seq1 = pF1KB8631.tfa, 1392 bp
seq2 = pF1KB8631/gi568815585f_36332622.tfa (gi568815585f:36332622_36542662), 210041 bp

>pF1KB8631 1392
>gi568815585f:36332622_36542662 (Chr13)

1-108  (100001-100108)   100% ->
109-294  (100415-100600)   100% ->
295-541  (105008-105254)   100% ->
542-666  (105446-105570)   100% ->
667-890  (106023-106246)   99% ->
891-1095  (107358-107562)   100% ->
1096-1209  (108497-108610)   100% ->
1210-1343  (109550-109683)   100% ->
1344-1392  (109993-110041)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACCGGCTTTCCCGCAATCATGTACCCTGGATCTTTTATTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGACCGGCTTTCCCGCAATCATGTACCCTGGATCTTTTATTGGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGGAGAAGAGTATCTCAGCTGGGAAGGACCGGGGCTCCCAGATTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGGAGAAGAGTATCTCAGCTGGGAAGGACCGGGGCTCCCAGATTTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTCCAG         CAGCCCGTGGAGTCTGAAGCAATGCACTGCAGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTCCAGGTA...CAGCAGCCCGTGGAGTCTGAAGCAATGCACTGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCCCAAGAGTGGAGTTGTGCTGGCTACAGTGGCCCGAGGTCCCGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100448 AACCCCAAGAGTGGAGTTGTGCTGGCTACAGTGGCCCGAGGTCCCGATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTGTCAGATACTCACCAGAGCCCCGCTGGGCCAGGATCCCCCGCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100498 TTGTCAGATACTCACCAGAGCCCCGCTGGGCCAGGATCCCCCGCAGAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGTGCTAGGGCTGCTAACTGCAAATGGGCAGTACAGGAGGACCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100548 CAGTGCTAGGGCTGCTAACTGCAAATGGGCAGTACAGGAGGACCTGTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAG         GGGATCACAAGAATCAGGTGTTATTCTGGATCAGAAAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100598 CAGGTA...TAGGGGATCACAAGAATCAGGTGTTATTCTGGATCAGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCCTTCCCTCCAGCTGGAAAGAAAGCACTCCCTGACTGTGGGGTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105046 TGCCTTCCCTCCAGCTGGAAAGAAAGCACTCCCTGACTGTGGGGTCCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCCCCCCAAGCAAGGGTTTGACATCTACATGGATGAACTAGAGCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105096 AGCCCCCCAAGCAAGGGTTTGACATCTACATGGATGAACTAGAGCAGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACAGAGACAGCTGCTCGGTCAGAGAGGGGATGGCATTTGAGGATGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105146 GACAGAGACAGCTGCTCGGTCAGAGAGGGGATGGCATTTGAGGATGTGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAAGTAGACACCGGCACACTCAAGTCAGACCTGCACTTCCTGCTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105196 TGAAGTAGACACCGGCACACTCAAGTCAGACCTGCACTTCCTGCTGGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCAACACAG         TTTCCCCTATGCTGGTAGATTCATCTCTCCTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105246 TCAACACAGGTA...CAGTTTCCCCTATGCTGGTAGATTCATCTCTCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCCAGTCTGAAGATATATCCAGTCTTGGCACAGATGTGATAAATGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105478 TCCCAGTCTGAAGATATATCCAGTCTTGGCACAGATGTGATAAATGTGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGAATATGCTGAAGAAATTTATCAGTACCTTAGGGAAGCTGAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105528 TGAATATGCTGAAGAAATTTATCAGTACCTTAGGGAAGCTGAAGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    667   ATAAGGCACAGACCCAAAGCACACTACATGAAGAAGCAGCCAGACATC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106021 AGATAAGGCACAGACCCAAAGCACACTACATGAAGAAGCAGCCAGACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACGGAAGGCATGCGCACGATTCTGGTGGACTGGCTGGTGGAGGTTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106071 ACGGAAGGCATGCGCACGATTCTGGTGGACTGGCTGGTGGAGGTTGGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGAATATAAACTTCGAGCAGAGACCCTGTATCTGGCTGTCAACTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106121 AGAATATAAACTTCGAGCAGAGACCCTGTATCTGGCTGTCAACTTCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCAGGTTCCTTTCATGTATGTCTGTTCTGAGAGGGAAACTGCAGCTCGTA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106171 ACAGGTTCCTTTCATGTATGTCTGTTCTGAGAGGGAAACTGCAGCTCGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGAACAGCAGCTATGCTTTTGGCTTC         GAAATATGAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 106221 GGAACAGCAGCTATGCTTTTGGCTTCGTA...CAGGAAATATGAAGAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ATATCCTCCTGAAGTAGACGAGTTTGTCTATATCACCGATGATACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107373 ATATCCTCCTGAAGTAGACGAGTTTGTCTATATCACCGATGATACATACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CAAAACGACAACTGTTAAAAATGGAACACTTGCTTCTGAAAGTTCTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107423 CAAAACGACAACTGTTAAAAATGGAACACTTGCTTCTGAAAGTTCTAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTTGATCTGACAGTACCAACCACCAACCAGTTTCTCCTTCAGTACTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107473 TTTGATCTGACAGTACCAACCACCAACCAGTTTCTCCTTCAGTACTTGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCGACAAGGAGTGTGCGTCAGGACTGAGAACCTGGCTAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107523 GCGACAAGGAGTGTGCGTCAGGACTGAGAACCTGGCTAAGGTG...TAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACGTAGCAGAGCTGAGTCTACTTGAAGCAGATCCATTCTTGAAATATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108498 ACGTAGCAGAGCTGAGTCTACTTGAAGCAGATCCATTCTTGAAATATCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCTTCACTGATAGCTGCAGCAGCTTTTTGCCTGGCAAACTATACTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108548 CCTTCACTGATAGCTGCAGCAGCTTTTTGCCTGGCAAACTATACTGTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CAAGCACTTTTGG         CCAGAAACCCTTGCTGCATTTACAGGGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108598 CAAGCACTTTTGGGTA...TAGCCAGAAACCCTTGCTGCATTTACAGGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ATTCATTAAGTGAAATTGTGCCTTGCCTGAGTGAGCTTCATAAAGCGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109578 ATTCATTAAGTGAAATTGTGCCTTGCCTGAGTGAGCTTCATAAAGCGTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CTTGATATACCCCATCGACCTCAGCAAGCAATTAGGGAGAAGTACAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109628 CTTGATATACCCCATCGACCTCAGCAAGCAATTAGGGAGAAGTACAAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TTCAAA         GTACCTGTGTGTGTCCCTCATGGAGCCACCTGCAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109678 TTCAAAGTA...CAGGTACCTGTGTGTGTCCCTCATGGAGCCACCTGCAG

   1450     .    :
   1379 TTCTTCTTCTACAA
        ||||||||||||||
 110028 TTCTTCTTCTACAA