seq1 = pF1KB8577.tfa, 2562 bp
seq2 = pF1KB8577/gi568815593f_50567096.tfa (gi568815593f:50567096_50942065), 374970 bp

>pF1KB8577 2562
>gi568815593f:50567096_50942065 (Chr5)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-146  (100976-101030)   100% ->
147-184  (183056-183093)   100% ->
185-274  (192548-192637)   100% ->
275-345  (193197-193267)   100% ->
346-423  (194726-194803)   98% ->
424-518  (196053-196147)   100% ->
519-579  (210974-211034)   100% ->
580-670  (211465-211555)   100% ->
671-737  (221428-221494)   100% ->
738-863  (227112-227237)   100% ->
864-1428  (227758-228322)   100% ->
1429-1479  (229887-229937)   100% ->
1480-1575  (230043-230138)   100% ->
1576-1668  (248337-248429)   100% ->
1669-1794  (254118-254243)   100% ->
1795-1860  (255240-255305)   100% ->
1861-1928  (257813-257880)   100% ->
1929-1977  (259660-259708)   100% ->
1978-2090  (260849-260961)   100% ->
2091-2163  (261217-261289)   100% ->
2164-2233  (262797-262866)   100% ->
2234-2307  (265686-265759)   100% ->
2308-2377  (266884-266953)   100% ->
2378-2462  (267836-267920)   100% ->
2463-2562  (274871-274970)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGATGTGTTCAAGGCAAGAGCGAATTCAGAAGGATATCGACGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGATGTGTTCAAGGCAAGAGCGAATTCAGAAGGATATCGACGTCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCCAGAAGTCCAGAGCTGAGAAGGACTGCCTGTTTGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 GATCCAGAAGTCCAGAGCTGAGAAGGACTGCCTGTTTGCAGGTG...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTTCAGATACTCTGACTCCACCTTTACTTTTACCTACGTTGGCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100976 ATTTCAGATACTCTGACTCCACCTTTACTTTTACCTACGTTGGCGGCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAAG         TGTATCCTACTCAGTACATGTATCTGAAGATTACCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101026 AGAAGGTA...CAGTGTATCCTACTCAGTACATGTATCTGAAGATTACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AG         ATAATACATATGTGTCAAGTTCAGAGAATGATGAAGATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183092 AGGTA...CAGATAATACATATGTGTCAAGTTCAGAGAATGATGAAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGCTAGTTACTACAGAGCCAATACCAGTAATTTTTCATAGAATAGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192587 TGCTAGTTACTACAGAGCCAATACCAGTAATTTTTCATAGAATAGCAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 G         AATTAAGAAAAACAAATGACATTAACTGTTGCTTATCCAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192637 GGTA...CAGAATTAAGAAAAACAAATGACATTAACTGTTGCTTATCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AAAATCCAAATTACAAAAGGAAAATGGGGAG         GAATCAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 193237 AAAATCCAAATTACAAAAGGAAAATGGGGAGGTA...AAGGAATCAAGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 AGAATAGTACAGTGGAGGAAGATTCTGAAGGTGACAATGATTCCGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194736 AGAATAGTACAGTGGAGGAAGATTCTGAAGGTGACAATGATTCCGAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTTTATTACGGAGGACAG         GTGAACTATGATGGGGAACTGCA
        |||||||||||||| |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 194786 TTTTATTACGGAGGGCAGGTA...CAGGTGAACTATGATGGGGAACTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CAAGCACCCACAACTGGAAGCTGATTTGTCAGCAGTTAGAGAGATATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196076 CAAGCACCCACAACTGGAAGCTGATTTGTCAGCAGTTAGAGAGATATATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GGCCACATGCAGTTTCTCTCAG         GGAATATGGAGCCATTGAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 196126 GGCCACATGCAGTTTCTCTCAGGTA...CAGGGAATATGGAGCCATTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GATGTAGATATTGATCTGCATATCGATGTTAGCTTTCTTGAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 210993 GATGTAGATATTGATCTGCATATCGATGTTAGCTTTCTTGATGTA...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580  GAGGAGATTGCTGTGGCTTGGGAAGTAATTCGAACAGAACCTATAATTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211464 GGAGGAGATTGCTGTGGCTTGGGAAGTAATTCGAACAGAACCTATAATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TTCGACTACACTGTTCACTTACACAGTATTTAAATGGCCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 211514 TTCGACTACACTGTTCACTTACACAGTATTTAAATGGCCCAGGTT...CA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    671  TGCCCACTGTTGATGTCTTTCAGATTTCCACAAAAGAGCGATTTGGATT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221427 GTGCCCACTGTTGATGTCTTTCAGATTTCCACAAAAGAGCGATTTGGATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 GGGACATCAGCTGAAAAA         AATCATGCAGACATTTGTTACAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 221477 GGGACATCAGCTGAAAAAGTA...CAGAATCATGCAGACATTTGTTACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 AGCAGTGGAAACAGAGCAAAGAAAAATCCAATTGCCTGCACAATAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227135 AGCAGTGGAAACAGAGCAAAGAAAAATCCAATTGCCTGCACAATAAAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 TTGTCAGAGAAGAAAGTGAAGTCTCCCCTGCATTTATTTTCTACTTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227185 TTGTCAGAGAAGAAAGTGAAGTCTCCCCTGCATTTATTTTCTACTTTGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CAG         GTCGCCAAGTTATCCTCCCCCTGGTTGTGGCAAAAGCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227235 CAGGTT...AAGGTCGCCAAGTTATCCTCCCCCTGGTTGTGGCAAAAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 AATCCAAACTGAAATCTGAGCAGGACGGAATCTCCAAAACGCATAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227796 AATCCAAACTGAAATCTGAGCAGGACGGAATCTCCAAAACGCATAAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 CTGCGGAGGACTTGTTCCAGCACAGTCAAGACTGATGATGTGTGTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227846 CTGCGGAGGACTTGTTCCAGCACAGTCAAGACTGATGATGTGTGTGTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 AAAGTCACACAGGACCTTTGGCCGCTCCTTGTCCAGCGATCCCAGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227896 AAAGTCACACAGGACCTTTGGCCGCTCCTTGTCCAGCGATCCCAGGGCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 AGCAGGCTATGACAGCAATTAAATCGCACAAACTTTTGAACCGTCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227946 AGCAGGCTATGACAGCAATTAAATCGCACAAACTTTTGAACCGTCCTTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CCTGCAGCTGTTAAGTCAGAGGAATGCCTAACTCTAAAGTCGCATAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227996 CCTGCAGCTGTTAAGTCAGAGGAATGCCTAACTCTAAAGTCGCATAGACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 ATTGACTCGATCTTGTTCTGGAGATCCACGATGTGAGCACAACACAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228046 ATTGACTCGATCTTGTTCTGGAGATCCACGATGTGAGCACAACACAAACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGAAGCCCCATAAACTGTTAAGCAGGTCTTACTCTAGTAATCTCAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228096 TGAAGCCCCATAAACTGTTAAGCAGGTCTTACTCTAGTAATCTCAGAATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GAAGAATTATATGGACTGAAAAATCACAAATTGCTCAGCAAGTCCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228146 GAAGAATTATATGGACTGAAAAATCACAAATTGCTCAGCAAGTCCTACTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CAGTGCCCCCAAGTCATCCAAAACTGAGCTTTTCAAGGAACCTAACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228196 CAGTGCCCCCAAGTCATCCAAAACTGAGCTTTTCAAGGAACCTAACGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGGGCAGGAGGCTCTCTCTTACCTCAGGGCTTATTGGTATCCTAACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228246 AGGGCAGGAGGCTCTCTCTTACCTCAGGGCTTATTGGTATCCTAACACCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TCTTCATCTTCATCTTCTCAGCTTGCT         CCAAATGGTGCAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 228296 TCTTCATCTTCATCTTCTCAGCTTGCTGTG...TAGCCAAATGGTGCAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ATGCATTCCAGTACGAGACCGTGGCTTCCTGGTGCAG         ACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 229901 ATGCATTCCAGTACGAGACCGTGGCTTCCTGGTGCAGGTA...CAGACAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TTGAGTTTGCTGAACAGCGGATCCCTGTATTAAATGAATATTGTGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230047 TTGAGTTTGCTGAACAGCGGATCCCTGTATTAAATGAATATTGTGTGGTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TGTGATGAGCCACATGTGTTTCAAAATGGCCCTATGCTTAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 230097 TGTGATGAGCCACATGTGTTTCAAAATGGCCCTATGCTTAGGGTA...TA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1576  CCTACCGTATGTGAACGGGAGCTGTGTGTGTTTGCTTTTCAAACCCTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248336 GCCTACCGTATGTGAACGGGAGCTGTGTGTGTTTGCTTTTCAAACCCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GAGTAATGAATGAAGCTGCTGATGAAATAGCAACTGGAGCTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 248386 GAGTAATGAATGAAGCTGCTGATGAAATAGCAACTGGAGCTCAGGTA...

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1669    GTGGTAGATCTACTAGTATCCATGTGTAGGTCTGCGTTGGAATCTCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254115 AAGGTGGTAGATCTACTAGTATCCATGTGTAGGTCTGCGTTGGAATCTCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TAGAAAAGTTGTGATTTTCGAGCCATATCCTTCTGTGGTAGATCCTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254165 TAGAAAAGTTGTGATTTTCGAGCCATATCCTTCTGTGGTAGATCCTAATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 ATCCTCAGATGTTGGCCTTCAACCCCAGG         AAAAAGAACTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 254215 ATCCTCAGATGTTGGCCTTCAACCCCAGGGTA...CAGAAAAAGAACTAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GATCGAGTAATGAAAGCACTGGATAGCATAACTTCTATCAGAGAAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255252 GATCGAGTAATGAAAGCACTGGATAGCATAACTTCTATCAGAGAAATGAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 ACAA         GCACCATATCTGGAAATCAAGAAGCAAATGGATAAAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255302 ACAAGTA...CAGGCACCATATCTGGAAATCAAGAAGCAAATGGATAAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 AGGACCCCCTTGCTCATCCCTTACTGCAATG         GGTTATATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 257850 AGGACCCCCTTGCTCATCCCTTACTGCAATGGTA...CAGGGTTATATCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 AGTAATAGATCACATATTGTGAAACTGCCAGTTAACAGG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 259670 AGTAATAGATCACATATTGTGAAACTGCCAGTTAACAGGGTA...CAGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 ATTGAAGTTTATGCATACTCCACATCAGTTCCTTCTTCTCAGCAGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260851 ATTGAAGTTTATGCATACTCCACATCAGTTCCTTCTTCTCAGCAGTCCAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 CAGCCAAAGAATCCAATTTTAGAGCTGCTAAAAAACTCTTTGGAAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 260901 CAGCCAAAGAATCCAATTTTAGAGCTGCTAAAAAACTCTTTGGAAGCACC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 TTTGCATTTCA         TGGCTCACACATTGAAAACTGGCACTCCAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 260951 TTTGCATTTCAGTG...TAGTGGCTCACACATTGAAAACTGGCACTCCAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 CCTGAGGAATGGTCTGGTTGTTGCTTCTAATACACGATTGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 261247 CCTGAGGAATGGTCTGGTTGTTGCTTCTAATACACGATTGCAGGTA...T

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2164   CTCCATGGTGCAATGTATGGAAGTGGAATCTATCTTAGTCCAATGTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 262795 AGCTCCATGGTGCAATGTATGGAAGTGGAATCTATCTTAGTCCAATGTCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 AGCATATCATTTGGTTACTCAG         GGATGAACAAGAAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 262845 AGCATATCATTTGGTTACTCAGGTA...CAGGGATGAACAAGAAACAGAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2253 GGTGTCAGCCAAGGACGAGCCAGCTTCAAGCAGTAAAAGCAGCAATACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265705 GGTGTCAGCCAAGGACGAGCCAGCTTCAAGCAGTAAAAGCAGCAATACAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2303 CACAG         TCACAGAAAAAAGGACAGCAATCCCAATTCCTGCAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265755 CACAGGTG...TAGTCACAGAAAAAAGGACAGCAATCCCAATTCCTGCAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2344 AGCCGTAACTTAAAATGCATAGCCTTATGTGAAG         TGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 266920 AGCCGTAACTTAAAATGCATAGCCTTATGTGAAGGTA...CAGTGATCAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2385 CTCATCTGACCTGCACAAACATGGAGAGATATGGGTTGTCCCCAATACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267843 CTCATCTGACCTGCACAAACATGGAGAGATATGGGTTGTCCCCAATACTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2435 ACCATGTCTGCACACGATTCTTTTTCGT         CTATGAAGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 267893 ACCATGTCTGCACACGATTCTTTTTCGTGTA...CAGCTATGAAGACGGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2476 CAAGTGGGAGATGCAAATATTAATACACAAGAAGGAGGCATTCACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274884 CAAGTGGGAGATGCAAATATTAATACACAAGAAGGAGGCATTCACAAAGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .
   2526 GATCCTCCGAGTAATTGGTAATCAAACTGCTACTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274934 GATCCTCCGAGTAATTGGTAATCAAACTGCTACTGGT