seq1 = pF1KB8506.tfa, 2598 bp
seq2 = pF1KB8506/gi568815595r_52805139.tfa (gi568815595r:52805139_53054413), 249275 bp

>pF1KB8506 2598
>gi568815595r:52805139_53054413 (Chr3)

(complement)

1-28  (85286-85313)   100% ->
29-123  (100003-100097)   100% ->
124-364  (110821-111061)   100% ->
365-453  (119513-119601)   100% ->
454-700  (122106-122352)   100% ->
701-795  (123379-123473)   100% ->
796-897  (123984-124085)   100% ->
898-1048  (126073-126223)   100% ->
1049-1131  (128301-128383)   100% ->
1132-1258  (132583-132709)   100% ->
1259-1372  (133764-133877)   100% ->
1373-1415  (135888-135930)   100% ->
1416-1480  (138200-138264)   100% ->
1481-1620  (140797-140936)   100% ->
1621-1730  (141767-141876)   100% ->
1731-1906  (143236-143411)   100% ->
1907-2085  (146681-146859)   100% ->
2086-2331  (147100-147345)   100% ->
2332-2460  (148173-148301)   100% ->
2461-2598  (149138-149275)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGGGGAGCAGCAGCTTGATGCAG         ATGCCGGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  85286 ATGAACGGGGAGCAGCAGCTTGATGCAGGTA...TAGATGCCGGCTCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TATGGAAGAGGTAGAATTAAGCTGGGAAGATTATCTAGAAGAAACAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 TATGGAAGAGGTAGAATTAAGCTGGGAAGATTATCTAGAAGAAACAGGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCACAGCAGTTCCCTATGGGTCTTTTAAACAT         GTGGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100066 CCACAGCAGTTCCCTATGGGTCTTTTAAACATGTA...AAGGTGGACACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CGTTTGCAAAATGGATTTGCTCCTGGGATGAAGCTGGAGGTGGCTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110830 CGTTTGCAAAATGGATTTGCTCCTGGGATGAAGCTGGAGGTGGCTGTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AACAGATCCTGAGACCTACTGGGTTGCCACCGTTATCACTACCTGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110880 AACAGATCCTGAGACCTACTGGGTTGCCACCGTTATCACTACCTGTGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTTGCTCCTTCTCCGCTATGATGGCTATGGGGAGGATCGGAGAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110930 AGTTGCTCCTTCTCCGCTATGATGGCTATGGGGAGGATCGGAGAGCAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCTGGTGTGACATCAGGAAGGCTGATCTCTACCCCATTGGGTGGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110980 TTCTGGTGTGACATCAGGAAGGCTGATCTCTACCCCATTGGGTGGTGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGAATAAGAAGACCCTTGAAGCCCCAGAAG         GCATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111030 GCAGAATAAGAAGACCCTTGAAGCCCCAGAAGGTA...TAGGCATCAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATAAAGTATCTGACTGGGATGAGTTTCTGCGGCAGACCCTGATAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119522 ATAAAGTATCTGACTGGGATGAGTTTCTGCGGCAGACCCTGATAGGAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTAGTCCTCCTGTTCCGCTGCTAGAGGGC         CTCCGTAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119572 TGTAGTCCTCCTGTTCCGCTGCTAGAGGGCGTG...CAGCTCCGTAATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAGGAATCCTTTAGATCTCATTGCTCCAGGATCCAGACTAGAATGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122117 GAGGAATCCTTTAGATCTCATTGCTCCAGGATCCAGACTAGAATGTCAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTTCCAGGACTCTTTAAGCACTTGGATTGTTACTGTAGTAGAAAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122167 CTTTCCAGGACTCTTTAAGCACTTGGATTGTTACTGTAGTAGAAAACATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAGGAAGGCTGAAGCTACGTTATGAAGGACTTGAAAGTTCTGACAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122217 GGAGGAAGGCTGAAGCTACGTTATGAAGGACTTGAAAGTTCTGACAATTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGAACATTGGTTGTATTACTTGGATCCATTTCTTCATCACGTTGGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122267 TGAACATTGGTTGTATTACTTGGATCCATTTCTTCATCACGTTGGTTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGCTCAACAGGGATATGAGCTTCAGCCCCCTTCAG         CCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 122317 CTGCTCAACAGGGATATGAGCTTCAGCCCCCTTCAGGTG...AAGCCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGACATCTAAAAAATGAAGCTGAGTGGCAAGAGATTTTGGCCAAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123384 AGACATCTAAAAAATGAAGCTGAGTGGCAAGAGATTTTGGCCAAAGTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAGGAAGAGGAAGAGCCATTACCATCTTACTTATTTAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 123434 AGAGGAAGAGGAAGAGCCATTACCATCTTACTTATTTAAGGTA...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACAAACAAGTTATTGGCATTCATACATTCTCTGTAAACATGAAATTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123985 ACAAACAAGTTATTGGCATTCATACATTCTCTGTAAACATGAAATTGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTGTAGACCCCTGGTCTCCTTTTGGGATCTCTCCTGCTACAGTTGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124035 GCTGTAGACCCCTGGTCTCCTTTTGGGATCTCTCCTGCTACAGTTGTTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 G         GTTTTTGATGAGAAGTACTTTCTGGTGGAAATGGATGACT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124085 GGTA...TAGGTTTTTGATGAGAAGTACTTTCTGGTGGAAATGGATGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGCGTCCTGAGAACCACGCACGGCGATCCTTTGTGTGCCACGCCGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126113 TGCGTCCTGAGAACCACGCACGGCGATCCTTTGTGTGCCACGCCGACAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTGGCATCTTCCCTGTGCAGTGGAGTCTGAAGAATGGCCTACACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126163 CCTGGCATCTTCCCTGTGCAGTGGAGTCTGAAGAATGGCCTACACATCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCCCCCTCCAG         GCTACCCAAGCCAGGACTTTGACTGGGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 126213 CCCCCCTCCAGGTG...TAGGCTACCCAAGCCAGGACTTTGACTGGGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACTACCTCAAACAGTGTGGTGCTGAAGCTGCTCCCCAGAGGTGCTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128331 ACTACCTCAAACAGTGTGGTGCTGAAGCTGCTCCCCAGAGGTGCTTCCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCG         TTAATTTCTGAACATGAATTTAAGGAGAACATGAAGCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128381 CCGGTG...TAGTTAATTTCTGAACATGAATTTAAGGAGAACATGAAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGAGGCGGTGAACCCCATTCTCCCTGAAGAAGTGTGTGTTGCTACCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132621 CGAGGCGGTGAACCCCATTCTCCCTGAAGAAGTGTGTGTTGCTACCATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTGCAGTGAGAGGCTCCTACCTGTGGCTCCAGCTGGAGG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 132671 CTGCAGTGAGAGGCTCCTACCTGTGGCTCCAGCTGGAGGGTG...CAGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCTAAGAAGCCTATACCTGAATGTATTGTGAGTGTGGAATCCATGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133766 TCTAAGAAGCCTATACCTGAATGTATTGTGAGTGTGGAATCCATGGATAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ATTTCCTTTGGGCTGGTGTGAAACCAACGGCCACCCCCTCAGCACTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133816 ATTTCCTTTGGGCTGGTGTGAAACCAACGGCCACCCCCTCAGCACTCCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCCGAGCACGAG         TATATAAACAGAGGAAAATTGCAGTGGTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 133866 GCCGAGCACGAGGTA...CAGTATATAAACAGAGGAAAATTGCAGTGGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CAGCCAGAAAAACA         AGTACCATCCTCGAGGACTGTCCACGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 135917 CAGCCAGAAAAACAGTA...CAGAGTACCATCCTCGAGGACTGTCCACGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGGCCTGAGGAATCAGGAGCTGAACTCCACAGAGTCAG         TTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 138227 GGGCCTGAGGAATCAGGAGCTGAACTCCACAGAGTCAGGTA...CAGTTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGATTAATGGAAAATATTGCTGTCCAAAGATATACTTCAACCACCGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140800 TGATTAATGGAAAATATTGCTGTCCAAAGATATACTTCAACCACCGTTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TTCTCAGGGCCATATCTTAACAAAGGAAGAATTGCTGAGCTGCCTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140850 TTCTCAGGGCCATATCTTAACAAAGGAAGAATTGCTGAGCTGCCTCAATG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGTAGGACCTGGGAACTGTGTTCTGGTCCTTAGAGAG         GTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 140900 TGTAGGACCTGGGAACTGTGTTCTGGTCCTTAGAGAGGTA...CAGGTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCACTTTACTTATCAATGCAGCCTACAAACCCAGCCGTGTCCTTCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141771 TCACTTTACTTATCAATGCAGCCTACAAACCCAGCCGTGTCCTTCGGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CTCCAGCTGGACAAAGACTCTGTGTGGCACGGATGTGGGGAAGTCCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141821 CTCCAGCTGGACAAAGACTCTGTGTGGCACGGATGTGGGGAAGTCCTAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AGCCAA         ATATAAAGGAAAGAGTTATCGGGCTACTGTTGAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141871 AGCCAAGTG...CAGATATAAAGGAAAGAGTTATCGGGCTACTGTTGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TAGTGAAAACAGCAGATCGGGTGACTGAATTCTGCCGGCAAACCTGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143271 TAGTGAAAACAGCAGATCGGGTGACTGAATTCTGCCGGCAAACCTGTATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AAACTGGAATGCTGTCCTAACCTCTTCGGTCCACGGATGGTTCTGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143321 AAACTGGAATGCTGTCCTAACCTCTTCGGTCCACGGATGGTTCTGGATAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GTGTTCTGAGAACTGTTCTGTACTTACAAAGACCAAATACA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 143371 GTGTTCTGAGAACTGTTCTGTACTTACAAAGACCAAATACAGTG...TAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 CACACTATTACGGAAAGAAGAAAAATAAAAGAATTGGGAGGCCACCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146681 CACACTATTACGGAAAGAAGAAAAATAAAAGAATTGGGAGGCCACCTGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GGGCATAGTAACTTAGCTTGTGCCCTGAAAAAAGCCAGTAAGAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146731 GGGCATAGTAACTTAGCTTGTGCCCTGAAAAAAGCCAGTAAGAGGAGAAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GAGGCGGAAAAATGTTTTTGTTCATAAGAAGAAACGCTCCTCTGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146781 GAGGCGGAAAAATGTTTTTGTTCATAAGAAGAAACGCTCCTCTGCATCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TTGATAATACCCCAGCGGGCTCTCCCCAG         GGAAGTGGGGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 146831 TTGATAATACCCCAGCGGGCTCTCCCCAGGTA...CAGGGAAGTGGGGGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GAAGATGAGGATGACCCAGATGAAGGGGATGATGATTCCCTAAGTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147112 GAAGATGAGGATGACCCAGATGAAGGGGATGATGATTCCCTAAGTGAAGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CAGTACATCCGAGCAGCAGGATGAGCTACAGGAAGAATCAGAAATGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147162 CAGTACATCCGAGCAGCAGGATGAGCTACAGGAAGAATCAGAAATGTCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 AAAAAAAGTCATGCTCCTCTTCTCCCACCCAAAGTGAGATATCCACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147212 AAAAAAAGTCATGCTCCTCTTCTCCCACCCAAAGTGAGATATCCACATCG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 CTGCCTCCAGATAGACAAAGGAGAAAAAGGGAGCTTCGCACCTTTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147262 CTGCCTCCAGATAGACAAAGGAGAAAAAGGGAGCTTCGCACCTTTTCATT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 TTCTGACGATGAAAATAAACCTCCTTCACCAAAG         GAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 147312 TTCTGACGATGAAAATAAACCTCCTTCACCAAAGGTA...AAGGAAATAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 GGATCGAAGTTGCTGAAAGGCTTCACCTGGACAGTAACCCCTTGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148180 GGATCGAAGTTGCTGAAAGGCTTCACCTGGACAGTAACCCCTTGAAGTGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 AGTGTGGCAGACGTTGTGCGGTTCATCAGATCCACTGACTGTGCTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148230 AGTGTGGCAGACGTTGTGCGGTTCATCAGATCCACTGACTGTGCTCCATT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 AGCAAGAATATTCCTAGACCAG         GAAATTGATGGGCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 148280 AGCAAGAATATTCCTAGACCAGGTA...CAGGAAATTGATGGGCAGGCCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 TGTTGCTCCTTACCCTTCCCACTGTTCAAGAATGCATGGACTTAAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149157 TGTTGCTCCTTACCCTTCCCACTGTTCAAGAATGCATGGACTTAAAATTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 GGCCCTGCCATCAAACTTTGCCATCACATAGAGAGGATCAAGTTTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149207 GGCCCTGCCATCAAACTTTGCCATCACATAGAGAGGATCAAGTTTGCTTT

   2750     .    :    .
   2580 TTATGAGCAGTTTGCCAAC
        |||||||||||||||||||
 149257 TTATGAGCAGTTTGCCAAC