seq1 = pF1KB8601.tfa, 504 bp
seq2 = pF1KB8601/gi568815595r_87955472.tfa (gi568815595r:87955472_88155976), 200505 bp

>pF1KB8601 504
>gi568815595r:87955472_88155976 (Chr3)

(complement)

1-504  (100001-100505)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGATTTGTAGTAACAGCACCACCTGCTCGAAACCGTTCTAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCGATTTGTAGTAACAGCACCACCTGCTCGAAACCGTTCTAAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCTTGTATGTGACTCCCCTGGATCGAGTCACTGAGTTTGGAGGTGAGC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCTTTGTATGTGACTCCCCTGGATCGAGTCACTGAGTTTGGAGGTGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCATGAAGATGGAGGAAAACTCTTCTGCACTTCTTGCAATGTGGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCATGAAGATGGAGGAAAACTCTTCTGCACTTCTTGCAATGTGGTTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATCATGTTCGCAAGTCTGCCATTAGTGACCACCTCAAGTCAAAGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATCATGTTCGCAAGTCTGCCATTAGTGACCACCTCAAGTCAAAGACTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TACCAAGAGGAAGGCAGAATTTGAAGAGCAGAATGTGAGAAAGAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TACCAAGAGGAAGGCAGAATTTGAAGAGCAGAATGTGAGAAAGAAGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCCCCTAACTGCATCTCTTCAGTGCAACAGTACTGCGCAAACAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCCCCTAACTGCATCTCTTCAGTGCAACAGTACTGCGCAAACAGAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCAGTGTTATCCAGGACTTTGTGAAAATGTGCCTGGAAGCCAACATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTCAGTGTTATCCAGGACTTTGTGAAAATGTGCCTGGAAGCCAACATCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACTTGAGAAGGCTGATCACCCAGCAGTCCGTGCTTTCCTATCTCGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACTTGAGAAGGCTGATCACCCAGCAGTCCGTGCTTTCCTATCTCGCCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGAAGAATGGAGGCTCCATACCTAAGTCAGACCAGCTACGGAGG CATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||
 100401 TGAAGAATGGAGGCTCCATACCTAAGTCAGACCAGCTACGGAGGGCATAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 CTTCCTGATGGATATGAGAATGAGAATCAACTCCTCAACTCACGAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100451 CTTCCTGATGGATATGAGAATGAGAATCAACTCCTCAACTCACAAGATTG

    500     .
    500 TTGAC
        |||||
 100501 TTGAC