seq1 = pF1KB8475.tfa, 2649 bp
seq2 = pF1KB8475/gi568815595f_172654531.tfa (gi568815595f:172654531_172920234), 265704 bp

>pF1KB8475 2649
>gi568815595f:172654531_172920234 (Chr3)

1-130  (100001-100130)   100% ->
131-210  (100765-100844)   100% ->
211-393  (102453-102635)   100% ->
394-483  (104450-104539)   100% ->
484-591  (105626-105733)   100% ->
592-665  (107080-107153)   100% ->
666-796  (107886-108016)   100% ->
797-912  (108161-108276)   100% ->
913-975  (108380-108442)   100% ->
976-1198  (109748-109970)   100% ->
1199-1335  (114477-114613)   100% ->
1336-1455  (119373-119492)   99% ->
1456-1524  (127633-127701)   100% ->
1525-1635  (129269-129379)   100% ->
1636-1732  (130177-130273)   100% ->
1733-1814  (131963-132044)   100% ->
1815-1893  (148086-148164)   100% ->
1894-2013  (148331-148450)   100% ->
2014-2152  (151201-151339)   100% ->
2153-2307  (153240-153394)   100% ->
2308-2415  (161074-161181)   100% ->
2416-2562  (162161-162307)   100% ->
2563-2649  (165618-165704)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAAAATAGTGTATTAACATCCACTACTGGGAGGACTAGCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAAAATAGTGTATTAACATCCACTACTGGGAGGACTAGCTTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGACTCTTCCATTTTTGATTCTAAAGTTACTGAGATTTCCAAGGAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGACTCTTCCATTTTTGATTCTAAAGTTACTGAGATTTCCAAGGAAAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TACTTATTGGATCTACTTCATATGTAGAAG         AAGAGATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 TACTTATTGGATCTACTTCATATGTAGAAGGTA...CAGAAGAGATGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGATTGAAACAAGAGTGATATTGGTTCAAGAAGCTGGAAAACAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100776 CAGATTGAAACAAGAGTGATATTGGTTCAAGAAGCTGGAAAACAAGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTTATAAAAGCCTTAAAG         GACATTAAAGTGGGCTTTGTAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100826 ACTTATAAAAGCCTTAAAGGTA...AAGGACATTAAAGTGGGCTTTGTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGATGGAGTCAGTGGAAGAATTTGAAGGTTTGGATTCTCCGGAATTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102475 AGATGGAGTCAGTGGAAGAATTTGAAGGTTTGGATTCTCCGGAATTTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGTATTTGTAGTCACGGACTTTCAGGATTCTGTCTTTAATGACCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102525 AATGTATTTGTAGTCACGGACTTTCAGGATTCTGTCTTTAATGACCTCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAGGCTGATTGTAGAGTTATTGGACCACCAGTTGTATTAAATTGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102575 CAAGGCTGATTGTAGAGTTATTGGACCACCAGTTGTATTAAATTGTTCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAAAGGAGAG         CCTTTGCCATTTTCATGTCGCCCGTTGTAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102625 AAAAAGGAGAGGTA...CAGCCTTTGCCATTTTCATGTCGCCCGTTGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTACAAGTATGATGAATCTAGTACTATGCTTTACTGGATTTAGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104480 TGTACAAGTATGATGAATCTAGTACTATGCTTTACTGGATTTAGGAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAAGAACTA         GTCAGGTTGGTGACATTGGTCCATCACATGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104530 AGAAGAACTAGTA...GAGGTCAGGTTGGTGACATTGGTCCATCACATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGGAGTTATTCGAAAAGACTTTAATTCAAAAGTTACACATTTGGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105657 GTGGAGTTATTCGAAAAGACTTTAATTCAAAAGTTACACATTTGGTGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATTGTACACAAGGAGAAAAATTCAGG         GTTGCTGTGAGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 105707 AATTGTACACAAGGAGAAAAATTCAGGGTA...TAGGTTGCTGTGAGTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGGTACTCCAATTATGAAGCCAGAATGGATTTATAAAGCTTGGGAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107094 AGGTACTCCAATTATGAAGCCAGAATGGATTTATAAAGCTTGGGAAAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGAATGAACA         GGATTTCTATGCAGCAGTTGATGACTTTAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 107144 GGAATGAACAGTA...TAGGGATTTCTATGCAGCAGTTGATGACTTTAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AATGAATTTAAAGTTCCTCCATTTCAAGATTGTATTTTAAGTTTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107917 AATGAATTTAAAGTTCCTCCATTTCAAGATTGTATTTTAAGTTTCCTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATTTTCAGATGAAGAGAAAACCAATATGGAAGAAATGACTGAAATGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107967 ATTTTCAGATGAAGAGAAAACCAATATGGAAGAAATGACTGAAATGCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797          GAGGTAAATATTTACCGCTTGGAGATGAAAGATGCACTCAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108017 GTA...TAGGAGGTAAATATTTACCGCTTGGAGATGAAAGATGCACTCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTTGTAGTTGAAGAGAATATAGTAAAAGATCTTCCCTTTGAACCTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108202 CTTGTAGTTGAAGAGAATATAGTAAAAGATCTTCCCTTTGAACCTTCAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAAACTTTATGTTGTCAAGCAAGAG         TGGTTCTGGGGAAGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108252 GAAACTTTATGTTGTCAAGCAAGAGGCA...TAGTGGTTCTGGGGAAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTCAAATGGATGCCCGAGCTGGAGAAACTATGTATTTATATGAAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108396 TTCAAATGGATGCCCGAGCTGGAGAAACTATGTATTTATATGAAAAGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    976       GCAAATACTCCTGAGCTCAAGAAATCAGTGTCAATGCTTTCTCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108446 ...CAGGCAAATACTCCTGAGCTCAAGAAATCAGTGTCAATGCTTTCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AAATACCCCTAACAGCAATCGCAAACGACGTCGTTTAAAAGAAACACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109792 AAATACCCCTAACAGCAATCGCAAACGACGTCGTTTAAAAGAAACACTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTCAGCTTTCAAGAGAGACAGACGTGTCACCATTTCCACCCCGTAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109842 CTCAGCTTTCAAGAGAGACAGACGTGTCACCATTTCCACCCCGTAAGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCATCAGCTGAGCATTCCCTTTCCATAGGGTCACTCCTAGATATCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109892 CCATCAGCTGAGCATTCCCTTTCCATAGGGTCACTCCTAGATATCTCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CACACCAGAGTCTAGCATTAACTATGGAG         ACACCCCAAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109942 CACACCAGAGTCTAGCATTAACTATGGAGGTA...CAGACACCCCAAAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTTGTACTAAGTCTTCTAAAAGCTCCACTCCAGTTCCTTCAAAGCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114489 CTTGTACTAAGTCTTCTAAAAGCTCCACTCCAGTTCCTTCAAAGCAGTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCAAGGTGGCAAGTTGCAAAAGAGCTTTATCAAACTGAAAGTAATTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114539 GCAAGGTGGCAAGTTGCAAAAGAGCTTTATCAAACTGAAAGTAATTATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TAATATATTGGCAACAATTATTCAG         TTATTTCAAGTACCAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||| 
 114589 TAATATATTGGCAACAATTATTCAGGTA...TAGTTATTTCAAGTACCAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGGAAGAGGAAGGACAACGTGGTGGACCTATCCTTGCACCAGAGGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119389 TGGAAGAGGAAGGACAACGTGGTGGACCTATCCTTGCACCAGAGGAGATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGACTATTTTTGGTAGCATCCCAGATATCTTTGATGTACACACTAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119439 AAGACTATTTTTGGTAGCATCCCAGATATCTTTGATGTACACACTAAGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AAAG         GATGATCTTGAAGACCTTATAGTTAATTGGGATGAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119489 AAAGGTA...CAGGATGATCTTGAAGACCTTATAGTTAATTGGGATGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCAAAAGCATTGGTGACATTTTTCTGAAATAT         TCAAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 127670 GCAAAAGCATTGGTGACATTTTTCTGAAATATGTA...TAGTCAAAAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TTGGTAAAAACCTACCCTCCCTTTGTAAACTTCTTTGAAATGAGCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129278 TTGGTAAAAACCTACCCTCCCTTTGTAAACTTCTTTGAAATGAGCAAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AACAATTATTAAATGTGAAAAACAGAAACCAAGATTTCATGCTTTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129328 AACAATTATTAAATGTGAAAAACAGAAACCAAGATTTCATGCTTTTCTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AG         ATAAACCAAGCAAAACCAGAATGTGGACGGCAGAGCCTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129378 AGGTA...CAGATAAACCAAGCAAAACCAGAATGTGGACGGCAGAGCCTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GTTGAACTTCTTATCCGACCAGTACAGAGGTTACCCAGTGTTGCATTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130216 GTTGAACTTCTTATCCGACCAGTACAGAGGTTACCCAGTGTTGCATTACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TTTAAATG         ATCTTAAGAAGCATACAGCTGATGAAAATCCAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 130266 TTTAAATGGTA...CAGATCTTAAGAAGCATACAGCTGATGAAAATCCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 ACAAAAGCACTTTAGAAAAAGCTATTGGATCACTGAAGGAAGTAATGAC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 131996 ACAAAAGCACTTTAGAAAAAGCTATTGGATCACTGAAGGAAGTAATGACG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815         GCATATTAATGAGGATAAGAGAAAAACAGAAGCTCAAAAGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132046 TA...CAGGCATATTAATGAGGATAAGAGAAAAACAGAAGCTCAAAAGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 AATTTTTGATGTTGTTTATGAAGTAGATGGATGCCCA         GCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 148128 AATTTTTGATGTTGTTTATGAAGTAGATGGATGCCCAGTA...CAGGCTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 ATCTTTTATCTTCTCACCGAAGCTTAGTACAGCGGGTTGAAACAATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148335 ATCTTTTATCTTCTCACCGAAGCTTAGTACAGCGGGTTGAAACAATTTCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 CTAGGTGAGCACCCCTGTGACAGAGGAGAACAAGTAACTCTCTTCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148385 CTAGGTGAGCACCCCTGTGACAGAGGAGAACAAGTAACTCTCTTCCTCTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 CAATGATTGCCTAGAG         ATAGCAAGAAAACGGCACAAGGTTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 148435 CAATGATTGCCTAGAGGTA...CAGATAGCAAGAAAACGGCACAAGGTTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 TTGGCACTTTTAGGAGTCCTCATGGCCAAACCCGACCCCCAGCTTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151226 TTGGCACTTTTAGGAGTCCTCATGGCCAAACCCGACCCCCAGCTTCTCTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 AAGCATATTCACCTAATGCCTCTTTCTCAGATTAAGAAGGTATTGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151276 AAGCATATTCACCTAATGCCTCTTTCTCAGATTAAGAAGGTATTGGACAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 AAGAGAGACAGAAG         ATTGCCATAATGCTTTTGCCTTGCTTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 151326 AAGAGAGACAGAAGGTA...TAGATTGCCATAATGCTTTTGCCTTGCTTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 TGAGGCCACCAACAGAGCAGGCAAATGTGCTACTCAGTTTCCAGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153267 TGAGGCCACCAACAGAGCAGGCAAATGTGCTACTCAGTTTCCAGATGACA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 TCAGATGAACTTCCAAAAGAAAACTGGCTAAAGATGCTGTGTCGACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153317 TCAGATGAACTTCCAAAAGAAAACTGGCTAAAGATGCTGTGTCGACATGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 AGCTAACACCATTTGTAAAGCAGATGCT         GAGAATCTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 153367 AGCTAACACCATTTGTAAAGCAGATGCTGTA...TAGGAGAATCTTATTT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 ATACTGCTGATCCAGAATCCTTTGAAGTAAATACAAAAGATATGGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161087 ATACTGCTGATCCAGAATCCTTTGAAGTAAATACAAAAGATATGGACAGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 ACATTGAGTAGAGCATCAAGAGCAATAAAAAAGACTTCAAAAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 161137 ACATTGAGTAGAGCATCAAGAGCAATAAAAAAGACTTCAAAAAAGGTG..

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416     GTTACAAGAGCATTCTCTTTCTCCAAAACTCCAAAAAGAGCTCTTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161187 .TAGGTTACAAGAGCATTCTCTTTCTCCAAAACTCCAAAAAGAGCTCTTC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 GAAGGGCTCTTATGACATCCCACGGCTCAGTGGAGGGAAGAAGTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162207 GAAGGGCTCTTATGACATCCCACGGCTCAGTGGAGGGAAGAAGTCCTTCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 AGCAATGATAAGCATGTAATGAGTCGTCTTTCTAGCACATCATCATTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162257 AGCAATGATAAGCATGTAATGAGTCGTCTTTCTAGCACATCATCATTAGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 A         GGTATCCCTTCTCCCTCCCTTGTCAGCCTTCCTTCCTTCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162307 AGTA...CAGGGTATCCCTTCTCCCTCCCTTGTCAGCCTTCCTTCCTTCT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2603 TTGAAAGGAGAAGTCATACGTTAAGTAGATCTACAACTCATTTGATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165658 TTGAAAGGAGAAGTCATACGTTAAGTAGATCTACAACTCATTTGATA