seq1 = pF1KB8574.tfa, 2343 bp
seq2 = pF1KB8574/gi568815589f_89219714.tfa (gi568815589f:89219714_89458821), 239108 bp

>pF1KB8574 2343
>gi568815589f:89219714_89458821 (Chr9)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-213  (105835-105963)   100% ->
214-355  (106184-106325)   100% ->
356-582  (108947-109173)   100% ->
583-661  (113195-113273)   100% ->
662-870  (114809-115017)   100% ->
871-993  (118745-118867)   100% ->
994-1083  (120151-120240)   100% ->
1084-1216  (121634-121766)   100% ->
1217-1383  (127169-127335)   100% ->
1384-1519  (128366-128501)   100% ->
1520-1673  (130063-130216)   100% ->
1674-1894  (130919-131139)   100% ->
1895-2049  (137698-137852)   100% ->
2050-2242  (138286-138478)   100% ->
2243-2343  (139008-139108)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTAGAGTCCTCAGAAGCATGTGTCTTCCCCAGCTCTGCAGCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTAGAGTCCTCAGAAGCATGTGTCTTCCCCAGCTCTGCAGCCACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTATCCGTTTGTTCAGGAACCACCAGTGACAGA         AATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 ACTATCCGTTTGTTCAGGAACCACCAGTGACAGAGTA...CAGAATGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTCAGTGCCTGGCTCCCAGTATCTTTATAACCAACCCAGTTGTTACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105842 ACTCAGTGCCTGGCTCCCAGTATCTTTATAACCAACCCAGTTGTTACCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTTTTCAAACAGTGAAGCATCGAAATGAGAACACATGCCCTCTCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105892 GGTTTTCAAACAGTGAAGCATCGAAATGAGAACACATGCCCTCTCCCACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAATGAAAGCTCTGTTTAAG         AAGAAAACCTATGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105942 AGAAATGAAAGCTCTGTTTAAGGTG...CAGAAGAAAACCTATGATGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAAAACGTATGATCAGCAAAAGTTTGACAGTGAAAGGGCTGATGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106203 AAAAAACGTATGATCAGCAAAAGTTTGACAGTGAAAGGGCTGATGGAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATATCATCTGAGATAAAATCAGCTAGAGGTTCACATCATTTGTCCATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106253 ATATCATCTGAGATAAAATCAGCTAGAGGTTCACATCATTTGTCCATTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGCTGAGAATAGTTTGAAATCAG         ATGGTTACCATAAGCGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106303 CGCTGAGAATAGTTTGAAATCAGGTA...CAGATGGTTACCATAAGCGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGACAGGAAATCCAGAATCATTGCAAAAAATGTATCTACCTCCAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108965 CAGACAGGAAATCCAGAATCATTGCAAAAAATGTATCTACCTCCAAACCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGTTTGAATTTACCACACTGGACTTTCCTGAACTGCAAGGTGCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109015 GAGTTTGAATTTACCACACTGGACTTTCCTGAACTGCAAGGTGCAGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAATATGTCAGAGATACAGAAGCAACCCAAGTGGGGACCTGTCCACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109065 CAATATGTCAGAGATACAGAAGCAACCCAAGTGGGGACCTGTCCACTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTCTACCGACATTTCTCTTCTAAGAGAAGTAGTAAAACCAGCTGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109115 TCTCTACCGACATTTCTCTTCTAAGAGAAGTAGTAAAACCAGCTGCAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTATCAAAG         GGTGAAATAGTGGTGAAAAATAACCCAAATGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 109165 TTATCAAAGGTG...TAGGGTGAAATAGTGGTGAAAAATAACCCAAATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATCTGTAACTGCTAATGCCGCTACCAATTCTCCTTCATGTACAAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113227 ATCTGTAACTGCTAATGCCGCTACCAATTCTCCTTCATGTACAAGAGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662       AGTTATCTTGGACACCAATGGGTTATGTTGTTCGACAGACATTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113277 ...CAGAGTTATCTTGGACACCAATGGGTTATGTTGTTCGACAGACATTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTACAGAACTGTCAGCAGCCCCTAAAAATGTTACTTCTATGATAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114853 TCTACAGAACTGTCAGCAGCCCCTAAAAATGTTACTTCTATGATAAACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAAGACCATTGCTTCATCAGCAGATCCTAAAAATGTTAGTATACCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114903 AAAGACCATTGCTTCATCAGCAGATCCTAAAAATGTTAGTATACCATCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGAAGCTTTATCTTCGGATCCTTCCTACAACAAAGAAAAACACATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114953 CTGAAGCTTTATCTTCGGATCCTTCCTACAACAAAGAAAAACACATTATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CATCCTACCCAAAAG         TCTAAAGCATCACAAGGTAGTGACCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 115003 CATCCTACCCAAAAGGTA...TAGTCTAAAGCATCACAAGGTAGTGACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGAACAAAATGAAGCCTCAAGAAAGAATAAGAAAAAGAAAGAAAAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118771 TGAACAAAATGAAGCCTCAAGAAAGAATAAGAAAAAGAAAGAAAAATCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CATCAAAATATGAAGTCCTGACAGTTCAAGAGCCTCCAAGGATTGAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 118821 CATCAAAATATGAAGTCCTGACAGTTCAAGAGCCTCCAAGGATTGAAGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    994       GATGCCGAGGAATTTCCCAACCTGGCAGTTGCATCTGAAAGAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118871 ...TAGGATGCCGAGGAATTTCCCAACCTGGCAGTTGCATCTGAAAGAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGACAGAATAGAGACACCGAAATTTCAATCTAAGCAGCAGCCACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 120195 AGACAGAATAGAGACACCGAAATTTCAATCTAAGCAGCAGCCACAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084      GATAATTTTAAAAATAATGTAAAGAAGAGCCAGCTTCCAGTGCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120245 ..CAGGATAATTTTAAAAATAATGTAAAGAAGAGCCAGCTTCCAGTGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTGGACTTGGGGGGCATGCTGACAGCCCTGGAGAAGAAGCAGCACTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121679 TTGGACTTGGGGGGCATGCTGACAGCCCTGGAGAAGAAGCAGCACTCTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCATGCAAAGCAGTCCTCCAAACCAGTGGTAGTCTCAG         TTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 121729 GCATGCAAAGCAGTCCTCCAAACCAGTGGTAGTCTCAGGTA...CAGTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GAGCAGTGCCAGTCCTTTCCAAAGAATGTGCATCAGGGGAGAGAGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127172 GAGCAGTGCCAGTCCTTTCCAAAGAATGTGCATCAGGGGAGAGAGGCCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CGCATGAGTCAAATGAAGACCCCGCACAATCCCTTGGACTCCAGCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127222 CGCATGAGTCAAATGAAGACCCCGCACAATCCCTTGGACTCCAGCGCCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ACTGATGAAGAAAGGGAAGCAGAGGGAGATCCCCAAGGCCAAGAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127272 ACTGATGAAGAAAGGGAAGCAGAGGGAGATCCCCAAGGCCAAGAAGCCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCTCACTGAAGAAG         ATTATTTTGAAAGAACGGCAAGAGAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 127322 CCTCACTGAAGAAGGTA...AAGATTATTTTGAAAGAACGGCAAGAGAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AAGCAGCGTCTCCAAGAAAATGCTGTGAGTCCAGCTTTTACCAGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128393 AAGCAGCGTCTCCAAGAAAATGCTGTGAGTCCAGCTTTTACCAGTGATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CACACAAGATGGAGAGAGTGGTGGTGATGACCAGTTTCCCGAGCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128443 CACACAAGATGGAGAGAGTGGTGGTGATGACCAGTTTCCCGAGCAGGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGCTGTCAG         GGCCAGAGGGGATGGACGAACTGATCTCCACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 128493 AGCTGTCAGGTA...AAGGGCCAGAGGGGATGGACGAACTGATCTCCACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CCTTCGGTTGAGGACAAGTCTGAAGAGCCACCAGGCACAGAGCTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130095 CCTTCGGTTGAGGACAAGTCTGAAGAGCCACCAGGCACAGAGCTCCAGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGACACAGAGGCCTCCCACCTTGCTCCCAATCACACCACCTTCCCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130145 GGACACAGAGGCCTCCCACCTTGCTCCCAATCACACCACCTTCCCTAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TCCACAGCCGCAGATTCAGGGA         TTACTGCAGCCAGATGCTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 130195 TCCACAGCCGCAGATTCAGGGAGTG...CAGTTACTGCAGCCAGATGCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AGTAAAGAAGTGGATGCTTGTGTTACCGACCTACTCAAAGAACTGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130938 AGTAAAGAAGTGGATGCTTGTGTTACCGACCTACTCAAAGAACTGGTCCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TTTCCAAGACCGTATGTACCAGAAAGATCCAGTCAAGGCCAAGACTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130988 TTTCCAAGACCGTATGTACCAGAAAGATCCAGTCAAGGCCAAGACTAAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GTCGACTTGTGTTGGGGTTGAGGGAGGTTCTCAAACACCTGAAGCTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131038 GTCGACTTGTGTTGGGGTTGAGGGAGGTTCTCAAACACCTGAAGCTCAAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AAACTGAAATGTGTCATTATTTCTCCCAACTGTGAGAAGATACAGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131088 AAACTGAAATGTGTCATTATTTCTCCCAACTGTGAGAAGATACAGTCAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 AG         GTGGGCTGGATGACACTTTGCACACAATTATTGATTATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131138 AGGTA...CAGGTGGGCTGGATGACACTTTGCACACAATTATTGATTATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CCTGTGAGCAGAACATTCCCTTTGTGTTTGCTCTCAACCGCAAAGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137737 CCTGTGAGCAGAACATTCCCTTTGTGTTTGCTCTCAACCGCAAAGCTCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GGGCGCAGTTTGAATAAGGCAGTTCCTGTCAGTGTGGTGGGGATCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137787 GGGCGCAGTTTGAATAAGGCAGTTCCTGTCAGTGTGGTGGGGATCTTCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 CTATGATGGGGCCCAG         GATCAGTTCCACAAGATGGTTGAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 137837 CTATGATGGGGCCCAGGTG...AAGGATCAGTTCCACAAGATGGTTGAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 TGACAGTGGCGGCCCGACAGGCGTACAAGACCATGCTGGAGAATGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138311 TGACAGTGGCGGCCCGACAGGCGTACAAGACCATGCTGGAGAATGTGCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CAGGAGCTGGTGGGAGAGCCCAGGCCTCAGGCACCTCCCAGCCTACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138361 CAGGAGCTGGTGGGAGAGCCCAGGCCTCAGGCACCTCCCAGCCTACCCAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 ACAGGGCCCCAGCTGCCCTGCAGAAGATGGCCCCCCAGCCCTGAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138411 ACAGGGCCCCAGCTGCCCTGCAGAAGATGGCCCCCCAGCCCTGAAAGAAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 AAGAAGAGCCACACTACA         TTGAAATCTGGAAAAAACATCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 138461 AAGAAGAGCCACACTACAGTG...TAGTTGAAATCTGGAAAAAACATCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 GAAGCATACAGTGGATGTACCCTGGAGCTAGAAGAATCCTTGGAGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139031 GAAGCATACAGTGGATGTACCCTGGAGCTAGAAGAATCCTTGGAGGCTTC

   2450     .    :    .    :    .
   2316 AACCTCTCAAATGATGAATTTGAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||
 139081 AACCTCTCAAATGATGAATTTGAATTTA