seq1 = pF1KB8603.tfa, 1236 bp
seq2 = pF1KB8603/gi568815597r_44774644.tfa (gi568815597r:44774644_45081168), 306525 bp

>pF1KB8603 1236
>gi568815597r:44774644_45081168 (Chr1)

(complement)

1-148  (100001-100148)   100% ->
149-294  (102709-102854)   100% ->
295-454  (139504-139663)   100% ->
455-566  (154430-154541)   100% ->
567-656  (183725-183814)   100% ->
657-784  (199430-199557)   100% ->
785-975  (201161-201351)   100% ->
976-1053  (205474-205551)   100% ->
1054-1236  (206343-206525)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAATTTCAAGCAGTAGTGATGGCAGTAGGTGGAGGATCTCGGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAATTTCAAGCAGTAGTGATGGCAGTAGGTGGAGGATCTCGGATGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACCTAACTTCCAGCATTCCCAAACCTCTGCTTCCAGTTGGGAACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACCTAACTTCCAGCATTCCCAAACCTCTGCTTCCAGTTGGGAACAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTTAATTTGGTACCCATTGAACCTGCTTGAGCGTGTTGGATTTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100101 CTTTAATTTGGTACCCATTGAACCTGCTTGAGCGTGTTGGATTTGAAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149        AAGTCATTGTGGTTACAACCAGGGATGTTCAAAAGGCTCTATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 G...TAGAAGTCATTGTGGTTACAACCAGGGATGTTCAAAAGGCTCTATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCAGAATTCAAGATGAAAATGAAGCCAGATATTGTGTGTATTCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102752 TGCAGAATTCAAGATGAAAATGAAGCCAGATATTGTGTGTATTCCTGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGCTGACATGGGAACTGCAGATTCTTTGCGCTACATATATCCAAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102802 ACGCTGACATGGGAACTGCAGATTCTTTGCGCTACATATATCCAAAACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAG         ACAGATGTGCTGGTGCTGAGCTGTGATCTGATAACAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102852 AAGGTG...CAGACAGATGTGCTGGTGCTGAGCTGTGATCTGATAACAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGTTGCCTTACATGAGGTTGTGGACCTGTTTAGAGCTTATGATGCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139542 CGTTGCCTTACATGAGGTTGTGGACCTGTTTAGAGCTTATGATGCATCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGCTATGTTGATGAGAAAAGGCCAAGATAGCATAGAACCTGTTCCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139592 TTGCTATGTTGATGAGAAAAGGCCAAGATAGCATAGAACCTGTTCCCGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAAAAGGGGAAAAAAAAAGCAG         TGGAGCAGCGTGACTTCAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 139642 CAAAAGGGGAAAAAAAAAGCAGGTA...CAGTGGAGCAGCGTGACTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGAGTGGACAGCACAGGAAAGAGGCTGCTCTTCATGGCTAATGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154449 TGGAGTGGACAGCACAGGAAAGAGGCTGCTCTTCATGGCTAATGAAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTTGGATGAAGAGCTGGTCATTAAGGGATCCATCCTACAGAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 154499 ACTTGGATGAAGAGCTGGTCATTAAGGGATCCATCCTACAGAAGTA...C

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    567   GCATCCTAGAATACGTTTCCACACGGGTCTTGTGGATGCCCACCTCTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183723 AGGCATCCTAGAATACGTTTCCACACGGGTCTTGTGGATGCCCACCTCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTGTTTGAAAAAATACATCGTGGATTTCCTAATGGAAAATGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 183773 CTGTTTGAAAAAATACATCGTGGATTTCCTAATGGAAAATGGGTA...TA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    657  GTCAATAACTTCTATCCGGAGTGAACTGATTCCATATTTAGTGAGAAAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199429 GGTCAATAACTTCTATCCGGAGTGAACTGATTCCATATTTAGTGAGAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGTTTTCCTCAGCTTCCTCACAACAGGGACAAGAAGAAAAAGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199479 CAGTTTTCCTCAGCTTCCTCACAACAGGGACAAGAAGAAAAAGAGGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCTAAAGAAAAAGGAGCTGAAGTCCTTAG         ATATCTACAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 199529 TCTAAAGAAAAAGGAGCTGAAGTCCTTAGGTC...AAGATATCTACAGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTATAAAAGAAGCCAATACACTGAACCTGGCTCCCTATGATGCCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201173 TTATAAAAGAAGCCAATACACTGAACCTGGCTCCCTATGATGCCTGCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AATGCCTGTCGAGGAGACAGGTGGGAAGACTTGTCCAGATCACAGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201223 AATGCCTGTCGAGGAGACAGGTGGGAAGACTTGTCCAGATCACAGGTGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGCTATGTCCACATCATGAAAGAGGGGCTCTGCTCTCGAGTGAGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201273 CTGCTATGTCCACATCATGAAAGAGGGGCTCTGCTCTCGAGTGAGCACAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGGACTCTACATGGAAGCAAACAGACAG         GTGCCCAAATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 201323 TGGGACTCTACATGGAAGCAAACAGACAGGTG...AAGGTGCCCAAATTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGTCTGCTCTCTGTCCAGAAGAACCACCAGTCCATTCGTCAGCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205486 CTGTCTGCTCTCTGTCCAGAAGAACCACCAGTCCATTCGTCAGCCCAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGTCAGCAAACACCTG         GTTGGAGTTGACAGCCTCATTGGGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 205536 TGTCAGCAAACACCTGGTA...CAGGTTGGAGTTGACAGCCTCATTGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAGAGACACAGATTGGAGAGAAGTCATCCATTAAGCGCTCAGTCATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206368 CAGAGACACAGATTGGAGAGAAGTCATCCATTAAGCGCTCAGTCATTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCATCCTGTCTCATAAAAGATAGAGTGACTATTACCAATTGCCTTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206418 TCATCCTGTCTCATAAAAGATAGAGTGACTATTACCAATTGCCTTCTCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GAACTCAGTCACTGTGGAGGAAGGGTATGTTTCCCCCTGTACCCACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206468 GAACTCAGTCACTGTGGAGGAAGGGTATGTTTCCCCCTGTACCCACTTGA

   1300     .
   1229 GGCAAAGA
        ||||||||
 206518 GGCAAAGA