seq1 = pF1KB8576.tfa, 558 bp
seq2 = pF1KB8576/gi568815595f_97668108.tfa (gi568815595f:97668108_97891826), 223719 bp

>pF1KB8576 558
>gi568815595f:97668108_97891826 (Chr3)

1-123  (100001-100123)   99% ->
124-185  (112052-112113)   100% ->
186-254  (112508-112576)   100% ->
255-349  (116848-116942)   100% ->
350-479  (119883-120012)   100% ->
480-535  (123664-123719)   100% ->
536-558  (129917-129939)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGATTGCTAGACAGACTTTCAGTCTTGCTTGGCCTGAAGAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGATTGCTAGACAGACTTTCAGTCTTGCTTGGCCTGAAGAAGAAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTTCATGCTTTGTGCCTTGGGCTAGATAATAGTGGCAAAACGACGATCA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTTCATGTTTTGTGCCTTGGGCTAGATAATAGTGGCAAAACGACGATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTAACAAACTTAAACCTTCAAAT         GCTCAATCTCAAAATATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 TTAACAAACTTAAACCTTCAAATGTA...AAGGCTCAATCTCAAAATATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTCCAACAATAGGATTCAGCATAGAGAAATTCAAATCATCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112070 CTTCCAACAATAGGATTCAGCATAGAGAAATTCAAATCATCCAGGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    TTTGTCATTTACAGTGTTTGACATGTCAGGTCAAGGAAGATACAGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112505 TAGTTTGTCATTTACAGTGTTTGACATGTCAGGTCAAGGAAGATACAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCTCTGGGAACACTATTATAA         AGAAGGCCAAGCTATTATT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 112555 ATCTCTGGGAACACTATTATAAGTA...CAGAGAAGGCCAAGCTATTATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTGTCATTGATAGTAGTGATAGATTAAGAATGGTTGTGGCCAAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116867 TTTGTCATTGATAGTAGTGATAGATTAAGAATGGTTGTGGCCAAAGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTCGATACTCTTCTGAATCATCCAG         ATATTAAACACCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 116917 ACTCGATACTCTTCTGAATCATCCAGGTA...TAGATATTAAACACCGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GAATTCCAATCTTATTCTTTGCAAATAAAATGGATCTTAGAGATGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119898 GAATTCCAATCTTATTCTTTGCAAATAAAATGGATCTTAGAGATGCAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACATCTGTAAAAGTGTCTCAGTTGCTGTGTTTAGAGAACATCAAAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119948 ACATCTGTAAAAGTGTCTCAGTTGCTGTGTTTAGAGAACATCAAAGATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACCCTGGCATATTTG         TGCTAGTGATGCCATAAAAGGAGAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 119998 ACCCTGGCATATTTGGTA...CAGTGCTAGTGATGCCATAAAAGGAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCTTGCAAGAAGGTGTAGACTGGCTTCAAG         ATCAGATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 123690 GCTTGCAAGAAGGTGTAGACTGGCTTCAAGGTA...CAGATCAGATCCAG

    600     .    :
    547 ACTGTGAAGACA
        ||||||||||||
 129928 ACTGTGAAGACA