seq1 = pF1KB8520.tfa, 2622 bp
seq2 = pF1KB8520/gi568815588f_13070921.tfa (gi568815588f:13070921_13309307), 238387 bp

>pF1KB8520 2622
>gi568815588f:13070921_13309307 (Chr10)

1-349  (99998-100343)   98% ->
350-454  (101456-101560)   100% ->
455-592  (101708-101845)   100% ->
593-764  (104590-104761)   100% ->
765-930  (109522-109687)   100% ->
931-1098  (112013-112180)   100% ->
1099-1215  (115244-115360)   100% ->
1216-1415  (117961-118160)   100% ->
1416-1516  (120379-120479)   100% ->
1517-1627  (121335-121445)   100% ->
1628-1745  (121531-121648)   100% ->
1746-1974  (124121-124349)   100% ->
1975-2119  (126703-126847)   100% ->
2120-2238  (127769-127887)   100% ->
2239-2352  (130501-130614)   100% ->
2353-2498  (133299-133444)   100% ->
2499-2541  (138171-138213)   100% ->
2542-2622  (138307-138387)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGAGGAGGAAGACAATCTGTCTCTGCTGACCGCACTGCTGGAAGA
         |--|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 CT  A GAGGAGGAAGACAATCTGTCTCTGCTGACCGCACTGCTGGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAATGAGTCAGCCTTGGATTGTAATTCAGAAGAAAATAACTTCTTGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 AAATGAGTCAGCCTTGGATTGTAATTCAGAAGAAAATAACTTCTTGACGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGAAAATGGCGAGCCCGACGCATTTGATGAGCTCTTTGATGCCGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100095 GGGAAAATGGCGAGCCCGACGCATTTGATGAGCTCTTTGATGCCGACGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACGGTGAATCTTATACAGAAGAGGCTGATGATGGAGAAACAGGAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100145 GACGGTGAATCTTATACAGAAGAGGCTGATGATGGAGAAACAGGAGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAGAGACGAAAAGGAAAATCTGGCCACTCTCTTTGGAGATATGGAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100195 AAGAGACGAAAAGGAAAATCTGGCCACTCTCTTTGGAGATATGGAGGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAACAGATGAAGAAGAAGTTCCCGCATCACAGTCAACTGAAAATAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100245 TAACAGATGAAGAAGAAGTTCCCGCATCACAGTCAACTGAAAATAGGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCCCTGCTCCTGCCCCCAGGCGAGAGAAAACGAATGAAGAGTTGCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100295 CTCCCTGCTCCTGCCCCCAGGCGAGAGAAAACGAATGAAGAGTTGCAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350         AGGAATTAAGGAATTTGCAAGAGCAAATGAAGGCCTTACAAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100345 TG...TAGAGGAATTAAGGAATTTGCAAGAGCAAATGAAGGCCTTACAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCAGCTAAAAGTAACAACAATTAAACAGACAGCAAGCCCAGCCCGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 AGCAGCTAAAAGTAACAACAATTAAACAGACAGCAAGCCCAGCCCGTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAAAAATCCCCTG         AGAAGTCTCCCCGGCCACCTCTTAAGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101548 CAAAAATCCCCTGGTA...TAGAGAAGTCTCCCCGGCCACCTCTTAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAGGAGAGTTCAGAGAATTCAGGAGTCAACATGCTTTTCTGCGGAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101736 GAGGAGAGTTCAGAGAATTCAGGAGTCAACATGCTTTTCTGCGGAGCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATGTCCCTGCGCTACCAAGAACCAAGAGGGTGGCTCGAACACCAAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101786 ATGTCCCTGCGCTACCAAGAACCAAGAGGGTGGCTCGAACACCAAAGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCACCTCCAG         ATCCCAAAAGCTCATCTTCAAGGATGACAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101836 TCACCTCCAGGTG...TAGATCCCAAAAGCTCATCTTCAAGGATGACAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGCACCCTCCCAACCCCTACAGACGATTTCTCGGAACAAACCTAGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104621 TGCACCCTCCCAACCCCTACAGACGATTTCTCGGAACAAACCTAGTGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TAACTAGAGGTCAAATTGTGGGGACCCCAGGAAGTTCTGGGGAAACGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104671 TAACTAGAGGTCAAATTGTGGGGACCCCAGGAAGTTCTGGGGAAACGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAACCCATCTGTGTGGAAGCCTTCTCTGGTCTGCGGCTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104721 CAACCCATCTGTGTGGAAGCCTTCTCTGGTCTGCGGCTCAGGTC...CAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCGGCCTCGAGTATCCTCCACAGAAATGAACAAGAAAATGACCGGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109522 GCGGCCTCGAGTATCCTCCACAGAAATGAACAAGAAAATGACCGGCCGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AACTGATCAGACTGTCTCAGATCAAGGAAAAGATGGCCAGAGAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109572 AACTGATCAGACTGTCTCAGATCAAGGAAAAGATGGCCAGAGAGAAGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GAAGAAATAGATTGGGTGACATTTGGGGTTATATTGAAGAAGGTTACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109622 GAAGAAATAGATTGGGTGACATTTGGGGTTATATTGAAGAAGGTTACGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ACAGAGTGTGAATAGT         GGAAAAACCTTCAGCATATGGAAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109672 ACAGAGTGTGAATAGTGTA...CAGGGAAAAACCTTCAGCATATGGAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGAATGATCTTCGTGACCTGACACAATGTGTGTCCTTGTTCTTATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112038 TGAATGATCTTCGTGACCTGACACAATGTGTGTCCTTGTTCTTATTTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAAGTTCACAAAGCGCTCTGGAAGACGGAGCAGGGGACTGTCGTAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112088 GAAGTTCACAAAGCGCTCTGGAAGACGGAGCAGGGGACTGTCGTAGGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCTCAATGCCAACCCCATGAAGCCCAAGGATGGTTCAGAGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112138 CCTCAATGCCAACCCCATGAAGCCCAAGGATGGTTCAGAGGAGGTA...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1099   GTGTGTTTATCTATCGATCATCCTCAGAAGGTCTTAATTATGGGTGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115242 AGGTGTGTTTATCTATCGATCATCCTCAGAAGGTCTTAATTATGGGTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCTCTTGACCTGGGAACCTGTAAAGCCAAGAAGAAGAATGGAGAGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115292 GCTCTTGACCTGGGAACCTGTAAAGCCAAGAAGAAGAATGGAGAGCCGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CACGCAGACTGTGAATTTG         CGTGACTGTGAGTACTGTCAGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115342 CACGCAGACTGTGAATTTGGTT...CAGCGTGACTGTGAGTACTGTCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACCATGTCCAGGCTCAGTACAAGAAGCTCAGCGCAAAGCGTGCGGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117983 ACCATGTCCAGGCTCAGTACAAGAAGCTCAGCGCAAAGCGTGCGGATCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CAGTCCACCTTCTCTGGAGGACGAATTCCAAAGAAGTTTGCCCGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118033 CAGTCCACCTTCTCTGGAGGACGAATTCCAAAGAAGTTTGCCCGCAGAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CACCAGCCTCAAAGAACGGCTGTGCCAAGATGGCTTTTACTACGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118083 CACCAGCCTCAAAGAACGGCTGTGCCAAGATGGCTTTTACTACGGAGGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TTTCTTCTGCCTCGTATGCAGCTTCAAT         TGCAGCAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 118133 TTTCTTCTGCCTCGTATGCAGCTTCAATGTA...CAGTGCAGCAGCTGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GCTCCTAAGAAGAAGATTCAAACCACTCTGAGTAATCTGGTTGTTAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120392 GCTCCTAAGAAGAAGATTCAAACCACTCTGAGTAATCTGGTTGTTAAGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CACAAACTTGATCATCCAGGAAACACGGCAAAAACTCG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 120442 CACAAACTTGATCATCCAGGAAACACGGCAAAAACTCGGTA...CAGGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TACCCCAGAAGAGCCTGTCTTGCTCTGAGGAGTTCAAGGAACTGATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121338 TACCCCAGAAGAGCCTGTCTTGCTCTGAGGAGTTCAAGGAACTGATGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CTGCCGACGTGTGGAGCCAGGAACTTAAAACAACATTTAGCCAAAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121388 CTGCCGACGTGTGGAGCCAGGAACTTAAAACAACATTTAGCCAAAGCCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AGCTTCAG         GGATTATGGGGAGCCCAAAACCAGCCATCAAGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 121438 AGCTTCAGGTA...CAGGGATTATGGGGAGCCCAAAACCAGCCATCAAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CCATCTCGGCCTCAGCACTCTTGAAGCAACAGAAGCAGCGGATGTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121564 CCATCTCGGCCTCAGCACTCTTGAAGCAACAGAAGCAGCGGATGTTGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 ATGAGGAGAAGGAAATCAGAAGAAATACAGAAGCG         ATTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 121614 ATGAGGAGAAGGAAATCAGAAGAAATACAGAAGCGGTA...AAGATTTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GCAGAGCTCAAGTGAAGTTGAGAGCCCAGCTGTGCCATCTTCATCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124127 GCAGAGCTCAAGTGAAGTTGAGAGCCCAGCTGTGCCATCTTCATCAAGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 AGCCCCCTGCTCAGCCTCCACGGACAGGATCCGAGTTCCCCAGGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124177 AGCCCCCTGCTCAGCCTCCACGGACAGGATCCGAGTTCCCCAGGCTGGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GGAGCCCCGGCCACAATGACGCCCAAGCTGGGGCGAGGTGTCTTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124227 GGAGCCCCGGCCACAATGACGCCCAAGCTGGGGCGAGGTGTCTTGGAAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 AGATGATGTTCTCTTTTATGATGAGTCACCACCACCAAGACCAAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124277 AGATGATGTTCTCTTTTATGATGAGTCACCACCACCAAGACCAAAACTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 GTGCTTTAGCAGAAGCCAAAAAG         TTAGCTGCTATCACCAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 124327 GTGCTTTAGCAGAAGCCAAAAAGGTA...TAGTTAGCTGCTATCACCAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 TTAAGGGCAAAAGGCCAGGTTCTTACAAAAACAAACCCAAACAGCATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126721 TTAAGGGCAAAAGGCCAGGTTCTTACAAAAACAAACCCAAACAGCATTAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GAAGAAACAAAAGGACCCTCAGGACATCCTGGAGGTGAAGGAACGTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126771 GAAGAAACAAAAGGACCCTCAGGACATCCTGGAGGTGAAGGAACGTGTAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 AAAAAAACACCATGTTTTCTTCTCAAG         CTGAGGATGAATTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 126821 AAAAAAACACCATGTTTTCTTCTCAAGGTA...TAGCTGAGGATGAATTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GAGCCTGCCAGGAAAAAAAGGAGAGAACAACTTGCCTATCTGGAATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127783 GAGCCTGCCAGGAAAAAAAGGAGAGAACAACTTGCCTATCTGGAATCTGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 GGAATTTCAGAAAATCCTAAAAGCAAAATCAAAACACACAGGCATCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127833 GGAATTTCAGAAAATCCTAAAAGCAAAATCAAAACACACAGGCATCCTGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 AAGAG         GCCGAGGCTGAGATGCAGGAGCGCTACTTTGAGCCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127883 AAGAGGTA...CAGGCCGAGGCTGAGATGCAGGAGCGCTACTTTGAGCCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 CTGGTGAAAAAAGAACAAATGGAAGAAAAGATGAGAAACATCAGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130537 CTGGTGAAAAAAGAACAAATGGAAGAAAAGATGAGAAACATCAGAGAAGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 GAAGTGCCGTGTCGTGACATGCAAGACG         TGCGCCTATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 130587 GAAGTGCCGTGTCGTGACATGCAAGACGGTG...CAGTGCGCCTATACCC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 ACTTCAAGCTGCTGGAGACCTGCGTCAGTGAGCAGCATGAATACCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133312 ACTTCAAGCTGCTGGAGACCTGCGTCAGTGAGCAGCATGAATACCACTGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 CATGATGGTGTGAAGAGGTTTTTCAAATGTCCCTGTGGAAACAGAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133362 CATGATGGTGTGAAGAGGTTTTTCAAATGTCCCTGTGGAAACAGAAGCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 CTCCTTGGACAGACTCCCGAACAAGCACTGCAG         TAACTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 133412 CTCCTTGGACAGACTCCCGAACAAGCACTGCAGGTA...CAGTAACTGTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 GCCTCTACAAATGGGAACGGGACGGAATGCTAAAG         GAAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 138179 GCCTCTACAAATGGGAACGGGACGGAATGCTAAAGGTA...TAGGAAAAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 ACTGGTCCAAAGATAGGAGGAGAAACTCTGTTACCAAGAGGAGAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138313 ACTGGTCCAAAGATAGGAGGAGAAACTCTGTTACCAAGAGGAGAAGAACA

   2750     .    :    .    :    .
   2598 TGCTAAATTTCTGAACAGCCTTAAA
        |||||||||||||||||||||||||
 138363 TGCTAAATTTCTGAACAGCCTTAAA