seq1 = pF1KB8625.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KB8625/gi568815597f_26821849.tfa (gi568815597f:26821849_27046178), 224330 bp

>pF1KB8625 993
>gi568815597f:26821849_27046178 (Chr1)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-159  (102241-102318)   100% ->
160-363  (119609-119812)   100% ->
364-429  (119905-119970)   100% ->
430-546  (120812-120928)   100% ->
547-741  (121023-121217)   100% ->
742-825  (123542-123625)   100% ->
826-944  (123720-123838)   100% ->
945-993  (124282-124330)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGGAGAGCAGGAGGAGGAGCGGTTCGACGGCATGTTGCTGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGGAGAGCAGGAGGAGGAGCGGTTCGACGGCATGTTGCTGGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTCAGCAGCACGAGGGCGGCGTGCAGGAG         CTTGTGAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 GGCTCAGCAGCACGAGGGCGGCGTGCAGGAGGTA...CAGCTTGTGAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTTCTTCAGCTTCCTTCGACGCAAAACAGACTTTTTCATTGGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 CCTTCTTCAGCTTCCTTCGACGCAAAACAGACTTTTTCATTGGAGGAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGGGATGGCAGAGAAG         CTTATCACACAGACTTTCAGCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102301 GAAGGGATGGCAGAGAAGGTA...CAGCTTATCACACAGACTTTCAGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCACAATCAGCTGGCACAGAAGACCCGGCGGGAGAAGAGAGCCCGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119632 CCACAATCAGCTGGCACAGAAGACCCGGCGGGAGAAGAGAGCCCGGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCCGAGCGGCGGGAGAAGGCGGAGCGGGCGGCCAGACTGGCCAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119682 AGGCCGAGCGGCGGGAGAAGGCGGAGCGGGCGGCCAGACTGGCCAAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCAAGTCAGAGACCTCAGGGCCCCAGATCAAGGAGCTAACTGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119732 GCCAAGTCAGAGACCTCAGGGCCCCAGATCAAGGAGCTAACTGATGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCAGAGAGGCTGCAGCTAGAGATTGACCAG         AAAAAGGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 119782 GGCAGAGAGGCTGCAGCTAGAGATTGACCAGGTG...CAGAAAAAGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGAGAATCATGAGGCCCAGCTCAAGAACGGCAGCCTTGACTCCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119915 CAGAGAATCATGAGGCCCAGCTCAAGAACGGCAGCCTTGACTCCCCAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGCAG         GATACTGAGGAAGATGAGGAGGAAGATGAGAAGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119965 AAGCAGGTG...CAGGATACTGAGGAAGATGAGGAGGAAGATGAGAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAAGGAAAACTGAAGCCCAACCTAGGCAACGGGGCAGACCTGCCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120847 CAAAGGAAAACTGAAGCCCAACCTAGGCAACGGGGCAGACCTGCCCAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCGCTGGACCCAGACCCTGTCGGAGCTGGAC         CTGGCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 120897 ACCGCTGGACCCAGACCCTGTCGGAGCTGGACGTG...CAGCTGGCGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCTTTCTGTGTGAACTTCCGGCTGAAAGGGAAGGACATGGTGGTGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121032 CCTTTCTGTGTGAACTTCCGGCTGAAAGGGAAGGACATGGTGGTGGACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCAGCGGCGGCACCTCCGGGTGGGGCTCAAGGGGCAGCCAGCGATCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121082 CCAGCGGCGGCACCTCCGGGTGGGGCTCAAGGGGCAGCCAGCGATCATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGGGGAGCTCTACAATGAAGTGAAGGTGGAGGAGAGCTCGTGGCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121132 ATGGGGAGCTCTACAATGAAGTGAAGGTGGAGGAGAGCTCGTGGCTCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGACGGCAAGGTGGTGACTGTGCATCTGGAGAAG         ATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 121182 GAGGACGGCAAGGTGGTGACTGTGCATCTGGAGAAGGTA...CAGATCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAAGATGGAGTGGTGGAGCCGCTTGGTGTCCAGTGACCCTGAGATCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123547 TAAGATGGAGTGGTGGAGCCGCTTGGTGTCCAGTGACCCTGAGATCAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCAAGAAGATTAACCCTGAGAATTCCAAG         CTGTCAGACCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 123597 CCAAGAAGATTAACCCTGAGAATTCCAAGGTG...CAGCTGTCAGACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GACAGTGAGACTCGCAGCATGGTGGAAAAGATGATGTATGACCAGCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123732 GACAGTGAGACTCGCAGCATGGTGGAAAAGATGATGTATGACCAGCGACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAAGTCCATGGGGCTGCCAACTTCAGACGAACAGAAGAAACAGGAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123782 GAAGTCCATGGGGCTGCCAACTTCAGACGAACAGAAGAAACAGGAGATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAAGAA         GTTCATGGATCAACATCCGGAGATGGATTTTTCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123832 TGAAGAAGTG...CAGGTTCATGGATCAACATCCGGAGATGGATTTTTCC

   1050     .    :    .
    979 AAGGCTAAATTCAAC
        |||||||||||||||
 124316 AAGGCTAAATTCAAC