seq1 = pF1KB8532.tfa, 2694 bp
seq2 = pF1KB8532/gi568815579f_10570973.tfa (gi568815579f:10570973_10789309), 218337 bp

>pF1KB8532 2694
>gi568815579f:10570973_10789309 (Chr19)

1-233  (100000-100231)   99% ->
234-411  (100386-100563)   100% ->
412-559  (106191-106338)   100% ->
560-651  (107641-107732)   100% ->
652-747  (108125-108220)   100% ->
748-859  (108844-108955)   100% ->
860-957  (109374-109471)   100% ->
958-1069  (110047-110158)   100% ->
1070-1180  (110247-110357)   100% ->
1181-1380  (111021-111220)   100% ->
1381-1548  (111565-111732)   100% ->
1549-1686  (112153-112290)   100% ->
1687-1863  (112394-112570)   100% ->
1864-2017  (112664-112817)   100% ->
2018-2071  (112945-112998)   98% ->
2072-2434  (116374-116736)   100% ->
2435-2563  (117578-117706)   100% ->
2564-2694  (118207-118337)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTCCAATGCGAATTTTTGTGAATGATGACCGCCATGTGATGGCAAA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GCGTCCAATGCGAATTTTTGTGAATGATGACCGCCATGTGATGGCAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCATTCTTCCGTTTATCCAACACAAGAGGAGCTGGAGGCAGTCCAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GCATTCTTCCGTTTATCCAACACAAGAGGAGCTGGAGGCAGTCCAGAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTGTCCCACACGGAGCGGGCGCTCAAAGCTGTGTCCGACTGGATAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 TGGTGTCCCACACGGAGCGGGCGCTCAAAGCTGTGTCCGACTGGATAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCAGGAAAAGGGTAGCAGCGAGCAGGCAGAGTCCGATAACATGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 GAGCAGGAAAAGGGTAGCAGCGAGCAGGCAGAGTCCGATAACATGGATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCCCAGAGGACGACAGTAAAGAAGGGGCTGG         GGAACAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100199 GCCCCCAGAGGACGACAGTAAAGAAGGGGCTGGGTA...CAGGGAACAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACGGAGCACATGACCAGAACCCTGCGGGGAGTGATGCGGGTGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100394 AGACGGAGCACATGACCAGAACCCTGCGGGGAGTGATGCGGGTGGGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGGCAAAGGGCCTCCTACTCAAGGGGGACTTGGATCTGGAGCTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100444 GTGGCAAAGGGCCTCCTACTCAAGGGGGACTTGGATCTGGAGCTGGTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTGTGTAAGGAGAAGCCCACAACCGCCCTCCTGGACAAGGTGGCCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100494 GCTGTGTAAGGAGAAGCCCACAACCGCCCTCCTGGACAAGGTGGCCGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCTGGCCATCCAGCTTGCT         GCTGTAACAGAAGACAAGTAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100544 ACCTGGCCATCCAGCTTGCTGTA...TAGGCTGTAACAGAAGACAAGTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAATACTGCAATCTGTCGACGATGCTGCGATTGTGATAAAAAACACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106212 GAAATACTGCAATCTGTCGACGATGCTGCGATTGTGATAAAAAACACAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGAGCCTCCATTGTCCCTGACCATCCACCTGACATCCCCTGTTGTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106262 AGAGCCTCCATTGTCCCTGACCATCCACCTGACATCCCCTGTTGTCAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAGAAATGGAGAAAGTATTAGCTGGAG         AAACGCTATCAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106312 AAGAAATGGAGAAAGTATTAGCTGGAGGTA...TAGAAACGCTATCAGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AACGACCCCCCGGACGTTCTGGACAGGCAGAAATGCCTTGCTGCCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107655 AACGACCCCCCGGACGTTCTGGACAGGCAGAAATGCCTTGCTGCCTTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTCCCTCCGACACGCCAAGTGGTTCCAG         GCCAGAGCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107705 GTCCCTCCGACACGCCAAGTGGTTCCAGGTT...TAGGCCAGAGCCAACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGCTGAAGTCTTGTGTCATTGTGATCCGGGTCTTGAGGGACCTGTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108138 GGCTGAAGTCTTGTGTCATTGTGATCCGGGTCTTGAGGGACCTGTGCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGCGTGCCCACCTGGGGTCCCCTCCGAGGCTGG         CCTCTCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108188 CGCGTGCCCACCTGGGGTCCCCTCCGAGGCTGGGTA...CAGCCTCTCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCTCCTGTGTGAGAAATCCATTGGCACGGCCAACAGACCGATGGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108852 GCTCCTGTGTGAGAAATCCATTGGCACGGCCAACAGACCGATGGGTGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCGAGGCCCTGCGGAGAGTGCTGGAGTGCCTGGCGTCGGGCATCGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108902 GCGAGGCCCTGCGGAGAGTGCTGGAGTGCCTGGCGTCGGGCATCGTGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCAG         ATGGTTCTGGCATTTATGACCCTTGTGAAAAAGAAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108952 CCAGGTT...CAGATGGTTCTGGCATTTATGACCCTTGTGAAAAAGAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACTGATGCTATTGGGCATCTAGACAGACAGCAACGGGAAGATATCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109411 CACTGATGCTATTGGGCATCTAGACAGACAGCAACGGGAAGATATCACAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGAGTGCGCAG         CACGCACTGCGGCTCGCTGCCTTCGGCCAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109461 AGAGTGCGCAGGTA...CAGCACGCACTGCGGCTCGCTGCCTTCGGCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCCATAAAGTCCTAGGCATGGACCCTCTGCCTTCCAAGATGCCCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110077 CTCCATAAAGTCCTAGGCATGGACCCTCTGCCTTCCAAGATGCCCAAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACCAAAGAATGAAAACCCAGTGGACTACACCG         TTCAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 110127 ACCAAAGAATGAAAACCCAGTGGACTACACCGGTA...CAGTTCAGATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CACCAAGCACCACCTATGCCATTACGCCCATGAAACGCCCAATGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110256 CACCAAGCACCACCTATGCCATTACGCCCATGAAACGCCCAATGGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GACGGGGAGGAGAAGTCGCCCAGCAAAAAGAAGAAGAAGATTCAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110306 GACGGGGAGGAGAAGTCGCCCAGCAAAAAGAAGAAGAAGATTCAGAAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AG         AGGAGAAGGCAGAGCCCCCCCAGGCTATGAATGCCCTGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110356 AGGTA...TAGAGGAGAAGGCAGAGCCCCCCCAGGCTATGAATGCCCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGCGGTTGAACCAGCTGAAGCCAGGGCTGCAGTACAAGCTGGTGTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111060 TGCGGTTGAACCAGCTGAAGCCAGGGCTGCAGTACAAGCTGGTGTCCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACTGGGCCCGTCCATGCCCCCATCTTTACCATGTCTGTGGAGGTTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111110 ACTGGGCCCGTCCATGCCCCCATCTTTACCATGTCTGTGGAGGTTGATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAATTCATTCGAGGCCTCTGGGCCCTCCAAAAAGACGGCCAAGCTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111160 CAATTCATTCGAGGCCTCTGGGCCCTCCAAAAAGACGGCCAAGCTGCACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGGCCGTTAAG         GTGTTACAGGACATGGGCTTGCCGACGGGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111210 TGGCCGTTAAGGTG...CAGGTGTTACAGGACATGGGCTTGCCGACGGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCTGAAGGCAGGGACTCGAGCAAGGGGGAGGACTCGGCTGAGGAGACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111595 GCTGAAGGCAGGGACTCGAGCAAGGGGGAGGACTCGGCTGAGGAGACCGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GGCGAAGCCAGCAGTGGTGGCCCCTGCCCCAGTGGTAGAAGCTGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111645 GGCGAAGCCAGCAGTGGTGGCCCCTGCCCCAGTGGTAGAAGCTGTCTCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CCCCTAGTGCGGCCTTTCCCTCAGATGCCACTGCCGAG         AAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111695 CCCCTAGTGCGGCCTTTCCCTCAGATGCCACTGCCGAGGTG...GAGAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GTAAAACAGCAGGGGCCGATCCTGACAAAGCACGGCAAGAACCCAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112156 GTAAAACAGCAGGGGCCGATCCTGACAAAGCACGGCAAGAACCCAGTCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GGAGCTGAACGAGAAGAGGCGTGGGCTCAAGTACGAGCTCATCTCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112206 GGAGCTGAACGAGAAGAGGCGTGGGCTCAAGTACGAGCTCATCTCCGAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CCGGGGGCAGCCACGACAAGCGCTTCGTCATGGAG         GTCGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112256 CCGGGGGCAGCCACGACAAGCGCTTCGTCATGGAGGTG...CAGGTCGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GTGGATGGACAGAAGTTCCAAGGTGCTGGTTCCAACAAAAAGGTGGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112400 GTGGATGGACAGAAGTTCCAAGGTGCTGGTTCCAACAAAAAGGTGGCGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GGCCTACGCTGCTCTTGCTGCCCTAGAAAAGCTTTTCCCTGACACCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112450 GGCCTACGCTGCTCTTGCTGCCCTAGAAAAGCTTTTCCCTGACACCCCTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TCGCCCTTGATGCCAACAAAAAGAAGAGAGCCCCAGTACCCGTCAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112500 TCGCCCTTGATGCCAACAAAAAGAAGAGAGCCCCAGTACCCGTCAGAGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GGACCGAAATTTGCTGCTAAG         CCACATAACCCTGGCTTCGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 112550 GGACCGAAATTTGCTGCTAAGGTG...TAGCCACATAACCCTGGCTTCGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CATGGGAGGCCCCATGCACAACGAAGTGCCCCCACCCCCCAACCTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112684 CATGGGAGGCCCCATGCACAACGAAGTGCCCCCACCCCCCAACCTTCGAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 GGCGGGGAAGAGGCGGGAGCATCCGGGGACGAGGGCGCGGGCGAGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112734 GGCGGGGAAGAGGCGGGAGCATCCGGGGACGAGGGCGCGGGCGAGGATTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GGTGGCGCCAACCATGGAGGCTACATGAATGCCG         GTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112784 GGTGGCGCCAACCATGGAGGCTACATGAATGCCGGTA...CAGGTGCTGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GTATGGAAGCTATGGGTACGGAGGCAACTCTGCGACAGCAGGCTACA   
        |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||>>>
 112952 GTATGGAAGCTATGGGTACGGAGGCAACTCGGCGACAGCAGGCTACAGTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2072       GTCAGTTCTACAGCAACGGAGGGCATTCTGGGAATGCCAGTGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113002 ...TAGGTCAGTTCTACAGCAACGGAGGGCATTCTGGGAATGCCAGTGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GGTGGCGGCGGGGGCGGTGGTGGCTCCTCCGGCTATGGCTCCTACTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116418 GGTGGCGGCGGGGGCGGTGGTGGCTCCTCCGGCTATGGCTCCTACTACCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 AGGTGACAACTACAACTCACCGGTGCCCCCAAAACACGCTGGGAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116468 AGGTGACAACTACAACTCACCGGTGCCCCCAAAACACGCTGGGAAGAAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 AGCCGCACGGGGGCCAGCAGAAGCCCTCCTACGGCTCGGGCTACCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116518 AGCCGCACGGGGGCCAGCAGAAGCCCTCCTACGGCTCGGGCTACCAGTCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 CACCAGGGCCAGCAGCAGTCCTACAACCAGAGCCCCTACAGCAACTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116568 CACCAGGGCCAGCAGCAGTCCTACAACCAGAGCCCCTACAGCAACTATGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CCCTCCACAGGGCAAGCAGAAAGGCTATAACCATGGACAAGGCAGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116618 CCCTCCACAGGGCAAGCAGAAAGGCTATAACCATGGACAAGGCAGCTACT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 CCTACTCGAACTCCTACAACTCTCCCGGGGGCGGGGGCGGATCCGACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116668 CCTACTCGAACTCCTACAACTCTCCCGGGGGCGGGGGCGGATCCGACTAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 AACTACGAGAGCAAATTCA         ACTACAGTGGTAGTGGAGGCCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116718 AACTACGAGAGCAAATTCAGTG...CAGACTACAGTGGTAGTGGAGGCCG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 AAGCGGCGGGAACAGCTACGGCTCAGGCGGGGCATCCTACAACCCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117600 AAGCGGCGGGAACAGCTACGGCTCAGGCGGGGCATCCTACAACCCAGGGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 CACACGGGGGCTACGGCGGAGGTTCTGGGGGCGGCTCCTCATACCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117650 CACACGGGGGCTACGGCGGAGGTTCTGGGGGCGGCTCCTCATACCAAGGC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 AAACAAG         GAGGCTACTCACAGTCGAACTACAACTCCCCGGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117700 AAACAAGGTG...TAGGAGGCTACTCACAGTCGAACTACAACTCCCCGGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2598 GTCCGGCCAGAACTACAGTGGCCCTCCCAGCTCCTACCAGTCCTCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118241 GTCCGGCCAGAACTACAGTGGCCCTCCCAGCTCCTACCAGTCCTCACAAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2648 GCGGCTATGGCAGAAACGCAGACCACAGCATGAACTACCAGTACAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118291 GCGGCTATGGCAGAAACGCAGACCACAGCATGAACTACCAGTACAGA