seq1 = pF1KB8627.tfa, 2322 bp
seq2 = pF1KB8627/gi568815582f_20706954.tfa (gi568815582f:20706954_20949477), 242524 bp

>pF1KB8627 2322
>gi568815582f:20706954_20949477 (Chr16)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-251  (106237-106349)   100% ->
252-378  (107974-108100)   100% ->
379-475  (109163-109259)   100% ->
476-616  (114809-114949)   100% ->
617-705  (117486-117574)   100% ->
706-821  (118880-118995)   100% ->
822-960  (120105-120243)   100% ->
961-1055  (120400-120494)   100% ->
1056-1158  (121482-121584)   100% ->
1159-1262  (125203-125306)   100% ->
1263-1383  (126050-126170)   100% ->
1384-1488  (132802-132906)   100% ->
1489-1626  (133378-133515)   100% ->
1627-1719  (136981-137073)   98% ->
1720-1936  (137676-137892)   100% ->
1937-2124  (138101-138288)   100% ->
2125-2243  (139268-139386)   100% ->
2244-2322  (142446-142524)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCAGAGAGGGAAGGGACCGAGAGACACCCCAGGAAGGTCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCAGAGAGGGAAGGGACCGAGAGACACCCCAGGAAGGTCAGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGCAGGCAGGCCCCAAATAAGCTGGTCGGGGCAGCTGAGGCGATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGCAGGCAGGCCCCAAATAAGCTGGTCGGGGCAGCTGAGGCGATGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGGTTGGGATCTCGAGGAGAGTCAGCCCGAGGCCAAG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 CCGGTTGGGATCTCGAGGAGAGTCAGCCCGAGGCCAAGGTG...CAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCGCTTATCTACCATTTTATTTACTGACAACTGTGAAGTAACCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106240 GCCCGCTTATCTACCATTTTATTTACTGACAACTGTGAAGTAACCCATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGCTGTGTGAATTGCTGAAGTATGCAGTTCTGGGCAAATCCAATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106290 CCAGCTGTGTGAATTGCTGAAGTATGCAGTTCTGGGCAAATCCAATGTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAAAACCCAG         CTGGTGCCAGCTTTTTCATCAAAACCACCTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106340 CAAAACCCAGGTA...CAGCTGGTGCCAGCTTTTTCATCAAAACCACCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACAACGTAGTGGTTTTTGTTCTGCAGGGAATGAGTCAGCTACACTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108005 AACAACGTAGTGGTTTTTGTTCTGCAGGGAATGAGTCAGCTACACTTTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGGTTCTATTTGGAGTTTGGATGTCTTCGAAAAGCATTCAGACAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108055 CAGGTTCTATTTGGAGTTTGGATGTCTTCGAAAAGCATTCAGACATGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      AAATTCCGCTTGCCTCCACCATCATCTGATTTTCTAGCTGATGTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108105 ..CAGAAATTCCGCTTGCCTCCACCATCATCTGATTTTCTAGCTGATGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTGGGCTACAAACTGAACAAAGAGCTGGAGATCTGCCCAAGACAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109208 GTTGGGCTACAAACTGAACAAAGAGCTGGAGATCTGCCCAAGACAATGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AG         GGCCTTTACCTTCTAATGCAAAAGCCGCCATCAACCTTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109258 AGGTA...CAGGGCCTTTACCTTCTAATGCAAAAGCCGCCATCAACCTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGATGATCCCATCATTCAAAAGTATGGCTCTAAGAAAGTGGGCTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114848 AGGATGATCCCATCATTCAAAAGTATGGCTCTAAGAAAGTGGGCTTGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGATGCCTTCTGACAAAGGAGGAAATGAGAACGTTTCACTTTCCATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114898 AGATGCCTTCTGACAAAGGAGGAAATGAGAACGTTTCACTTTCCATTACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AG         GTTTTCCTGATTGTGAAAACTTTTTACTTACCAAATGTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114948 AGGTT...TAGGTTTTCCTGATTGTGAAAACTTTTTACTTACCAAATGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGGTTCTATAGCAGACAATAGTCCTCTCTTTGGACTTGACTGTGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117525 ATGGTTCTATAGCAGACAATAGTCCTCTCTTTGGACTTGACTGTGAAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706          TGCCTCACATCCAAGGGGAGAGAGCTAACACGCATCTCACT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117575 GCA...CAGTGCCTCACATCCAAGGGGAGAGAGCTAACACGCATCTCACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGTTGCTGAAGGAGGCTGCTGTGTTATGGATGAACTGGTCAAACCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118921 GGTTGCTGAAGGAGGCTGCTGTGTTATGGATGAACTGGTCAAACCTGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACAAGATTCTGGACTACCTCACCAG         CTTTTCGGGAATCACG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 118971 ACAAGATTCTGGACTACCTCACCAGGTA...AAGCTTTTCGGGAATCACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGAAGATTCTTAACCCAGTGACGACCAAACTCAAAGATGTACAGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120121 AAGAAGATTCTTAACCCAGTGACGACCAAACTCAAAGATGTACAGAGGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTTAAAAGCACTGCTTCCTCCTGATGCTGTGTTAGTGGGCCACTCCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120171 GTTAAAAGCACTGCTTCCTCCTGATGCTGTGTTAGTGGGCCACTCCTTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATTTGGATCTCAGAGCACTGAAA         ATGATACATCCATATGTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120221 ATTTGGATCTCAGAGCACTGAAAGTG...CAGATGATACATCCATATGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATTGATACATCGTTGCTTTATGTCAGAGAGCAGGGCAGAAGATTTAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120418 ATTGATACATCGTTGCTTTATGTCAGAGAGCAGGGCAGAAGATTTAAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CAAGTTCTTAGCCAAAGTTATTTTGGG         GAAGGATATACAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 120468 CAAGTTCTTAGCCAAAGTTATTTTGGGGTA...CAGGAAGGATATACAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GTCCAGACAGACTTGGTCATGATGCCACAGAAGATGCTAGAACAATCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121496 GTCCAGACAGACTTGGTCATGATGCCACAGAAGATGCTAGAACAATCCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAATTGGCTCGGTATTTCCTTAAGCATGGCCCAAAAAAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 121546 GAATTGGCTCGGTATTTCCTTAAGCATGGCCCAAAAAAGGTT...AAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGCAGAACTAAATCTAGAAGCACTAGCTAATCACCAAGAAATACAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125205 TGCAGAACTAAATCTAGAAGCACTAGCTAATCACCAAGAAATACAAGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGGCCAAGAGCCTAAAAACACAGCAGAAGTACTTCAGCACCCAAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125255 CAGGCCAAGAGCCTAAAAACACAGCAGAAGTACTTCAGCACCCAAACACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AG         TGTTTTAGAATGCTTGGATTCAGTGGGTCAGAAGCTTCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125305 AGGTA...TAGTGTTTTAGAATGCTTGGATTCAGTGGGTCAGAAGCTTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TTTTTTGACCCGGGAGACAGATGCTGGTGAACTTCCATCTTCCAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126089 TTTTTTGACCCGGGAGACAGATGCTGGTGAACTTCCATCTTCCAGAAATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GTCAAACTATTAAGTGTCTTTCAAATAAAGAG         GTTCTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 126139 GTCAAACTATTAAGTGTCTTTCAAATAAAGAGGTG...CAGGTTCTTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CAGGCCAGAGTGGAAATCCCCCTGTTTCCCTTCAGCATTGTTCAGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132811 CAGGCCAGAGTGGAAATCCCCCTGTTTCCCTTCAGCATTGTTCAGTTCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TTTTAAGGCCTTTTCACCTGTCCTCACTGAGGAGATGAACAAAAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 132861 TTTTAAGGCCTTTTCACCTGTCCTCACTGAGGAGATGAACAAAAGGGTA.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1489      ATGAGGATCAAGTGGACAGAGATATCAACTGTCTATGCTGGGCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132911 ..CAGATGAGGATCAAGTGGACAGAGATATCAACTGTCTATGCTGGGCCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TTTAGCAAAAATTGCAATCTCAGGGCTCTGAAGAGGCTGTTTAAAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133423 TTTAGCAAAAATTGCAATCTCAGGGCTCTGAAGAGGCTGTTTAAAAGCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGGCCCAGTCCAGTCAATGACTTTTGTTCTTGAAACCCGTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 133473 TGGCCCAGTCCAGTCAATGACTTTTGTTCTTGAAACCCGTCAGGTA...C

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1627   CCTCATCTCTGTATACAGTATGAAGTCCTAGAAGCTGCCCAGCTGGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136979 AGCCTCATCTCTGTATACAGTATGAAGTCCTAGAAGCTGCCCAGCTGGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 ATAGAGTCCTTGGATGGTATTCTGGTAGATGGTATCTGCATCAAG     
        ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 137029 ATAGAATCCTTGGATGGTATTCTGGTAGATGGTATCTGCATCAAGGTA..

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720     GTGCAGAGGCCTGTGACAGAGCTCACGCTTGATTGTGACACCCTCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137079 .TAGGTGCAGAGGCCTGTGACAGAGCTCACGCTTGATTGTGACACCCTCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TGAATGAGCTGGAAGGAGATTCTGAAAACCAAGGCTCTATATATCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137722 TGAATGAGCTGGAAGGAGATTCTGAAAACCAAGGCTCTATATATCTGTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GGAGTGAGTGAAACCTTCAAAGAACAGCTATTGCAGGAGCCCCGCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137772 GGAGTGAGTGAAACCTTCAAAGAACAGCTATTGCAGGAGCCCCGCCTCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 TCTTGGCCTGGAAGCTGTGATCTTGCCTAAAGATCTTAAAAGTGGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137822 TCTTGGCCTGGAAGCTGTGATCTTGCCTAAAGATCTTAAAAGTGGAAAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AGAAAAAATACTGTTTCCTGA         AATTCAAAAGTTTTGGCAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 137872 AGAAAAAATACTGTTTCCTGAGTA...CAGAATTCAAAAGTTTTGGCAGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GCCCAGCAGGCCCTCAACATTCTCACAGGCAAGGACTGGAAGCTGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138121 GCCCAGCAGGCCCTCAACATTCTCACAGGCAAGGACTGGAAGCTGAAAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CAGGCATGCCCTAACCCCCAGGCACCTCCATGCCTGGCTCAGAGGCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138171 CAGGCATGCCCTAACCCCCAGGCACCTCCATGCCTGGCTCAGAGGCTTAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 CACCTGAATCAACAAGGCTCCCAGGGCTTCGTGTTGTACCTCCCCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138221 CACCTGAATCAACAAGGCTCCCAGGGCTTCGTGTTGTACCTCCCCCCTTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GAACAGGAGGCCTTGCAG         ACTCTGAAACTGGACCACCCGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 138271 GAACAGGAGGCCTTGCAGGTG...CAGACTCTGAAACTGGACCACCCGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 GATAGCAGCCTGGCGCTGGAGCCGGAAGATTGGAAAGCTCTACAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139291 GATAGCAGCCTGGCGCTGGAGCCGGAAGATTGGAAAGCTCTACAACAGCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 TGTGCCCGGGCACTCTCTGCCTCATCCTGCTGCCAGGAACCAAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 139341 TGTGCCCGGGCACTCTCTGCCTCATCCTGCTGCCAGGAACCAAGAGGTA.

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2244      CACTCATGGTTCACTCTCTGGTCTAGGACTGATGGGAATAAAAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139391 ..CAGCACTCATGGTTCACTCTCTGGTCTAGGACTGATGGGAATAAAAGA

   2450     .    :    .    :    .    :
   2289 GGAAGAAGAAAGCGCTGGCCCAGGCCTGTGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142491 GGAAGAAGAAAGCGCTGGCCCAGGCCTGTGTTCG