seq1 = pF1KB8617.tfa, 1857 bp
seq2 = pF1KB8617/gi568815597r_200544257.tfa (gi568815597r:200544257_200766740), 222484 bp

>pF1KB8617 1857
>gi568815597r:200544257_200766740 (Chr1)

(complement)

1-804  (100001-100804)   100% ->
805-972  (102655-102822)   100% ->
973-1062  (107625-107714)   100% ->
1063-1314  (116065-116316)   100% ->
1315-1467  (117515-117667)   98% ->
1468-1596  (118174-118302)   100% ->
1597-1857  (122224-122484)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGTTCCAAGATCTCTAAAAATCAAGAGGAATGCTAATGATGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTGTTCCAAGATCTCTAAAAATCAAGAGGAATGCTAATGATGATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAAAGTTGTGTGGCTAAGATAATTAAACCAGACCCAGAAGACCTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAAAGTTGTGTGGCTAAGATAATTAAACCAGACCCAGAAGACCTTCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACAAAAGCAGAGATGTTCCCGTTGATGCTGTAGCTACAGAAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGACAAAAGCAGAGATGTTCCCGTTGATGCTGTAGCTACAGAAGCAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACAATAGACAGGCACATCAGCGAATCATGCCCTTTCCCCAGCCCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACAATAGACAGGCACATCAGCGAATCATGCCCTTTCCCCAGCCCAGGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAGTTGGCAGAGGTTCATTCAGTAAGTCCCGAGCAGGGTGCGAAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAGTTGGCAGAGGTTCATTCAGTAAGTCCCGAGCAGGGTGCGAAGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCATCCTTCTGAAGAGCCCGTTAAGTCATTTTCCAAAACACAGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCATCCTTCTGAAGAGCCCGTTAAGTCATTTTCCAAAACACAGCGCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCAGAACCAGGGGAACCCATCTGTGTTGTCTGTGGTCGTTATGGAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCAGAACCAGGGGAACCCATCTGTGTTGTCTGTGGTCGTTATGGAGAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TATCTGTGATAAGACAGATGAAGATGTGTGTAGTTTGGAGTGTAAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TATCTGTGATAAGACAGATGAAGATGTGTGTAGTTTGGAGTGTAAAGCGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AACATCTTCTACAAGTTAAGGAAAAGGAAGAGAAATCAAAACTCAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AACATCTTCTACAAGTTAAGGAAAAGGAAGAGAAATCAAAACTCAGCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCACAGAAGGCTGATTCTGAGCCAGAGTCTCCACTGAATGCTTCCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCACAGAAGGCTGATTCTGAGCCAGAGTCTCCACTGAATGCTTCCTATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTACAAAGAGCACCCCTTTATTTTGAACCTTCAGGAAGACCAGATTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTACAAAGAGCACCCCTTTATTTTGAACCTTCAGGAAGACCAGATTGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATCTTAAACAGCAGCTGGGAATTTTAGTTCAAGGGCAAGAAGTCACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATCTTAAACAGCAGCTGGGAATTTTAGTTCAAGGGCAAGAAGTCACCAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCCATTATTGACTTTGAACATTGTAGTCTCCCTGAGGTCTTAAATCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCCATTATTGACTTTGAACATTGTAGTCTCCCTGAGGTCTTAAATCACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTGAAGAAATCAGGCTATGAGGTGCCAACTCCCATTCAAATGCAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTGAAGAAATCAGGCTATGAGGTGCCAACTCCCATTCAAATGCAGATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTCCTGTGGGACTTCTGGGAAGAGACATTCTGGCCAGTGCAGATACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTCCTGTGGGACTTCTGGGAAGAGACATTCTGGCCAGTGCAGATACTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCAGGAAAAACAGCTGCTTTTCTTCTTCCTGTTATCATGCGAGCTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCAGGAAAAACAGCTGCTTTTCTTCTTCCTGTTATCATGCGAGCTTTATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGAG         AGCAAAACTCCATCTGCGCTCATTCTTACACCAACCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CGAGGTA...CAGAGCAAAACTCCATCTGCGCTCATTCTTACACCAACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GAGAGTTAGCCATTCAGATAGAGAGACAAGCTAAAGAATTGATGAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102692 GAGAGTTAGCCATTCAGATAGAGAGACAAGCTAAAGAATTGATGAGTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGCCACGCATGAAAACTGTGCTTCTTGTAGGGGGCTTACCCTTACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102742 CTGCCACGCATGAAAACTGTGCTTCTTGTAGGGGGCTTACCCTTACCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 ACAGCTTTATCGTCTGCAACAACATGTTAAG         GTTATCATAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 102792 ACAGCTTTATCGTCTGCAACAACATGTTAAGGTA...TAGGTTATCATAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CAACCCCTGGGCGACTTCTGGATATAATAAAGCAGAGCTCTGTAGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107635 CAACCCCTGGGCGACTTCTGGATATAATAAAGCAGAGCTCTGTAGAACTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TGTGGTGTAAAGATTGTGGTAGTAGATGAA         GCTGATACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107685 TGTGGTGTAAAGATTGTGGTAGTAGATGAAGTA...TAGGCTGATACCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GTTAAAGATGGGTTTTCAACAACAAGTGCTTGACATTTTGGAAAACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116076 GTTAAAGATGGGTTTTCAACAACAAGTGCTTGACATTTTGGAAAACATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CTAATGATTGTCAGACCATTTTGGTTTCAGCCACAATTCCAACTAGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116126 CTAATGATTGTCAGACCATTTTGGTTTCAGCCACAATTCCAACTAGCATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GAACAGCTAGCAAGCCAGCTTCTGCATAATCCTGTGAGAATTATCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116176 GAACAGCTAGCAAGCCAGCTTCTGCATAATCCTGTGAGAATTATCACTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AGAAAAGAACCTACCTTGTGCCAATGTACGTCAGATTATTTTGTGGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116226 AGAAAAGAACCTACCTTGTGCCAATGTACGTCAGATTATTTTGTGGGTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AAGACCCAGCCAAAAAGAAAAAATTATTTGAAATTTTAAAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116276 AAGACCCAGCCAAAAAGAAAAAATTATTTGAAATTTTAAATGTG...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GATAAGAAACTCTTTAAGCCTCCAGTGTTAGTATTTGTGGACTGCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117515 GATAAGAAACTCTTTAAGCCTCCAGTGTTAGTATTTGTGGACTGCAAACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 AGGAGCAGATCTTTTGAGTGAAGCCGTTCAGAAAATCACAGGGCTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117565 AGGAGCAGATCTTTTGAGTGAAGCCGTTCAGAAAATCACAGGGCTGAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GAATATCTATACATTCGGAGAAGCCGCAAATAGAAAGGAAAAACATATTG
        | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
 117615 GCATATCTATACATTCAGAGAAGTCGCAAATAGAAAGGAAAAACATATTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 AAG         GGATTACTTGAAGGAGACTATGAAGTTGTAGTGAGCAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117665 AAGGTT...AAGGGATTACTTGAAGGAGACTATGAAGTTGTAGTGAGCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AGGAGTCTTGGGACGAGGCCTAGACTTGATCAGTGTCAGGCTGGTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118212 AGGAGTCTTGGGACGAGGCCTAGACTTGATCAGTGTCAGGCTGGTTGTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 ATTTTGATATGCCTTCAAGTATGGATGAGTATGTCCATCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 118262 ATTTTGATATGCCTTCAAGTATGGATGAGTATGTCCATCAGGTA...CAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 ATTGGAAGAGTAGGAAGATTAGGTCAAAATGGAACAGCGATTACTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122224 ATTGGAAGAGTAGGAAGATTAGGTCAAAATGGAACAGCGATTACTTTCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CAATAATAATTCAAAAAGACTCTTCTGGGATATTGCAAAACGAGTAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122274 CAATAATAATTCAAAAAGACTCTTCTGGGATATTGCAAAACGAGTAAAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 CCACAGGATCCATTCTTCCCCCTCAGTTATTAAATTCCCCATACCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122324 CCACAGGATCCATTCTTCCCCCTCAGTTATTAAATTCCCCATACCTTCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 GACCAGAAGAGAAAGGAACAACAGAAAGATAAACAGACACAGAATGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122374 GACCAGAAGAGAAAGGAACAACAGAAAGATAAACAGACACAGAATGATCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 GGTTACAGGAGCTAATCTTATGGATATTATCAGAAAACATGATAAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122424 GGTTACAGGAGCTAATCTTATGGATATTATCAGAAAACATGATAAAAGTA

   1900     .    :
   1847 ATTCTCAGAAA
        |||||||||||
 122474 ATTCTCAGAAA