seq1 = pF1KB8575.tfa, 1017 bp
seq2 = pF1KB8575/gi568815590f_37637923.tfa (gi568815590f:37637923_37854112), 216190 bp

>pF1KB8575 1017
>gi568815590f:37637923_37854112 (Chr8)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-189  (102443-102524)   100% ->
190-236  (103850-103896)   100% ->
237-298  (106433-106494)   100% ->
299-424  (106649-106774)   100% ->
425-498  (111637-111710)   100% ->
499-557  (111872-111930)   100% ->
558-649  (112473-112564)   100% ->
650-739  (113704-113793)   100% ->
740-819  (115528-115607)   100% ->
820-1017  (115993-116190)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCAGTTGGGAGCAGTTGTGGCTGTGGCTTCCAGTTTCTTTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCAGTTGGGAGCAGTTGTGGCTGTGGCTTCCAGTTTCTTTTGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCTCTCTTCTCAGCTGTGCACAAGATAGAAGAGGGACATATTGGGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCTCTCTTCTCAGCTGTGCACAAGATAGAAGAGGGACATATTGGGGTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTACAG         AGGCGGTGCCCTGCTGACTTCGACCAGCGGCCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTACAGGTA...CAGAGGCGGTGCCCTGCTGACTTCGACCAGCGGCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTTTCCATCTCATGCTCCCTTTCATCACATCATATAAGTCTGTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102477 GGTTTCCATCTCATGCTCCCTTTCATCACATCATATAAGTCTGTGCAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190        ACCACACTCCAGACAGATGAGGTGAAGAATGTACCTTGTGGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102527 A...CAGACCACACTCCAGACAGATGAGGTGAAGAATGTACCTTGTGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTAG         TGGTGGTGTGATGATCTACTTTGACAGAATTGAAGTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103893 CTAGGTA...TAGTGGTGGTGTGATGATCTACTTTGACAGAATTGAAGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGAACTTCCTGGTCCCGAACGCAG         TGTATGATATAGTGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106470 GTGAACTTCCTGGTCCCGAACGCAGGTA...CAGTGTATGATATAGTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GAACTATACTGCTGACTATGACAAGGCCCTCATCTTCAACAAGATCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106665 GAACTATACTGCTGACTATGACAAGGCCCTCATCTTCAACAAGATCCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACGAACTGAACCAGTTCTGCAGTGTGCACACGCTTCAAGAGGTCTACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106715 ACGAACTGAACCAGTTCTGCAGTGTGCACACGCTTCAAGAGGTCTACATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGCTGTTTG         ATCAGATTGATGAAAATCTCAAACTGGCTTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106765 GAGCTGTTTGGTA...CAGATCAGATTGATGAAAATCTCAAACTGGCTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCAACAGGACCTGACCTCCATGGCCCCTGGGCTGGTCATTCAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111668 GCAACAGGACCTGACCTCCATGGCCCCTGGGCTGGTCATTCAAGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499   GCTGTGCGGGTAACAAAGCCCAACATACCAGAGGCAATCCGCAGAAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111870 AGGCTGTGCGGGTAACAAAGCCCAACATACCAGAGGCAATCCGCAGAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TACGAGTTGAT         GGAAAGTGAGAAGACAAAGCTTCTCATTGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111920 TACGAGTTGATGTG...CAGGGAAAGTGAGAAGACAAAGCTTCTCATTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CGCCCAGAAACAGAAGGTGGTGGAAAAGGAAGCAGAGACAGAGCGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112503 CGCCCAGAAACAGAAGGTGGTGGAAAAGGAAGCAGAGACAGAGCGGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGGCGCTCATTG         AGGCAGAAAAAGTGGCCCAGGTGGCTGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112553 AGGCGCTCATTGGTC...CAGAGGCAGAAAAAGTGGCCCAGGTGGCTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 ATCACCTACGGGCAGAAGGTGATGGAGAAGGAGACTGAGAAGAAGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113733 ATCACCTACGGGCAGAAGGTGATGGAGAAGGAGACTGAGAAGAAGATTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGAAATTGAAG         ATGCTGCATTTCTGGCCCGGGAGAAGGCAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113783 AGAAATTGAAGGTA...CAGATGCTGCATTTCTGGCCCGGGAGAAGGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGGCAGATGCTGAGTGCTACACTGCTATGAAAATAGCCGAAGCCAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115558 AGGCAGATGCTGAGTGCTACACTGCTATGAAAATAGCCGAAGCCAATAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820          CTGAAGCTAACCCCTGAATATCTGCAGCTGATGAAGTACAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115608 GTA...CAGCTGAAGCTAACCCCTGAATATCTGCAGCTGATGAAGTACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GGCCATTGCTTCCAACAGCAAGATTTACTTTGGCAAAGACATTCCTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116034 GGCCATTGCTTCCAACAGCAAGATTTACTTTGGCAAAGACATTCCTAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TGTTCATGGACTCTGCGGGCAGTGTGAGCAAGCAGTTTGAGGGGCTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116084 TGTTCATGGACTCTGCGGGCAGTGTGAGCAAGCAGTTTGAGGGGCTAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GACAAGCTAAGCTTTGGCTTAGAAGATGAACCCTTGGAGACGGCCACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116134 GACAAGCTAAGCTTTGGCTTAGAAGATGAACCCTTGGAGACGGCCACTAA

   1100     .
   1011 GGAGAAT
        |||||||
 116184 GGAGAAT