seq1 = pF1KB8585.tfa, 2388 bp
seq2 = pF1KB8585/gi568815582r_46560475.tfa (gi568815582r:46560475_46783607), 223133 bp

>pF1KB8585 2388
>gi568815582r:46560475_46783607 (Chr16)

(complement)

1-102  (100000-100100)   99% ->
103-199  (101433-101529)   98% ->
200-323  (102108-102231)   100% ->
324-506  (102755-102937)   100% ->
507-720  (104452-104665)   100% ->
721-804  (106210-106293)   100% ->
805-914  (106916-107025)   100% ->
915-1011  (108948-109044)   100% ->
1012-1160  (109146-109294)   100% ->
1161-1368  (111136-111343)   100% ->
1369-1524  (111748-111903)   100% ->
1525-1647  (114556-114678)   100% ->
1648-1827  (120446-120625)   100% ->
1828-2067  (121126-121365)   99% ->
2068-2211  (121747-121890)   100% ->
2212-2388  (122957-123133)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTACAACACAGCAGTCCCCTCAGGATGAGCAGGAAAAGCTCTTGGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GCCTACAACACAGCAGTCCCCTCAGGATGAGCAGGAAAAGCTCTTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGCCATACAGGCTGTGAAGGTCCAGTCATTCCAAATGAAGAGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 TGAAGCCATACAGGCTGTGAAGGTCCAGTCATTCCAAATGAAGAGATGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TG         GACAAAAACAAGCTTATGGATTCTCTAAAACATGCTTCT
        ||>>>...>>>||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100099 TGGTA...TAGGACAAAAACAAGCTTATGGATGCTCTAAAACATGCTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATATGCTTGGTGAACTCCGGACTTCTATGTTATCACCAAAGAGTTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101472 AATATGCTTGGTGAACTCCGGACTTCTATGTTATCACCAAAGAGTTACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAACTTT         ATATGGCCATTTCTGATGAACTGCACTACTTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101522 TGAACTTTGTA...AAGATATGGCCATTTCTGATGAACTGCACTACTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGTCTACCTGACAGATGAGTTTGCTAAAGGAAGGAAAGTGGCAGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102141 AGGTCTACCTGACAGATGAGTTTGCTAAAGGAAGGAAAGTGGCAGATCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACGAACTTGTACAGTATGCTGGAAACATTATCCCAAGGCT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 102191 TACGAACTTGTACAGTATGCTGGAAACATTATCCCAAGGCTGTA...TAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTACCTTTTGATCACAGTTGGAGTTGTATATGTCAAGTCATTTCCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102755 TTACCTTTTGATCACAGTTGGAGTTGTATATGTCAAGTCATTTCCTCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAGGAAGGATATTTTGAAAGATTTGGTAGAAATGTGCCGTGGTGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102805 CCAGGAAGGATATTTTGAAAGATTTGGTAGAAATGTGCCGTGGTGTGCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATCCCTTGAGGGGTCTGTTTCTTCGAAATTACCTTCTTCAGTGTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102855 CATCCCTTGAGGGGTCTGTTTCTTCGAAATTACCTTCTTCAGTGTACCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAATATCTTACCTGATGAAGGAGAGCCAACAGA         TGAAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102905 AAATATCTTACCTGATGAAGGAGAGCCAACAGAGTA...CAGTGAAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAACTGGTGACATCAGTGATTCCATGGATTTTGTACTGCTCAACTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104460 CAACTGGTGACATCAGTGATTCCATGGATTTTGTACTGCTCAACTTTGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAATGAACAAGCTCTGGGTGCGAATGCAGCATCAGGGACATAGCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104510 GAAATGAACAAGCTCTGGGTGCGAATGCAGCATCAGGGACATAGCCGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAGAGAAAAAAGAGAACGAGAAAGACAAGAACTGAGAATTTTAGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104560 TAGAGAAAAAAGAGAACGAGAAAGACAAGAACTGAGAATTTTAGTGGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAAATTTGGTGCGCCTCAGTCAGTTGGAAGGTGTAAATGTGGAACGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104610 CAAATTTGGTGCGCCTCAGTCAGTTGGAAGGTGTAAATGTGGAACGTTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAACAG         ATTGTTTTGACTGGCATATTGGAGCAAGTTGTAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104660 AAACAGGTT...TAGATTGTTTTGACTGGCATATTGGAGCAAGTTGTAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTGTAGGGATGCTTTGGCTCAAGAATATCTCATGGAGTGTATTATTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106245 CTGTAGGGATGCTTTGGCTCAAGAATATCTCATGGAGTGTATTATTCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805         GTTTTCCCTGATGAATTTCACCTCCAGACTTTGAATCCTTTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106295 TA...CAGGTTTTCCCTGATGAATTTCACCTCCAGACTTTGAATCCTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTTCGGGCCTGTGCTGAGTTACACCAGAATGTAAATGTGAAGAACATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106958 CTTCGGGCCTGTGCTGAGTTACACCAGAATGTAAATGTGAAGAACATAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATTGCTTTAATTGATAG         ATTAGCTTTATTTGCTCACCGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107008 CATTGCTTTAATTGATAGGTA...TAGATTAGCTTTATTTGCTCACCGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGATGGACCTGGAATCCCAGCGGATATTAAACTTTTTGATATATTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108971 AAGATGGACCTGGAATCCCAGCGGATATTAAACTTTTTGATATATTTTCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAGCAGGTGGCTACAGTGATACAG         TCTAGACAAGACATGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109021 CAGCAGGTGGCTACAGTGATACAGGTT...CAGTCTAGACAAGACATGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTCAGAGGATGTTGTATCTTTACAAGTCTCTCTGATTAATCTTGCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109163 TTCAGAGGATGTTGTATCTTTACAAGTCTCTCTGATTAATCTTGCCATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AATGTTACCCTGATCGTGTGGACTATGTTGATAAAGTTCTAGAAACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109213 AATGTTACCCTGATCGTGTGGACTATGTTGATAAAGTTCTAGAAACAACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTGGAGATATTCAATAAGCTCAACCTTGAACA         TATTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109263 GTGGAGATATTCAATAAGCTCAACCTTGAACAGTA...TAGTATTGCTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CAGTAGTGCAGTTTCAAAGGAACTCACCAGACTTTTGAAAATACCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111145 CAGTAGTGCAGTTTCAAAGGAACTCACCAGACTTTTGAAAATACCAGTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACACTTACAACAATATTTTAACAGTCTTGAAATTAAAACATTTTCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111195 ACACTTACAACAATATTTTAACAGTCTTGAAATTAAAACATTTTCACCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTCTTTGAGTACTTTGACTACGAGTCCAGAAAGAGCATGAGTTGTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111245 CTCTTTGAGTACTTTGACTACGAGTCCAGAAAGAGCATGAGTTGTTATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCTTAGTAATGTTCTGGATTATAACACAGAAATTGTCTCTCAAGACCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111295 GCTTAGTAATGTTCTGGATTATAACACAGAAATTGTCTCTCAAGACCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1369         GTGGATTCCATAATGAATTTGGTATCCACGTTGATTCAAGAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111345 TA...CAGGTGGATTCCATAATGAATTTGGTATCCACGTTGATTCAAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAGCCAGATCAACCTGTAGAAGACCCTGATCCAGAAGATTTTGCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111790 CAGCCAGATCAACCTGTAGAAGACCCTGATCCAGAAGATTTTGCTGATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GCAGAGCCTTGTGGGCCGCTTCATTCATCTGCTGCGCTCTGAGGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111840 GCAGAGCCTTGTGGGCCGCTTCATTCATCTGCTGCGCTCTGAGGACCCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACCAGCAGTACTTG         ATTTTGAACACAGCACGAAAACATTTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111890 ACCAGCAGTACTTGGTA...CAGATTTTGAACACAGCACGAAAACATTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GGAGCTGGTGGAAATCAGCGGATTCGCTTCACACTGCCACCTTTGGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114583 GGAGCTGGTGGAAATCAGCGGATTCGCTTCACACTGCCACCTTTGGTATT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TGCAGCTTACCAGCTGGCTTTTCGATATAAAGAGAATTCTAAAGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 114633 TGCAGCTTACCAGCTGGCTTTTCGATATAAAGAGAATTCTAAAGTGGTG.

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648      GATGACAAATGGGAAAAGAAATGCCAGAAGATTTTTTCATTTGCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114683 ..TAGGATGACAAATGGGAAAAGAAATGCCAGAAGATTTTTTCATTTGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CACCAGACTATCAGTGCTTTGATCAAAGCAGAGCTGGCAGAATTGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120491 CACCAGACTATCAGTGCTTTGATCAAAGCAGAGCTGGCAGAATTGCCCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AAGACTTTTTCTTCAAGGAGCACTAGCTGCTGGGGAAATTGGTTTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120541 AAGACTTTTTCTTCAAGGAGCACTAGCTGCTGGGGAAATTGGTTTTGAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 ATCATGAGACAGTCGCATATGAATTCATGTCCCAG         GCATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 120591 ATCATGAGACAGTCGCATATGAATTCATGTCCCAGGTG...TAGGCATTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TCTCTGTATGAAGATGAAATCAGCGATTCCAAAGCACAGCTAGCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121132 TCTCTGTATGAAGATGAAATCAGCGATTCCAAAGCACAGCTAGCTGCCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CACCTTGATCATTGGCACTTTTGAAAGGATGAAGTGCTTCAGTGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121182 CACCTTGATCATTGGCACTTTTGAAAGGATGAAGTGCTTCAGTGAAGAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 ATCATGAACCTCTGAGGACTCAGTGTGCCCTTGCTGCATCCAAACTTCTA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121232 ATCACGAACCTCTGAGGACTCAGTGTGCCCTTGCTGCATCCAAACTTCTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 AAGAAACCTGATCAGGGCCGAGCTGTGAGCACCTGTGCACATCTCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121282 AAGAAACCTGATCAGGGCCGAGCTGTGAGCACCTGTGCACATCTCTTCTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GTCTGGCAGAAACACGGACAAAAATGGGGAGGAG         CTTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121332 GTCTGGCAGAAACACGGACAAAAATGGGGAGGAGGTA...TAGCTTCACG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 GAGGCAAGAGGGTAATGGAGTGCCTAAAAAAAGCTCTAAAAATAGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121754 GAGGCAAGAGGGTAATGGAGTGCCTAAAAAAAGCTCTAAAAATAGCAAAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CAGTGCATGGACCCCTCTCTACAAGTGCAGCTTTTTATAGAAATTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121804 CAGTGCATGGACCCCTCTCTACAAGTGCAGCTTTTTATAGAAATTCTGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 CAGATATATCTATTTTTATGAAAAGGAAAATGATGCG         GTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 121854 CAGATATATCTATTTTTATGAAAAGGAAAATGATGCGGTA...TAGGTAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CAATTCAGGTTTTAAACCAGCTTATCCAAAAGATTCGAGAAGACCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122961 CAATTCAGGTTTTAAACCAGCTTATCCAAAAGATTCGAGAAGACCTCCCG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 AATCTTGAATCCAGTGAAGAAACAGAGCAGATTAACAAACATTTTCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123011 AATCTTGAATCCAGTGAAGAAACAGAGCAGATTAACAAACATTTTCATAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CACACTGGAGCATTTGCGCTTGCGGCGGGAATCACCAGAATCCGAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123061 CACACTGGAGCATTTGCGCTTGCGGCGGGAATCACCAGAATCCGAGGGGC

   2500     .    :    .    :
   2366 CAATTTATGAAGGTCTCATCCTT
        |||||||||||||||||||||||
 123111 CAATTTATGAAGGTCTCATCCTT