seq1 = pF1KB8634.tfa, 1023 bp
seq2 = pF1KB8634/gi568815588f_35237054.tfa (gi568815588f:35237054_35669167), 432114 bp

>pF1KB8634 1023
>gi568815588f:35237054_35669167 (Chr10)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-229  (246351-246425)   98% ->
230-264  (264448-264482)   100% ->
265-365  (279470-279570)   100% ->
366-401  (288911-288946)   100% ->
402-459  (292920-292977)   100% ->
460-579  (293071-293190)   100% ->
580-746  (315966-316132)   100% ->
747-909  (328970-329132)   100% ->
910-1023  (332001-332114)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAACACTACCTCGTGCTGCGTGTCGTCCAGTCCCAAGCTCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAACACTACCTCGTGCTGCGTGTCGTCCAGTCCCAAGCTCCGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATGCCCACTCCCGGCTGGAGTCCTACCGGCCAGACACGGACCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATGCCCACTCCCGGCTGGAGTCCTACCGGCCAGACACGGACCTGAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAGGACACGGGCTGCAACCTGCAGCACATCAGCGACCGGGAGAACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGAGGACACGGGCTGCAACCTGCAGCACATCAGCGACCGGGAGAACATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACG         ATTTGAACATGGAATTCAATCCTTCAGATCATCCTCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACGGTG...AAGATTTGAACATGGAATTCAATCCTTCAGATCATCCTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCAGCACAATATTCCTCAGTAAATCTCAGACAGACG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||>>>...>>>|||
 246388 GGCCAGCACAATATTCCTCAGTAAATCTCAGACGGACGGTA...CAGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGAAAAACGCAAGAGTCTCTTCATTAACCAT         CATCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 264451 GAGAAAAACGCAAGAGTCTCTTCATTAACCATGTA...TAGCATCCTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGACAAATAGCAAGGAAATACAGTTCCTGCTCCACCATTTTCCTAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279479 GGACAAATAGCAAGGAAATACAGTTCCTGCTCCACCATTTTCCTAGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TAGCACAGTCAGTCAACCAAACCTCAAGTATACAATTAAATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 279529 TAGCACAGTCAGTCAACCAAACCTCAAGTATACAATTAAATGGTG...CA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    366  TGTCGCTCTTGCAATATATTATCACATCAAAAACAG         GGAC
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 288910 GTGTCGCTCTTGCAATATATTATCACATCAAAAACAGGTA...CAGGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CCAGATGGAAGGATGCTCTTAGATATTTTTGATGAAAATCTTCACCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292924 CCAGATGGAAGGATGCTCTTAGATATTTTTGATGAAAATCTTCACCCTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTCG         AAATCCGAAGTGCCACCAGATTATGACAAACACAACC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292974 TTCGGTA...CAGAAATCCGAAGTGCCACCAGATTATGACAAACACAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CAGAGCAGAAGCAGATTTACCGGTTCGTTCGGACACTGTTCAGTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293108 CAGAGCAGAAGCAGATTTACCGGTTCGTTCGGACACTGTTCAGTGCTGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CAGCTGACGGCTGAATGTGCCATCGTCACCCTG         GTGTACCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 293158 CAGCTGACGGCTGAATGTGCCATCGTCACCCTGGTG...CAGGTGTACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TGAAAGACTTTTAACATACGCAGAGATAGATATCTGTCCGGCCAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315974 TGAAAGACTTTTAACATACGCAGAGATAGATATCTGTCCGGCCAACTGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGCGGATTGTTTTAGGGGCGATCCTGCTGGCCTCCAAGGTGTGGGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316024 AGCGGATTGTTTTAGGGGCGATCCTGCTGGCCTCCAAGGTGTGGGATGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CAGGCTGTATGGAATGTGGATTACTGCCAGATCCTGAAAGACATCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316074 CAGGCTGTATGGAATGTGGATTACTGCCAGATCCTGAAAGACATCACGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAGGACAT         GAACGAGCTAGAGCGACAGTTTCTTGAATTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 316124 GGAGGACATGTG...CAGGAACGAGCTAGAGCGACAGTTTCTTGAATTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGCAGTTCAACATCAATGTTCCTTCCAGTGTCTATGCCAAGTATTATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329002 TGCAGTTCAACATCAATGTTCCTTCCAGTGTCTATGCCAAGTATTATTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GATCTTCGTTCTCTGGCAGAAGCGAACAACCTGAGCTTTCCCTTGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329052 GATCTTCGTTCTCTGGCAGAAGCGAACAACCTGAGCTTTCCCTTGGAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGAGCAGGGAGAGGGCTCACAAGCTTGAG         GCCATCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 329102 CCTGAGCAGGGAGAGGGCTCACAAGCTTGAGGTA...CAGGCCATCTCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GCCTCTGCGAGGACAAGTACAAGGACCTAAGAAGATCCGCGAGGAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332011 GCCTCTGCGAGGACAAGTACAAGGACCTAAGAAGATCCGCGAGGAAGCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCAGCCAGTGCAGACAACCTGACTCTGCCCCGGTGGTCCCCAGCCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 332061 TCAGCCAGTGCAGACAACCTGACTCTGCCCCGGTGGTCCCCAGCCATCAT

   1100 
   1020 CTCT
        ||||
 332111 CTCT