seq1 = pF1KB8649.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KB8649/gi568815576r_30390110.tfa (gi568815576r:30390110_30595643), 205534 bp

>pF1KB8649 1056
>gi568815576r:30390110_30595643 (Chr22)

(complement)

1-72  (99990-100061)   93% ->
73-261  (100202-100390)   100% ->
262-357  (100683-100778)   100% ->
358-418  (101434-101494)   100% ->
419-502  (103087-103170)   100% ->
503-609  (103489-103595)   100% ->
610-749  (103671-103810)   100% ->
750-919  (103902-104071)   100% ->
920-1056  (105398-105534)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCC GAAGGCACATGGAGTTCCGGAAGCAACAAGACCTGGACAACA
         || |||-| ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99990 GTGTTCCTGCAG CACATGGAGTTCCGGAAGCAACAAGACCTGGACAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 TTGTCACATGGCAGCCCCCTGAG         GTCATCCAGCTGTATGAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100039 TTGTCACATGGCAGCCCCCTGAGGTG...CAGGTCATCCAGCTGTATGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91 TCGGGTGGTCTTTGTGGCTACGACTACGAAGGCTGCCCTGTGTACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100220 TCGGGTGGTCTTTGTGGCTACGACTACGAAGGCTGCCCTGTGTACTTCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 CATCATTGGGTCCCTCGACCCCAAGGGTCTCCTGCTGTCAGCCTCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100270 CATCATTGGGTCCCTCGACCCCAAGGGTCTCCTGCTGTCAGCCTCCAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 AGGATATGATCCGGAAGCGCATCAAAGTCTGTGAGCTGCTGTTGCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100320 AGGATATGATCCGGAAGCGCATCAAAGTCTGTGAGCTGCTGTTGCATGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 TGTGAGCTGCAAACTCAGAAG         CTGGGCAGGAAGATCGAGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100370 TGTGAGCTGCAAACTCAGAAGGTG...CAGCTGGGCAGGAAGATCGAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 GGCGCTGATGGTGTTTGACATGGAGGGGCTGAGCCTGAAACACCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100703 GGCGCTGATGGTGTTTGACATGGAGGGGCTGAGCCTGAAACACCTGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    332 AGCCAGCTGTGGAGGTCTACCAGCAG         TTTTTTAGCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100753 AGCCAGCTGTGGAGGTCTACCAGCAGGTA...CAGTTTTTTAGCATCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 GAAGCAAATTATCCTGAGACCCTGAAGAATTTAATTGTTATTCGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101449 GAAGCAAATTATCCTGAGACCCTGAAGAATTTAATTGTTATTCGAGGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    419      CCCCAAAACTGTTCCCCGTGGCCTTCAACTTGGTCAAGTCGTTCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101499 ..CAGCCCCAAAACTGTTCCCCGTGGCCTTCAACTTGGTCAAGTCGTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464 TGAGTGAGGAGACACGCAGGAAGATTGTGATTCTGGGAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103132 TGAGTGAGGAGACACGCAGGAAGATTGTGATTCTGGGAGGTG...CAGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505 AACTGGAAGCAGGAGCTGACAAAATTCATCAGCCCCGACCAGCTGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103491 AACTGGAAGCAGGAGCTGACAAAATTCATCAGCCCCGACCAGCTGCCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    555 GGAGTTTGGGGGGACCATGACTGACCCCGATGGCAACCCCAAGTGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103541 GGAGTTTGGGGGGACCATGACTGACCCCGATGGCAACCCCAAGTGCCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605 CCAAG         ATCAACTATGGGGGTGAGGTGCCCAAGAGCTACTAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103591 CCAAGGTA...CAGATCAACTATGGGGGTGAGGTGCCCAAGAGCTACTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    646 CTGTGCGAGCAGGTGAGGCTGCAGTATGAGCACACGAGGTCCGTGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103707 CTGTGCGAGCAGGTGAGGCTGCAGTATGAGCACACGAGGTCCGTGGGCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    696 CGGCTCCTCCCTGCAGGTGGAGAACGAGATCCTGTTCCCGGGCTGTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103757 CGGCTCCTCCCTGCAGGTGGAGAACGAGATCCTGTTCCCGGGCTGTGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    746 TCAG         GTGGCAGTTTGCTTCAGATGGTGGGGACATCGGCTTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103807 TCAGGTA...CAGGTGGCAGTTTGCTTCAGATGGTGGGGACATCGGCTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787 GGGGTTTTCCTGAAGACCAAGATGGGGGAGCAGCAGAGTGCTAGGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103939 GGGGTTTTCCTGAAGACCAAGATGGGGGAGCAGCAGAGTGCTAGGGAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    837 GACGGAGGTGCTGCCCAGCCAGCGCTACAATGCCCACATGGTGCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103989 GACGGAGGTGCTGCCCAGCCAGCGCTACAATGCCCACATGGTGCCTGAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887 ATGGGAGCCTCACCTGCCTCCAGGCTGGCGTCT         ATGTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104039 ATGGGAGCCTCACCTGCCTCCAGGCTGGCGTCTGTA...CAGATGTCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928 CGCTTCGACAACACCTACAGCCGGATGCATGCCAAGAAGCTCAGCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105406 CGCTTCGACAACACCTACAGCCGGATGCATGCCAAGAAGCTCAGCTACAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    978 TGTGGAGGTGCTGCTTCCCGACAAGGCCTCTGAGGAGACGCTGCAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105456 TGTGGAGGTGCTGCTTCCCGACAAGGCCTCTGAGGAGACGCTGCAGAGTC

   1100     .    :    .    :    .
   1028 TCAAGGCGATGAGACCCTCCCCAACACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 105506 TCAAGGCGATGAGACCCTCCCCAACACAG