seq1 = pF1KB8629.tfa, 1593 bp
seq2 = pF1KB8629/gi568815585r_49434125.tfa (gi568815585r:49434125_49667279), 233155 bp

>pF1KB8629 1593
>gi568815585r:49434125_49667279 (Chr13)

(complement)

1-126  (100001-100126)   99% ->
127-277  (100512-100662)   100% ->
278-444  (107196-107362)   98% ->
445-603  (111607-111765)   100% ->
604-711  (114995-115102)   99% ->
712-854  (115812-115954)   100% ->
855-1045  (117632-117822)   98% ->
1046-1172  (122417-122543)   100% ->
1173-1324  (125453-125604)   100% ->
1325-1455  (126274-126404)   100% ->
1456-1593  (133018-133155)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGATGTCGGAAAGTGGCCCATCTTCACTCTACTCTCCCCTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGATGTCGGAAAGTGGCCCATCTTCACTCTACTCTCCCCTCAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATTGCGTCTATTCGGAAGGCGTGTGTCTTCGGCACCTCAGCCAGTGAAG
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCGCGTCTATTCGGAAGGCGTGTGTCTTCGGCACCTCAGCCAGTGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACTGTACGTTACTGACAATGATGAG         GTCTTTGTATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 CACTGTACGTTACTGACAATGATGAGGTA...TAGGTCTTTGTATTTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGAACTATAGTAACTGTCTAGGAACTGGAGATAACCAGAGTACACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100527 CTGAACTATAGTAACTGTCTAGGAACTGGAGATAACCAGAGTACACTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCCAAAAAGCTAGAAGGCTTATGTGGAAAGAAGATTAAAAGCCTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100577 ACCCAAAAAGCTAGAAGGCTTATGTGGAAAGAAGATTAAAAGCCTCAGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGGGAGTGGACCACATGTTCTTCTCAGCACCGAAG         ATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100627 ACGGGAGTGGACCACATGTTCTTCTCAGCACCGAAGGTA...CAGATGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGTTTATGCCTGGGGCCACAATGGATATAGCCAGCTTGGGAATGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107201 GTGGTTTATGCCTGGGGCCACAATGGATATAGCCAGCTTGGGAATGGGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACCAACCAAGGCATCGCTCCCGTCCAGGTCTGTACCAATCTCTTGATCA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107251 GACCAACCAAGGCATTGCTCCCGTCCAGGTCTGTACCAATCTCTTGATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCAAGTGGTGGAAGTGGCTTGTGGCTCACATCATTCAATGGCTCTGGCA
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 107301 AGCAAGTGGTGGAAGTAGCTTGTGGCTCACATCATTCAATGGCTCTGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCTGATGGAGAG         GTGTTTGCTTGGGGTTATAACAACTGTGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 107351 GCTGATGGAGAGGTA...TAGGTGTTTGCTTGGGGTTATAACAACTGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAAGTGGGATCAGGTTCTACAGCAAATCAACCAACTCCTCGAAAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111636 CCAAGTGGGATCAGGTTCTACAGCAAATCAACCAACTCCTCGAAAAGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAAACTGTTTACATATTAAGAGGGTAGTTGGCATTGCCTGTGGTCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111686 CAAACTGTTTACATATTAAGAGGGTAGTTGGCATTGCCTGTGGTCAGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCATCCATGGCTGTTCTGGACAATGGCGAG         GTATATGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111736 TCATCCATGGCTGTTCTGGACAATGGCGAGGTG...AAGGTATATGGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGTTACAATGGCAACGGTCAGCTGGGCTTGGGAAACAATGGCAACCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 115006 GGGTTACAATGGCAACGGTCAGCTGGGCCTGGGAAACAATGGCAACCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGACCCCTGTGAGAGTGGCAGCTTTGCACAGCGTGTGTGTGAACCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115056 TGACCCCTGTGAGAGTGGCAGCTTTGCACAGCGTGTGTGTGAACCAGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712       ATTGTCTGCGGTTACGCACATACTCTAGCACTAACAGATGAGGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115106 ...CAGATTGTCTGCGGTTACGCACATACTCTAGCACTAACAGATGAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTTGCTGTATGCCTGGGGAGCTAACACATATGGGCAGCTGGGAACTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115856 CTTGCTGTATGCCTGGGGAGCTAACACATATGGGCAGCTGGGAACTGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATAAAAATAACCTGCTAAGCCCAGCACACATCATGGTGGAGAAAGAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 115906 ATAAAAATAACCTGCTAAGCCCAGCACACATCATGGTGGAGAAAGAAAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855         GGTGGTAGAGATTGCAGCCTGTCACTCTGCCCACACGTCTGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115956 TA...CAGGGTGGTAGAGATTGCAGCCTGTCACTCTGCCCACACGTCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGCCAAGACGCAGGGTGGGCACGTGTACATGTGGGGCCAGTGCCGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117674 AGCCAAGACGCAGGGTGGGCACGTGTACATGTGGGGCCAGTGCCGGGGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGTCAGTGATCCTCCCGCACCTCACCCACTTCTCCTGCACCGATGACGTG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 117724 AGTCCGTGATCCTCCCGCACCTCACCCACTTCTCCTGCACCGACGACGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTTGCCTGCTTTGCCACTCCCGCCGTCTCGTGGCGCCTCCTGTCTGTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117774 TTTGCCTGCTTTGCCACTCCCGCCGTCTCGTGGCGCCTCCTGTCTGTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1046         AGCATGAAGACTTTTTAACAGTTGCAGAGTCACTGAAGAAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117824 TA...CAGAGCATGAAGACTTTTTAACAGTTGCAGAGTCACTGAAGAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AATTTGATAGTCCAGAAACTGCTGATCTGAAGTTTCGAATTGATGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122459 AATTTGATAGTCCAGAAACTGCTGATCTGAAGTTTCGAATTGATGGAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TATATTCATGTCCATAAAGCTGTTTTGAAAATCAG         GTGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 122509 TATATTCATGTCCATAAAGCTGTTTTGAAAATCAGGTA...TAGGTGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCATTTTCGATCCATGTTCCAGTCGTATTGGAATGAAGACATGAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125459 GCATTTTCGATCCATGTTCCAGTCGTATTGGAATGAAGACATGAAGGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGATAGAAATCGATCAGTTTTCTTACCCAGTGTATCGTGCCTTTCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125509 TGATAGAAATCGATCAGTTTTCTTACCCAGTGTATCGTGCCTTTCTCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TACCTCTACACAGACACAGTCGACCTGCCGCCAGAAGATGCTATAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 125559 TACCTCTACACAGACACAGTCGACCTGCCGCCAGAAGATGCTATAGGTA.

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325      GTCTTCTGGATTTGGCGACATCTTACTGTGAAAACAGACTGAAAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125609 ..TAGGTCTTCTGGATTTGGCGACATCTTACTGTGAAAACAGACTGAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AACTTTGTCAGCACATTATCAAGAGAGGAATTACTGTGGAGAATGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126319 AACTTTGTCAGCACATTATCAAGAGAGGAATTACTGTGGAGAATGCCTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TCGCTATTCTCTGCTGCAGTCAGATATGATGCAGAG         GATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 126369 TCGCTATTCTCTGCTGCAGTCAGATATGATGCAGAGGTA...CAGGATTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGAAGAATTCTGCTTTAAGTTTTGCATCAATCATTTGACAGAAGTTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133023 AGAAGAATTCTGCTTTAAGTTTTGCATCAATCATTTGACAGAAGTTACAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGACTGCAGCATTTTGGCAAATGGATGGCCCTCTGCTAAAGGAATTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133073 AGACTGCAGCATTTTGGCAAATGGATGGCCCTCTGCTAAAGGAATTCATT

   1650     .    :    .    :    .    :
   1561 GCTAAAGCCAGTAAATGTGGAGCCTTTAAGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 133123 GCTAAAGCCAGTAAATGTGGAGCCTTTAAGAAC