seq1 = pF1KB8586.tfa, 918 bp
seq2 = pF1KB8586/gi568815597r_53760067.tfa (gi568815597r:53760067_53983278), 223212 bp

>pF1KB8586 918
>gi568815597r:53760067_53983278 (Chr1)

(complement)

1-31  (94342-94372)   100% ->
32-195  (100003-100166)   100% ->
196-276  (104557-104637)   100% ->
277-364  (104877-104964)   100% ->
365-481  (111791-111907)   100% ->
482-648  (116355-116521)   100% ->
649-831  (116897-117079)   100% ->
832-918  (123126-123212)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCAGTAGATGACTTGCAATTTGAAG         AATTTGGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  94342 ATGGCAGCAGTAGATGACTTGCAATTTGAAGGTA...CAGAATTTGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGCAGCCACTTCTCTGACAGCAAACCCAGATGCCACCACAGTAAACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 TGCAGCCACTTCTCTGACAGCAAACCCAGATGCCACCACAGTAAACATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGATCCTGGTGAAACCCCAAAACATCAGCCAGGATCCCCAAGAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 AGGATCCTGGTGAAACCCCAAAACATCAGCCAGGATCCCCAAGAGGCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAAGAGAAGAAGATGATGAGTTACTGGGAAATGATGACTCTGACAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100113 GGAAGAGAAGAAGATGATGAGTTACTGGGAAATGATGACTCTGACAAAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAG         TTACTTGCTGGACAGAAGAAAAGCTCCCCCTTCTGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100163 TGAGGTT...CAGTTACTTGCTGGACAGAAGAAAAGCTCCCCCTTCTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CATTTGAATACTACCAAACATTCTTTGATGTGGACACCTACCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104594 CATTTGAATACTACCAAACATTCTTTGATGTGGACACCTACCAGGTT...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    277    GTCTTTGACAGAATTAAAGGATCTCTTTTGCCAATACCCGGGAAAAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104874 CAGGTCTTTGACAGAATTAAAGGATCTCTTTTGCCAATACCCGGGAAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTTGTGAGGTTATATATCCGCAGCAATCCAGATCTCTATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104924 CTTTGTGAGGTTATATATCCGCAGCAATCCAGATCTCTATGGTA...CAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCCCCTTTTGGATATGTGCCACGTTGGTCTTTGCCATAGCAATTAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111791 GCCCCTTTTGGATATGTGCCACGTTGGTCTTTGCCATAGCAATTAGTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATCTTTCCAACTTCTTGATCCATCTGGGAGAGAAGACGTACCATTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111841 AATCTTTCCAACTTCTTGATCCATCTGGGAGAGAAGACGTACCATTATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCCCGAATTCCGAAAAG         TGTCCATAGCAGCTACCATCATCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 111891 GCCCGAATTCCGAAAAGGTT...CAGTGTCCATAGCAGCTACCATCATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGCCTATGCCTGGCTGGTTCCTCTTGCACTCTGGGGTTTCCTCATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116379 ATGCCTATGCCTGGCTGGTTCCTCTTGCACTCTGGGGTTTCCTCATGTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGAAACAGCAAAGTTATGAACATCGTCTCCTATTCATTTCTGGAGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116429 AGAAACAGCAAAGTTATGAACATCGTCTCCTATTCATTTCTGGAGATTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTGTGTCTATGGATATTCCCTCTTCATTTATATCCCCACCGCA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 116479 GTGTGTCTATGGATATTCCCTCTTCATTTATATCCCCACCGCAGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649   ATACTGTGGATTATCCCCCAGAAAGCTGTTCGTTGGATTCTAGTCATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116895 AGATACTGTGGATTATCCCCCAGAAAGCTGTTCGTTGGATTCTAGTCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATTGCCCTGGGCATCTCAGGATCTCTCTTGGCAATGACATTTTGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116945 ATTGCCCTGGGCATCTCAGGATCTCTCTTGGCAATGACATTTTGGCCAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGTTCGTGAGGATAACCGACGCGTTGCATTGGCCACAATTGTGACAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116995 TGTTCGTGAGGATAACCGACGCGTTGCATTGGCCACAATTGTGACAATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGTTGCTCCATATGCTGCTTTCTGTGGGCTGCTTG         GCATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 117045 TGTTGCTCCATATGCTGCTTTCTGTGGGCTGCTTGGTA...CAGGCATAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTTTTTGATGCACCAGAGATGGACCATCTCCCAACAACTACGGCTACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 123132 TTTTTTGATGCACCAGAGATGGACCATCTCCCAACAACTACAGCTACTCC

    950     .    :    .    :    .    :
    888 AAACCAAACAGTTGCTGCAGCCAAGTCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 123182 AAACCAAACAGTTGCTGCAGCCAAGTCCAGC