seq1 = pF1KB8582.tfa, 2247 bp
seq2 = pF1KB8582/gi568815597r_844697.tfa (gi568815597r:844697_1059083), 214387 bp

>pF1KB8582 2247
>gi568815597r:844697_1059083 (Chr1)

(complement)

1-26  (99844-99869)   100% ->
27-179  (100003-100155)   100% ->
180-354  (101811-101985)   100% ->
355-486  (102059-102190)   100% ->
487-607  (102869-102989)   99% ->
608-698  (103071-103161)   100% ->
699-777  (105002-105080)   100% ->
778-888  (105192-105302)   100% ->
889-1002  (105796-105909)   98% ->
1003-1191  (106484-106672)   98% ->
1192-1331  (106945-107084)   100% ->
1332-1443  (107846-107957)   100% ->
1444-1557  (110481-110594)   100% ->
1558-1659  (110852-110953)   100% ->
1660-1803  (112539-112682)   100% ->
1804-1917  (112798-112911)   99% ->
1918-2053  (113431-113566)   99% ->
2054-2143  (113938-114027)   100% ->
2144-2247  (114284-114387)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCTGCGGGGAGCCGCAAGAG         GCGCCTGGCGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
  99844 ATGGCAGCTGCGGGGAGCCGCAAGAGGTA...CAGGCGCCTGGCGGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GACGGTGGACGAGTTCCTAGCTTCGGGCTTTGACTCCGAGTCCGAATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 GACGGTGGACGAGTTCCTAGCTTCGGGCTTTGACTCCGAGTCCGAATCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTCCGAAAATTCTCCACAAGCGGAGACACGGGAAGCACGCGAGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 AGTCCGAAAATTCTCCACAAGCGGAGACACGGGAAGCACGCGAGGCTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGAGTCCGGATAAGCCGGGCGGGAGCCCCTCGGCCAG         CCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100118 CGGAGTCCGGATAAGCCGGGCGGGAGCCCCTCGGCCAGGTT...CAGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCGTAAAGGCCGTGCCTCTGAGCACAAAGACCAGCTCTCTCGGCTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101814 GCGTAAAGGCCGTGCCTCTGAGCACAAAGACCAGCTCTCTCGGCTGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAGAGACCCCGAGTTCTACAAGTTCCTGCAGGAGAATGACCAGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101864 ACAGAGACCCCGAGTTCTACAAGTTCCTGCAGGAGAATGACCAGAGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTAAACTTCAGCGACTCGGACAGCTCTGAGGAGGAAGAGGGGCCGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101914 CTAAACTTCAGCGACTCGGACAGCTCTGAGGAGGAAGAGGGGCCGTTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCCCTGCCAGATGTGCTGGAG         GAAGCCAGTGAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101964 CTCCCTGCCAGATGTGCTGGAGGTG...CAGGAAGCCAGTGAGGAGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGGAGCGGAGGAAGGAGAAGATGGGGACAGAGTCCCCAGAGGGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102078 ATGGAGCGGAGGAAGGAGAAGATGGGGACAGAGTCCCCAGAGGGCTGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGAAGAAGAATTCTGTTCCTGTGACCGTCGCCATGGTTGAGAGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102128 GGGAAGAAGAATTCTGTTCCTGTGACCGTCGCCATGGTTGAGAGATGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAGGCAGCAAAG         CAACGCCTCACTCCAAAGCTGTTCCATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102178 GCAGGCAGCAAAGGTG...CAGCAACGCCTCACTCCAAAGCTGTTCCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGTGGTACAGGCGTTCCAAGCAGCTGTGGCCACCACCCGAGGGGACCAG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 102897 AAGTGGTACAGGCGTTCCGAGCAGCTGTGGCCACCACCCGAGGGGACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAAGTGCTGAGGCCAACAAATTCCAGGTCACGGACAGTGCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102947 GAAAGTGCTGAGGCCAACAAATTCCAGGTCACGGACAGTGCTGGTG...C

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    608   CATTCAATGCTCTGGTTACCTTCTGCATCAGAGACCTCATTGGCTGTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103069 AGCATTCAATGCTCTGGTTACCTTCTGCATCAGAGACCTCATTGGCTGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCCAGAAGCTGCTGTTTGGAAAGGTGGCAAAGGATAGCAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103119 TCCAGAAGCTGCTGTTTGGAAAGGTGGCAAAGGATAGCAGCAGGTA...C

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    699   GATGCTGCAGCCGTCCAGCAGCCCGCTCTGGGGGAAGCTTCGTGTGGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105000 AGGATGCTGCAGCCGTCCAGCAGCCCGCTCTGGGGGAAGCTTCGTGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATCAAGGCTTACCTGGGCTCGGCCATACAG         CTGGTGTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105050 CATCAAGGCTTACCTGGGCTCGGCCATACAGGTG...CAGCTGGTGTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GTCTGTCGGAGACGACGGTGTTGGCGGCCGTGCTGCGGCACATCAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105202 GTCTGTCGGAGACGACGGTGTTGGCGGCCGTGCTGCGGCACATCAGCGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGGTGCCCTGCTTCCTGACCTTCCCCAAGCAGTGCCGCATGCTGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105252 CTGGTGCCCTGCTTCCTGACCTTCCCCAAGCAGTGCCGCATGCTGCTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 G         AGAATGGTGGTCGTATGGAGCACTGGGGAGGAGTCTCTGC
        |>>>...>>>||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
 105302 GGTT...CAGAGAATGGTGATCGTATGGAGCACTGGGGAAGAGTCTCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGGTGCTGGCTTTCCTGGTCCTCAGCAGAGTCTGCCGGCACAAGAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105836 GGGTGCTGGCTTTCCTGGTCCTCAGCAGAGTCTGCCGGCACAAGAAGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACTTTCCTTGGCCCCGTCCTCAAG         CAAATGTACATCACGTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105886 ACTTTCCTTGGCCCCGTCCTCAAGGTA...CAGCAAATGTACATCACGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGTGAGGAACTGCGAGTTCACCTCGCCTGGTGCCCTCCCCTTCATCAGTT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106501 TGTGAGGAACTGCAAGTTCACCTCGCCTGGTGCCCTCCCCTTCATCAGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCATGCAGTGGACCTTGACGGAGCTGCTGGCCCTGGAGCCGGGTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106551 TCATGCAGTGGACCTTGACGGAGCTGCTGGCCCTGGAGCCGGGTGTGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TACCAGCACGCCTTCCTCTACATCCGCCAGCTCGCCATACACCTGCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106601 TACCAGCACGCCTTCCTCTACATCCGCCAGCTCGCCATACACCTGCGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGCCATGACCACCCGCAAGAAG         GAAACATACCAGTCTGTGT
        |||||||||||| |||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106651 CGCCATGACCACTCGCAAGAAGGTG...CAGGAAACATACCAGTCTGTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACAACTGGCAGTATGTGCACTGCCTCTTCCTGTGGTGCCGGGTCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106964 ACAACTGGCAGTATGTGCACTGCCTCTTCCTGTGGTGCCGGGTCCTGAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ACTGCGGGCCCCAGCGAAGCCCTCCAGCCCTTGGTCTACCCCCTTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107014 ACTGCGGGCCCCAGCGAAGCCCTCCAGCCCTTGGTCTACCCCCTTGCCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGTCATCATTGGCTGTATCAA         GCTCATCCCCACTGCCCGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107064 AGTCATCATTGGCTGTATCAAGTG...CAGGCTCATCCCCACTGCCCGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TCTACCCGCTGCGAATGCACTGCATCCGTGCCCTGACGCTGCTCTCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107866 TCTACCCGCTGCGAATGCACTGCATCCGTGCCCTGACGCTGCTCTCGGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AGCTCGGGGGCCTTCATCCCGGTGCTGCCTTTCATCCTGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107916 AGCTCGGGGGCCTTCATCCCGGTGCTGCCTTTCATCCTGGAGGTG...CA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1444  ATGTTCCAGCAGGTCGACTTCAACAGGAAGCCAGGGCGCATGAGCTCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110480 GATGTTCCAGCAGGTCGACTTCAACAGGAAGCCAGGGCGCATGAGCTCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGCCCATCAACTTCTCCGTGATCCTGAAGCTGTCCAATGTCAACCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110530 AGCCCATCAACTTCTCCGTGATCCTGAAGCTGTCCAATGTCAACCTGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAGAAGGCGTACCGG         GACGGCCTGGTGGAGCAGCTGTACGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110580 GAGAAGGCGTACCGGGTG...CAGGACGGCCTGGTGGAGCAGCTGTACGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CCTCACCCTGGAGTACCTGCACAGCCAGGCACACTGCATCGGCTTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110878 CCTCACCCTGGAGTACCTGCACAGCCAGGCACACTGCATCGGCTTCCCGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGCTGGTGCTGCCTGTGGTCCTGCAG         CTGAAGTCGTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 110928 AGCTGGTGCTGCCTGTGGTCCTGCAGGTG...CAGCTGAAGTCGTTCCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CGGGAGTGCAAGGTGGCCAACTACTGCCGGCAGGTGCAGCAGCTGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112554 CGGGAGTGCAAGGTGGCCAACTACTGCCGGCAGGTGCAGCAGCTGCTTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GAAGGTTCAGGAGAACTCGGCATACATCTGCAGCCGCCGCCAGAGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112604 GAAGGTTCAGGAGAACTCGGCATACATCTGCAGCCGCCGCCAGAGGGTTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CCTTCGGCGTCTCTGAGCAGCAGGCAGTG         GAAGCCTGGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112654 CCTTCGGCGTCTCTGAGCAGCAGGCAGTGGTT...CAGGAAGCCTGGGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AAGCTGACCCGGGAAGAGGGGACACCCTTGACCTTGTACTACAGCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 112810 AAGCTGACCCGGGAAGAGGGGACACCCCTGACCTTGTACTACAGCCACTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GCGCAAGCTGCGTGACCGGGAGATCCAGCTGGAGATCAGTGGCAAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112860 GCGCAAGCTGCGTGACCGGGAGATCCAGCTGGAGATCAGTGGCAAAGAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GG         CTGGAAGACCTGAACTTCCCTGAGATCAAACGAAGGAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112910 GGGTG...CAGCTGGAAGACCTGAACTTCCCTGAGATCAAACGAAGGAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 ATGGCTGACAGGAAGGATGAGGACAGGAAGCAATTTAAAGACCTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113470 ATGGCTGACAGGAAGGATGAGGACAGGAAGCAATTTAAAGACCTCTTTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CCTGAACAGCTCTGAAGAGGACGACACTGAGGGATTCTCGGAGAGAG   
        ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||>>>
 113520 CCTGAACAGCTCTGAAGAGGACGACACCGAGGGATTCTCGGAGAGAGGTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2054       GGATACTGAGGCCCCTGAGCACTCGGCATGGGGTGGAAGACGAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113570 ...CAGGGATACTGAGGCCCCTGAGCACTCGGCATGGGGTGGAAGACGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GAAGAGGACGAGGAGGAGGGCGAGGAGGACAGCAGCAACTCGGAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 113982 GAAGAGGACGAGGAGGAGGGCGAGGAGGACAGCAGCAACTCGGAGGGTG.

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2144      ATGGAGACCCAGACGCAGAGGCGGGGCTGGCCCCTGGGGAGCTGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114032 ..CAGATGGAGACCCAGACGCAGAGGCGGGGCTGGCCCCTGGGGAGCTGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 AGCAGCTGGCCCAGGGGCCGGAGGACGAGCTGGAGGATCTGCAGCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114329 AGCAGCTGGCCCAGGGGCCGGAGGACGAGCTGGAGGATCTGCAGCTCTCA

   2400     .
   2239 GAGGACGAC
        |||||||||
 114379 GAGGACGAC