seq1 = pF1KB8549.tfa, 2970 bp
seq2 = pF1KB8549/gi568815589r_128157070.tfa (gi568815589r:128157070_128375940), 218871 bp

>pF1KB8549 2970
>gi568815589r:128157070_128375940 (Chr9)

(complement)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-171  (101969-102091)   100% ->
172-276  (107417-107521)   100% ->
277-320  (107781-107824)   100% ->
321-384  (107944-108007)   100% ->
385-444  (108424-108483)   100% ->
445-525  (108667-108747)   100% ->
526-564  (109616-109654)   100% ->
565-615  (109921-109971)   100% ->
616-709  (110060-110153)   100% ->
710-816  (110250-110356)   100% ->
817-875  (112849-112907)   100% ->
876-1017  (113237-113378)   100% ->
1018-1107  (114184-114273)   100% ->
1108-1215  (114380-114487)   100% ->
1216-1303  (114682-114769)   100% ->
1304-1641  (115139-115476)   100% ->
1642-1755  (115752-115865)   100% ->
1756-1980  (116550-116774)   100% ->
1981-2056  (116859-116934)   100% ->
2057-2172  (117371-117486)   100% ->
2173-2391  (117743-117961)   100% ->
2392-2494  (118049-118151)   100% ->
2495-2601  (118234-118340)   100% ->
2602-2758  (118416-118572)   100% ->
2759-2970  (118660-118871)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGAAGAAACCCGACAGAGCAAATTGGCCGCAGCGAAGAAAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGTCGGAAGAAACCCGACAGAGCAAATTGGCCGCAGCGAAGAAAAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        TTGAGAGAATATCAGCAGAGGAATAGCCCTGGTGTTCCTACAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...CAGTTGAGAGAATATCAGCAGAGGAATAGCCCTGGTGTTCCTACAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGCGAAAAAGAAGAAGAAAATAAAAAATGGCAGTAACCCTGAGACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102012 GAGCGAAAAAGAAGAAGAAAATAAAAAATGGCAGTAACCCTGAGACAACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTTCTGGTGGTTGCCACTCACCTGAGGAT         ACACCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102062 ACTTCTGGTGGTTGCCACTCACCTGAGGATGTG...CAGACACCCAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAATGCTGCTACTCTACAACCATCTGATGACACCGTGTTACCTGGCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107428 CAATGCTGCTACTCTACAACCATCTGATGACACCGTGTTACCTGGCGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCCTTCCCCTGGTGCCAGTCTCACTAGCATGGCGGCATCTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107478 TCCCTTCCCCTGGTGCCAGTCTCACTAGCATGGCGGCATCTCAGGTT...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    277    AATCATGATGCTGACAATGTCCCTAATCTCATGGATGAAACCAA   
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 107778 CAGAATCATGATGCTGACAATGTCCCTAATCTCATGGATGAAACCAAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    321       GACTTTCTCATCAACCGAGAGCCTGCGACAACTCTCCCAACAGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107828 ...TAGGACTTTCTCATCAACCGAGAGCCTGCGACAACTCTCCCAACAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCAATGGTCTTGTTTGTGAG         TCTGCGACATGTGTCAATGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107988 TCAATGGTCTTGTTTGTGAGGTA...TAGTCTGCGACATGTGTCAATGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAGGGCCCTGCATCGTCTGCTAACCTGAAGGATCTGGAG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108445 GAGGGCCCTGCATCGTCTGCTAACCTGAAGGATCTGGAGGTA...CAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 CCGGTACCAACAGCTAGCGGTAGCCCTGGACTCCAGCTATGTAACAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108669 CCGGTACCAACAGCTAGCGGTAGCCCTGGACTCCAGCTATGTAACAAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AACAACTCAATATCACGATAGAGAAATTG         AAACAACAGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108719 AACAACTCAATATCACGATAGAGAAATTGGTA...CAGAAACAACAGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CAAGAAATTACGGATCAGTTGGAAGAA         GAAAAGAAAGAATG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109628 CAAGAAATTACGGATCAGTTGGAAGAAGTA...TAGGAAAAGAAAGAATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 CCACCAAAAGCAGGGAGCCCTAAGGGAGCAGTTACAG         GTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109935 CCACCAAAAGCAGGGAGCCCTAAGGGAGCAGTTACAGGTG...AAGGTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 ACATTCAGACCATAGGGATCCTCGTATCAGAGAAAGCTGAGTTACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110064 ACATTCAGACCATAGGGATCCTCGTATCAGAGAAAGCTGAGTTACAGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 GCCCTGGCTCACACTCAGCATGCTGCCAGGCAGAAAGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110114 GCCCTGGCTCACACTCAGCATGCTGCCAGGCAGAAAGAAGGTG...CAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    711 AGAGTCTGAAGATCTGGCCAGCCGCCTGCAGTATTCCCGGCGGCGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110251 AGAGTCTGAAGATCTGGCCAGCCGCCTGCAGTATTCCCGGCGGCGTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 GAGAGTTGGAGCGGGCTCTCTCTGCTGTCTCCACGCAGCAGAAGAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110301 GAGAGTTGGAGCGGGCTCTCTCTGCTGTCTCCACGCAGCAGAAGAAGGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 GACAGG         TACAACAAGGAGTTAACCAAAGAGAGAGACGCCCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110351 GACAGGGTG...CAGTACAACAAGGAGTTAACCAAAGAGAGAGACGCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 CAGGCTGGAGTTATACAAGAACAC         CCAAAGCAATGAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112884 CAGGCTGGAGTTATACAAGAACACGTA...TAGCCAAAGCAATGAGGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 TGAAGCAAGAGAAATCAGAATTGGAAGAGAAGCTTCGGGTCCTAGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113254 TGAAGCAAGAGAAATCAGAATTGGAAGAGAAGCTTCGGGTCCTAGTGACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 GAGAAGGCTGGCATGCAGCTTAACTTGGAAGAATTGCAAAAGAAGTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113304 GAGAAGGCTGGCATGCAGCTTAACTTGGAAGAATTGCAAAAGAAGTTAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 GATGACGGAACTCCTGCTTCAACAG         TTTTCAAGCCGGTGTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 113354 GATGACGGAACTCCTGCTTCAACAGGCA...CAGTTTTCAAGCCGGTGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 AAGCCCCTGATGCTAACCAGCAGTTACAGCAGGCCATGGAGGAGCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114200 AAGCCCCTGATGCTAACCAGCAGTTACAGCAGGCCATGGAGGAGCGGGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 CAGCTGGAAGCACACCTGGGGCAG         GTAATGGAGTCGGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114250 CAGCTGGAAGCACACCTGGGGCAGGTG...CAGGTAATGGAGTCGGTTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125 ACAACTACAAATGGAGAGAGATAAATATGCGGAGAATCTCAAAGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114397 ACAACTACAAATGGAGAGAGATAAATATGCGGAGAATCTCAAAGGAGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 GCGCCATGTGGCGGCAGAGGATGCAGCAGATGTCAGAGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 114447 GCGCCATGTGGCGGCAGAGGATGCAGCAGATGTCAGAGCAGGTG...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216 GTGCACACATTGAGAGAGGAGAAGGAATGTAGCATGAGTCGGGTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114682 GTGCACACATTGAGAGAGGAGAAGGAATGTAGCATGAGTCGGGTACAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 GCTGGAGACGAGCTTGGCTGAACTGAGGAACCAGATGG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 114732 GCTGGAGACGAGCTTGGCTGAACTGAGGAACCAGATGGGTA...CAGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307 AACCCCCGCCCCCAGAGCCCCCAGCAGGGCCCTCCGAGGTGGAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115142 AACCCCCGCCCCCAGAGCCCCCAGCAGGGCCCTCCGAGGTGGAGCAGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1357 CTACAAGCGGAGGCTGAGCACCTGCGGAAGGAGCTGGAGGGTCTGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115192 CTACAAGCGGAGGCTGAGCACCTGCGGAAGGAGCTGGAGGGTCTGGCAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 ACAGCTTCAAGCCCAGGTGCAAGACAATGAGGGCTTGAGTCGCCTGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115242 ACAGCTTCAAGCCCAGGTGCAAGACAATGAGGGCTTGAGTCGCCTGAACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 GGGAGCAGGAGGAGAGGCTGCTGGAGCTGGAGCGGGCGGCCGAGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115292 GGGAGCAGGAGGAGAGGCTGCTGGAGCTGGAGCGGGCGGCCGAGCTCTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GGGGAGCAGGCGGAGGCGCGCAGGCAAATCCTGGAGACCATGCAGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115342 GGGGAGCAGGCGGAGGCGCGCAGGCAAATCCTGGAGACCATGCAGAACGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 CCGCACTACCATCAGCCGCGCACTCTCCCAGAACCGGGAGCTCAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115392 CCGCACTACCATCAGCCGCGCACTCTCCCAGAACCGGGAGCTCAAGGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 AGCTGGCTGAGCTGCAGAGCGGATTTGTAAAGCTG         ACTAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 115442 AGCTGGCTGAGCTGCAGAGCGGATTTGTAAAGCTGGTG...CAGACTAAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 GAGAACATGGAGATCACCAGCGCACTGCAGTCGGAGCAGCACGTCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115758 GAGAACATGGAGATCACCAGCGCACTGCAGTCGGAGCAGCACGTCAAGAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 GGAGCTGGGAAAGAAGCTGGGCGAGCTGCAGGAGAAGCTGAGCGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115808 GGAGCTGGGAAAGAAGCTGGGCGAGCTGCAGGAGAAGCTGAGCGAGCTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 AGGAAACG         GTGGAGCTGAAGAGCCAAGAGGCTCAAAGTCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 115858 AGGAAACGGTA...CAGGTGGAGCTGAAGAGCCAAGAGGCTCAAAGTCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 CAGCAGCAGCGAGACCAGTACCTGGGACACCTGCAGCAGTATGTGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116583 CAGCAGCAGCGAGACCAGTACCTGGGACACCTGCAGCAGTATGTGGCCGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 CTATCAGCAGCTGACCTCTGAGAAGGAGGTGCTGCATAATCAGCTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116633 CTATCAGCAGCTGACCTCTGAGAAGGAGGTGCTGCATAATCAGCTACTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 TGCAGACCCAGCTCGTGGACCAGCTGCAGCAGCAGGAAGCTCAGGGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116683 TGCAGACCCAGCTCGTGGACCAGCTGCAGCAGCAGGAAGCTCAGGGCAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 GCGGTGGCCGAGATGGCCCGCCAAGAGTTGCAGGAAACCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 116733 GCGGTGGCCGAGATGGCCCGCCAAGAGTTGCAGGAAACCCAGGTG...TA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1981  GAGCGCCTGGAAGCTGCCACCCAGCAGAATCAGCAGCTACGGGCCCAGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116858 GGAGCGCCTGGAAGCTGCCACCCAGCAGAATCAGCAGCTACGGGCCCAGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 TGAGCCTCATGGCTCACCCTGGGGAAG         GAGATGGACTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116908 TGAGCCTCATGGCTCACCCTGGGGAAGGTA...TAGGAGATGGACTGGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 CGGGAGGAGGAGGAGGATGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGCGGTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117385 CGGGAGGAGGAGGAGGATGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGCGGTGGCAGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 ACCTCAGCCCATGCCAAGCATCCCGGAGGACCTGGAGAGCCGGGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117435 ACCTCAGCCCATGCCAAGCATCCCGGAGGACCTGGAGAGCCGGGAAGCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 TG         GTGGCATTTTTCAACTCAGCTGTAGCCAGTGCCGAGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117485 TGGTG...CAGGTGGCATTTTTCAACTCAGCTGTAGCCAGTGCCGAGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 GAGCAGGCAAGGCTACGTGGGCAGCTGAAGGAGCAAAGGGTGCGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117782 GAGCAGGCAAGGCTACGTGGGCAGCTGAAGGAGCAAAGGGTGCGCTGCCG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2262 GCGCCTGGCTCACCTGCTGGCCTCGGCCCAGAAGGAGCCTGAGGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117832 GCGCCTGGCTCACCTGCTGGCCTCGGCCCAGAAGGAGCCTGAGGCAGCAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 CCCCAGCCCCAGGGACCGGGGGTGATTCTGTGTGTGGGGAGACCCACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117882 CCCCAGCCCCAGGGACCGGGGGTGATTCTGTGTGTGGGGAGACCCACCGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 GCCCTGCAGGGGGCCATGGAGAAGCTGCAG         AGCCGCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 117932 GCCCTGCAGGGGGCCATGGAGAAGCTGCAGGTG...CAGAGCCGCTTTAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2403 GGAGCTCATGCAGGAGAAGGCAGACCTGAAGGAGAGGGTAGAGGAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118060 GGAGCTCATGCAGGAGAAGGCAGACCTGAAGGAGAGGGTAGAGGAACTGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 AACATCGCTGCATCCAGCTTTCTGGAGAGACAGACACCATTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 118110 AACATCGCTGCATCCAGCTTTCTGGAGAGACAGACACCATTGGTG...CA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2495  GAGAGTACATTGCACTGTACCAGAGCCAGAGGGCAGTGCTGAAGGAGCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118233 GGAGAGTACATTGCACTGTACCAGAGCCAGAGGGCAGTGCTGAAGGAGCG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2544 GCACCGGGAGAAGGAGGAGTACATCAGCAGGCTGGCCCAAGACAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118283 GCACCGGGAGAAGGAGGAGTACATCAGCAGGCTGGCCCAAGACAAGGAGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2594 AGATGAAG         GTGAAGCTGCTGGAGCTGCAGGAGCTGGTCTTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 118333 AGATGAAGGTA...CAGGTGAAGCTGCTGGAGCTGCAGGAGCTGGTCTTA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2635 CGGCTTGTGGGCGACCGCAACGAGTGGCATGGCAGATTCCTGGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118449 CGGCTTGTGGGCGACCGCAACGAGTGGCATGGCAGATTCCTGGCAGCTGC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2685 CCAGAACCCTGCTGATGAGCCCACTTCAGGGGCCCCAGCCCCCCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118499 CCAGAACCCTGCTGATGAGCCCACTTCAGGGGCCCCAGCCCCCCAGGAAC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2735 TTGGGGCTGCCAACCAGCAGGGTG         ATCTTTGCGAGGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 118549 TTGGGGCTGCCAACCAGCAGGGTGGTG...AAGATCTTTGCGAGGTGAGC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2776 CTCGCCGGCAGTGTGGAGCCTGCCCAAGGAGAGGCCAGGGAGGGTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118677 CTCGCCGGCAGTGTGGAGCCTGCCCAAGGAGAGGCCAGGGAGGGTTCTCC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2826 CCGTGACAACCCCACTGCACAGCAGATCATGCAGCTGCTTCGTGAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118727 CCGTGACAACCCCACTGCACAGCAGATCATGCAGCTGCTTCGTGAGATGC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2876 AGAACCCCCGGGAGCGCCCAGGCTTGGGCAGCAACCCCTGCATTCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118777 AGAACCCCCGGGAGCGCCCAGGCTTGGGCAGCAACCCCTGCATTCCTTTT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2926 TTTTACCGGGCTGACGAGAATGATGAGGTGAAGATCACTGTCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118827 TTTTACCGGGCTGACGAGAATGATGAGGTGAAGATCACTGTCATC