seq1 = pF1KB8638.tfa, 1122 bp
seq2 = pF1KB8638/gi568815581r_49500381.tfa (gi568815581r:49500381_49722810), 222430 bp

>pF1KB8638 1122
>gi568815581r:49500381_49722810 (Chr17)

(complement)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-200  (100744-100865)   100% ->
201-352  (103426-103577)   100% ->
353-480  (103703-103830)   100% ->
481-658  (111354-111531)   100% ->
659-714  (114882-114937)   100% ->
715-837  (115439-115561)   100% ->
838-980  (120804-120946)   100% ->
981-1122  (122289-122430)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAAGGGTTCCAAGTCCTCCACCTCCGGCAGAAATGTCGAGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAAGGGTTCCAAGTCCTCCACCTCCGGCAGAAATGTCGAGTGGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTAGCTGAGAGTTGGTGCTACACACAG         ATCAAGGTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 CGTAGCTGAGAGTTGGTGCTACACACAGGTA...CAGATCAAGGTAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATTCTCCTACATGTGGACCATCAATAACTTTAGCTTTTGCCGGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100757 AATTCTCCTACATGTGGACCATCAATAACTTTAGCTTTTGCCGGGAGGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGGGTGAAGTCATTAAAAGTTCTACATTTTCATCAGGAGCAAATGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100807 ATGGGTGAAGTCATTAAAAGTTCTACATTTTCATCAGGAGCAAATGATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTGAAATG         GTGTTTGCGAGTAAACCCCAAAGGGTTAGATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100857 ACTGAAATGGTG...CAGGTGTTTGCGAGTAAACCCCAAAGGGTTAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGAAAGCAAAGATTACCTGTCACTTTACCTGTTACTGGTCAGCTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103458 AAGAAAGCAAAGATTACCTGTCACTTTACCTGTTACTGGTCAGCTGTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAGTGAAGTTCGGGCAAAATTCAAATTCTCCATCCTGAATGCCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103508 AAGAGTGAAGTTCGGGCAAAATTCAAATTCTCCATCCTGAATGCCAAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAAGAAACCAAAGCTATGG         AGAGTCAACGGGCATATAGGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103558 AGAAGAAACCAAAGCTATGGGTA...CAGAGAGTCAACGGGCATATAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGTGCAAGGCAAAGACTGGGGATTCAAGAAATTCATCCGTAGAGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103724 TTGTGCAAGGCAAAGACTGGGGATTCAAGAAATTCATCCGTAGAGATTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTTTGGATGAGGCCAACGGGCTTCTCCCTGATGACAAGCTTACCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103774 CTTTTGGATGAGGCCAACGGGCTTCTCCCTGATGACAAGCTTACCCTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGCGAG         GTGAGTGTTGTGCAAGATTCTGTCAACATTTCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103824 CTGCGAGGTG...CAGGTGAGTGTTGTGCAAGATTCTGTCAACATTTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCAGAATACCATGAACATGGTAAAGGTTCCTGAGTGCCGGCTGGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111388 GCCAGAATACCATGAACATGGTAAAGGTTCCTGAGTGCCGGCTGGCAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGTTAGGAGGACTGTGGGAGAATTCCCGGTTCACAGACTGCTGCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111438 GAGTTAGGAGGACTGTGGGAGAATTCCCGGTTCACAGACTGCTGCTTGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTTGCCGGCCAGGAATTCCAGGCTCACAAGGCTATCTTAGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111488 TGTTGCCGGCCAGGAATTCCAGGCTCACAAGGCTATCTTAGCAGGTT...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659    CTCGTTCTCCGGTTTTTAGTGCCATGTTTGAACATGAAATGGAGGAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114879 TAGCTCGTTCTCCGGTTTTTAGTGCCATGTTTGAACATGAAATGGAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCAAAAAG         AATCGAGTTGAAATCAATGATGTGGAGCCTGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 114929 AGCAAAAAGGTA...TAGAATCGAGTTGAAATCAATGATGTGGAGCCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGTTTTTAAGGAAATGATGTGCTTCATTTACACGGGGAAGGCTCCAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115471 AGTTTTTAAGGAAATGATGTGCTTCATTTACACGGGGAAGGCTCCAAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCGACAAAATGGCTGATGATTTGCTGGCAGCTGCTGACAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 115521 TCGACAAAATGGCTGATGATTTGCTGGCAGCTGCTGACAAGGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TATGCCCTGGAGCGCTTAAAGGTCATGTGTGAGGATGCCCTCTGCAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120804 TATGCCCTGGAGCGCTTAAAGGTCATGTGTGAGGATGCCCTCTGCAGTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTGTCCGTGGAGAACGCTGCAGAAATTCTCATCCTGGCCGACCTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120854 CCTGTCCGTGGAGAACGCTGCAGAAATTCTCATCCTGGCCGACCTCCACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGCAGATCAGTTGAAAACTCAGGCAGTGGATTTCATCAACTA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 120904 GTGCAGATCAGTTGAAAACTCAGGCAGTGGATTTCATCAACTAGTG...T

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    981   TCATGCTTCGGATGTCTTGGAGACCTCTGGGTGGAAGTCAATGGTGGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122287 AGTCATGCTTCGGATGTCTTGGAGACCTCTGGGTGGAAGTCAATGGTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GTCACATCCCCACTTGGTGGCTGAGGCATACCGCTCTCTGGCTTCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122337 GTCACATCCCCACTTGGTGGCTGAGGCATACCGCTCTCTGGCTTCAGCAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGTGCCCTTTTCTGGGACCCCCACGCAAACGCCTGAAGCAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122387 AGTGCCCTTTTCTGGGACCCCCACGCAAACGCCTGAAGCAATCC