGCCCTGGAGGATGACGAGCTGGGGTTCCACAGCGGGGAGGTGGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGTCCTGGATAGCTCCAACCCATCCTGGTGGACCGGCCGCCTGCACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123882 GGTCCTGGATAGCTCCAACCCATCCTGGTGGACCGGCCGCCTGCACAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCTGGGCCTCTTCCCTGCCAACTACGTGGCACCCATGACCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123932 AGCTGGGCCTCTTCCCTGCCAACTACGTGGCACCCATGACCCGA