seq1 = pF1KB8599.tfa, 732 bp
seq2 = pF1KB8599/gi568815581f_27194396.tfa (gi568815581f:27194396_27406884), 212489 bp

>pF1KB8599 732
>gi568815581f:27194396_27406884 (Chr17)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-209  (107393-107561)   100% ->
210-478  (108972-109240)   99% ->
479-610  (110385-110516)   98% ->
611-711  (112387-112487)   100% ->
712-732  (113349-113369)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGCTTTCCCCCGAGGGTCAACGAGAAAGAGATCG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGCCAGCTTTCCCCCGAGGGTCAACGAGAAAGAGATCGGTG...TAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAGATTACGTACTATAGGTGAACTTTTAGCTCCTGCAGCTCCTTTTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107394 GAGATTACGTACTATAGGTGAACTTTTAGCTCCTGCAGCTCCTTTTGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAATGTGGTCGTGAAAATTGGACTGTTGCTTTTGCTCCAGATGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107444 AGAAATGTGGTCGTGAAAATTGGACTGTTGCTTTTGCTCCAGATGGTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACTTTGCTTGGTCACAAGGACATCGCACAGTAAAGCTTGTTCCGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107494 TACTTTGCTTGGTCACAAGGACATCGCACAGTAAAGCTTGTTCCGTGGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCAGTGCCTTCAGAACTT         TCTCTTGCATGGCACCAAGAATG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107544 CCAGTGCCTTCAGAACTTGTA...CAGTCTCTTGCATGGCACCAAGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTACCAATTCAAGCAGTTTAAGATTGCCAAGACAAAATAGTGATGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108995 TTACCAATTCAAGCAGTTTAAGATTGCCAAGACAAAATAGTGATGGTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGAAAAATAAGCCTCGTGAACATATTATAGACTGTGGAGATATAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109045 CAGAAAAATAAGCCTCGTGAACATATTATAGACTGTGGAGATATAGTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGTCTTGCTTTTGGGTCATCAGTTCCAGAAAAACAGAGTCGCTGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109095 GAGTCTTGCTTTTGGGTCATCAGTTCCAGAAAAACAGAGTCGCTGTGTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATATAGAATGGCATCGCTTCAGATTTGGACAAGATCAGCTACTTCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109145 ATATAGAATGGCATCGCTTCAGATTTGGACAAGATCAGCTACTTCTTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAGGGTTGAACAGTGGGCGTATCAAAATATGGGATGTATATACAG    
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109195 ACAGGGTTGAACAATGGGCGTATCAAAATATGGGATGTATATACAGGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479      GAAAACTCCTCCTTAACTTGGTAGATCATACTGGAGTGGTCAGAG
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 109245 ..TAGGAAAACTCCTCCTTAACTTGGTAGATCATACTGAAGTGGTCAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATTTAACTTTTGCTCCAGATGGAAGCTTGATCCTGGTGTCAGCTTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110430 ATTTAACTTTTGCTCCAGATGGAAGCTTGATCCTGGTGTCAGCTTCAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACAAAACTCTCAGAGTATGGGACCTGAGAGATGATG         GAAA
        |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||>>>...>>>||||
 110480 GACAAAACTCTCAGAGTATGGGACCTGAAAGATGATGGTA...CAGGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATGATGAAAGTATTGAGGGGGCATCAGAATTGGGTGTACAGCTGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112391 CATGATGAAAGTATTGAGGGGGCATCAGAATTGGGTGTACAGCTGTGCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCTCTCCTGACTCTTCTATGCTGTGTTCAGTCGGAGCCAGTAAAGCA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 112441 TCTCTCCTGACTCTTCTATGCTGTGTTCAGTCGGAGCCAGTAAAGCAGTA

    750     .    :    .    :    .
    712       GTGGTGGCAGCAATATTGGTG
        ...>>>|||||||||||||||||||||
 112491 ...CAGGTGGTGGCAGCAATATTGGTG