seq1 = pF1KB8607.tfa, 2058 bp
seq2 = pF1KB8607/gi568815589f_69944582.tfa (gi568815589f:69944582_70326029), 381448 bp

>pF1KB8607 2058
>gi568815589f:69944582_70326029 (Chr9)

1-34  (99617-99650)   100% ->
35-148  (100003-100116)   100% ->
149-420  (163630-163901)   100% ->
421-505  (165139-165223)   100% ->
506-643  (168414-168551)   100% ->
644-900  (181578-181834)   99% ->
901-994  (186938-187031)   100% ->
995-1138  (195564-195707)   100% ->
1139-1404  (198973-199238)   100% ->
1405-1498  (224121-224214)   100% ->
1499-1651  (225898-226050)   100% ->
1652-1911  (273756-274015)   100% ->
1912-1996  (281169-281253)   100% ->
1997-2058  (281387-281448)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTTAAGGGGCGTCCTCCTGGCGTTGCAAG         CCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  99617 ATGCTGTTAAGGGGCGTCCTCCTGGCGTTGCAAGGTA...CAGCCCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTCGCCGGTGCCCTCGACCTGCCCGCTGGGTCCTGTGCCTTTGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100010 GCTCGCCGGTGCCCTCGACCTGCCCGCTGGGTCCTGTGCCTTTGAAGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCACTTGCGGCTTTGACTCCGTGTTGGCCTCTCTGCCGTGGATTTTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100060 GCACTTGCGGCTTTGACTCCGTGTTGGCCTCTCTGCCGTGGATTTTAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGAAG         GCCATTACATTTATGTGGATACCTCCTTTGGCAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100110 GAGGAAGGTA...CAGGCCATTACATTTATGTGGATACCTCCTTTGGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCAGGGGGAGAAAGCTGTGCTGCTAAGTCCTGACTTACAGGCTGAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163664 GCAGGGGGAGAAAGCTGTGCTGCTAAGTCCTGACTTACAGGCTGAGGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAGCTGCCTCCGTTTGGTCTACCAGATAACCACATCTTCGGAGTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163714 GGAGCTGCCTCCGTTTGGTCTACCAGATAACCACATCTTCGGAGTCTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAGATCCCAGCCAGCTGAACCTCTACATGAGATTTGAAGATGAAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163764 TCAGATCCCAGCCAGCTGAACCTCTACATGAGATTTGAAGATGAAAGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGATCGCTTGCTTTGGTCAGCTAAGGAACCTTCAGACAGCTGGCTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163814 TGATCGCTTGCTTTGGTCAGCTAAGGAACCTTCAGACAGCTGGCTCATAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAGCTTGGATTTGCAAAACAGTTCCAAGAAATTCAAG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 163864 CCAGCTTGGATTTGCAAAACAGTTCCAAGAAATTCAAGGTA...CAGATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTAATAGAAGGTGTACTAGGACAGGGAAACACAGCCAGCATCGCACTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165142 TTAATAGAAGGTGTACTAGGACAGGGAAACACAGCCAGCATCGCACTATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAAATCAAGATGACAACCGGCTACTGTATTG         AATGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 165192 TGAAATCAAGATGACAACCGGCTACTGTATTGGTA...CAGAATGTGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGAAGAAAATCATCTCTGTGGCTTTGTGAACCGCTGGAATCCCAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168423 TTGAAGAAAATCATCTCTGTGGCTTTGTGAACCGCTGGAATCCCAATGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACTGGTTTGTTGGAGGAGGAAGTATTCGGAATGTCCACTCCATTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168473 AACTGGTTTGTTGGAGGAGGAAGTATTCGGAATGTCCACTCCATTCTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACAGGATCACACCTTCAAGAGTGAACTGG         GCCACTACATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 168523 ACAGGATCACACCTTCAAGAGTGAACTGGGTG...CAGGCCACTACATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACGTGGACTCAGTTTATGTGAAGCACTTCCAGGAGGTGGCACAGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181590 ACGTGGACTCAGTTTATGTGAAGCACTTCCAGGAGGTGGCACAGCTCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCCCCGTTGACCACGGCCCCCATGGCTGGCTGCCTGTCATTTTATTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181640 TCCCCGTTGACCACGGCCCCCATGGCTGGCTGCCTGTCATTTTATTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GATCCAGCAGGGGAATGACAATGTCTTTTCCCTTTACACTCGGGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181690 GATCCAGCAGGGGAATGACAATGTCTTTTCCCTTTACACTCGGGATGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGGCCTTTACGAGGAAATCTGGAAAGCAGACAGGCCAGGGAATGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181740 CTGGCCTTTACGAGGAAATCTGGAAAGCAGACAGGCCAGGGAATGCTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TGGAACCTTGCGGAGGTCGAGTTCAATGCTCCTTACCCCATGGAG     
        ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||>>>..
 181790 TGGAACCTTGCGGAGGTCGAGTTCAGTGCTCCTTACCCCATGGAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901     GTTATTTTTGAAGTTGCTTTCAATGGTCCCAAGGGAGGTTATGTTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181840 .CAGGTTATTTTTGAAGTTGCTTTCAATGGTCCCAAGGGAGGTTATGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCCTGGATGATATTTCATTCTCTCCTGTTCACTGCCAGAATCAGACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 186984 CCCTGGATGATATTTCATTCTCTCCTGTTCACTGCCAGAATCAGACAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    995        AACTTCTGTTCAGTGCCGTGGAAGCCAGCTGCAATTTTGAGCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187034 G...CAGAACTTCTGTTCAGTGCCGTGGAAGCCAGCTGCAATTTTGAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGATCTCTGCAACTTTTACCAAGATAAAGAAGGTCCAGGTTGGACCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195607 AGATCTCTGCAACTTTTACCAAGATAAAGAAGGTCCAGGTTGGACCCGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGAAAGTAAAACCAAACATGTATCGGGCTGGAGACCACACTACAGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195657 TGAAAGTAAAACCAAACATGTATCGGGCTGGAGACCACACTACAGGCTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 G         GGTATTACCTGCTAGCCAACACAAAGTTCACATCTCAGCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195707 GGTA...CAGGGTATTACCTGCTAGCCAACACAAAGTTCACATCTCAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGGCTACATTGGAAGGCTCTATGGGCCCTCCCTACCAGGAAACTTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199013 TGGCTACATTGGAAGGCTCTATGGGCCCTCCCTACCAGGAAACTTGCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATTGTCTGCGTTTTCATTATGCCATCTATGGATTTTTAAAAATGAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199063 ATTGTCTGCGTTTTCATTATGCCATCTATGGATTTTTAAAAATGAGTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ACCCTAGCAGTTTACATCTTTGAAGAGAACCATGTGGTTCAAGAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199113 ACCCTAGCAGTTTACATCTTTGAAGAGAACCATGTGGTTCAAGAGAAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CTGGTCTGTGTTGGAGTCCCCAAGGGGTGTTTGGATGCAAGCTGAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199163 CTGGTCTGTGTTGGAGTCCCCAAGGGGTGTTTGGATGCAAGCTGAAATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCTTTAAGAAGCCCATGCCTACCAAG         GTGGTTTTCATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 199213 CCTTTAAGAAGCCCATGCCTACCAAGGTA...CAGGTGGTTTTCATGAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CTATGCAAAAGTTTCTGGGACTGTGGGCTTGTAGCCCTGGATGACATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224136 CTATGCAAAAGTTTCTGGGACTGTGGGCTTGTAGCCCTGGATGACATTAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AATACAATTGGGAAGCTGCTCATCTTCAG         AGAAACTTCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 224186 AATACAATTGGGAAGCTGCTCATCTTCAGGTA...CAGAGAAACTTCCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CTCCACCTGGAGAGTGTACTTTCGAGCAAGATGAATGTACATTTACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225910 CTCCACCTGGAGAGTGTACTTTCGAGCAAGATGAATGTACATTTACTCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GAGAAAAGAAACCGGAGCAGCTGGCACAGGAGGAGGGGAGAAACTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225960 GAGAAAAGAAACCGGAGCAGCTGGCACAGGAGGAGGGGAGAAACTCCCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TTCCTACACAGGACCAAAGGGAGATCACACTACTGGGGTAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 226010 TTCCTACACAGGACCAAAGGGAGATCACACTACTGGGGTAGGTG...AAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GCTACTACATGTACATTGAGGCCTCCCATATGGTGTATGGACAAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273756 GCTACTACATGTACATTGAGGCCTCCCATATGGTGTATGGACAAAAAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CGCCTCTTGTCCAGGCCTCTGCGAGGAGTCTCTGGAAAACACTGCTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273806 CGCCTCTTGTCCAGGCCTCTGCGAGGAGTCTCTGGAAAACACTGCTTGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CTTTTTCTACCACATGTATGGAGGGGGCACTGGCCTGCTGAGTGTTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273856 CTTTTTCTACCACATGTATGGAGGGGGCACTGGCCTGCTGAGTGTTTATC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TGAAAAAGGAAGAAGACAGTGAAGAGTCCCTCTTATGGAGGAGAAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273906 TGAAAAAGGAAGAAGACAGTGAAGAGTCCCTCTTATGGAGGAGAAGAGGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GAACAGAGCATTTCCTGGCTACGAGCACTGATTGAATACAGCTGTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273956 GAACAGAGCATTTCCTGGCTACGAGCACTGATTGAATACAGCTGTGAGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 GCAACACCAG         ATAATTTTTGAAGCCATTCGAGGAGTATCAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 274006 GCAACACCAGGTA...CAGATAATTTTTGAAGCCATTCGAGGAGTATCAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TAAGAAGTGATATTGCCATTGATGATGTTAAATTTCAGGCAGGACCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281200 TAAGAAGTGATATTGCCATTGATGATGTTAAATTTCAGGCAGGACCCTGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GGAG         AAATGGAAGATACAACTCAACAATCATCAGGATATTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281250 GGAGGTA...CAGAAATGGAAGATACAACTCAACAATCATCAGGATATTC

   2150     .    :    .    :    .
   2034 TGAGGACTTAAATGAAATTGAGTAT
        |||||||||||||||||||||||||
 281424 TGAGGACTTAAATGAAATTGAGTAT