seq1 = pF1KB8564.tfa, 2733 bp
seq2 = pF1KB8564/gi568815597f_156546055.tfa (gi568815597f:156546055_156759131), 213077 bp

>pF1KB8564 2733
>gi568815597f:156546055_156759131 (Chr1)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-466  (100747-101121)   100% ->
467-641  (101454-101628)   100% ->
642-769  (101929-102056)   100% ->
770-1063  (102514-102807)   99% ->
1064-1297  (105402-105635)   100% ->
1298-1942  (106194-106838)   99% ->
1943-2050  (110228-110335)   100% ->
2051-2209  (110884-111042)   100% ->
2210-2292  (111621-111703)   100% ->
2293-2437  (112073-112217)   99% ->
2438-2628  (112489-112679)   100% ->
2629-2733  (112973-113077)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAGCTGTTCCTGCCCCTGCTGGCAGCCCTGGTCCTGGCCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAGCTGTTCCTGCCCCTGCTGGCAGCCCTGGTCCTGGCCCAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCTGCAGCTTTAGCAGATGTTCTGGAAGGAGACAGCTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 TCCTGCAGCTTTAGCAGATGTTCTGGAAGGAGACAGCTCAGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGACCGCGCTTTTCGCGTGCGCATCGCGGGCGACGCGCCACTGCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100747 AGGACCGCGCTTTTCGCGTGCGCATCGCGGGCGACGCGCCACTGCAGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGCTCGGCGGCGCCCTCACCATCCCTTGCCACGTCCACTACCTGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100797 GTGCTCGGCGGCGCCCTCACCATCCCTTGCCACGTCCACTACCTGCGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACCGCCGAGCCGCCGGGCTGTGCTGGGCTCTCCGCGGGTCAAGTGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100847 ACCGCCGAGCCGCCGGGCTGTGCTGGGCTCTCCGCGGGTCAAGTGGACTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCTGTCCCGGGGCCGGGAGGCAGAGGTGCTGGTGGCGCGGGGAGTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100897 TCCTGTCCCGGGGCCGGGAGGCAGAGGTGCTGGTGGCGCGGGGAGTGCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCAAGGTGAACGAGGCCTACCGGTTCCGCGTGGCACTGCCTGCGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100947 GTCAAGGTGAACGAGGCCTACCGGTTCCGCGTGGCACTGCCTGCGTACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGCGTCGCTCACCGACGTCTCCCTGGCGCTGAGCGAGCTGCGCCCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100997 AGCGTCGCTCACCGACGTCTCCCTGGCGCTGAGCGAGCTGCGCCCCAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACTCAGGTATCTATCGCTGTGAGGTCCAGCACGGCATCGATGACAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101047 ACTCAGGTATCTATCGCTGTGAGGTCCAGCACGGCATCGATGACAGCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GACGCTGTGGAGGTCAAGGTCAAAG         GGGTCGTCTTTCTCTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101097 GACGCTGTGGAGGTCAAGGTCAAAGGTG...CAGGGGTCGTCTTTCTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCGAGAGGGCTCTGCCCGCTATGCTTTCTCCTTTTCTGGGGCCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101470 CCGAGAGGGCTCTGCCCGCTATGCTTTCTCCTTTTCTGGGGCCCAGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCTGTGCCCGCATTGGAGCCCACATCGCCACCCCGGAGCAGCTCTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101520 CCTGTGCCCGCATTGGAGCCCACATCGCCACCCCGGAGCAGCTCTATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCTACCTTGGGGGCTATGAGCAATGTGATGCTGGCTGGCTGTCGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101570 GCCTACCTTGGGGGCTATGAGCAATGTGATGCTGGCTGGCTGTCGGATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GACCGTGAG         GTATCCCATCCAGACCCCACGAGAGGCCTGTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101620 GACCGTGAGGTG...TAGGTATCCCATCCAGACCCCACGAGAGGCCTGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACGGAGACATGGATGGCTTCCCCGGGGTCCGGAACTATGGTGTGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101961 ACGGAGACATGGATGGCTTCCCCGGGGTCCGGAACTATGGTGTGGTGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCGGATGACCTCTATGATGTGTACTGTTATGCTGAAGACCTAAATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102011 CCGGATGACCTCTATGATGTGTACTGTTATGCTGAAGACCTAAATGGTG.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770      GAGAACTGTTCCTGGGTGACCCTCCAGAAAAGCTGACATTGGAGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 102061 ..CAGGAGAACTGTTCCTGGGTGACCCTCCAGAGAAGCTGACATTGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGCACGGGCGTACTGCCAGGAGCGGGGTGCAGAGATTGCCACCACGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102559 AAGCACGGGCGTACTGCCAGGAGCGGGGTGCAGAGATTGCCACCACGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAACTGTATGCAGCCTGGGATGGTGGCCTGGACCACTGCAGCCCAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102609 CAACTGTATGCAGCCTGGGATGGTGGCCTGGACCACTGCAGCCCAGGGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GCTAGCTGATGGCAGTGTGCGCTACCCCATCGTCACACCCAGCCAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102659 GCTAGCTGATGGCAGTGTGCGCTACCCCATCGTCACACCCAGCCAGCGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GTGGTGGGGGCTTGCCTGGTGTCAAGACTCTCTTCCTCTTCCCCAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102709 GTGGTGGGGGCTTGCCTGGTGTCAAGACTCTCTTCCTCTTCCCCAACCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ACTGGCTTCCCCAATAAGCACAGCCGCTTCAACGTCTACTGCTTCCGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102759 ACTGGCTTCCCCAATAAGCACAGCCGCTTCAACGTCTACTGCTTCCGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1064         ACTCGGCCCAGCCTTCTGCCATCCCTGAGGCCTCCAACCCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102809 TG...CAGACTCGGCCCAGCCTTCTGCCATCCCTGAGGCCTCCAACCCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCTCCAACCCAGCCTCTGATGGACTAGAGGCTATCGTCACAGTGACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105444 CCTCCAACCCAGCCTCTGATGGACTAGAGGCTATCGTCACAGTGACAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 ACCCTGGAGGAACTGCAGCTGCCTCAGGAAGCCACAGAGAGTGAATCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105494 ACCCTGGAGGAACTGCAGCTGCCTCAGGAAGCCACAGAGAGTGAATCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGGGGCCATCTACTCCATCCCCATCATGGAGGACGGAGGAGGTGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105544 TGGGGCCATCTACTCCATCCCCATCATGGAGGACGGAGGAGGTGGAAGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CCACTCCAGAAGACCCAGCAGAGGCCCCTAGGACGCTCCTAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 105594 CCACTCCAGAAGACCCAGCAGAGGCCCCTAGGACGCTCCTAGGTA...TA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1298  AATTTGAAACACAATCCATGGTACCGCCCACGGGGTTCTCAGAAGAGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106193 GAATTTGAAACACAATCCATGGTACCGCCCACGGGGTTCTCAGAAGAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AGGTAAGGCATTGGAGGAAGAAGAGAAATATGAAGATGAAGAAGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106243 AGGTAAGGCATTGGAGGAAGAAGAGAAATATGAAGATGAAGAAGAGAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AGGAGGAAGAAGAAGAGGAGGAGGTGGAGGATGAGGCTCTGTGGGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106293 AGGAGGAAGAAGAAGAGGAGGAGGTGGAGGATGAGGCTCTGTGGGCATGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 CCCAGCGAGCTCAGCAGCCCGGGCCCTGAGGCCTCTCTCCCCACTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106343 CCCAGCGAGCTCAGCAGCCCGGGCCCTGAGGCCTCTCTCCCCACTGAGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 AGCAGCCCAGGAGAAGTCACTCTCCCAGGCGCCAGCAAGGGCAGTCCTGC
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106393 AGCAGCCCAGGAGGAGTCACTCTCCCAGGCGCCAGCAAGGGCAGTCCTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AGCCTGGTGCATCACCACTTCCTGATGGAGAGTCAGAAGCTTCCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106443 AGCCTGGTGCATCACCACTTCCTGATGGAGAGTCAGAAGCTTCCAGGCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 CCAAGGGTCCATGGACCACCTACTGAGACTCTGCCCACTCCCAGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106493 CCAAGGGTCCATGGACCACCTACTGAGACTCTGCCCACTCCCAGGGAGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 GAACCTAGCATCCCCATCACCTTCCACTCTGGTTGAGGCAAGAGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106543 GAACCTAGCATCCCCATCACCTTCCACTCTGGTTGAGGCAAGAGAGGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 GGGAGGCAACTGGTGGTCCTGAGCTATCTGGGGTCCCTCGAGGAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106593 GGGAGGCAACTGGTGGTCCTGAGCTATCTGGGGTCCCTCGAGGAGAGAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 GAGGAGACAGGAAGCTCCGAGGGTGCCCCTTCCCTGCTTCCAGCCACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106643 GAGGAGACAGGAAGCTCCGAGGGTGCCCCTTCCCTGCTTCCAGCCACACG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 GGCCCCTGAGGGTACCAGGGAGCTGGAGGCCCCCTCTGAAGATAATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106693 GGCCCCTGAGGGTACCAGGGAGCTGGAGGCCCCCTCTGAAGATAATTCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 GAAGAACTGCCCCAGCAGGGACCTCAGTGCAGGCCCAGCCAGTGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106743 GAAGAACTGCCCCAGCAGGGACCTCAGTGCAGGCCCAGCCAGTGCTGCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 ACTGACAGCGCCAGCCGAGGTGGAGTGGCCGTGGTCCCCGCATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106793 ACTGACAGCGCCAGCCGAGGTGGAGTGGCCGTGGTCCCCGCATCAGGTA.

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943      GTGACTGTGTCCCCAGCCCCTGCCACAATGGTGGGACATGCTTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106843 ..CAGGTGACTGTGTCCCCAGCCCCTGCCACAATGGTGGGACATGCTTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 AGGAGGAGGAAGGGGTCCGCTGCCTATGTCTGCCTGGCTATGGGGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110273 AGGAGGAGGAAGGGGTCCGCTGCCTATGTCTGCCTGGCTATGGGGGGGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 CTGTGCGATGTTG         GCCTCCGCTTCTGCAACCCCGGCTGGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110323 CTGTGCGATGTTGGTG...CAGGCCTCCGCTTCTGCAACCCCGGCTGGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 CGCCTTCCAGGGCGCCTGCTACAAGCACTTTTCCACACGAAGGAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110912 CGCCTTCCAGGGCGCCTGCTACAAGCACTTTTCCACACGAAGGAGCTGGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 AGGAGGCAGAGACCCAGTGCCGGATGTACGGCGCGCATCTGGCCAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110962 AGGAGGCAGAGACCCAGTGCCGGATGTACGGCGCGCATCTGGCCAGCATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 AGCACACCCGAGGAACAGGACTTCATCAACA         ACCGGTACCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111012 AGCACACCCGAGGAACAGGACTTCATCAACAGTG...TAGACCGGTACCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 GGAGTACCAGTGGATCGGACTCAACGACAGGACCATCGAAGGCGACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111631 GGAGTACCAGTGGATCGGACTCAACGACAGGACCATCGAAGGCGACTTCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 TGTGGTCGGATGGCGTCCCCCTG         CTCTATGAGAACTGGAAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111681 TGTGGTCGGATGGCGTCCCCCTGGTG...CAGCTCTATGAGAACTGGAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2311 CCTGGGCAGCCTGACAGCTACTTCCTGTCTGGAGAGAACTGCGTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112091 CCTGGGCAGCCTGACAGCTACTTCCTGTCTGGAGAGAACTGCGTGGTCAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2361 GGTGTGGCACGATCAGGGACAATGGAGTGACGTGCCCTGCAACTACCACC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112141 GGTGTGGCATGATCAGGGACAATGGAGTGACGTGCCCTGCAACTACCACC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2411 TGTCCTACACCTGCAAGATGGGGCTGG         TGTCCTGTGGGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112191 TGTCCTACACCTGCAAGATGGGGCTGGGTG...CAGTGTCCTGTGGGCCG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2452 CCACCGGAGCTGCCCCTGGCTCAAGTGTTCGGCCGCCCACGGCTGCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112503 CCACCGGAGCTGCCCCTGGCTCAAGTGTTCGGCCGCCCACGGCTGCGCTA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2502 TGAGGTGGACACTGTGCTTCGCTACCGGTGCCGGGAAGGACTGGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112553 TGAGGTGGACACTGTGCTTCGCTACCGGTGCCGGGAAGGACTGGCCCAGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2552 GCAATCTGCCGCTGATCCGATGCCAAGAGAACGGTCGTTGGGAGGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112603 GCAATCTGCCGCTGATCCGATGCCAAGAGAACGGTCGTTGGGAGGCCCCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2602 CAGATCTCCTGTGTGCCCAGAAGACCT         GCCCGAGCTCTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112653 CAGATCTCCTGTGTGCCCAGAAGACCTGTG...CAGGCCCGAGCTCTGCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2643 CCCAGAGGAGGACCCAGAAGGACGTCAGGGGAGGCTACTGGGACGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112987 CCCAGAGGAGGACCCAGAAGGACGTCAGGGGAGGCTACTGGGACGCTGGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :
   2693 AGGCGCTGTTGATCCCCCCTTCCAGCCCCATGCCAGGTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113037 AGGCGCTGTTGATCCCCCCTTCCAGCCCCATGCCAGGTCCC