seq1 = pF1KB8587.tfa, 711 bp
seq2 = pF1KB8587/gi568815587f_114339529.tfa (gi568815587f:114339529_114549906), 210378 bp

>pF1KB8587 711
>gi568815587f:114339529_114549906 (Chr11)

1-147  (100001-100147)   100% ->
148-231  (101128-101211)   100% ->
232-309  (104328-104405)   98% ->
310-421  (105013-105124)   100% ->
422-530  (106451-106559)   100% ->
531-584  (108298-108351)   100% ->
585-711  (110318-110444)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTAGGCGGCTCCCTGGGCTCCAGGCTGTTGCGGGGTGTAGGTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTAGGCGGCTCCCTGGGCTCCAGGCTGTTGCGGGGTGTAGGTGGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCACGGACGGTTCGGGGCCCGAGGTGTCCGCGAAGGTGGCGCAGCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCACGGACGGTTCGGGGCCCGAGGTGTCCGCGAAGGTGGCGCAGCCATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCAGGGGAGAGCATGGCTCAGCGGATGGTCTGGGTGGACCTGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100101 CGGCAGGGGAGAGCATGGCTCAGCGGATGGTCTGGGTGGACCTGGAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148       ATGACAGGATTGGACATTGAGAAGGACCAGATTATTGAGATGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ...CAGATGACAGGATTGGACATTGAGAAGGACCAGATTATTGAGATGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGTCTGATAACTGACTCTGATCTCAACATTTTGGCTGAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101172 CTGTCTGATAACTGACTCTGATCTCAACATTTTGGCTGAAGTA...CAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCCTAACCTGATTATAAAACAACCAGATGAGTTGCTGGACAGCATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104329 GTCCTAACCTGATTATAAAACAACCAGATGAGTTGCTGGACAGCATGTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATTGGTGTAAGGAGCATCACGGGAGG         TCTGGCCTTACCAA
        ||||||||||||||||||||||||| |>>>...>>>||||||||||||||
 104379 GATTGGTGTAAGGAGCATCACGGGAAGGTA...CAGTCTGGCCTTACCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCAGTGAAGGAGAGTACAATTACATTGCAGCAGGCAGAGTATGAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105027 GGCAGTGAAGGAGAGTACAATTACATTGCAGCAGGCAGAGTATGAATTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTCCTTTGTACGACAGCAGACTCCTCCAGGGCTCTGTCCACTTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105077 TGTCCTTTGTACGACAGCAGACTCCTCCAGGGCTCTGTCCACTTGCAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422        GAAATTCAGTTCATGAAGATAAGAAGTTTCTTGACAAATACAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105127 A...TAGGAAATTCAGTTCATGAAGATAAGAAGTTTCTTGACAAATACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCCCCAGTTCATGAAACATCTTCATTATAGAATAATTGATGTGAGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106494 GCCCCAGTTCATGAAACATCTTCATTATAGAATAATTGATGTGAGCACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTAAAGAACTGTGCAG         ACGCTGGTATCCAGAAGAATATGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106544 TTAAAGAACTGTGCAGGTA...TAGACGCTGGTATCCAGAAGAATATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTTGCACCAAAGAAGGCTGCTTCTCATAG         GGCACTTGATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108323 TTTGCACCAAAGAAGGCTGCTTCTCATAGGTA...TAGGGCACTTGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CATTAGTGAAAGCATCAAAGAGCTTCAGTTTTACCGAAATAACATCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110330 CATTAGTGAAAGCATCAAAGAGCTTCAGTTTTACCGAAATAACATCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGAAAAAAATAGATGAAAAGAAGAGGAAAATTATAGAAAATGGGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110380 AGAAAAAAATAGATGAAAAGAAGAGGAAAATTATAGAAAATGGGGAAAAT

    750     .    :    .
    697 GAGAAGACCGTGAGT
        |||||||||||||||
 110430 GAGAAGACCGTGAGT