seq1 = pF1KB8542.tfa, 2700 bp
seq2 = pF1KB8542/gi568815586f_57388091.tfa (gi568815586f:57388091_57616578), 228488 bp

>pF1KB8542 2700
>gi568815586f:57388091_57616578 (Chr12)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-200  (100929-101019)   100% ->
201-279  (101177-101255)   100% ->
280-414  (101334-101468)   100% ->
415-490  (101806-101881)   100% ->
491-663  (102117-102289)   100% ->
664-770  (102448-102554)   100% ->
771-887  (110067-110183)   100% ->
888-1091  (110330-110533)   100% ->
1092-1293  (112231-112432)   100% ->
1294-1368  (116135-116209)   100% ->
1369-1539  (123608-123778)   100% ->
1540-1635  (123918-124013)   100% ->
1636-1753  (124146-124263)   100% ->
1754-1967  (124661-124874)   100% ->
1968-2099  (126630-126761)   100% ->
2100-2204  (126864-126968)   100% ->
2205-2391  (127060-127246)   100% ->
2392-2463  (127830-127901)   100% ->
2464-2556  (128155-128247)   100% ->
2557-2700  (128345-128488)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGACTGTTCGTGAGTGATGGCGTCCCGGGTTGCTTGCCGGTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGACTGTTCGTGAGTGATGGCGTCCCGGGTTGCTTGCCGGTGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGCCGGGAGAGCCCGGGGCAGAGCAGAGGTGCTCATCAGCACTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGCCGGGAGAGCCCGGGGCAGAGCAGAGGTGCTCATCAGCACTGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCCGGAAG         ATTGTGTGGTCCCGTTCCTGACCCGGCCTAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCCGGAAGGTA...CAGATTGTGTGGTCCCGTTCCTGACCCGGCCTAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCCTGTCTTGCAGCTGGATAGCGGCAACTACCTCTTCTCCACTAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100961 GTCCCTGTCTTGCAGCTGGATAGCGGCAACTACCTCTTCTCCACTAGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATCTGCCG         ATATTTTTTTTTGTTATCTGGCTGGGAGCAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101011 AATCTGCCGGTC...CAGATATTTTTTTTTGTTATCTGGCTGGGAGCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGACCTCACTAACCAGTGGCTGGAATGGGAAGCGACAGAGCTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101209 ATGACCTCACTAACCAGTGGCTGGAATGGGAAGCGACAGAGCTGCAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       CCAGCTTTGTCTGCTGCCCTGTACTATTTAGTGGTCCAAGGCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101259 ...TAGCCAGCTTTGTCTGCTGCCCTGTACTATTTAGTGGTCCAAGGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGGGGGAAGATGTTCTTGGTTCAGTGCGGAGAGCCCTGACTCACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101378 GAAGGGGGAAGATGTTCTTGGTTCAGTGCGGAGAGCCCTGACTCACATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCACAGCTTGAGTCGTCAGAACTGTCCTTTCCTGGCTGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101428 ACCACAGCTTGAGTCGTCAGAACTGTCCTTTCCTGGCTGGGGTG...AAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGACAGAATCTCTAGCCGACATTGTTTTGTGGGGAGCCCTATACCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101806 GAGACAGAATCTCTAGCCGACATTGTTTTGTGGGGAGCCCTATACCCATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACTGCAAGATCCCGCCTACCTCCCTG         AGGAGCTGAGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101856 ACTGCAAGATCCCGCCTACCTCCCTGGTG...CAGAGGAGCTGAGTGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCACAGCTGGTTCCAGACACTGAGTACCCAGGAACCATGTCAGCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102132 TGCACAGCTGGTTCCAGACACTGAGTACCCAGGAACCATGTCAGCGAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCAGAGACTGTACTGAAACAGCAAGGTGTCCTGGCTCTCCGGCCTTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102182 GCAGAGACTGTACTGAAACAGCAAGGTGTCCTGGCTCTCCGGCCTTACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCAAAAGCAGCCCCAGCCCAGCCCCGCTGAGGGAAGGGCTGTCACCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102232 CCAAAAGCAGCCCCAGCCCAGCCCCGCTGAGGGAAGGGCTGTCACCAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGCCTGAG         GAGGAGGAGCTGGCTACCCTATCTGAGGAGGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102282 AGCCTGAGGTT...TAGGAGGAGGAGCTGGCTACCCTATCTGAGGAGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATTGCTATGGCTGTTACTGCTTGGGAGAAGGGCCTAGAAAGTTTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102481 ATTGCTATGGCTGTTACTGCTTGGGAGAAGGGCCTAGAAAGTTTGCCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTGCGGCCCCAGCAGAATCCAGT         GTTGCCTGTGGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102531 GCTGCGGCCCCAGCAGAATCCAGTGTG...TAGGTTGCCTGTGGCTGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAAGGAATGTGCTCATCACCAGTGCCCTCCCTTACGTCAACAATGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110084 AAAGGAATGTGCTCATCACCAGTGCCCTCCCTTACGTCAACAATGTCCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CACCTTGGGAACATCATTGGTTGTGTGCTCAGTGCCGATGTCTTTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110134 CACCTTGGGAACATCATTGGTTGTGTGCTCAGTGCCGATGTCTTTGCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888          GTACTCTCGCCTCCGCCAGTGGAACACCCTCTATCTGTGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110184 GTG...CAGGTACTCTCGCCTCCGCCAGTGGAACACCCTCTATCTGTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGACAGATGAGTATGGTACAGCAACAGAGACCAAGGCTCTGGAGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110371 GGACAGATGAGTATGGTACAGCAACAGAGACCAAGGCTCTGGAGGAGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTAACCCCCCAGGAGATCTGCGACAAGTACCACATCATCCATGCTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110421 CTAACCCCCCAGGAGATCTGCGACAAGTACCACATCATCCATGCTGACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTACCGCTGGTTTAACATTTCGTTTGATATTTTTGGTCGCACCACCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110471 CTACCGCTGGTTTAACATTTCGTTTGATATTTTTGGTCGCACCACCACTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CACAGCAGACCAA         AATCACCCAGGACATTTTCCAGCAGTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110521 CACAGCAGACCAAGTA...CAGAATCACCCAGGACATTTTCCAGCAGTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTGAAACGAGGTTTTGTGCTGCAAGATACTGTGGAGCAACTGCGATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112259 CTGAAACGAGGTTTTGTGCTGCAAGATACTGTGGAGCAACTGCGATGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCACTGTGCTCGCTTCCTGGCTGACCGCTTCGTGGAGGGCGTGTGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112309 GCACTGTGCTCGCTTCCTGGCTGACCGCTTCGTGGAGGGCGTGTGTCCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCTGTGGCTATGAGGAGGCTCGGGGTGACCAGTGTGACAAGTGTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112359 TCTGTGGCTATGAGGAGGCTCGGGGTGACCAGTGTGACAAGTGTGGCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTCATCAATGCTGTCGAGCTTAAG         AAGCCTCAGTGTAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 112409 CTCATCAATGCTGTCGAGCTTAAGGTA...CAGAAGCCTCAGTGTAAAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTGCCGATCATGCCCTGTGGTGCAGTCGAGCCAGCACCTGTTTCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116152 CTGCCGATCATGCCCTGTGGTGCAGTCGAGCCAGCACCTGTTTCTGGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGCCTAAG         CTGGAGAAGCGACTGGAGGAGTGGTTGGGGAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 116202 TGCCTAAGGTA...CAGCTGGAGAAGCGACTGGAGGAGTGGTTGGGGAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACATTGCCTGGCAGTGACTGGACACCCAATGCCCAGTTTATCACCCGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123641 ACATTGCCTGGCAGTGACTGGACACCCAATGCCCAGTTTATCACCCGTTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TTGGCTTCGGGATGGCCTCAAGCCACGCTGCATAACCCGAGACCTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123691 TTGGCTTCGGGATGGCCTCAAGCCACGCTGCATAACCCGAGACCTCAAAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GGGGAACCCCTGTACCCTTAGAAGGTTTTGAAGACAAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123741 GGGGAACCCCTGTACCCTTAGAAGGTTTTGAAGACAAGGTA...CAGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTCTATGTCTGGTTTGATGCCACTATTGGCTATCTGTCCATCACAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123921 TTCTATGTCTGGTTTGATGCCACTATTGGCTATCTGTCCATCACAGCCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CTACACAGACCAGTGGGAGAGATGGTGGAAGAACCCAGAGCAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 123971 CTACACAGACCAGTGGGAGAGATGGTGGAAGAACCCAGAGCAAGTG...T

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1636   GTGGACCTGTATCAGTTCATGGCCAAAGACAATGTTCCTTTCCATAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124144 AGGTGGACCTGTATCAGTTCATGGCCAAAGACAATGTTCCTTTCCATAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TTAGTCTTTCCTTGCTCAGCCCTAGGAGCTGAGGATAACTATACCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124194 TTAGTCTTTCCTTGCTCAGCCCTAGGAGCTGAGGATAACTATACCTTGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CAGCCACCTCATTGCTACAG         AGTACCTGAACTATGAGGATG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 124244 CAGCCACCTCATTGCTACAGGTA...CAGAGTACCTGAACTATGAGGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GGAAATTCTCTAAGAGCCGCGGTGTGGGAGTGTTTGGGGACATGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124682 GGAAATTCTCTAAGAGCCGCGGTGTGGGAGTGTTTGGGGACATGGCCCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GACACGGGGATCCCTGCTGACATCTGGCGCTTCTATCTGCTGTACATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124732 GACACGGGGATCCCTGCTGACATCTGGCGCTTCTATCTGCTGTACATTCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GCCTGAGGGCCAGGACAGTGCTTTCTCCTGGACGGACCTGCTGCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124782 GCCTGAGGGCCAGGACAGTGCTTTCTCCTGGACGGACCTGCTGCTGAAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 ATAATTCTGAGCTGCTTAACAACCTGGGCAACTTCATCAACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 124832 ATAATTCTGAGCTGCTTAACAACCTGGGCAACTTCATCAACAGGTA...A

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1968   AGCTGGGATGTTTGTGTCTAAGTTCTTTGGGGGCTATGTGCCTGAGAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126628 AGAGCTGGGATGTTTGTGTCTAAGTTCTTTGGGGGCTATGTGCCTGAGAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GGTGCTCACCCCTGATGATCAGCGCCTGCTGGCCCATGTCACCCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126678 GGTGCTCACCCCTGATGATCAGCGCCTGCTGGCCCATGTCACCCTGGAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 TCCAGCACTATCACCAGCTACTTGAGAAGGTTCG         GATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 126728 TCCAGCACTATCACCAGCTACTTGAGAAGGTTCGGTA...CAGGATCCGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GATGCCTTGCGCAGTATCCTCACCATATCTCGACATGGCAACCAATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126871 GATGCCTTGCGCAGTATCCTCACCATATCTCGACATGGCAACCAATATAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 TCAGGTGAATGAGCCCTGGAAGCGGATTAAAGGCAGTGAGGCTGACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 126921 TCAGGTGAATGAGCCCTGGAAGCGGATTAAAGGCAGTGAGGCTGACAGGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2205        GCAACGGGCAGGAACAGTGACTGGCTTGGCAGTGAATATAGCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126971 A...CAGGCAACGGGCAGGAACAGTGACTGGCTTGGCAGTGAATATAGCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GCCTTGCTCTCTGTCATGCTTCAGCCTTACATGCCCACGGTTAGTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127103 GCCTTGCTCTCTGTCATGCTTCAGCCTTACATGCCCACGGTTAGTGCCAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 AATCCAGGCCCAGCTGCAGCTCCCACCTCCAGCCTGCAGTATCCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127153 AATCCAGGCCCAGCTGCAGCTCCCACCTCCAGCCTGCAGTATCCTGCTGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 CAAACTTCCTGTGTACCTTACCAGCAGGACACCAGATTGGCACA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 127203 CAAACTTCCTGTGTACCTTACCAGCAGGACACCAGATTGGCACAGTA...

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2392    GTCAGTCCCTTGTTCCAAAAATTGGAAAATGACCAGATTGAAAGTTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127827 CAGGTCAGTCCCTTGTTCCAAAAATTGGAAAATGACCAGATTGAAAGTTT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 AAGGCAGCGCTTTGGAGGGGGCCAG         GCAAAAACGTCCCCGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 127877 AAGGCAGCGCTTTGGAGGGGGCCAGGTG...CAGGCAAAAACGTCCCCGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 AGCCAGCAGTTGTAGAGACTGTTACAACAGCCAAGCCACAGCAGATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128171 AGCCAGCAGTTGTAGAGACTGTTACAACAGCCAAGCCACAGCAGATACAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 GCGCTGATGGATGAAGTGACAAAACAA         GGAAACATTGTCCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 128221 GCGCTGATGGATGAAGTGACAAAACAAGTA...TAGGGAAACATTGTCCG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 AGAACTGAAAGCACAAAAGGCAGACAAGAACGAGGTTGCTGCGGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128359 AGAACTGAAAGCACAAAAGGCAGACAAGAACGAGGTTGCTGCGGAGGTGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 CGAAACTCTTGGATCTAAAGAAACAGTTGGCTGTAGCTGAGGGGAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128409 CGAAACTCTTGGATCTAAAGAAACAGTTGGCTGTAGCTGAGGGGAAACCC

   2850     .    :    .    :    .    :
   2671 CCTGAAGCCCCTAAAGGCAAGAAGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 128459 CCTGAAGCCCCTAAAGGCAAGAAGAAAAAG