seq1 = pF1KB8550.tfa, 2718 bp
seq2 = pF1KB8550/gi568815593f_153390889.tfa (gi568815593f:153390889_153911222), 520334 bp

>pF1KB8550 2718
>gi568815593f:153390889_153911222 (Chr5)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-220  (103040-103177)   100% ->
221-460  (256040-256279)   100% ->
461-645  (259442-259626)   100% ->
646-699  (264931-264984)   100% ->
700-861  (283612-283773)   100% ->
862-1029  (286106-286273)   100% ->
1030-1134  (295337-295441)   100% ->
1135-1245  (307156-307266)   100% ->
1246-1452  (307979-308185)   100% ->
1453-1823  (314809-315179)   100% ->
1824-2022  (373546-373744)   100% ->
2023-2270  (379280-379527)   100% ->
2271-2385  (403733-403847)   100% ->
2386-2520  (411468-411602)   100% ->
2521-2718  (420137-420334)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCACATTTTTGCCTTCTTCTGCACCGGTTTCCTAGGCGCGGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCACATTTTTGCCTTCTTCTGCACCGGTTTCCTAGGCGCGGTAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGTGCCAATTTCCCCAACAATATCCAGATCG         GGGGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 AGGTGCCAATTTCCCCAACAATATCCAGATCGGTG...TAGGGGGATTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCCAAACCAGCAGTCACAGGAACATGCTGCTTTTAGATTTGCTTTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103049 TTCCAAACCAGCAGTCACAGGAACATGCTGCTTTTAGATTTGCTTTGTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAACTCACAGAGCCCCCGAAGCTGCTCCCCCAGATTGATATTGTGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103099 CAACTCACAGAGCCCCCGAAGCTGCTCCCCCAGATTGATATTGTGAACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCGACAGCTTTGAGATGACCTATAGAT         TCTGTTCCCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103149 CAGCGACAGCTTTGAGATGACCTATAGATGTA...TAGTCTGTTCCCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTCCAAAGGAGTCTATGCCATCTTTGGGTTTTATGAACGTAGGACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256052 TCTCCAAAGGAGTCTATGCCATCTTTGGGTTTTATGAACGTAGGACTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACATGCTGACCTCCTTTTGTGGGGCCCTCCACGTCTGCTTCATTACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256102 AACATGCTGACCTCCTTTTGTGGGGCCCTCCACGTCTGCTTCATTACGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAGCTTTCCCGTTGATACATCCAATCAGTTTGTCCTTCAGCTGCGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256152 GAGCTTTCCCGTTGATACATCCAATCAGTTTGTCCTTCAGCTGCGCCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACTGCAGGATGCCCTCATCAGCATCATTGACCATTACAAGTGGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256202 AACTGCAGGATGCCCTCATCAGCATCATTGACCATTACAAGTGGCAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTGTCTACATTTATGATGCCGACCGGG         GCTTATCCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 256252 TTTGTCTACATTTATGATGCCGACCGGGGTA...TAGGCTTATCCGTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAGAAAGTCCTGGATACAGCTGCTGAGAAGAACTGGCAGGTGACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259455 GCAGAAAGTCCTGGATACAGCTGCTGAGAAGAACTGGCAGGTGACAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCAACATTTTGACAACCACAGAGGAGGGATACCGGATGCTCTTTCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259505 TCAACATTTTGACAACCACAGAGGAGGGATACCGGATGCTCTTTCAGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGGAGAAGAAAAAGGAGCGGCTGGTGGTGGTGGACTGTGAATCAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259555 CTGGAGAAGAAAAAGGAGCGGCTGGTGGTGGTGGACTGTGAATCAGAACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTCAATGCTATCTTGGGCCAG         ATTATAAAGCTAGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 259605 CCTCAATGCTATCTTGGGCCAGGTA...TAGATTATAAAGCTAGAGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGGCATCGGCTACCACTACATTCTTGCAAATCTG         GGCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 264950 ATGGCATCGGCTACCACTACATTCTTGCAAATCTGGTG...CAGGGCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGGACATTGACTTAAACAAATTCAAGGAGAGTGGCGCCAATGTGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283618 ATGGACATTGACTTAAACAAATTCAAGGAGAGTGGCGCCAATGTGACAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTTCCAGCTGGTGAACTACACAGACACTATTCCGGCCAAGATCATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283668 TTTCCAGCTGGTGAACTACACAGACACTATTCCGGCCAAGATCATGCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGTGGAAGAATAGTGATGCTCGAGACCACACACGGGTGGACTGGAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283718 AGTGGAAGAATAGTGATGCTCGAGACCACACACGGGTGGACTGGAAGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCCAAG         TACACCTCTGCGCTCACCTACGATGGGGTGAAGGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283768 CCCAAGGTG...TAGTACACCTCTGCGCTCACCTACGATGGGGTGAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GATGGCTGAGGCTTTCCAGAGCCTGCGGAGGCAGAGAATTGATATATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286141 GATGGCTGAGGCTTTCCAGAGCCTGCGGAGGCAGAGAATTGATATATCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCCGGGGGAATGCTGGGGATTGTCTGGCTAACCCAGCTGTTCCCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 286191 GCCGGGGGAATGCTGGGGATTGTCTGGCTAACCCAGCTGTTCCCTGGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAAGGGATCGACATCCAGAGAGCTCTGCAGCAG         GTGCGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 286241 CAAGGGATCGACATCCAGAGAGCTCTGCAGCAGGTA...CAGGTGCGATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGAAGGTTTAACAGGAAACGTGCAGTTTAATGAGAAAGGACGCCGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295345 TGAAGGTTTAACAGGAAACGTGCAGTTTAATGAGAAAGGACGCCGGACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACTACACGCTCCACGTGATTGAAATGAAACATGACGGCATCCGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 295395 ACTACACGCTCCACGTGATTGAAATGAAACATGACGGCATCCGAAAGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1135       ATTGGTTACTGGAATGAAGATGATAAGTTTGTCCCTGCAGCCAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295445 ...CAGATTGGTTACTGGAATGAAGATGATAAGTTTGTCCCTGCAGCCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CGATGCCCAAGCTGGGGGCGATAATTCAAGTGTTCAGAACAGAACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307200 CGATGCCCAAGCTGGGGGCGATAATTCAAGTGTTCAGAACAGAACATACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCGTCACAACAATCCTA         GAAGATCCTTATGTGATGCTCAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 307250 TCGTCACAACAATCCTAGTG...CAGGAAGATCCTTATGTGATGCTCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAGAACGCCAATCAGTTTGAGGGCAATGACCGTTACGAGGGCTACTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308003 AAGAACGCCAATCAGTTTGAGGGCAATGACCGTTACGAGGGCTACTGTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGAGCTGGCGGCAGAGATTGCCAAGCACGTGGGCTACTCCTACCGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308053 AGAGCTGGCGGCAGAGATTGCCAAGCACGTGGGCTACTCCTACCGTCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGATTGTCAGTGATGGAAAATACGGAGCCCGAGACCCTGACACGAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308103 AGATTGTCAGTGATGGAAAATACGGAGCCCGAGACCCTGACACGAAGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TGGAATGGCATGGTGGGAGAGCTGGTCTATGGA         AGAGCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 308153 TGGAATGGCATGGTGGGAGAGCTGGTCTATGGAGTA...CAGAGAGCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGTGGCTGTGGCTCCCTTAACTATCACTTTGGTCCGGGAAGAAGTTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314817 TGTGGCTGTGGCTCCCTTAACTATCACTTTGGTCCGGGAAGAAGTTATAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ATTTCTCCAAACCATTTATGAGTTTGGGGATCTCCATCATGATTAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314867 ATTTCTCCAAACCATTTATGAGTTTGGGGATCTCCATCATGATTAAAAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CCACAGAAATCCAAGCCGGGTGTCTTCTCCTTCCTTGATCCTTTGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314917 CCACAGAAATCCAAGCCGGGTGTCTTCTCCTTCCTTGATCCTTTGGCTTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGAGATTTGGATGTGCATTGTTTTTGCCTACATTGGAGTGAGTGTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314967 TGAGATTTGGATGTGCATTGTTTTTGCCTACATTGGAGTGAGTGTTGTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TCTTCCTGGTCAGCCGCTTCAGTCCCTATGAATGGCACAGTGAAGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315017 TCTTCCTGGTCAGCCGCTTCAGTCCCTATGAATGGCACAGTGAAGAGTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GAGGAAGGACGGGACCAGACAACCAGTGACCAGTCCAATGAGTTTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315067 GAGGAAGGACGGGACCAGACAACCAGTGACCAGTCCAATGAGTTTGGGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 ATTCAACAGTTTGTGGTTCTCCCTGGGAGCCTTCATGCAGCAAGGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315117 ATTCAACAGTTTGTGGTTCTCCCTGGGAGCCTTCATGCAGCAAGGATGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 ACATTTCTCCCAG         GTCCCTGTCTGGTCGCATCGTTGGTGGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 315167 ACATTTCTCCCAGGTC...CAGGTCCCTGTCTGGTCGCATCGTTGGTGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GTCTGGTGGTTCTTCACCTTAATCATCATCTCCTCATATACAGCCAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373574 GTCTGGTGGTTCTTCACCTTAATCATCATCTCCTCATATACAGCCAATCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 GGCCGCCTTCCTGACCGTGGAGAGGATGGTGTCTCCCATTGAGAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373624 GGCCGCCTTCCTGACCGTGGAGAGGATGGTGTCTCCCATTGAGAGTGCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 AGGACCTAGCGAAGCAGACAGAAATTGCCTACGGGACGCTGGAAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373674 AGGACCTAGCGAAGCAGACAGAAATTGCCTACGGGACGCTGGAAGCAGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 TCTACTAAGGAGTTCTTCAGG         AGGTCTAAAATTGCTGTGTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 373724 TCTACTAAGGAGTTCTTCAGGGTA...CAGAGGTCTAAAATTGCTGTGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TGAGAAGATGTGGACATACATGAAGTCAGCAGAGCCATCAGTTTTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379300 TGAGAAGATGTGGACATACATGAAGTCAGCAGAGCCATCAGTTTTTGTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 GGACCACAGAGGAGGGGATGATTCGAGTGAGGAAATCCAAAGGCAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379350 GGACCACAGAGGAGGGGATGATTCGAGTGAGGAAATCCAAAGGCAAATAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 GCCTACCTCCTGGAGTCCACCATGAATGAGTACATTGAGCAGCGGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379400 GCCTACCTCCTGGAGTCCACCATGAATGAGTACATTGAGCAGCGGAAACC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 CTGTGACACCATGAAGGTGGGAGGTAACTTGGATTCCAAAGGCTATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 379450 CTGTGACACCATGAAGGTGGGAGGTAACTTGGATTCCAAAGGCTATGGCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 TTGCAACACCCAAGGGGTCTGCCCTGAG         AAATCCAGTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 379500 TTGCAACACCCAAGGGGTCTGCCCTGAGGTA...AAGAAATCCAGTAAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 CTGGCAGTGTTAAAACTGAACGAGCAGGGGCTTTTGGACAAATTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403746 CTGGCAGTGTTAAAACTGAACGAGCAGGGGCTTTTGGACAAATTGAAAAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 CAAATGGTGGTACGACAAGGGCGAGTGCGGCAGCGGGGGAGGTGATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403796 CAAATGGTGGTACGACAAGGGCGAGTGCGGCAGCGGGGGAGGTGATTCCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 AG         GACAAGACAAGCGCTCTGAGCCTCAGCAATGTGGCAGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 403846 AGGTC...TAGGACAAGACAAGCGCTCTGAGCCTCAGCAATGTGGCAGGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 GTGTTCTACATCCTGATCGGAGGACTTGGACTAGCCATGCTGGTTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 411507 GTGTTCTACATCCTGATCGGAGGACTTGGACTAGCCATGCTGGTTGCCTT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 AATCGAGTTCTGCTACAAATCCCGTAGTGAATCCAAGCGGATGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 411557 AATCGAGTTCTGCTACAAATCCCGTAGTGAATCCAAGCGGATGAAGGTG.

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521      GGTTTTTGTTTGATCCCACAGCAATCCATCAACGAAGCCATACGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 411607 ..AAGGGTTTTTGTTTGATCCCACAGCAATCCATCAACGAAGCCATACGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 ACATCGACCCTCCCCCGCAACAGCGGGGCAGGAGCCAGCAGCGGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 420182 ACATCGACCCTCCCCCGCAACAGCGGGGCAGGAGCCAGCAGCGGCGGCAG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 TGGAGAGAATGGTCGGGTGGTCAGCCATGACTTCCCCAAGTCCATGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 420232 TGGAGAGAATGGTCGGGTGGTCAGCCATGACTTCCCCAAGTCCATGCAAT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2666 CGATTCCTTGCATGAGCCACAGTTCAGGGATGCCCTTGGGAGCCACGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 420282 CGATTCCTTGCATGAGCCACAGTTCAGGGATGCCCTTGGGAGCCACGGGA

   2850 
   2716 TTG
        |||
 420332 TTG