seq1 = pF1KB8518.tfa, 2607 bp
seq2 = pF1KB8518/gi568815589f_110568905.tfa (gi568815589f:110568905_110900985), 332081 bp

>pF1KB8518 2607
>gi568815589f:110568905_110900985 (Chr9)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-206  (113770-113896)   100% ->
207-358  (118213-118364)   100% ->
359-486  (126499-126626)   100% ->
487-628  (128421-128562)   100% ->
629-753  (165347-165471)   100% ->
754-920  (178737-178903)   97% ->
921-1184  (198916-199179)   100% ->
1185-1360  (206884-207059)   100% ->
1361-1384  (207728-207751)   100% ->
1385-1586  (215911-216112)   100% ->
1587-1778  (216623-216814)   100% ->
1779-1927  (218786-218934)   100% ->
1928-2607  (231402-232081)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGAGCTCGTCAACATTCCACTGGTACATATTCTTACTCTGGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAGAGCTCGTCAACATTCCACTGGTACATATTCTTACTCTGGTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCAGCGGAACTGAGAAACTTCCAAAAG         CTCCTGTCATCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 CTTCAGCGGAACTGAGAAACTTCCAAAAGGTT...CAGCTCCTGTCATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCACTCCTCTTGAAACAGTGGATGCCTTAGTTGAAGAAGTGGCTACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113782 CCACTCCTCTTGAAACAGTGGATGCCTTAGTTGAAGAAGTGGCTACTTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGTGTGCAGTGGAATCCTACCCCCAGCCTGAGATTTCCTGGACTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113832 ATGTGTGCAGTGGAATCCTACCCCCAGCCTGAGATTTCCTGGACTAGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAAAATTCTCATTAA         ACTCTTTGACACCCGGTACAGCATCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113882 TAAAATTCTCATTAAGTA...CAGACTCTTTGACACCCGGTACAGCATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGAGAATGGGCAGCTCCTCACCATCCTGAGTGTGGAAGACAGTGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118239 GGGAGAATGGGCAGCTCCTCACCATCCTGAGTGTGGAAGACAGTGATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCATTTACTGCTGCACGGCCAACAATGGTGTGGGAGGAGCTGTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118289 GGCATTTACTGCTGCACGGCCAACAATGGTGTGGGAGGAGCTGTGGAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTGTGGAGCCCTGCAAGTGAAGATGA         AACCTAAAATAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 118339 TTGTGGAGCCCTGCAAGTGAAGATGAGTG...TAGAACCTAAAATAACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTCCTCCCATAAATGTGAAAATAATAGAGGGATTAAAAGCAGTCCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126514 GTCCTCCCATAAATGTGAAAATAATAGAGGGATTAAAAGCAGTCCTACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTACTACAATGGGTAATCCCAAACCATCAGTGTCTTGGATAAAGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126564 TGTACTACAATGGGTAATCCCAAACCATCAGTGTCTTGGATAAAGGGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGCCCTCTCAGG         GAAAATTCCCGAATTGCAGTTCTTGAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 126614 CAGCCCTCTCAGGGTA...CAGGAAAATTCCCGAATTGCAGTTCTTGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGGGAGCTTGAGGATTCATAACGTACAAAAGGAAGATGCAGGACAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128449 CTGGGAGCTTGAGGATTCATAACGTACAAAAGGAAGATGCAGGACAGTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGATGTGTGGCAAAAAACAGCCTCGGGACAGCATATTCCAAAGTGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128499 CGATGTGTGGCAAAAAACAGCCTCGGGACAGCATATTCCAAAGTGGTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTGGAAGTTGAGG         TTTTTGCCAGGATCCTGCGGGCTCCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 128549 GCTGGAAGTTGAGGGTA...CAGTTTTTGCCAGGATCCTGCGGGCTCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AATCCCACAATGTCACCTTTGGCTCCTTTGTGACCCTGCACTGTACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165374 AATCCCACAATGTCACCTTTGGCTCCTTTGTGACCCTGCACTGTACAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACAGGCATTCCTGTCCCCACCATCACCTGGATTGAAAACGGAAATGCT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 165424 ACAGGCATTCCTGTCCCCACCATCACCTGGATTGAAAACGGAAATGCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    754        GTTTCTTCTGGGTCCATTCAAGAGAGTGTGAAAGACCGAGTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165474 G...CAGGTTTCTTCTGGGTCCATTCAAGAGAGTGTGAAAGACCGAGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGACTCAAGACTGCAGCTGTTTATCACCAAGCCAGGACTCTACACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178780 TTGACTCAAGACTGCAGCTGTTTATCACCAAGCCAGGACTCTACACATGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATAGCTACCAATAAGCATGGGGAGAAGTTCAGTACTGCCAAGGCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178830 ATAGCTACCAATAAGCATGGGGAGAAGTTCAGTACTGCCAAGGCTGCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACCATCAGCATAGCAG AATGGAG         TAAACCACAGAAAGAT
        |||||||||||||||||- |-||| >>>...>>>||||||||||||||||
 178880 CACCATCAGCATAGCAGGTA GGATGCC...CAGTAAACCACAGAAAGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937 AACAAAGGCTACTGCGCCCAGTACAGAGGGGAGGTGTGTAATGCAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198932 AACAAAGGCTACTGCGCCCAGTACAGAGGGGAGGTGTGTAATGCAGTCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987 GGCAAAAGATGCTCTTGTTTTTCTCAACACCTCCTATGCGGACCCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198982 GGCAAAAGATGCTCTTGTTTTTCTCAACACCTCCTATGCGGACCCTGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037 AGGCCCAAGAGCTACTGGTCCACACGGCCTGGAATGAACTGAAAGTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199032 AGGCCCAAGAGCTACTGGTCCACACGGCCTGGAATGAACTGAAAGTAGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087 AGCCCAGTCTGCCGGCCAGCTGCTGAGGCTTTGTTGTGTAACCACATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199082 AGCCCAGTCTGCCGGCCAGCTGCTGAGGCTTTGTTGTGTAACCACATCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137 CCAGGAGTGCAGTCCTGGAGTAGTGCCTACTCCTATTCCCATTTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 199132 CCAGGAGTGCAGTCCTGGAGTAGTGCCTACTCCTATTCCCATTTGCAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1185        AGAGTACTGCTTGGCAGTAAAGGAGCTCTTCTGCGCAAAAGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199182 A...TAGAGAGTACTGCTTGGCAGTAAAGGAGCTCTTCTGCGCAAAAGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228 TGGCTGGTAATGGAAGAGAAGACCCACAGAGGACTCTACAGATCCGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206927 TGGCTGGTAATGGAAGAGAAGACCCACAGAGGACTCTACAGATCCGAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1278 GCATTTGCTGTCCGTGCCAGAATGCAGCAAGCTTCCCAGCATGCATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206977 GCATTTGCTGTCCGTGCCAGAATGCAGCAAGCTTCCCAGCATGCATTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1328 ACCCCACGGCCTGTGCCAGACTGCCACATCTAG         ATTATAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 207027 ACCCCACGGCCTGTGCCAGACTGCCACATCTAGGTA...CAGATTATAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1369 AAAGAAAACCTAAAAA         CATTCCCACCAATGACGTCCTCAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 207736 AAAGAAAACCTAAAAAGTA...CAGCATTCCCACCAATGACGTCCTCAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1410 GCCAAGTGTGGACATTCCAAATCTGCCTTCCTCCTCCTCTTCTTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215936 GCCAAGTGTGGACATTCCAAATCTGCCTTCCTCCTCCTCTTCTTCCTTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1460 CTGTCTCACCTACATACTCCATGACTGTAATAATCTCCATCATGTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215986 CTGTCTCACCTACATACTCCATGACTGTAATAATCTCCATCATGTCCAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1510 TTTGCAATATTTGTGCTTCTTACCATAACTACTCTCTATTGCTGCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216036 TTTGCAATATTTGTGCTTCTTACCATAACTACTCTCTATTGCTGCCGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1560 AAGAAAACAATGGAAAAATAAGAAAAG         AGAATCAGCAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 216086 AAGAAAACAATGGAAAAATAAGAAAAGGTG...CAGAGAATCAGCAGCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 TAACCCTCACCACACTGCCTTCTGAGCTCTTACTAGATAGACTTCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216637 TAACCCTCACCACACTGCCTTCTGAGCTCTTACTAGATAGACTTCATCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 AACCCCATGTACCAGAGGATGCCGCTCCTTCTGAACCCCAAATTGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216687 AACCCCATGTACCAGAGGATGCCGCTCCTTCTGAACCCCAAATTGCTCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 CCTGGAGTATCCAAGGAATAACATTGAATATGTGAGAGACATCGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216737 CCTGGAGTATCCAAGGAATAACATTGAATATGTGAGAGACATCGGAGAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 GAGCGTTTGGAAGGGTGTTTCAAGCAAG         GGCACCAGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 216787 GAGCGTTTGGAAGGGTGTTTCAAGCAAGGTA...CAGGGCACCAGGCTTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 CTTCCCTATGAACCTTTCACTATGGTGGCAGTAAAGATGCTCAAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218799 CTTCCCTATGAACCTTTCACTATGGTGGCAGTAAAGATGCTCAAAGAAGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 AGCCTCGGCAGATATGCAAGCGGACTTTCAGAGGGAGGCAGCCCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218849 AGCCTCGGCAGATATGCAAGCGGACTTTCAGAGGGAGGCAGCCCTCATGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 CAGAATTTGACAACCCTAACATTGTGAAGCTATTAG         GAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 218899 CAGAATTTGACAACCCTAACATTGTGAAGCTATTAGGTA...CAGGAGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 TGTGCTGTCGGGAAGCCAATGTGCCTGCTCTTTGAATACATGGCCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231407 TGTGCTGTCGGGAAGCCAATGTGCCTGCTCTTTGAATACATGGCCTATGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 TGACCTCAATGAGTTCCTCCGCAGCATGTCCCCTCACACCGTGTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231457 TGACCTCAATGAGTTCCTCCGCAGCATGTCCCCTCACACCGTGTGCAGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 TCAGTCACAGTGACTTGTCTATGAGGGCTCAGGTCTCCAGCCCTGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231507 TCAGTCACAGTGACTTGTCTATGAGGGCTCAGGTCTCCAGCCCTGGGCCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083 CCACCCCTCTCCTGTGCTGAGCAGCTTTGCATTGCCAGGCAGGTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231557 CCACCCCTCTCCTGTGCTGAGCAGCTTTGCATTGCCAGGCAGGTGGCAGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2133 TGGCATGGCTTACCTCTCAGAACGTAAGTTTGTTCACCGAGATTTAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231607 TGGCATGGCTTACCTCTCAGAACGTAAGTTTGTTCACCGAGATTTAGCCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2183 CCAGGAACTGCCTGGTGGGCGAGAACATGGTGGTGAAAATTGCCGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231657 CCAGGAACTGCCTGGTGGGCGAGAACATGGTGGTGAAAATTGCCGACTTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2233 GGCCTCTCCAGGAACATCTACTCAGCAGACTACTACAAAGCTAATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231707 GGCCTCTCCAGGAACATCTACTCAGCAGACTACTACAAAGCTAATGAAAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2283 CGACGCTATCCCTATCCGTTGGATGCCACCAGAGTCCATTTTTTATAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231757 CGACGCTATCCCTATCCGTTGGATGCCACCAGAGTCCATTTTTTATAACC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2333 GCTACACTACAGAGTCTGATGTGTGGGCCTATGGCGTGGTCCTCTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231807 GCTACACTACAGAGTCTGATGTGTGGGCCTATGGCGTGGTCCTCTGGGAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2383 ATCTTCTCCTATGGCCTGCAGCCCTACTATGGGATGGCCCATGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231857 ATCTTCTCCTATGGCCTGCAGCCCTACTATGGGATGGCCCATGAGGAGGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2433 CATTTACTACGTGCGAGATGGCAACATCCTCTCCTGCCCTGAGAACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231907 CATTTACTACGTGCGAGATGGCAACATCCTCTCCTGCCCTGAGAACTGCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2483 CCGTGGAGCTGTACAATCTCATGCGTCTATGTTGGAGCAAGCTGCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231957 CCGTGGAGCTGTACAATCTCATGCGTCTATGTTGGAGCAAGCTGCCTGCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533 GACAGACCCAGTTTCACCAGTATTCACCGAATTCTGGAACGCATGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232007 GACAGACCCAGTTTCACCAGTATTCACCGAATTCTGGAACGCATGTGTGA

   2700     .    :    .    :    .
   2583 GAGGGCAGAGGGAACTGTGAGTGTC
        |||||||||||||||||||||||||
 232057 GAGGGCAGAGGGAACTGTGAGTGTC