seq1 = pF1KB8592.tfa, 2367 bp
seq2 = pF1KB8592/gi568815591f_27648525.tfa (gi568815591f:27648525_27928826), 280302 bp

>pF1KB8592 2367
>gi568815591f:27648525_27928826 (Chr7)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-265  (109507-109609)   100% ->
266-453  (117310-117497)   100% ->
454-612  (121152-121310)   100% ->
613-761  (136639-136787)   100% ->
762-852  (136875-136965)   100% ->
853-1038  (138894-139079)   100% ->
1039-1263  (143482-143706)   100% ->
1264-1410  (144542-144688)   100% ->
1411-1534  (145799-145922)   100% ->
1535-1638  (147592-147695)   100% ->
1639-1764  (151441-151566)   100% ->
1765-1936  (167825-167996)   100% ->
1937-2085  (168366-168514)   100% ->
2086-2168  (179214-179296)   100% ->
2169-2367  (180104-180302)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACATCCTTTCAAGAAGTCCCATTGCAGACTTCCAACTTTGCCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACATCCTTTCAAGAAGTCCCATTGCAGACTTCCAACTTTGCCCATGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCTTTCAAAATGTGGCCAAGAGTTACCTTCCTAATGCACACCTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCTTTCAAAATGTGGCCAAGAGTTACCTTCCTAATGCACACCTGGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCATTACACCTTAACTCCATATATTCATCCACATCCAAAAGATTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCATTACACCTTAACTCCATATATTCATCCACATCCAAAAGATTGGGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGTATATTCAAG         GTTGGATGGAGTACTGCTCGTGATTATTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTATATTCAAGGTA...TAGGTTGGATGGAGTACTGCTCGTGATTATTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACGTTTTTATGGTCCCCTATGCCTGAACATTATGTGGAAGGATCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109536 CACGTTTTTATGGTCCCCTATGCCTGAACATTATGTGGAAGGATCAACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAATTGTGTACTAGCATTCCAAG         GATATTACCTTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109586 TCAATTGTGTACTAGCATTCCAAGGTA...TAGGATATTACCTTCCAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGATGGAGAATTTTATCAGTTCTGTTACGTTACCCATAAGGGTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117327 GATGATGGAGAATTTTATCAGTTCTGTTACGTTACCCATAAGGGTGAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCGTGGAGCAAGTACACCTTTCCAGTTTCGAGCTTCTTCTCCAGTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117377 TCGTGGAGCAAGTACACCTTTCCAGTTTCGAGCTTCTTCTCCAGTTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCTGCTTACTATGGAAGATGAAGGAAATTCTGACATGTTAGTGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117427 AGCTGCTTACTATGGAAGATGAAGGAAATTCTGACATGTTAGTGGTGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACAAAAGCAGGCCTTCTTGAG         TTGAAAATTGAGAAAACCAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 117477 ACAAAAGCAGGCCTTCTTGAGGTT...TAGTTGAAAATTGAGAAAACCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAAGAAAAAGAAGAACTGTTAAAGTTAATTGCCGTTCTGGAAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121172 GAAAGAAAAAGAAGAACTGTTAAAGTTAATTGCCGTTCTGGAAAAAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGCACAACTTCGAGAACAAGTTGGGAGAATGGAAAGAGAACTTAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121222 CAGCACAACTTCGAGAACAAGTTGGGAGAATGGAAAGAGAACTTAACCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGAAAGAAAGATGTGACCAACTGCAAGCAGAACAAAAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 121272 GAGAAAGAAAGATGTGACCAACTGCAAGCAGAACAAAAGGTT...CAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCTTACTGAAGTAACACAAAGCTTAAAAATGGAAAATGAAGAGTTTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136641 TCTTACTGAAGTAACACAAAGCTTAAAAATGGAAAATGAAGAGTTTAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGAGGTTCAGTGATGCTACATCCAAAGCCCATCAGCTTGAGGAAGATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136691 AGAGGTTCAGTGATGCTACATCCAAAGCCCATCAGCTTGAGGAAGATATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGTCAGTAACACATAAAGCAATTGAAAAAGAAACCGAATTAGACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 136741 GTGTCAGTAACACATAAAGCAATTGAAAAAGAAACCGAATTAGACAGGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    762       TTTAAAGGACAAACTCAAGAAGGCACAACATGAAAGAGAACAAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136791 ...TAGTTTAAAGGACAAACTCAAGAAGGCACAACATGAAAGAGAACAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTGAATGTCAGTTGAAGACAGAGAAGGATGAAAAGGAACTTTATAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 136919 TTGAATGTCAGTTGAAGACAGAGAAGGATGAAAAGGAACTTTATAAGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    853       GTACATTTGAAGAATACAGAAATAGAAAATACCAAGCTTATGTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136969 ...CAGGTACATTTGAAGAATACAGAAATAGAAAATACCAAGCTTATGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAGGTCCAGACTTTAAAAAATTTAGATGGGAACAAAGAAAGCGTGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138938 AGAGGTCCAGACTTTAAAAAATTTAGATGGGAACAAAGAAAGCGTGATTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTCATTTCAAAGAAGAGATTGGCAGGCTGCAGTTATGTTTGGCTGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138988 CTCATTTCAAAGAAGAGATTGGCAGGCTGCAGTTATGTTTGGCTGAAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAAAATCTGCAAAGAACTTTCCTGCTTACAACCTCAAGTAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 139038 GAAAATCTGCAAAGAACTTTCCTGCTTACAACCTCAAGTAAAGTA...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1039  GAAGATACTTGTTTTTTAAAGGAGCAACTTCGTAAAGCAGAGGAACAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143481 GGAAGATACTTGTTTTTTAAAGGAGCAACTTCGTAAAGCAGAGGAACAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTCAGGCAACTCGGCAAGAAGTTGTCTTTCTGGCTAAAGAACTCAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143531 TTCAGGCAACTCGGCAAGAAGTTGTCTTTCTGGCTAAAGAACTCAGTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCTGTCAACGTACGAGACAGAACGATGGCAGACCTGCATACTGCACGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143581 GCTGTCAACGTACGAGACAGAACGATGGCAGACCTGCATACTGCACGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGAAAACGAGAAAGTGAAAAAGCAGTTAGCTGATGCAGTGGCAGAACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143631 GGAAAACGAGAAAGTGAAAAAGCAGTTAGCTGATGCAGTGGCAGAACTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AACTAAATGCTATGAAAAAAGATCAG         GACAAGACTGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 143681 AACTAAATGCTATGAAAAAAGATCAGGTA...TAGGACAAGACTGATACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTGGAACACGAACTAAGAAGAGAAGTTGAAGATCTGAAACTCCGTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144557 CTGGAACACGAACTAAGAAGAGAAGTTGAAGATCTGAAACTCCGTCTTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GATGGCTGCAGACCATTATAAAGAAAAATTTAAGGAATGCCAAAGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144607 GATGGCTGCAGACCATTATAAAGAAAAATTTAAGGAATGCCAAAGGCTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AAAAACAAATAAACAAACTTTCAGATCAATCA         GCTAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 144657 AAAAACAAATAAACAAACTTTCAGATCAATCAGTA...TAGGCTAATAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AATAATGTCTTCACAAAGAAAACGGGGAATCAGCAGAAAGTGAATGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145808 AATAATGTCTTCACAAAGAAAACGGGGAATCAGCAGAAAGTGAATGATGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TTCAGTAAACACAGACCCAGCCACTTCTGCCTCTACTGTAGATGTAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145858 TTCAGTAAACACAGACCCAGCCACTTCTGCCTCTACTGTAGATGTAAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CATCACCTTCTGCAG         CAGAGGCAGATTTTGACATAGTAACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 145908 CATCACCTTCTGCAGGTA...CAGCAGAGGCAGATTTTGACATAGTAACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AAGGGGCAAGTCTGTGAAATGACCAAAGAAATTGCTGACAAAACAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147618 AAGGGGCAAGTCTGTGAAATGACCAAAGAAATTGCTGACAAAACAGAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GTATAATAAATGTAAACAACTCTTGCAG         GATGAGAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 147668 GTATAATAAATGTAAACAACTCTTGCAGGTA...TAGGATGAGAAAGCAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AATGCAATAAATATGCTGATGAACTTGCAAAAATGGAGCTGAAATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151454 AATGCAATAAATATGCTGATGAACTTGCAAAAATGGAGCTGAAATGGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GAACAAGTGAAAATTGCTGAAAATGTAAAACTTGAACTAGCTGAAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151504 GAACAAGTGAAAATTGCTGAAAATGTAAAACTTGAACTAGCTGAAGTACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GGACAATTATAAA         GAACTTAAAAGGAGTCTAGAAAATCCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 151554 GGACAATTATAAAGTA...TAGGAACTTAAAAGGAGTCTAGAAAATCCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CAGAAAGGAAAATGGAAGGTCAGAATTCCCAGAGTCCTCAATGTTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167853 CAGAAAGGAAAATGGAAGGTCAGAATTCCCAGAGTCCTCAATGTTTCAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 ACATGCTCAGAGCAAAATGGTTATGTTCTCACATTGTCAAATGCACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167903 ACATGCTCAGAGCAAAATGGTTATGTTCTCACATTGTCAAATGCACAACC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 AGTTCTGCAATATGGTAATCCTTATGCATCTCAGGAAACAAGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 167953 AGTTCTGCAATATGGTAATCCTTATGCATCTCAGGAAACAAGAGGTT...

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1937    ATGGAGCAGATGGTGCTTTTTACCCAGATGAAATACAAAGGCCACCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168363 CAGATGGAGCAGATGGTGCTTTTTACCCAGATGAAATACAAAGGCCACCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GTCAGAGTCCCCTCTTGGGGACTGGAAGACAATGTTGTCTGCAGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168413 GTCAGAGTCCCCTCTTGGGGACTGGAAGACAATGTTGTCTGCAGCCAGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TGCTCGAAACTTTAGTCGGCCTGATGGCTTAGAGGACTCTGAGGATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168463 TGCTCGAAACTTTAGTCGGCCTGATGGCTTAGAGGACTCTGAGGATAGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 AA         GAAGATGAGAATGTGCCTACTGCTCCTGATCCTCCAAGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168513 AAGTA...TAGGAAGATGAGAATGTGCCTACTGCTCCTGATCCTCCAAGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CAACATTTACGTGGGCATGGGACAGGCTTTTGCTTTGATTCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 179253 CAACATTTACGTGGGCATGGGACAGGCTTTTGCTTTGATTCCAGGTA...

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2169    CTTTGATGTTCACAAGAAGTGTCCCCTCTGTGAGTTAATGTTTCCTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180101 AAGCTTTGATGTTCACAAGAAGTGTCCCCTCTGTGAGTTAATGTTTCCTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CTAACTATGATCAGAGCAAATTTGAAGAACATGTTGAAAGTCACTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180151 CTAACTATGATCAGAGCAAATTTGAAGAACATGTTGAAAGTCACTGGAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 GTGTGCCCGATGTGCAGCGAGCAGTTCCCTCCTGACTATGACCAGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180201 GTGTGCCCGATGTGCAGCGAGCAGTTCCCTCCTGACTATGACCAGCAGGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 GTTTGAAAGGCATGTGCAGACCCATTTTGATCAGAATGTTCTAAATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180251 GTTTGAAAGGCATGTGCAGACCCATTTTGATCAGAATGTTCTAAATTTTG

   2500 
   2366 AC
        ||
 180301 AC