seq1 = pF1KB8519.tfa, 2859 bp
seq2 = pF1KB8519/gi568815596f_230961266.tfa (gi568815596f:230961266_231270709), 309444 bp

>pF1KB8519 2859
>gi568815596f:230961266_231270709 (Chr2)

1-16  (95761-95776)   100% ->
17-60  (100002-100045)   100% ->
61-134  (100983-101056)   100% ->
135-304  (101241-101410)   100% ->
305-510  (105641-105846)   100% ->
511-654  (108760-108903)   100% ->
655-881  (110924-111150)   100% ->
882-942  (114246-114306)   100% ->
943-1071  (115769-115897)   100% ->
1072-1160  (117394-117482)   100% ->
1161-1239  (118271-118349)   100% ->
1240-1413  (118876-119049)   100% ->
1414-1525  (121618-121729)   100% ->
1526-1722  (122302-122498)   100% ->
1723-1818  (123754-123849)   100% ->
1819-1883  (125852-125916)   100% ->
1884-1998  (177471-177585)   100% ->
1999-2115  (184975-185091)   100% ->
2116-2218  (192299-192401)   100% ->
2219-2388  (200075-200244)   100% ->
2389-2481  (202370-202462)   100% ->
2482-2568  (203935-204021)   100% ->
2569-2715  (204606-204752)   100% ->
2716-2859  (209301-209444)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCACCTCGGCCG         CTGGAATTATTTCTCTTCTGGATGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  95761 ATGATCACCTCGGCCGGTG...TAGCTGGAATTATTTCTCTTCTGGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGATGAACCACAGCTTAAG         GAATTTGCACTACACAAATTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100027 AGATGAACCACAGCTTAAGGTA...CAGGAATTTGCACTACACAAATTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 ATGCAGTTGTTAATGACTTCTGGGCAGAAATTTCCGAGTCCGTAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101005 ATGCAGTTGTTAATGACTTCTGGGCAGAAATTTCCGAGTCCGTAGACAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AT         AGAGGTTTTATACGAAGATGAAGGTTTCCGGAGTCGGCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101055 ATGTA...CAGAGAGGTTTTATACGAAGATGAAGGTTTCCGGAGTCGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GTTTGCAGCCTTAGTGGCATCTAAAGTATTTTATCACCTGGGGGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101280 GTTTGCAGCCTTAGTGGCATCTAAAGTATTTTATCACCTGGGGGCTTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGGAGTCTCTGAATTATGCTCTTGGAGCAGGGGACCTCTTCAATGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101330 AGGAGTCTCTGAATTATGCTCTTGGAGCAGGGGACCTCTTCAATGTCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATAACTCTGAATATGTGGAAACTATTATAG         CAAAATGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 101380 GATAACTCTGAATATGTGGAAACTATTATAGGTA...CAGCAAAATGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGATCACTACACCAAACAATGTGTGGAAAATGCAGATTTGCCTGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105651 TGATCACTACACCAAACAATGTGTGGAAAATGCAGATTTGCCTGAAGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAAAAAAACCAATTGACCAGAGATTGGAAGGCATCGTAAATAAAATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105701 AAAAAAAACCAATTGACCAGAGATTGGAAGGCATCGTAAATAAAATGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGCGATGTCTAGATGATCACAAGTATAAACAGGCTATTGGCATTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105751 CAGCGATGTCTAGATGATCACAAGTATAAACAGGCTATTGGCATTGCTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGAGACACGAAGACTGGACGTCTTTGAAAAGACCATACTGGAGTCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105801 GGAGACACGAAGACTGGACGTCTTTGAAAAGACCATACTGGAGTCGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511      AATGATGTCCCAGGAATGTTAGCTTATAGCCTTAAGCTCTGCATG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105851 ..CAGAATGATGTCCCAGGAATGTTAGCTTATAGCCTTAAGCTCTGCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCTTTAATGCAGAATAAACAGTTTCGGAATAAAGTACTAAGAGTTCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108805 TCTTTAATGCAGAATAAACAGTTTCGGAATAAAGTACTAAGAGTTCTAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAAAATCTACATGAACTTGGAGAAACCTGATTTCATCAATGTTTGTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108855 TAAAATCTACATGAACTTGGAGAAACCTGATTTCATCAATGTTTGTCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655         TGCTTAATTTTCTTAGATGATCCTCAGGCTGTGAGTGATATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108905 TA...CAGTGCTTAATTTTCTTAGATGATCCTCAGGCTGTGAGTGATATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTAGAGAAACTGGTAAAGGAAGACAACCTCCTGATGGCATATCAGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110966 TTAGAGAAACTGGTAAAGGAAGACAACCTCCTGATGGCATATCAGATTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTTTGATTTGTATGAAAGTGCTAGCCAGCAGTTTTTGTCATCTGTAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111016 TTTTGATTTGTATGAAAGTGCTAGCCAGCAGTTTTTGTCATCTGTAATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGAATCTTCGAACTGTTGGCACCCCTATTGCTTCTGTGCCTGGATCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111066 AGAATCTTCGAACTGTTGGCACCCCTATTGCTTCTGTGCCTGGATCCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AATACGGGTACTGTTCCGGGATCAGAGAAAGACAG         TGACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 111116 AATACGGGTACTGTTCCGGGATCAGAGAAAGACAGGTA...CAGTGACTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GATGGAAACAGAAGAAAAGACAAGCAGTGCATTTGTAGGAAAGACACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114252 GATGGAAACAGAAGAAAAGACAAGCAGTGCATTTGTAGGAAAGACACCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGCC         AGTCCAGAGCCTAAGGACCAGACTTTGAAAATGATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114302 AAGCCGTG...CAGAGTCCAGAGCCTAAGGACCAGACTTTGAAAATGATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAAATTTTAAGTGGTGAAATGGCTATTGAGTTACATCTGCAGTTCTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115805 AAAATTTTAAGTGGTGAAATGGCTATTGAGTTACATCTGCAGTTCTTAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACGAAACAATAATACAGACCTCATGATTCTAAAAAACACAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 115855 ACGAAACAATAATACAGACCTCATGATTCTAAAAAACACAAAGGTA...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1072   GATGCAGTACGGAATTCTGTATGTCATACTGCAACCGTTATAGCAAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117392 AGGATGCAGTACGGAATTCTGTATGTCATACTGCAACCGTTATAGCAAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TCTTTTATGCACTGTGGGACAACCAGTGACCAGTTTCTTAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 117442 TCTTTTATGCACTGTGGGACAACCAGTGACCAGTTTCTTAGGTA...CAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AGATAATTTGGAATGGTTAGCCAGAGCCACTAACTGGGCAAAATTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118271 AGATAATTTGGAATGGTTAGCCAGAGCCACTAACTGGGCAAAATTTACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTACAGCCAGTTTGGGTGTAATTCATAAG         GGTCATGAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 118321 CTACAGCCAGTTTGGGTGTAATTCATAAGGTA...CAGGGTCATGAAAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GAAGCATTACAGTTAATGGCAACATACCTTCCCAAGGATACTTCTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118888 GAAGCATTACAGTTAATGGCAACATACCTTCCCAAGGATACTTCTCCAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ATCAGCCTATCAGGAAGGTGGAGGTCTCTATGCACTAGGTCTTATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118938 ATCAGCCTATCAGGAAGGTGGAGGTCTCTATGCACTAGGTCTTATTCATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CCAATCATGGTGGTGATATAATTGACTATCTGCTTAATCAGCTTAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118988 CCAATCATGGTGGTGATATAATTGACTATCTGCTTAATCAGCTTAAGAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCCAGCAATGAT         ATCGTTAGACACGGTGGCAGTCTGGGCCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119038 GCCAGCAATGATGTA...TAGATCGTTAGACACGGTGGCAGTCTGGGCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGGTTTGGCAGCCATGGGAACTGCACGTCAAGATGTTTATGATTTGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121647 TGGTTTGGCAGCCATGGGAACTGCACGTCAAGATGTTTATGATTTGCTAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AAACAAACCTTTATCAGGATGATGCAGTAACAG         GGGAAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 121697 AAACAAACCTTTATCAGGATGATGCAGTAACAGGTA...CAGGGGAAGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GCTGGCCTGGCCCTAGGTTTGGTTATGTTGGGCTCTAAAAATGCTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122310 GCTGGCCTGGCCCTAGGTTTGGTTATGTTGGGCTCTAAAAATGCTCAGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TATTGAGGACATGGTTGGTTATGCACAAGAAACTCAACATGAGAAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122360 TATTGAGGACATGGTTGGTTATGCACAAGAAACTCAACATGAGAAGATTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGCGTGGTCTTGCAGTTGGCATAGCTTTAGTAATGTATGGGAGGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122410 TGCGTGGTCTTGCAGTTGGCATAGCTTTAGTAATGTATGGGAGGATGGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GAGGCTGATGCTCTCATTGAATCTCTCTGTCGTGACAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 122460 GAGGCTGATGCTCTCATTGAATCTCTCTGTCGTGACAAGGTG...TAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CCCAATTCTTCGAAGGTCTGGAATGTATACTGTAGCCATGGCTTATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123756 CCCAATTCTTCGAAGGTCTGGAATGTATACTGTAGCCATGGCTTATTGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GCTCTGGTAACAACAAAGCAATTCGACGCCTGCTACATGTTGCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123806 GCTCTGGTAACAACAAAGCAATTCGACGCCTGCTACATGTTGCTGTA...

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1819    GTAAGTGATGTTAATGATGATGTCAGGAGGGCAGCAGTAGAATCACT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125849 TAGGTAAGTGATGTTAATGATGATGTCAGGAGGGCAGCAGTAGAATCACT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 TGGGTTCATTCTATTCAG         AACCCCTGAACAGTGCCCAAGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 125899 TGGGTTCATTCTATTCAGGTA...CAGAACCCCTGAACAGTGCCCAAGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TTGTCTCTTTGTTGTCAGAGAGTTACAACCCTCATGTGCGCTACGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177494 TTGTCTCTTTGTTGTCAGAGAGTTACAACCCTCATGTGCGCTACGGAGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GCAATGGCCTTGGGGATATGCTGTGCTGGTACAGGAAACAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 177544 GCAATGGCCTTGGGGATATGCTGTGCTGGTACAGGAAACAAGGTA...CA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1999  GAAGCCATTAATTTGCTAGAACCAATGACAAACGACCCCGTGAACTACG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184974 GGAAGCCATTAATTTGCTAGAACCAATGACAAACGACCCCGTGAACTACG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 TGAGGCAAGGGGCACTCATAGCTTCAGCTCTCATCATGATCCAGCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185024 TGAGGCAAGGGGCACTCATAGCTTCAGCTCTCATCATGATCCAGCAGACT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GAAATCACTTGTCCAAAG         GTGAATCAGTTCAGACAGCTGTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 185074 GAAATCACTTGTCCAAAGGTG...CAGGTGAATCAGTTCAGACAGCTGTA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 TTCCAAAGTCATCAATGATAAGCATGATGATGTCATGGCCAAGTTTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192322 TTCCAAAGTCATCAATGATAAGCATGATGATGTCATGGCCAAGTTTGGCG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 CTATTCTGGCCCAGGGCATACTGGATGCAG         GTGGTCATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 192372 CTATTCTGGCCCAGGGCATACTGGATGCAGGTA...CAGGTGGTCATAAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 GTCACAATCTCCTTGCAGTCCAGGACTGGGCATACTCATATGCCTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200086 GTCACAATCTCCTTGCAGTCCAGGACTGGGCATACTCATATGCCTTCTGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 GGTTGGCGTCCTTGTATTTACCCAGTTTTGGTTCTGGTTTCCTCTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200136 GGTTGGCGTCCTTGTATTTACCCAGTTTTGGTTCTGGTTTCCTCTTTCAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 ACTTCCTGTCATTGGCTTATACCCCTACCTGTGTCATTGGCCTTAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200186 ACTTCCTGTCATTGGCTTATACCCCTACCTGTGTCATTGGCCTTAACAAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 GACTTAAAG         ATGCCGAAAGTTCAGTATAAATCGAACTGTAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 200236 GACTTAAAGGTA...CAGATGCCGAAAGTTCAGTATAAATCGAACTGTAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2421 ACCATCCACATTTGCATATCCTGCCCCTCTGGAAGTACCAAAAGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202402 ACCATCCACATTTGCATATCCTGCCCCTCTGGAAGTACCAAAAGAAAAAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 AAAAGGAAAAG         GTTTCTACTGCTGTATTATCTATAACTGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 202452 AAAAGGAAAAGGTA...CAGGTTTCTACTGCTGTATTATCTATAACTGCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 AAGGCTAAAAAGAAGGAAAAAGAAAAGGAAAAAAAGGAGGAGGAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203965 AAGGCTAAAAAGAAGGAAAAAGAAAAGGAAAAAAAGGAGGAGGAGAAAAT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 GGAAGTG         GATGAGGCAGAGAAAAAGGAGGAAAAAGAGAAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204015 GGAAGTGGTA...TAGGATGAGGCAGAGAAAAAGGAGGAAAAAGAGAAGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2603 AAAAAGAACCTGAGCCAAACTTCCAGTTATTGGATAACCCAGCCCGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204640 AAAAAGAACCTGAGCCAAACTTCCAGTTATTGGATAACCCAGCCCGAGTT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2653 ATGCCTGCCCAGCTTAAGGTCCTAACCATGCCGGAGACCTGTAGATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204690 ATGCCTGCCCAGCTTAAGGTCCTAACCATGCCGGAGACCTGTAGATACCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2703 GCCTTTCAAACCA         CTCTCTATTGGAGGCATCATCATTCTGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 204740 GCCTTTCAAACCAGTA...CAGCTCTCTATTGGAGGCATCATCATTCTGA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2744 AGGATACCAGTGAAGACATTGAGGAGCTGGTGGAACCTGTGGCAGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209329 AGGATACCAGTGAAGACATTGAGGAGCTGGTGGAACCTGTGGCAGCACAT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2794 GGCCCAAAAATCGAGGAGGAGGAACAAGAGCCAGAACCCCCAGAACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209379 GGCCCAAAAATCGAGGAGGAGGAACAAGAGCCAGAACCCCCAGAACCATT

   3050     .    :    .
   2844 TGAGTATATTGATGAT
        ||||||||||||||||
 209429 TGAGTATATTGATGAT