seq1 = pF1KB8544.tfa, 2706 bp
seq2 = pF1KB8544/gi568815580f_22836852.tfa (gi568815580f:22836852_23126237), 289386 bp

>pF1KB8544 2706
>gi568815580f:22836852_23126237 (Chr18)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-152  (109593-109635)   100% ->
153-248  (112767-112862)   100% ->
249-361  (131955-132067)   100% ->
362-428  (138302-138368)   100% ->
429-604  (145367-145542)   100% ->
605-709  (148035-148139)   100% ->
710-807  (152370-152467)   100% ->
808-920  (154086-154198)   100% ->
921-1812  (155897-156788)   99% ->
1813-1939  (156870-156996)   100% ->
1940-2028  (159523-159611)   100% ->
2029-2143  (160769-160883)   99% ->
2144-2302  (164720-164878)   100% ->
2303-2372  (169512-169581)   100% ->
2373-2469  (179977-180073)   100% ->
2470-2611  (185278-185419)   100% ->
2612-2706  (189292-189386)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACATCTCGGGAAGCAGCTGTGGAAGCCCTAACTCTGCAGATACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACATCTCGGGAAGCAGCTGTGGAAGCCCTAACTCTGCAGATACATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGTGACTTTAAGGACCTTTGGACAAAACTAAAAGAATGTCATGATAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGTGACTTTAAGGACCTTTGGACAAAACTAAAAGAATGTCATGATAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGTACAAG         GTTTACAAGTAAAAGTAACCAAGCTAAAACAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGTACAAGGTA...CAGGTTTACAAGTAAAAGTAACCAAGCTAAAACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAACGAATCTT         AGATGCACAAAGACTAGAAGAATTCTTCAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109625 GAACGAATCTTGTA...TAGAGATGCACAAAGACTAGAAGAATTCTTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAAAATCAACAGCTGAGGGAACAGCAGAAAGTCCTTCATGAAACCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112797 CAAAAATCAACAGCTGAGGGAACAGCAGAAAGTCCTTCATGAAACCATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGTTTTAGAAGATCG         GTTAAGAGCAGGCTTATGTGATCGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112847 AAGTTTTAGAAGATCGGTG...TAGGTTAAGAGCAGGCTTATGTGATCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGTGCAGTAACTGAAGAACATATGCGGAAAAAACAGCAAGAGTTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131980 TGTGCAGTAACTGAAGAACATATGCGGAAAAAACAGCAAGAGTTTGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TATCCGGCAGCAGAATCTTAAACTTATTACAGAACTTA         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 132030 TATCCGGCAGCAGAATCTTAAACTTATTACAGAACTTAGTG...AAGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGAAAGGAATACTCTACAGGAAGAAAATAAAAAGCTTTCTGAACAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138305 ATGAAAGGAATACTCTACAGGAAGAAAATAAAAAGCTTTCTGAACAACTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGCAGAAAATTGA         GAATGATCAACAGCATCAAGCAGCTGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 138355 CAGCAGAAAATTGAGTA...TAGGAATGATCAACAGCATCAAGCAGCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCTTGAATGTGAGGAAGACGTTATTCCAGATTCACCGATAACAGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145394 GCTTGAATGTGAGGAAGACGTTATTCCAGATTCACCGATAACAGCCTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CATTTTCTGGCGTTAACCGGCTACGAAGAAAGGAGAACCCCCATGTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145444 CATTTTCTGGCGTTAACCGGCTACGAAGAAAGGAGAACCCCCATGTCCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACATAGAACAAACACATACTAAATTGGAGCACTCTGTGTGTGCAAATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 145494 TACATAGAACAAACACATACTAAATTGGAGCACTCTGTGTGTGCAAATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605         AAATGAGAAAAGTTTCCAAGTCTTCAACTCATCCACAACATA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145544 TA...TAGAAATGAGAAAAGTTTCCAAGTCTTCAACTCATCCACAACATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATCCTAATGAAAATGAAATTCTAGTAGCTGACACTTATGACCAAAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148077 ATCCTAATGAAAATGAAATTCTAGTAGCTGACACTTATGACCAAAGTCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCTCCAATGGCCA         AAGCACATGGAACAAGCAGCTATACCCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 148127 TCTCCAATGGCCAGTA...TAGAAGCACATGGAACAAGCAGCTATACCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGATAAGTCATCTTTTAATTTAGCTACAGTTGTTGCTGAAACACTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152398 TGATAAGTCATCTTTTAATTTAGCTACAGTTGTTGCTGAAACACTTGGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTGGTGTTCAAGAAGAATCT         GAAACTCAAGGTCCCATGAGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 152448 TTGGTGTTCAAGAAGAATCTGTA...AAGGAAACTCAAGGTCCCATGAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCCCTTGGTGATGAGCTCTACCACTGTCTGGAAGGAAATCACAAGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154107 CCCCTTGGTGATGAGCTCTACCACTGTCTGGAAGGAAATCACAAGAAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCCTTTTGAGGAATCTACAAGAAATACTGAAGATAGTTTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 154157 GCCTTTTGAGGAATCTACAAGAAATACTGAAGATAGTTTAAGGTA...TA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    921  ATTTTCAGATTCTACTTCAAAGACTCCTCCTCAAGAAGAATTACCTACT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155896 GATTTTCAGATTCTACTTCAAAGACTCCTCCTCAAGAAGAATTACCTACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGAGTGTCATCTCCTGTATTTGGAGCTACCTCTAGTATCAAAAGTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155946 CGAGTGTCATCTCCTGTATTTGGAGCTACCTCTAGTATCAAAAGTGGTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGATTTGAATACAAGTTTGTCCCCTTCTCTTTTACAGCCTGGGAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155996 AGATTTGAATACAAGTTTGTCCCCTTCTCTTTTACAGCCTGGGAAAAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AACATCTGAAAACACTCCCTTTTAGCAACACTTGTATATCTAGATTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156046 AACATCTGAAAACACTCCCTTTTAGCAACACTTGTATATCTAGATTAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAAACTAGATCAAAATCTGAAGATAGTGCCCTTTTCACACATCACAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156096 AAAACTAGATCAAAATCTGAAGATAGTGCCCTTTTCACACATCACAGTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGGGTCTGAAGTGAACAAGATCATTATCCAGTCATCTAATAAACAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156146 TGGGTCTGAAGTGAACAAGATCATTATCCAGTCATCTAATAAACAGATAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTATAAATAAAAATATAAGTGAATCCCTAGGTGAACAGAATAGGACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156196 TTATAAATAAAAATATAAGTGAATCCCTAGGTGAACAGAATAGGACTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TACGGTAAAGATTCTAACACTGATAAACATTTGGAGCCCCTGAAATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156246 TACGGTAAAGATTCTAACACTGATAAACATTTGGAGCCCCTGAAATCATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGGAGGCCGAACATCCAAAAGGAAGAAAACTGAGGAAGAAAGTGAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156296 GGGAGGCCGAACATCCAAAAGGAAGAAAACTGAGGAAGAAAGTGAACATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AAGTAAGCTGCCCCCAAGCTTCTTTTGATAAAGAAAATGCTTTCCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156346 AAGTAAGCTGCCCCCAAGCTTCTTTTGATAAAGAAAATGCTTTCCCTTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CCAATGGATAATCAGTTTTCCATGAATGGAGACTGTGTGATGTATAAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 156396 CCAATGGATAATCAGTTTTCCATGAATGGAGACTGTGTGATGGATAAACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TCTGGATCTGTCTGATCGATTTTCAGCTATTCAGCGTCAAGAGAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156446 TCTGGATCTGTCTGATCGATTTTCAGCTATTCAGCGTCAAGAGAAAAGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AAGGAAGTGAGACTTCTAAAAACAAATTTAGGCAAGTGACTCTTTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156496 AAGGAAGTGAGACTTCTAAAAACAAATTTAGGCAAGTGACTCTTTATGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCTTTGAAGACCATTCCAAAGGGCTTTTCCTCAAGCCGTAAGGCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156546 GCTTTGAAGACCATTCCAAAGGGCTTTTCCTCAAGCCGTAAGGCCTCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TGGCAACTGCACGTTGCCCAAAGATTCCCCAGGGGAGCCCTGTTCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156596 TGGCAACTGCACGTTGCCCAAAGATTCCCCAGGGGAGCCCTGTTCACAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 AATGCATCATCCTTCAGCCCTTGAATAAATGCTCTCCAGACAATAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156646 AATGCATCATCCTTCAGCCCTTGAATAAATGCTCTCCAGACAATAAACCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TCATTACAAATAAAAGAAGAAAATGCTGTCTTTAAAATTCCTCTACGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156696 TCATTACAAATAAAAGAAGAAAATGCTGTCTTTAAAATTCCTCTACGTCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 ACGTGAAAGTTTGGAGACTGAGAATGTTTTAGATGACATAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 156746 ACGTGAAAGTTTGGAGACTGAGAATGTTTTAGATGACATAAAGGTT...T

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1813   AGTGCTGGTTCTCATGAGCCAATAAAAATACAAACCAGGTCAGACCAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156868 AGAGTGCTGGTTCTCATGAGCCAATAAAAATACAAACCAGGTCAGACCAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GGAGGATGTGAACTTGCATCAGTTCTTCAGTTAAATCCATGTAGAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156918 GGAGGATGTGAACTTGCATCAGTTCTTCAGTTAAATCCATGTAGAACTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TAAAATAAAGTCTCTACAAAACAACCAAG         ATGTATCCTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 156968 TAAAATAAAGTCTCTACAAAACAACCAAGGTG...AAGATGTATCCTTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 AAAATATCCAGTGGAGTATAGATCCGGGAGCAGACCTTTCTCAGTATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159535 AAAATATCCAGTGGAGTATAGATCCGGGAGCAGACCTTTCTCAGTATAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 ATGGATGTTACTGTAATAGATACAAAG         GATGGCAGTCAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 159585 ATGGATGTTACTGTAATAGATACAAAGGTA...TAGGATGGCAGTCAGTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 AAAATTAGGAGGAGAGACAGTGGACATGGACTGTACATTGGTTAGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160783 AAAATTAGGAGGAGAGACAGTGGACATGGACTGTACATTGGTTAGTGAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CCGTTCTCTTAAAAATGAAGAAACAAGAGCAGAAGGGAGAAAAAAGTTCA
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 160833 CCGTTCTCTTAAAAATGAAGAAGCAAGAGCAGAAGGGAGAAAAAAGTTCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 A         TGCTCTTTTACATAGATGAAGAAAGAAAAATGAATGATAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160883 AGTA...CAGTGCTCTTTTACATAGATGAAGAAAGAAAAATGAATGATAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 CTTGGAAGATATGTTTGATCGGACAACACATGAAGAGTATGAATCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164760 CTTGGAAGATATGTTTGATCGGACAACACATGAAGAGTATGAATCCTGTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TGGCAGACAGTTTCTCCCAAGCAGCAGATGAAGAGGAGGAATTGTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164810 TGGCAGACAGTTTCTCCCAAGCAGCAGATGAAGAGGAGGAATTGTCTACT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 GCCACAAAGAAACTACACA         CTCATGGTGATAAACAAGACAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 164860 GCCACAAAGAAACTACACAGTA...TAGCTCATGGTGATAAACAAGACAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 AGTCAAGCAGAAAGCGTTTGTGGAGCCGTATTTTAAAGGTGATGAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 169534 AGTCAAGCAGAAAGCGTTTGTGGAGCCGTATTTTAAAGGTGATGAAAGGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2373        AGAGACTAGCTTGCAAAATTTTCCTCATATTGAGGTGGTTCGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169584 A...CAGAGAGACTAGCTTGCAAAATTTTCCTCATATTGAGGTGGTTCGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 AAAAAAGAGGAGAGAAGAAAACTGCTTGGGCACACGTGTAAGGAATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180020 AAAAAAGAGGAGAGAAGAAAACTGCTTGGGCACACGTGTAAGGAATGTGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 AATT         TATTATGCAGATATGCCAGCAGAAGAAAGAGAAAAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180070 AATTGTA...TAGTATTATGCAGATATGCCAGCAGAAGAAAGAGAAAAGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 AATTGGCTTCCTGCTCAAGACACCGATTCCGCTACATTCCACCCAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185315 AATTGGCTTCCTGCTCAAGACACCGATTCCGCTACATTCCACCCAACACA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 CCAGAGAATTTTTGGGAAGTTGGTTTTCCTTCCACTCAGACTTGTATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185365 CCAGAGAATTTTTGGGAAGTTGGTTTTCCTTCCACTCAGACTTGTATGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 AAGAG         GTTATATTAAGGAAGATCTTGATCCTTGTCCTCGTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185415 AAGAGGTG...AAGGTTATATTAAGGAAGATCTTGATCCTTGTCCTCGTC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2648 CAAAAAGACGTCAGCCTTACAACGCAATATTTTCTCCAAAAGGCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189328 CAAAAAGACGTCAGCCTTACAACGCAATATTTTCTCCAAAAGGCAAGGAG

   2850     .
   2698 CAGAAGACA
        |||||||||
 189378 CAGAAGACA