seq1 = pF1KB8568.tfa, 2355 bp
seq2 = pF1KB8568/gi568815597f_62339868.tfa (gi568815597f:62339868_62550978), 211111 bp

>pF1KB8568 2355
>gi568815597f:62339868_62550978 (Chr1)

1-170  (100001-100170)   100% ->
171-291  (101621-101741)   100% ->
292-396  (102328-102432)   100% ->
397-557  (103292-103452)   100% ->
558-1249  (104871-105562)   100% ->
1250-1420  (107474-107644)   100% ->
1421-1622  (108598-108799)   100% ->
1623-2355  (110379-111111)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGGTGTCATACCTAGTGAAAGTAATGGACTTTCAAGAGGTAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGGTGTCATACCTAGTGAAAGTAATGGACTTTCAAGAGGTAGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCAAAGAAAAACAGACTTTCCTTAAAGTTTTTTCAGAAAAAGGAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCAAAGAAAAACAGACTTTCCTTAAAGTTTTTTCAGAAAAAGGAAACTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGAGCTTTGGATTTCACAGATTCTCAAGAAAATGAAGAAAAAGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGAGCTTTGGATTTCACAGATTCTCAAGAAAATGAAGAAAAAGCTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAATATAGAGCATCTGAAAT         TGATCAAGTTGTTCCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100151 GAATATAGAGCATCTGAAATGTA...TAGTGATCAAGTTGTTCCTGCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAGTCTTCACCTATAAACTGTGAGAAGAGAGAAAACTTGTTACCATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101642 ACAGTCTTCACCTATAAACTGTGAGAAGAGAGAAAACTTGTTACCATTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGGACTGAATAATCTCGGCAATACTTGCTATCTTAATAGTATACTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101692 TGGGACTGAATAATCTCGGCAATACTTGCTATCTTAATAGTATACTTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292          GTATTATATTTTTGTCCCGGTTTTAAATCTGGAGTAAAGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101742 GTA...TAGGTATTATATTTTTGTCCCGGTTTTAAATCTGGAGTAAAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTATTTAATATTATTTCAAGGAAGAAAGAAGCTCTAAAGGATGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102369 CTTATTTAATATTATTTCAAGGAAGAAAGAAGCTCTAAAGGATGAAGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATCAAAAAGACAAG         GGAAATTGCAAAGAAGATTCTTTGGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102419 ATCAAAAAGACAAGGTA...CAGGGAAATTGCAAAGAAGATTCTTTGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTTATGAATTGATATGCAGTTTACAGTCCTTAATCATTTCGGTTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103319 AGTTATGAATTGATATGCAGTTTACAGTCCTTAATCATTTCGGTTGAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTCCAGGCTAGTTTTCTCTTAAATCCAGAGAAATATACTGATGAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103369 GCTCCAGGCTAGTTTTCTCTTAAATCCAGAGAAATATACTGATGAACTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCACTCAGCCAAGGCGACTGCTTAACACACTGAG         GGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103419 CCACTCAGCCAAGGCGACTGCTTAACACACTGAGGTA...TAGGGAACTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACCCTATGTATGAAGGATATCTACAGCATGATGCACAGGAAGTATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104878 AACCCTATGTATGAAGGATATCTACAGCATGATGCACAGGAAGTATTACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATGTATTTTGGGAAACATTCAAGAAACATGCCAACTCCTAAAAAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104928 ATGTATTTTGGGAAACATTCAAGAAACATGCCAACTCCTAAAAAAAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGTAAAAAATGTGGCAGAATTACCTACTAAGGTAGAAGAAATACCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104978 AAGTAAAAAATGTGGCAGAATTACCTACTAAGGTAGAAGAAATACCTCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCGAAAGAGGAAATGAATGGTATTAACAGCATAGAGATGGACAGTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105028 CCGAAAGAGGAAATGAATGGTATTAACAGCATAGAGATGGACAGTATGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCATTCTGAAGACTTTAAAGAGAAACTCCCAAAAGGAAATGGGAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105078 GCATTCTGAAGACTTTAAAGAGAAACTCCCAAAAGGAAATGGGAAAAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAAGTGACACTGAATTTGGTAACATGAAGAAAAAAGTTAAATTATCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105128 AAAGTGACACTGAATTTGGTAACATGAAGAAAAAAGTTAAATTATCCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAACACCAGTCATTGGAAGAGAACCAGAGACAAACTAGATCAAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105178 GAACACCAGTCATTGGAAGAGAACCAGAGACAAACTAGATCAAAAAGAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGCTACAAGTGATACATTAGAGAGTCCTCCTAAAATAATTCCCAAGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105228 AGCTACAAGTGATACATTAGAGAGTCCTCCTAAAATAATTCCCAAGTATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTTCTGAAAATGAGAGTCCAAGACCCTCACAAAAGAAATCAAGAGTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105278 TTTCTGAAAATGAGAGTCCAAGACCCTCACAAAAGAAATCAAGAGTTAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATAAATTGGTTAAAGTCTGCAACTAAGCAACCCAGCATTCTTTCTAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105328 ATAAATTGGTTAAAGTCTGCAACTAAGCAACCCAGCATTCTTTCTAAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TTGTAGTCTGGGAAAAATAACAACAAACCAAGGAGTCAAAGGACAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105378 TTGTAGTCTGGGAAAAATAACAACAAACCAAGGAGTCAAAGGACAATCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AAGAAAATGAATGTGATCCTGAAGAGGACTTGGGGAAGTGTGAAAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105428 AAGAAAATGAATGTGATCCTGAAGAGGACTTGGGGAAGTGTGAAAGTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AACACAACTAATGGTTGTGGACTTGAATCTCCAGGAAATACTGTTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105478 AACACAACTAATGGTTGTGGACTTGAATCTCCAGGAAATACTGTTACACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TGTAAATGTTAATGAAGTTAAACCCATAAACAAAG         GTGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105528 TGTAAATGTTAATGAAGTTAAACCCATAAACAAAGGTT...TAGGTGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AACAAATTGGTTTTGAGCTAGTGGAGAAATTATTTCAAGGTCAGCTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107480 AACAAATTGGTTTTGAGCTAGTGGAGAAATTATTTCAAGGTCAGCTGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TTAAGGACGCGTTGCTTGGAATGTGAAAGTTTAACAGAAAGAAGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107530 TTAAGGACGCGTTGCTTGGAATGTGAAAGTTTAACAGAAAGAAGAGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TTTTCAAGACATCAGTGTGCCAGTACAAGAAGATGAGCTTTCCAAAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107580 TTTTCAAGACATCAGTGTGCCAGTACAAGAAGATGAGCTTTCCAAAGTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AGGAGAGTTCTGAAA         TTTCTCCAGAGCCAAAAACAGAAATG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107630 AGGAGAGTTCTGAAAGTA...TAGTTTCTCCAGAGCCAAAAACAGAAATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AAGACCCTGAGATGGGCAATTTCACAATTTGCTTCAGTAGAAAGGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108624 AAGACCCTGAGATGGGCAATTTCACAATTTGCTTCAGTAGAAAGGATTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 AGGAGAAGATAAATATTTCTGTGAAAACTGCCATCATTATACTGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108674 AGGAGAAGATAAATATTTCTGTGAAAACTGCCATCATTATACTGAAGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AACGAAGTCTTTTGTTTGACAAAATGCCTGAAGTTATAACTATTCATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108724 AACGAAGTCTTTTGTTTGACAAAATGCCTGAAGTTATAACTATTCATTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 AAGTGCTTTGCTGCTAGTGGTTTGGA         GTTTGATTGTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108774 AAGTGCTTTGCTGCTAGTGGTTTGGAGTA...AAGGTTTGATTGTTATGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 TGGTGGACTTTCCAAGATCAACACTCCTTTATTGACACCTCTTAAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110394 TGGTGGACTTTCCAAGATCAACACTCCTTTATTGACACCTCTTAAATTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CACTAGAAGAATGGAGCACAAAGCCAACTAACGACAGCTATGGATTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110444 CACTAGAAGAATGGAGCACAAAGCCAACTAACGACAGCTATGGATTATTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GCGGTTGTGATGCATAGTGGCATTACAATTAGTAGTGGGCATTACACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110494 GCGGTTGTGATGCATAGTGGCATTACAATTAGTAGTGGGCATTACACTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 TTCTGTTAAAGTCACTGACCTTAACAGTTTAGAACTAGATAAAGGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110544 TTCTGTTAAAGTCACTGACCTTAACAGTTTAGAACTAGATAAAGGAAATT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TTGTGGTTGACCAAATGTGTGAAATAGGTAAGCCAGAACCATTGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110594 TTGTGGTTGACCAAATGTGTGAAATAGGTAAGCCAGAACCATTGAATGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 GAGGAAGCAAGGGGTGTGGTTGAGAATTATAATGATGAAGAAGTGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110644 GAGGAAGCAAGGGGTGTGGTTGAGAATTATAATGATGAAGAAGTGTCAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 TAGAGTTGGTGGAAATACACAGCCAAGTAAAGTTTTGAACAAAAAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110694 TAGAGTTGGTGGAAATACACAGCCAAGTAAAGTTTTGAACAAAAAAAATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 TAGAAGCTATTGGACTTCTTGGAGGACAAAAGAGCAAAGCAGATTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110744 TAGAAGCTATTGGACTTCTTGGAGGACAAAAGAGCAAAGCAGATTATGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 CTATACAACAAAGCCTCTAATCCTGATAAGGTTGCTAGTACAGCGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110794 CTATACAACAAAGCCTCTAATCCTGATAAGGTTGCTAGTACAGCGTTTGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 TGAAAATAGAAATTCTGAGACTAGTGATACTACTGGGACCCATGAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110844 TGAAAATAGAAATTCTGAGACTAGTGATACTACTGGGACCCATGAATCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 ATAGAAACAAGGAATCCAGTGACCAAACAGGCATTAATATTAGTGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110894 ATAGAAACAAGGAATCCAGTGACCAAACAGGCATTAATATTAGTGGATTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 GAGAACAAAATTTCATACGTAGTGCAAAGCTTAAAGGAGTATGAGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110944 GAGAACAAAATTTCATACGTAGTGCAAAGCTTAAAGGAGTATGAGGGGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 GTGGTTGCTTTTTGATGATTCTGAAGTCAAAGTTACTGAAGAGAAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110994 GTGGTTGCTTTTTGATGATTCTGAAGTCAAAGTTACTGAAGAGAAGGACT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 TTCTGAATTCTCTTTCCCCTTCTACATCTCCTACTTCTACTCCTTACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111044 TTCTGAATTCTCTTTCCCCTTCTACATCTCCTACTTCTACTCCTTACTTG

   2400     .    :    .
   2338 CTATTTTATAAGAAATTA
        ||||||||||||||||||
 111094 CTATTTTATAAGAAATTA