seq1 = pF1KB8491.tfa, 2709 bp
seq2 = pF1KB8491/gi568815581f_7833080.tfa (gi568815581f:7833080_8049490), 216411 bp

>pF1KB8491 2709
>gi568815581f:7833080_8049490 (Chr17)

1-270  (100001-100270)   100% ->
271-355  (101059-101143)   100% ->
356-437  (101386-101467)   100% ->
438-594  (101910-102066)   100% ->
595-711  (103287-103403)   100% ->
712-828  (103622-103738)   100% ->
829-927  (104085-104183)   100% ->
928-1164  (106434-106670)   99% ->
1165-1311  (107017-107163)   100% ->
1312-1445  (110312-110445)   100% ->
1446-1571  (111044-111169)   100% ->
1572-1734  (111397-111559)   99% ->
1735-1993  (112649-112907)   99% ->
1994-2145  (114492-114643)   100% ->
2146-2209  (114837-114900)   100% ->
2210-2380  (115078-115248)   100% ->
2381-2513  (115408-115540)   100% ->
2514-2586  (116006-116078)   100% ->
2587-2709  (116306-116428)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACATCAGCTGACAGCCCCAGTTCACCCCTCGGGGCGGAGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAACATCAGCTGACAGCCCCAGTTCACCCCTCGGGGCGGAGGATCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGAGTGATTCATCAGAACCCCCTGGGCTCAACCAAGTGTCGTCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGAGTGATTCATCAGAACCCCCTGGGCTCAACCAAGTGTCGTCTGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGACCTCCCAGCTCTATGCTTCTTTGCGCCTCAGCCGGCAGGCGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGACCTCCCAGCTCTATGCTTCTTTGCGCCTCAGCCGGCAGGCGGAGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGGCCCGAGCCCAGCTGTATTTACCCTCCACCTCCCCGCCTCATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACGGCCCGAGCCCAGCTGTATTTACCCTCCACCTCCCCGCCTCATGAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTAGACGGCTTCGCCCAAGAATTGAGTCGAAGCTTGTCAGTCGGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTAGACGGCTTCGCCCAAGAATTGAGTCGAAGCTTGTCAGTCGGATTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAAAGAACTTGAAGAAAAAG         GATGGTTCTAAGCATATCTTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100251 AAAAGAACTTGAAGAAAAAGGTG...CAGGATGGTTCTAAGCATATCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGATGGAAAGTGTTCGGGGTCAGCTCCAGACCATGCTCCAAACCTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101080 GAGATGGAAAGTGTTCGGGGTCAGCTCCAGACCATGCTCCAAACCTCACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGATACAGCCTATC         GGGATCCTCTCATTCCTGGCGCTGGCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101130 TGATACAGCCTATCGTG...CAGGGGATCCTCTCATTCCTGGCGCTGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGAGAGACGGGAAGAGGACTCCTTTGACAGTGATAGCACAGCCACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101413 CAGAGAGACGGGAAGAGGACTCCTTTGACAGTGATAGCACAGCCACCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCAA         CACCCGGCCCCTGCAAGACTTGTCTCCATCTAGCTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101463 CTCAAGTG...CAGCACCCGGCCCCTGCAAGACTTGTCTCCATCTAGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCCCAAGCCCTGGAGGAGCTGTTTCCCCGCTACACCAGCCTTCGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101946 AGCCCAAGCCCTGGAGGAGCTGTTTCCCCGCTACACCAGCCTTCGGCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGCCTCCACTCAATCCCCCAGATTTTCAGGGGCTGAGAGATGCATTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101996 GGCCTCCACTCAATCCCCCAGATTTTCAGGGGCTGAGAGATGCATTGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCAGAGCATACCCGCCGCAAG         CATTGTGAGCGCCATATTCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102046 TCAGAGCATACCCGCCGCAAGGTA...CAGCATTGTGAGCGCCATATTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGCCTGCAGACCCGAGTGTTAGAGCTACAGCAACAATTAGCCGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103307 GAGCCTGCAGACCCGAGTGTTAGAGCTACAGCAACAATTAGCCGTGGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGCTGCCGACCGCAAGAAAGATACCATGATTGAACAACTGGACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103357 TGGCTGCCGACCGCAAGAAAGATACCATGATTGAACAACTGGACAAGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712       ACCCTGGCCCGTGTGGTGGAGGGCTGGAACCGGCATGAGGCTGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103407 ...AAGACCCTGGCCCGTGTGGTGGAGGGCTGGAACCGGCATGAGGCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCGGACAGAGGTTCTCAGGGGACTTCAAGAGGAACACCAGGCAGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103666 GCGGACAGAGGTTCTCAGGGGACTTCAAGAGGAACACCAGGCAGCAGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCACCAGAAGCAAGCAGCAGGAG         ACAGTAACCCGCCTGGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103716 TCACCAGAAGCAAGCAGCAGGAGGTG...AAGACAGTAACCCGCCTGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAAAGCCTTTCTGAGGCCATGGAGGCCCTGAATCGTGAGCAGGAAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104103 CAAAGCCTTTCTGAGGCCATGGAGGCCCTGAATCGTGAGCAGGAAAGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAGACTGCAGCAACGGGAAAGAGAGACACTG         GAGGAGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 104153 CAGACTGCAGCAACGGGAAAGAGAGACACTGGTG...TAGGAGGAGGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGCAAGCTCTGACTCTGAGGTTGGAGGCAGAACAGCAGCGGTGCTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106444 GGCAAGCTCTGACTCTGAGGTTGGAGGCAGAACAGCAGCGGTGCTGTGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGCAGGAAGAGCGGGATGCAGCTCGGGCTGGGCAACTGAGTGAGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106494 CTGCAGGAAGAGCGGGATGCAGCTCGGGCTGGGCAACTGAGTGAGCATCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAGTTGGAGACTCTTCGGGCTGCCCTAGAAGAAGAACGGCAGACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106544 AGAGTTGGAGACTCTTCGGGCTGCCCTAGAAGAAGAACGGCAGACCTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCCAGCAAGAGCACCAGCTTAAGGAACACTACCAGGCGCTGCAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106594 CCCAGCAAGAGCACCAGCTTAAGGAACACTACCAGGCGCTGCAGGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AGCCAGGCTCAGTTGGAAAGGGAGAAG         GAGAAGAGCCAGAG
        |||||||||||| ||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106644 AGCCAGGCTCAGCTGGAAAGGGAGAAGGTA...TAGGAGAAGAGCCAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGAAGCCCAGGCCGCCTGGGAGACCCAGCACCAGTTGGCATTGGTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107031 GGAAGCCCAGGCCGCCTGGGAGACCCAGCACCAGTTGGCATTGGTGCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTGAGGTGCGGCGGCTGGAAGGAGAGCTGGATACAGCTCGGAGAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107081 CTGAGGTGCGGCGGCTGGAAGGAGAGCTGGATACAGCTCGGAGAGAGAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GATGCCCTGCAGCTGGAAATGAGCTTGGTGCAG         GCCCGGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107131 GATGCCCTGCAGCTGGAAATGAGCTTGGTGCAGGTC...CAGGCCCGGTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGAAAGCCAGCGGATCCAGCTGGAGTCGGAGCTGGCTGTGCAGCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110320 TGAAAGCCAGCGGATCCAGCTGGAGTCGGAGCTGGCTGTGCAGCTGGAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGCGGGTGACAGAGCGGCTGGCGCAGGCTCAGGAGAGCAGCCTACGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110370 AGCGGGTGACAGAGCGGCTGGCGCAGGCTCAGGAGAGCAGCCTACGGCAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GCAGCCTCCCTCAGGGAACATCACAG         GAAGCAGCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 110420 GCAGCCTCCCTCAGGGAACATCACAGGTA...TAGGAAGCAGCTGCAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCTGAGTGGACAGCACCAGCAGGAGCTGGCCAGTCAGCTAGCTCAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111059 CCTGAGTGGACAGCACCAGCAGGAGCTGGCCAGTCAGCTAGCTCAGTTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGGTGGAAATGGCAGAACGAGAGGAACGGCAACAGCAGGTGGCTGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111109 AGGTGGAAATGGCAGAACGAGAGGAACGGCAACAGCAGGTGGCTGAGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TACGAGCTCAG         ACTGGCCCGGGAGCAAGCGCGAGTGTGCGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 111159 TACGAGCTCAGGTC...CAGACTGGCCCGGGAGCAAGCGCGAGTGTGCGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 ACTGCAGAGTGGGAACCAGCAGCTGGAGGAGCAGCGGGTGGAGCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111427 ACTGCAGAGTGGGAACCAGCAGCTGGAGGAGCAGCGGGTGGAGCTGGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AAAGACTGCAGGCCATGCTGCAGGCCCACTGGGATGAGGCCAACCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111477 AAAGACTGCAGGCCATGCTGCAGGCCCACTGGGATGAGGCCAACCAGCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CTCAGCACCACTCTCCCGCCGCCCAACCCTCAA         GCTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| |>>>...>>>||||||||
 111527 CTCAGCACCACTCTCCCGCCGCCCAACCCTCCAGTA...CAGGCTCCTCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TGCTGGACCCTCCAGCCCCGGGCCTCAGGAGCCGGAGAAGGAGGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 112657 TGCTGGACCCTCCAGCCCCGGGCCTCAGGAGCCCGAGAAGGAGGAGAGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GGGTCTGGACTATGCCTCCCATGGCCGTGGCCCTGAAGCCTGTATTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112707 GGGTCTGGACTATGCCTCCCATGGCCGTGGCCCTGAAGCCTGTATTGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CAGAGCCGGGAAGCAAGGGACGAGCTACCTGGAGCGCCTCCTGTTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112757 CAGAGCCGGGAAGCAAGGGACGAGCTACCTGGAGCGCCTCCTGTTCTTTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CAGTTCCTCCTCAGATCTTAGCCTCCTGTTGGGCCCCTCTTTTCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112807 CAGTTCCTCCTCAGATCTTAGCCTCCTGTTGGGCCCCTCTTTTCAGAGCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 AGCATTCTTTCCAGCCCCTGGAGCCCAAACCAGACCTCACTTCATCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112857 AGCATTCTTTCCAGCCCCTGGAGCCCAAACCAGACCTCACTTCATCCACA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 G         CTGGGGCCTTCTCTGCACTTGGGGCCTTCCATCCCGATCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112907 GGTA...TAGCTGGGGCCTTCTCTGCACTTGGGGCCTTCCATCCCGATCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 TAGGGCAGAAAGGCCATTCCCTGAGGAAGATCCTGGACCTGACGGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114532 TAGGGCAGAAAGGCCATTCCCTGAGGAAGATCCTGGACCTGACGGGGAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 GCCTCCTAAAGCAAGGGCTGCCGCCTGCTCAGCTGGAGGGCCTCAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114582 GCCTCCTAAAGCAAGGGCTGCCGCCTGCTCAGCTGGAGGGCCTCAAGAAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 TTTTTGCACCAG         TTGCTGGAGACAGTGCCCCAGAACAATGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 114632 TTTTTGCACCAGGTA...CAGTTGCTGGAGACAGTGCCCCAGAACAATGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 GAACCCTTCTGTCGACCTGTTGCCCCCTAAGTCTG         GTCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 114866 GAACCCTTCTGTCGACCTGTTGCCCCCTAAGTCTGGTG...TAGGTCCTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 TGACTGTCCCATCTTGGGAGGAAGCCCCTCAAGTGCCACGTATTCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115084 TGACTGTCCCATCTTGGGAGGAAGCCCCTCAAGTGCCACGTATTCCACCG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 CCTGTCCACAAAACCAAAGTTCCCTTAGCCATGGCATCCAGTCTTTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115134 CCTGTCCACAAAACCAAAGTTCCCTTAGCCATGGCATCCAGTCTTTTCCG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 GGTCCCTGAGCCTCCCTCCTCCCATTCACAAGGCAGTGGTCCCAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115184 GGTCCCTGAGCCTCCCTCCTCCCATTCACAAGGCAGTGGTCCCAGCAGTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 GTTCCCCAGAGAGAG         GTGGAGATGGGCTTACATTCCCAAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 115234 GTTCCCCAGAGAGAGGTG...CAGGTGGAGATGGGCTTACATTCCCAAGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 CAGCTGATGGAGGTGTCTCAACTGTTGCGACTCTACCAGGCTCGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115434 CAGCTGATGGAGGTGTCTCAACTGTTGCGACTCTACCAGGCTCGGGGCTG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 GGGGGCTCTGCCTGCTGAGGATCTCCTGCTCTACCTGAAGAGGCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115484 GGGGGCTCTGCCTGCTGAGGATCTCCTGCTCTACCTGAAGAGGCTGGAAC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 ACAGCGG         GACTGATGGCCGAGGGGATAATGTCCCCAGAAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115534 ACAGCGGGTA...CAGGACTGATGGCCGAGGGGATAATGTCCCCAGAAGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 AACACAGACTCCCGCTTGGGTGAGATCCCCCGGAAAGAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 116040 AACACAGACTCCCGCTTGGGTGAGATCCCCCGGAAAGAGGTG...CAGAT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 TCCCTCCCAGGCTGTCCCTCGCCGCCTTGCTACAGCCCCCAAGACTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116308 TCCCTCCCAGGCTGTCCCTCGCCGCCTTGCTACAGCCCCCAAGACTGAAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 AACCTCCCGCACGGAAGAAAAGTGGGCACCCTGCCCCGAGTAGCATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116358 AACCTCCCGCACGGAAGAAAAGTGGGCACCCTGCCCCGAGTAGCATGAGG

   2850     .    :    .    :
   2689 AGCCGGGGGGGAGTCTGGAGA
        |||||||||||||||||||||
 116408 AGCCGGGGGGGAGTCTGGAGA