seq1 = pF1KB8543.tfa, 2940 bp
seq2 = pF1KB8543/gi568815592r_42864338.tfa (gi568815592r:42864338_43079150), 214813 bp

>pF1KB8543 2940
>gi568815592r:42864338_43079150 (Chr6)

(complement)

1-882  (100001-100882)   99% ->
883-1046  (104113-104276)   100% ->
1047-1130  (105065-105148)   100% ->
1131-1233  (109164-109266)   100% ->
1234-1367  (109350-109483)   100% ->
1368-1479  (110166-110277)   100% ->
1480-1688  (110653-110861)   100% ->
1689-1884  (111588-111783)   100% ->
1885-1961  (112293-112369)   100% ->
1962-2094  (112494-112626)   100% ->
2095-2300  (112704-112909)   100% ->
2301-2362  (113046-113107)   100% ->
2363-2471  (113362-113470)   100% ->
2472-2588  (113783-113899)   100% ->
2589-2666  (113999-114076)   100% ->
2667-2806  (114222-114361)   100% ->
2807-2940  (114680-114813)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGGCTGTCTTGCGGGTCCTGGAGCCCTTTCCGACCGAGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTGGCTGTCTTGCGGGTCCTGGAGCCCTTTCCGACCGAGACACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGTTGGCAGTGCTGCTGCCACCCGGGGGCCCGTGGCCGGCGGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGTTGGCAGTGCTGCTGCCACCCGGGGGCCCGTGGCCGGCGGCGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGCCTGGTGCTGGCCCTGAGGCCTGCAGGGGAGAGCCCGGCAGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGCCTGGTGCTGGCCCTGAGGCCTGCAGGGGAGAGCCCGGCAGGGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGCTGCTGGTGGCAGCCCTGGAGGGGCCGGACGCGGGCACCGAAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGCTGCTGGTGGCAGCCCTGGAGGGGCCGGACGCGGGCACCGAAGAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGTCCCGGGCCGCCGCAGCTACTGGTTAGCCGCGCGCTGCTGCGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGTCCCGGGCCGCCGCAGCTACTGGTTAGCCGCGCGCTGCTGCGGCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGCACTGGGCTCCGGGGCCTGGGTGCGGGCGCGGGCGGTGCGGCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGCACTGGGCTCCGGGGCCTGGGTGCGGGCGCGGGCGGTGCGGCGGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGGCGCTAGGTTGGGCACTGCTTGGCACCTCGCTGGGGCCTGGGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGGCGCTAGGTTGGGCACTGCTTGGCACCTCGCTGGGGCCTGGGCTCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACCGCGAGTCGGGCCGCTGCTGGTGAGGCGCGGAGAGACCCTCCCAGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100351 ACCGCGAGTCGGGCCGCTGCTGGTGAGGCGCGGAGAGACCCTCCCAGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGGACCGCGGGTGCTGGAGACGCGGCCGGCGTTGCAAGGGCTGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCGGACCGCGGGTGCTGGAGACGCGGCCGGCGTTGCAAGGGCTGCTGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCAGGGACTCGGCTGGCTGTGACTGAGCTCCGCGGGCGGGCCAGACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCAGGGACTCGGCTGGCTGTGACTGAGCTCCGCGGGCGGGCCAGACTGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCCAGAGTCTGGGGACAGCAGTCGGCCCCCACCCCCGCCCGTGGTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCCAGAGTCTGGGGACAGCAGTCGGCCCCCACCCCCGCCCGTGGTGTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCTTTGCGGTTTCTGGCACAGTGCGGCGACTCCAGGGAGTTCTGGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCTTTGCGGTTTCTGGCACAGTGCGGCGACTCCAGGGAGTTCTGGGAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACTGGAGATTCACTAGGGGTGAGCCGGAGCTGTCTCCGTGGCCTTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACTGGAGATTCACTAGGGGTGAGCCGGAGCTGTCTCCGTGGCCTTGGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTTCCAGGGCGAATGGGTGTGGGTGGCCCAGGCCAGAGAGTCATCGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTTCCAGGGCGAATGGGTGTGGGTGGCCCAGGCCAGAGAGTCATCGAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTTCACAGCCGCACTTGGCTAGGGTGCAGGTCCTAGAACCTCGCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTTCACAGCCGCACTTGGCTAGGGTGCAGGTCCTAGAACCTCGCTGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTCTCTGATAGACTGGGACCCGGCTCTGGACCGCTGGGAGAGCCCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTCTCTGATAGACTGGGACCCGGCTCTGGACCGCTGGGAGAGCCCCTCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGACGGACTGGCGCTTGTCCCTGCCACTTTGGCTTTTAATCTTGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGACGGACTGGCGCTTGTCCCTGCCACTTTGGCTTTTAATCTTGGCTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACCCCCTGGAAATGGGAGAGCTCAGAATTCAG         AGGTACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100851 ACCCCCTGGAAATGGGAGAGCTCAGAATTCAGGTA...TAGAGGTACTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAAGGCTCCATCGCCCCTGAAGACAAAGGAAGCTGCTCATTGCTGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104122 GAAGGCTCCATCGCCCCTGAAGACAAAGGAAGCTGCTCATTGCTGCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCCTCCATTTGCCAGAGAGTTACACATCGAAATTGTGTCTTCTCCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104172 GCCTCCATTTGCCAGAGAGTTACACATCGAAATTGTGTCTTCTCCCCACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACAGCACTAATGGAAATTATGACGGTGTTCTTTACCGGCACTTTCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104222 ACAGCACTAATGGAAATTATGACGGTGTTCTTTACCGGCACTTTCAGATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CCCAG         GGTAGTCCAGGAAGGGGATGTTCTATGTGTGCCAAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104272 CCCAGGTT...CAGGGTAGTCCAGGAAGGGGATGTTCTATGTGTGCCAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AATTGGGCAAGTAGAGATCCTGGAAGGAAGTCCAGAGAAACTGCCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105101 AATTGGGCAAGTAGAGATCCTGGAAGGAAGTCCAGAGAAACTGCCCAGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1131        GTGGCGGGAAATGTTTTTTAAAGTGAAGAAAACAGTTGGGGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105151 A...CAGGTGGCGGGAAATGTTTTTTAAAGTGAAGAAAACAGTTGGGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GCTCCAGATGGACCAGCCAGTGCCTACTTGGCCGACACCACCCATACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109207 GCTCCAGATGGACCAGCCAGTGCCTACTTGGCCGACACCACCCATACCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CTTGTACATG         GTGGGTTCTACCCTGAGCCCTGTTCCATGGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 109257 CTTGTACATGGTG...CAGGTGGGTTCTACCCTGAGCCCTGTTCCATGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TCCCTTCAGAGGAATCCACTCTCTGGAGCAGTTTGTCTCCTCCAGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109381 TCCCTTCAGAGGAATCCACTCTCTGGAGCAGTTTGTCTCCTCCAGGCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GAGGCCTTGGTGTCTGAACTCTGTGCTGTCCTGAAGCCTCGCCTCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109431 GAGGCCTTGGTGTCTGAACTCTGTGCTGTCCTGAAGCCTCGCCTCCAGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 AGG         GGGTGCCCTGCTGACAGGAACTAGCAGTGTCCTTCTAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109481 AGGGTG...CAGGGGTGCCCTGCTGACAGGAACTAGCAGTGTCCTTCTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GGGGCCCCCCAGGCTGTGGGAAGACCACAGTAGTTGCTGCTGCCTGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110204 GGGGCCCCCCAGGCTGTGGGAAGACCACAGTAGTTGCTGCTGCCTGTAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CACCTTGGGCTCCACTTACTGAAG         GTGCCCTGCTCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 110254 CACCTTGGGCTCCACTTACTGAAGGTG...CAGGTGCCCTGCTCCAGCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CTGTGCAGAAAGTAGTGGGGCTGTGGAGACAAAACTGCAGGCCATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110670 CTGTGCAGAAAGTAGTGGGGCTGTGGAGACAAAACTGCAGGCCATCTTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 CCCGGGCCCGCCGTTGCCGGCCTGCAGTCCTGTTGCTCACAGCTGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110720 CCCGGGCCCGCCGTTGCCGGCCTGCAGTCCTGTTGCTCACAGCTGTGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 CTTCTGGGCCGGGACCGTGATGGGCTGGGTGAGGATGCCCGTGTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110770 CTTCTGGGCCGGGACCGTGATGGGCTGGGTGAGGATGCCCGTGTGATGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TGTGCTGCGTCACCTCCTCCTCAATGAGGACCCCCTCAACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110820 TGTGCTGCGTCACCTCCTCCTCAATGAGGACCCCCTCAACAGGTA...CA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689  CTGCCCTCCCCTCATGGTTGTGGCCACCACAAGCCGGGCCCAGGACCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111587 GCTGCCCTCCCCTCATGGTTGTGGCCACCACAAGCCGGGCCCAGGACCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 CCTGCTGATGTGCAGACAGCATTTCCTCATGAGCTCGAGGTGCCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111637 CCTGCTGATGTGCAGACAGCATTTCCTCATGAGCTCGAGGTGCCTGCTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GTCAGAGGGGCAGCGGCTCAGCATCCTGCGGGCCCTCACTGCCCACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111687 GTCAGAGGGGCAGCGGCTCAGCATCCTGCGGGCCCTCACTGCCCACCTTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 CCCTGGGCCAGGAGGTGAACTTGGCACAGCTAGCACGGCGGTGTGCA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111737 CCCTGGGCCAGGAGGTGAACTTGGCACAGCTAGCACGGCGGTGTGCAGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1885       GGCTTTGTGGTAGGGGATCTCTATGCCCTTCTGACCCACAGCAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111787 ...TAGGGCTTTGTGGTAGGGGATCTCTATGCCCTTCTGACCCACAGCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 CCGGGCAGCCTGCACCAGGATCAAGAACTCAGG         TTTGGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112337 CCGGGCAGCCTGCACCAGGATCAAGAACTCAGGGTA...CAGTTTGGCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 GTGGCTTGACTGAGGAGGATGAGGGGGAGCTGTGTGCTGCCGGCTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112502 GTGGCTTGACTGAGGAGGATGAGGGGGAGCTGTGTGCTGCCGGCTTTCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 CTCCTGGCTGAGGACTTTGGGCAGGCACTGGAGCAACTGCAGACAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112552 CTCCTGGCTGAGGACTTTGGGCAGGCACTGGAGCAACTGCAGACAGCTCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CTCCCAGGCCGTTGGAGCCCCCAAG         ATCCCCTCAGTGTCCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 112602 CTCCCAGGCCGTTGGAGCCCCCAAGGTG...TAGATCCCCTCAGTGTCCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 GGCATGATGTGGGTGGGCTGCAGGAGGTGAAGAAGGAGATCCTGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112720 GGCATGATGTGGGTGGGCTGCAGGAGGTGAAGAAGGAGATCCTGGAGACC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 ATTCAGCTCCCCCTGGAGCACCCTGAGCTACTGAGCCTGGGCCTGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112770 ATTCAGCTCCCCCTGGAGCACCCTGAGCTACTGAGCCTGGGCCTGAGACG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 CTCAGGCCTTCTGCTCCATGGGCCCCCTGGCACCGGCAAGACCCTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112820 CTCAGGCCTTCTGCTCCATGGGCCCCCTGGCACCGGCAAGACCCTTCTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 CCAAGGCAGTAGCCACTGAGTGCAGCCTTACCTTCCTCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112870 CCAAGGCAGTAGCCACTGAGTGCAGCCTTACCTTCCTCAGGTG...CAGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 GTGAAGGGGCCAGAGCTCATTAACATGTATGTGGGCCAAAGTGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113047 GTGAAGGGGCCAGAGCTCATTAACATGTATGTGGGCCAAAGTGAGGAGAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 TGTGCGGGAAG         TGTTTGCCAGGGCCAGGGCTGCAGCTCCAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113097 TGTGCGGGAAGGTG...CAGTGTTTGCCAGGGCCAGGGCTGCAGCTCCAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 GCATTATCTTCTTTGATGAACTGGACTCTTTGGCCCCAAGCCGGGGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113392 GCATTATCTTCTTTGATGAACTGGACTCTTTGGCCCCAAGCCGGGGGCGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 AGTGGAGATTCTGGAGGAGTGATGGACAG         GGTGGTGTCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113442 AGTGGAGATTCTGGAGGAGTGATGGACAGGTA...CAGGGTGGTGTCTCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 GCTCCTTGCCGAGCTAGATGGGCTGCACAGCACTCAGGATGTGTTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113795 GCTCCTTGCCGAGCTAGATGGGCTGCACAGCACTCAGGATGTGTTTGTGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 TTGGAGCCACCAACAGACCAGATCTCCTGGACCCTGCCCTTCTGCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113845 TTGGAGCCACCAACAGACCAGATCTCCTGGACCCTGCCCTTCTGCGGCCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 GGCAG         ATTTGACAAGCTGGTGTTTGTGGGGGCAAATGAGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113895 GGCAGGTG...AAGATTTGACAAGCTGGTGTTTGTGGGGGCAAATGAGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2625 CCGGGCCTCCCAGCTACGCGTTCTAAGTGCCATCACACGCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 114035 CCGGGCCTCCCAGCTACGCGTTCTAAGTGCCATCACACGCAAGTA...CA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2667  ATTCAAGCTAGAGCCATCTGTGAGCCTGGTAAACGTGCTAGATTGCTGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114221 GATTCAAGCTAGAGCCATCTGTGAGCCTGGTAAACGTGCTAGATTGCTGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2716 CCTCCCCAGCTGACGGGCGCGGACCTCTACTCTCTCTGCTCTGATGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114271 CCTCCCCAGCTGACGGGCGCGGACCTCTACTCTCTCTGCTCTGATGCTAT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2766 GACAGCTGCCCTCAAACGCAGGGTTCATGACCTGGAGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 114321 GACAGCTGCCCTCAAACGCAGGGTTCATGACCTGGAGGAAGGTG...CAG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2807 GGCTGGAACCAGGTAGCTCAGCACTGATGCTCACCATGGAGGACTTGCTG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114680 GGCTGGAGCCAGGTAGCTCAGCACTGATGCTCACCATGGAGGACTTGCTG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2857 CAGGCTGCCGCCCGGCTGCAACCCTCAGTCAGTGAGCAGGAGCTGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114730 CAGGCTGCCGCCCGGCTGCAACCCTCAGTCAGTGAGCAGGAGCTGCTCCG

   3050     .    :    .    :    .    :
   2907 GTACAAGCGCATCCAGCGCAAGTTTGCTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114780 GTACAAGCGCATCCAGCGCAAGTTTGCTGCCTGC