seq1 = pF1KB8622.tfa, 2517 bp
seq2 = pF1KB8622/gi568815589r_133664065.tfa (gi568815589r:133664065_134092278), 428214 bp

>pF1KB8622 2517
>gi568815589r:133664065_134092278 (Chr9)

(complement)

1-204  (100001-100204)   99% ->
205-321  (153060-153176)   100% ->
322-380  (230847-230905)   100% ->
381-449  (257939-258007)   100% ->
450-552  (280063-280165)   100% ->
553-651  (283141-283239)   100% ->
652-720  (284953-285021)   100% ->
721-821  (286098-286198)   100% ->
822-921  (294470-294569)   100% ->
922-1017  (295755-295850)   100% ->
1018-1086  (296543-296611)   100% ->
1087-1173  (300410-300496)   100% ->
1174-1259  (302936-303021)   100% ->
1260-1392  (303793-303925)   100% ->
1393-1502  (306394-306503)   100% ->
1503-1604  (307861-307962)   100% ->
1605-1693  (308688-308776)   100% ->
1694-1732  (312325-312361)   80% ->
1733-1860  (313390-313517)   100% ->
1861-1935  (314816-314890)   100% ->
1936-1988  (316199-316251)   100% ->
1989-2105  (317228-317344)   100% ->
2106-2193  (320233-320320)   100% ->
2194-2317  (321778-321901)   100% ->
2318-2472  (323683-323837)   100% ->
2473-2517  (328170-328214)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCAGTGGCGACAGTGCGGCCGCTGGCTCATCGATTGCAAGGTCCT
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCAGTGGCGGCAGTGCGGCCGCTGGCTCATCGATTGCAAGGTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCCCAACCACCGGGTGGTGTGGCCCTCGGCCGTGGTCTTCGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGCCCAACCACCGGGTGGTGTGGCCCTCGGCCGTGGTCTTCGACCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCAGGCGCTGCGCGACGGGGTCCTTCTGTGCCAGCTGCTGCACAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCAGGCGCTGCGCGACGGGGTCCTTCTGTGCCAGCTGCTGCACAACCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCCCGGCTCCATCGACCTCAAGGACATCAACTTCCGGCCGCAGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCCCCGGCTCCATCGACCTCAAGGACATCAACTTCCGGCCGCAGATGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAG         TTTCTGTGTTTGAAGAACATACGCACCTTCCTGAAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGGTG...TAGTTTCTGTGTTTGAAGAACATACGCACCTTCCTGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTGCCACGATAAATTTGGATTAAGGAACAGCGAGCTGTTTGACCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153097 TCTGCCACGATAAATTTGGATTAAGGAACAGCGAGCTGTTTGACCCCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACCTCTTCGATGTGCGAGACTTTGGAAAG         GTCATCTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 153147 GACCTCTTCGATGTGCGAGACTTTGGAAAGGTG...CAGGTCATCTCCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTGTCGAGGCTCTCCCTGCACAGCATCGCGCAGAACAAAGGGATCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 230858 GGTGTCGAGGCTCTCCCTGCACAGCATCGCGCAGAACAAAGGGATCAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381        GCCTTTTCCCTCAGAGGAGACCACAGAGAATGACGATGACGTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230908 G...CAGGCCTTTTCCCTCAGAGGAGACCACAGAGAATGACGATGACGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACCGCAGCCTGGAGGAGCTGGCCGA         CGAGCATGACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 257982 TACCGCAGCCTGGAGGAGCTGGCCGAGTA...CAGCGAGCATGACCTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGAGGACATCTACGACTGCGTCCCGTGTGAGGATGGAGGGGACGACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280078 GGAGGACATCTACGACTGCGTCCCGTGTGAGGATGGAGGGGACGACATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACGAGGACATCATCAAGGTGGAGGTGCAGCAGCCCATG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 280128 ACGAGGACATCATCAAGGTGGAGGTGCAGCAGCCCATGGTG...TAGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGGGCATGACTGAAGATGACAAGAGGAACTGCTGCCTGCTGGAGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283144 ATGGGCATGACTGAAGATGACAAGAGGAACTGCTGCCTGCTGGAGATCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAGACCGAGGCCAAGTACTACCGCACCCTGGAGGACATTGAGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 283194 GGAGACCGAGGCCAAGTACTACCGCACCCTGGAGGACATTGAGAAGGTG.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    652      AACTACATGAGCCCCCTGCGGCTGGTGCTGAGCCCGGCGGACATG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283244 ..CAGAACTACATGAGCCCCCTGCGGCTGGTGCTGAGCCCGGCGGACATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCAGCTGTCTTCATTAACCTGGAG         GACCTGATCAAGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 284998 GCAGCTGTCTTCATTAACCTGGAGGTA...CAGGACCTGATCAAGGTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCACAGCTTCCTGAGGGCCATCGACGTGTCCGTGATGGTGGGGGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286115 TCACAGCTTCCTGAGGGCCATCGACGTGTCCGTGATGGTGGGGGGCAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CGCTGGCCAAGGTCTTCCTCGATTTCAAGGAAAG         GCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 286165 CGCTGGCCAAGGTCTTCCTCGATTTCAAGGAAAGGTG...CAGGCTTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATCTACGGGGAGTACTGCAGCCACATGGAGCACGCCCAGAACACACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 294477 ATCTACGGGGAGTACTGCAGCCACATGGAGCACGCCCAGAACACACTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCAGCTCCTGGCCAGCCGGGAGGACTTCAGGCAGAAAGTCGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 294527 CCAGCTCCTGGCCAGCCGGGAGGACTTCAGGCAGAAAGTCGAGGTA...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    922   GAGTGCACACTGAAGGTCCAGGATGGAAAATTTAAGCTGCAAGACCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295753 AGGAGTGCACACTGAAGGTCCAGGATGGAAAATTTAAGCTGCAAGACCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTGGTGGTCCCCATGCAGAGGGTGCTCAAATACCACCTGCTCTTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 295803 CTGGTGGTCCCCATGCAGAGGGTGCTCAAATACCACCTGCTCTTGAAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1018        GAGCTTCTGAGCCATTCTGCGGAACGGCCTGAGAGGCAGCAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295853 G...CAGGAGCTTCTGAGCCATTCTGCGGAACGGCCTGAGAGGCAGCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCAAAGAAGCACTGGAAGCCATGCAG         GACTTGGCGATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 296586 TCAAAGAAGCACTGGAAGCCATGCAGGTG...AAGGACTTGGCGATGTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ATCAATGAAGTTAAACGGGACAAGGAGACCTTGAGGAAAATCAGCGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 300425 ATCAATGAAGTTAAACGGGACAAGGAGACCTTGAGGAAAATCAGCGAATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TCAGAGTTCTATAGAAAATTTG         CAAGTGAAACTGGAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 300475 TCAGAGTTCTATAGAAAATTTGGTG...CAGCAAGTGAAACTGGAGGAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TTGGAAGACCAAAGATTGACGGGGAACTGAAAGTCCGGTCCATAGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 302955 TTGGAAGACCAAAGATTGACGGGGAACTGAAAGTCCGGTCCATAGTCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CACACCAAGCAGGACAG         GTACTTGTTCCTGTTTGACAAGGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 303005 CACACCAAGCAGGACAGGTG...CAGGTACTTGTTCCTGTTTGACAAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GGTCATCGTCTGCAAGCGGAAGGGCTACAGCTACGAGCTCAAGGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303817 GGTCATCGTCTGCAAGCGGAAGGGCTACAGCTACGAGCTCAAGGAGATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TCGAGCTGCTGTTCCACAAGATGACCGACGACCCCATGAACAACAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303867 TCGAGCTGCTGTTCCACAAGATGACCGACGACCCCATGAACAACAAGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GTCAAGAAG         TGGTCCTACGGCTTCTACCTAATTCACCTTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 303917 GTCAAGAAGGTG...CAGTGGTCCTACGGCTTCTACCTAATTCACCTTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AGGAAAGCAGGGCTTCCAGTTTTTCTGCAAAACAGAAGATATGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306426 AGGAAAGCAGGGCTTCCAGTTTTTCTGCAAAACAGAAGATATGAAGAGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AGTGGATGGAGCAGTTTGAGATGGCCAT         GTCAAACATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 306476 AGTGGATGGAGCAGTTTGAGATGGCCATGTG...CAGGTCAAACATCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 CCAGACAAAGCCAATGCCAACCACCACAGTTTCCAGATGTACACGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307874 CCAGACAAAGCCAATGCCAACCACCACAGTTTCCAGATGTACACGTTTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CAAGACCACCAACTGCAAAGCCTGCAAAATGTTCCTCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 307924 CAAGACCACCAACTGCAAAGCCTGCAAAATGTTCCTCAGGTG...CAGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 GCACCTTCTACCAGGGATACATGTGTACCAAGTGTGGCGTCGGGGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308690 GCACCTTCTACCAGGGATACATGTGTACCAAGTGTGGCGTCGGGGCACAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 AAGGAGTGCCTGGAAGTGATACCTCCCTGCAAGTTCA           CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>--||
 308740 AAGGAGTGCCTGGAAGTGATACCTCCCTGCAAGTTCAGTG...CTGTCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1696 TCTCCTGCAGATCTGGACGCCTCCGGAGCGGGACCAG         GTCC
        | ||||-|| |---|||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 312329 TGTCCT CACA   GGACGCCTCCGGAGCGGGACCAGGTG...CAGGTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1737 CAAGATGGTGGCCATGCAGAATTACCATGGCAACCCAGCCCCTCCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 313394 CAAGATGGTGGCCATGCAGAATTACCATGGCAACCCAGCCCCTCCCGGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1787 AGCCTGTGCTGACCTTCCAGACGGGCGACGTGCTTGAGCTGCTGAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 313444 AGCCTGTGCTGACCTTCCAGACGGGCGACGTGCTTGAGCTGCTGAGGGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1837 GACCCTGAGTCTCCGTGGTGGGAG         GGTCGTCTGGTACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 313494 GACCCTGAGTCTCCGTGGTGGGAGGTG...CAGGGTCGTCTGGTACAAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1878 CAGGAAGTCAGGGTATTTCCCCAGCTCATCTGTGAAGCCCTGCCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314833 CAGGAAGTCAGGGTATTTCCCCAGCTCATCTGTGAAGCCCTGCCCTGTGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1928 ATGGAAGG         CCGCCCATCAGCCGGCCGCCATCCCGGGAGATC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 314883 ATGGAAGGGTG...CAGCCGCCCATCAGCCGGCCGCCATCCCGGGAGATC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1969 GACTACACTGCATACCCCTG         GTTTGCAGGTAACATGGAGAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 316232 GACTACACTGCATACCCCTGGTG...TAGGTTTGCAGGTAACATGGAGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2010 GCAGCAGACGGACAACCTGCTCAAGTCCCACGCCAGCGGGACCTACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 317249 GCAGCAGACGGACAACCTGCTCAAGTCCCACGCCAGCGGGACCTACCTGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2060 TCAGGGAGCGGCCTGCCGAGGCTGAGCGCTTTGCAATAAGCATCAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 317299 TCAGGGAGCGGCCTGCCGAGGCTGAGCGCTTTGCAATAAGCATCAAGTA.

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106      GTTCAATGATGAGGTGAAGCACATCAAGGTGGTGGAGAAGGACAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 317349 ..CAGGTTCAATGATGAGGTGAAGCACATCAAGGTGGTGGAGAAGGACAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 CTGGATCCACATCACAGAGGCCAAGAAATTCGACAGCCTCCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 320278 CTGGATCCACATCACAGAGGCCAAGAAATTCGACAGCCTCCTGGTA...C

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2194   GAGTTGGTGGAGTACTACCAGTGCCACTCACTGAAGGAGAGCTTCAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321776 AGGAGTTGGTGGAGTACTACCAGTGCCACTCACTGAAGGAGAGCTTCAAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2242 CAGCTGGACACCACACTCAAGTACCCCTACAAGTCCCGGGAACGTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321826 CAGCTGGACACCACACTCAAGTACCCCTACAAGTCCCGGGAACGTTCGGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2292 CTCCAGGGCCTCCAGCCGGTCCCCAG         TGTTCACGCCCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 321876 CTCCAGGGCCTCCAGCCGGTCCCCAGGTA...CAGTGTTCACGCCCCGCG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2333 TCATCGGCACAGCTGTGGCCAGGTATAACTTTGCCGCCCGAGATATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323698 TCATCGGCACAGCTGTGGCCAGGTATAACTTTGCCGCCCGAGATATGAGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2383 GAGCTTTCGCTGCGGGAGGGTGACGTGGTGAGGATCTACAGCCGCATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 323748 GAGCTTTCGCTGCGGGAGGGTGACGTGGTGAGGATCTACAGCCGCATCGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2433 CGGAGACCAGGGCTGGTGGAAGGGCGAGACCAACGGACGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 323798 CGGAGACCAGGGCTGGTGGAAGGGCGAGACCAACGGACGGGTG...CAGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :
   2474 TTGGCTGGTTTCCTTCAACGTACGTAGAAGAGGAGGGCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328171 TTGGCTGGTTTCCTTCAACGTACGTAGAAGAGGAGGGCATCCAG