seq1 = pF1KB8496.tfa, 2583 bp
seq2 = pF1KB8496/gi568815597r_52273184.tfa (gi568815597r:52273184_52502223), 229040 bp

>pF1KB8496 2583
>gi568815597r:52273184_52502223 (Chr1)

(complement)

1-95  (100001-100095)   100% ->
96-223  (100735-100862)   100% ->
224-402  (104361-104539)   100% ->
403-721  (105860-106178)   100% ->
722-1082  (108421-108781)   100% ->
1083-1187  (112903-113007)   100% ->
1188-1383  (113587-113782)   100% ->
1384-1481  (116275-116372)   100% ->
1482-1583  (116962-117063)   100% ->
1584-1755  (117503-117674)   100% ->
1756-1863  (118287-118394)   100% ->
1864-2013  (118655-118804)   100% ->
2014-2133  (120463-120582)   100% ->
2134-2303  (126625-126794)   100% ->
2304-2391  (127327-127414)   100% ->
2392-2583  (128849-129040)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACACTACCCCACAAGGCTGAAGACCAGAAAAACTTATTCATGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACACTACCCCACAAGGCTGAAGACCAGAAAAACTTATTCATGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCAGGCCCTTGTTGGATCGAAAACTGCACTACCAAACCTATAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 TGGCAGGCCCTTGTTGGATCGAAAACTGCACTACCAAACCTATAGGTG..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     AGAAATGTGTGTGAAAACAGAAGGTTGTTCCACCGAGATTCACATC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .TAGAGAAATGTGTGTGAAAACAGAAGGTTGTTCCACCGAGATTCACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGATTGGACAGTTTGTGTTGATTGAAGGGGATGATGATGAAAACCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100781 CAGATTGGACAGTTTGTGTTGATTGAAGGGGATGATGATGAAAACCCGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTTGCTAAATTGCTTGAGTTGTTCGAAGATG         ACTCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100831 TGTTGCTAAATTGCTTGAGTTGTTCGAAGATGGTG...TAGACTCTGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTCCTCCTAAGAAACGTGCTCGAGTACAGTGGTTTGTCCGATTCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104370 CTCCTCCTAAGAAACGTGCTCGAGTACAGTGGTTTGTCCGATTCTGTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCCCTGCCTGTAAACGGCATTTGTTGGGCCGGAAGCCTGGTGCACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104420 GTCCCTGCCTGTAAACGGCATTTGTTGGGCCGGAAGCCTGGTGCACAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATATTCTGGTATGATTACCCGGCCTGTGACAGCAACATTAATGCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104470 AATATTCTGGTATGATTACCCGGCCTGTGACAGCAACATTAATGCGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATCATTGGCCTTGTTCGG         GTGATACCTTTAGCCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104520 CCATCATTGGCCTTGTTCGGGTA...CAGGTGATACCTTTAGCCCCAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGTGGTACCGACGAATCTGAAAAATGAGAAGACACTCTTTGTGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105881 GATGTGGTACCGACGAATCTGAAAAATGAGAAGACACTCTTTGTGAAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATCCTGGAATGAGAAGAAATTCAGGCCACTTTCCTCAGAACTATTTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105931 ATCCTGGAATGAGAAGAAATTCAGGCCACTTTCCTCAGAACTATTTGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGTTGAATAAACCACAAGAGAGTGCAGCCAAGTGCCAGAAACCCGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105981 AGTTGAATAAACCACAAGAGAGTGCAGCCAAGTGCCAGAAACCCGTGAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCAAGAGTAAGAGTGCAGAGAGCCCTTCTTGGACCCCAGCAGAACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106031 GCCAAGAGTAAGAGTGCAGAGAGCCCTTCTTGGACCCCAGCAGAACATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGCCAAAAGGATTGAATCAAGGCACTCCGCCTCCAAATCTCGCCAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106081 GGCCAAAAGGATTGAATCAAGGCACTCCGCCTCCAAATCTCGCCAAACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTACCCATCCTCTTACCCCAAGAGCCAGAAAGAGGCTGGAGCTTGGCA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106131 CTACCCATCCTCTTACCCCAAGAGCCAGAAAGAGGCTGGAGCTTGGCAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    722        ACTTAGGTAACCCTCAGATGTCCCAGCAGACTTCATGTGCCTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106181 A...TAGACTTAGGTAACCCTCAGATGTCCCAGCAGACTTCATGTGCCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTGGATTCTCCAGGAAGAATAAAACGGAAAGTGGCCTTCTCGGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108464 CTTGGATTCTCCAGGAAGAATAAAACGGAAAGTGGCCTTCTCGGAGATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCTCACCTTCTAAGAGATCTCAGCCTGATAAACTTCAAACCTTGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108514 CCTCACCTTCTAAGAGATCTCAGCCTGATAAACTTCAAACCTTGTCTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCTCTGAAAGCCCCAGAGAAAACCAGAGAGACTGGACTCTCTTATACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108564 GCTCTGAAAGCCCCAGAGAAAACCAGAGAGACTGGACTCTCTTATACTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGATGACAAGAAGGCTTCACCTGAACATCGCATAATCCTGAGAACCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108614 GGATGACAAGAAGGCTTCACCTGAACATCGCATAATCCTGAGAACCCGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTGCAGCTTCGAAAACCATAGACATTAGAGAGGAGAGAACACTTACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108664 TTGCAGCTTCGAAAACCATAGACATTAGAGAGGAGAGAACACTTACCCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATCAGTGGGGGACAGAGATCTTCAGTGGTGCCATCCGTGATTCTGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108714 ATCAGTGGGGGACAGAGATCTTCAGTGGTGCCATCCGTGATTCTGAAACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AGAAAACATCAAAAAGAG         GGATGCAAAAGAAGCAAAAGCCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108764 AGAAAACATCAAAAAGAGGTG...CAGGGATGCAAAAGAAGCAAAAGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGAATGAAGCGACCTCTACTCCCCATCGTATCCGCAGAAAGAGTTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112926 AGAATGAAGCGACCTCTACTCCCCATCGTATCCGCAGAAAGAGTTCTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TTGACTATGAATCGGATTAGGCAGCAGCTTCG         GTTTCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112976 TTGACTATGAATCGGATTAGGCAGCAGCTTCGGTA...CAGGTTTCTAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TAATAGTAAAAGTGACCAAGAAGAGAAAGAGATTCTGCCAGCAGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113596 TAATAGTAAAAGTGACCAAGAAGAGAAAGAGATTCTGCCAGCAGCAGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TTTCAGACTCTAGCAGTGACGAAGAAGAGGCTTCCACACCGCCCCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113646 TTTCAGACTCTAGCAGTGACGAAGAAGAGGCTTCCACACCGCCCCTTCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AGGAGAGCACCCAGAACTGTGTCCAGGAACCTGCGATCTTCCTTGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113696 AGGAGAGCACCCAGAACTGTGTCCAGGAACCTGCGATCTTCCTTGAAGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 ATCCTTACATACCCTCACGAAGGTGCCAAAGAAGAGT         CTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 113746 ATCCTTACATACCCTCACGAAGGTGCCAAAGAAGAGTGTA...CAGCTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGCCTAGAACGCCACGTTGTGCCGCTCCTCAGATCCGTAGTCGAAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116279 AGCCTAGAACGCCACGTTGTGCCGCTCCTCAGATCCGTAGTCGAAGCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GCTGCCCAGGAGCCAGCCAGTGTGCTGGAGGAAGCCCGACTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116329 GCTGCCCAGGAGCCAGCCAGTGTGCTGGAGGAAGCCCGACTGAGGTA...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1482    GCTGCATGTTTCTGCTGTACCTGAGTCTCTTCCCTGTCGGGAACAGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116959 TAGGCTGCATGTTTCTGCTGTACCTGAGTCTCTTCCCTGTCGGGAACAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AATTCCAAGACATCTACAATTTTGTGGAAAGCAAACTCCTTGACCATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117009 AATTCCAAGACATCTACAATTTTGTGGAAAGCAAACTCCTTGACCATACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GGAGG         GTGCATGTACATCTCCGGTGTCCCTGGGACAGGGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117059 GGAGGGTG...TAGGTGCATGTACATCTCCGGTGTCCCTGGGACAGGGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GACTGCCACTGTTCATGAAGTGATACGCTGCCTGCAGCAGGCAGCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117539 GACTGCCACTGTTCATGAAGTGATACGCTGCCTGCAGCAGGCAGCCCAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CCAATGATGTTCCTCCCTTTCAATACATTGAGGTCAATGGCATGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117589 CCAATGATGTTCCTCCCTTTCAATACATTGAGGTCAATGGCATGAAGCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 ACGGAGCCCCACCAAGTCTATGTGCAAATCTTGCAG         AAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117639 ACGGAGCCCCACCAAGTCTATGTGCAAATCTTGCAGGTA...CAGAAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 AACAGGCCAAAAAGCAACAGCCAACCATGCGGCAGAACTGCTGGCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118292 AACAGGCCAAAAAGCAACAGCCAACCATGCGGCAGAACTGCTGGCAAAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AATTCTGCACCCGAGGGTCACCTCAGGAAACCACCGTCCTGCTTGTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118342 AATTCTGCACCCGAGGGTCACCTCAGGAAACCACCGTCCTGCTTGTGGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GAG         CTCGACCTTCTGTGGACTCACAAACAAGACATAATGTA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118392 GAGGTG...CAGCTCGACCTTCTGTGGACTCACAAACAAGACATAATGTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CAATCTCTTTGACTGGCCCACTCATAAGGAGGCCCGGCTTGTGGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118693 CAATCTCTTTGACTGGCCCACTCATAAGGAGGCCCGGCTTGTGGTCCTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 CAATTGCCAACACAATGGACCTGCCAGAGCGAATCATGATGAACCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118743 CAATTGCCAACACAATGGACCTGCCAGAGCGAATCATGATGAACCGGGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 TCCAGCCGACTG         GGTCTTACCAGGATGTGCTTCCAGCCCTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 118793 TCCAGCCGACTGGTA...CAGGGTCTTACCAGGATGTGCTTCCAGCCCTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TACATATAGCCAGCTGCAGCAGATCCTAAGGTCCCGGCTCAAGCATCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120492 TACATATAGCCAGCTGCAGCAGATCCTAAGGTCCCGGCTCAAGCATCTAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 AGGCCTTTGAAGATGATGCCATCCAGCTGGTAGCCAGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 120542 AGGCCTTTGAAGATGATGCCATCCAGCTGGTAGCCAGGAAGGTA...TAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GTAGCAGCACTGTCTGGAGATGCACGACGGTGCCTGGACATCTGCAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126625 GTAGCAGCACTGTCTGGAGATGCACGACGGTGCCTGGACATCTGCAGGCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 TGCCACAGAGATCTGTGAGTTCTCCCAGCAGAAGCCTGACTCCCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126675 TGCCACAGAGATCTGTGAGTTCTCCCAGCAGAAGCCTGACTCCCCTGGCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TGGTCACCATAGCCCACTCAATGGAAGCTGTGGATGAGATGTTTTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126725 TGGTCACCATAGCCCACTCAATGGAAGCTGTGGATGAGATGTTTTCATCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 TCATACATCACGGCCATCAA         AAATTCCTCTGTTCTGGAACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 126775 TCATACATCACGGCCATCAAGTA...AAGAAATTCCTCTGTTCTGGAACA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 GAGCTTCCTGAGAGCCATCCTCGCAGAGTTCCGTCGATCAGGACTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127348 GAGCTTCCTGAGAGCCATCCTCGCAGAGTTCCGTCGATCAGGACTGGAGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 AAGCCACGTTTCAACAG         ATATATAGTCAACATGTGGCACTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 127398 AAGCCACGTTTCAACAGGTG...TAGATATATAGTCAACATGTGGCACTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 TGCAGAATGGAGGGACTGCCGTACCCCACCATGTCAGAGACCATGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128873 TGCAGAATGGAGGGACTGCCGTACCCCACCATGTCAGAGACCATGGCCGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 GTGTTCTCACCTGGGCTCCTGTCGCCTCCTGCTTGTGGAGCCCAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128923 GTGTTCTCACCTGGGCTCCTGTCGCCTCCTGCTTGTGGAGCCCAGCAGGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 ACGATCTGCTCCTTCGGGTGCGGCTCAACGTCAGCCAGGATGATGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128973 ACGATCTGCTCCTTCGGGTGCGGCTCAACGTCAGCCAGGATGATGTGCTG

   2700     .    :    .
   2566 TATGCGCTGAAAGACGAG
        ||||||||||||||||||
 129023 TATGCGCTGAAAGACGAG