seq1 = pF1KB8471.tfa, 2736 bp
seq2 = pF1KB8471/gi568815596r_25134282.tfa (gi568815596r:25134282_25413984), 279703 bp

>pF1KB8471 2736
>gi568815596r:25134282_25413984 (Chr2)

(complement)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-177  (113742-113846)   100% ->
178-448  (131274-131544)   100% ->
449-492  (138442-138485)   100% ->
493-639  (138898-139044)   100% ->
640-855  (165733-165948)   100% ->
856-1014  (166236-166394)   100% ->
1015-1122  (166827-166934)   100% ->
1123-1279  (167209-167365)   100% ->
1280-1429  (167676-167825)   100% ->
1430-1474  (167921-167965)   100% ->
1475-1554  (168653-168732)   100% ->
1555-1667  (169333-169445)   100% ->
1668-1851  (169647-169830)   100% ->
1852-1936  (170003-170087)   100% ->
1937-2082  (172278-172423)   100% ->
2083-2173  (173255-173345)   100% ->
2174-2322  (173535-173683)   100% ->
2323-2408  (174770-174855)   100% ->
2409-2478  (176980-177049)   100% ->
2479-2597  (178160-178278)   100% ->
2598-2736  (179565-179703)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCGCCATGCCCTCCAGCGGCCCCGGGGACACCAGCAGCTCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCGCCATGCCCTCCAGCGGCCCCGGGGACACCAGCAGCTCTGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCGGGAGGAGGACCGAAAG         GACGGAGAGGAGCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 GGAGCGGGAGGAGGACCGAAAGGTG...CAGGACGGAGAGGAGCAGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCCGCGTGGCAAGGAGGAGCGCCAAGAGCCCAGCACCACGGCACGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113761 AGCCGCGTGGCAAGGAGGAGCGCCAAGAGCCCAGCACCACGGCACGGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGGGCGGCCTGGGAGGAAGCGCAAGCACCCCCCG         GTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 113811 GTGGGGCGGCCTGGGAGGAAGCGCAAGCACCCCCCGGTG...CAGGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAGCGGTGACACGCCAAAGGACCCTGCGGTGATCTCCAAGTCCCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131279 AAGCGGTGACACGCCAAAGGACCCTGCGGTGATCTCCAAGTCCCCATCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGCCCAGGACTCAGGCGCCTCAGAGCTATTACCCAATGGGGACTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131329 TGGCCCAGGACTCAGGCGCCTCAGAGCTATTACCCAATGGGGACTTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCGGAGTGAGCCCCAGCCAGAGGAGGGGAGCCCTGCTGGGGGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131379 AAGCGGAGTGAGCCCCAGCCAGAGGAGGGGAGCCCTGCTGGGGGGCAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGCGGGGCCCCAGCAGAGGGAGAGGGTGCAGCTGAGACCCTGCCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131429 GGGCGGGGCCCCAGCAGAGGGAGAGGGTGCAGCTGAGACCCTGCCTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCTCAAGAGCAGTGGAAAATGGCTGCTGCACCCCCAAGGAGGGCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131479 CCTCAAGAGCAGTGGAAAATGGCTGCTGCACCCCCAAGGAGGGCCGAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCCCTGCAGAAGCGG         GCAAAGAACAGAAGGAGACCAACAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 131529 GCCCCTGCAGAAGCGGGTG...CAGGCAAAGAACAGAAGGAGACCAACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGAATCCATGAAAATGGAG         GGCTCCCGGGGCCGGCTGCGGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 138467 CGAATCCATGAAAATGGAGGCA...TAGGGCTCCCGGGGCCGGCTGCGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGGCTTGGGCTGGGAGTCCAGCCTCCGTCAGCGGCCCATGCCGAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138920 GTGGCTTGGGCTGGGAGTCCAGCCTCCGTCAGCGGCCCATGCCGAGGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCTTCCAGGCGGGGGACCCCTACTACATCAGCAAGCGCAAGCGGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138970 ACCTTCCAGGCGGGGGACCCCTACTACATCAGCAAGCGCAAGCGGGACGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTGGCTGGCACGCTGGAAAAGGGAG         GCTGAGAAGAAAGCCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 139020 GTGGCTGGCACGCTGGAAAAGGGAGGTG...CAGGCTGAGAAGAAAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGTCATTGCAGGAATGAATGCTGTGGAAGAAAACCAGGGGCCCGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165749 AGGTCATTGCAGGAATGAATGCTGTGGAAGAAAACCAGGGGCCCGGGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCTCAGAAGGTGGAGGAGGCCAGCCCTCCTGCTGTGCAGCAGCCCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165799 TCTCAGAAGGTGGAGGAGGCCAGCCCTCCTGCTGTGCAGCAGCCCACTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCCCGCATCCCCCACTGTGGCTACCACGCCTGAGCCCGTGGGGTCCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165849 CCCCGCATCCCCCACTGTGGCTACCACGCCTGAGCCCGTGGGGTCCGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGGGGACAAGAATGCCACCAAAGCAGGCGATGACGAGCCAGAGTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165899 CTGGGGACAAGAATGCCACCAAAGCAGGCGATGACGAGCCAGAGTACGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856          GACGGCCGGGGCTTTGGCATTGGGGAGCTGGTGTGGGGGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165949 GTG...CAGGACGGCCGGGGCTTTGGCATTGGGGAGCTGGTGTGGGGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACTGCGGGGCTTCTCCTGGTGGCCAGGCCGCATTGTGTCTTGGTGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166277 ACTGCGGGGCTTCTCCTGGTGGCCAGGCCGCATTGTGTCTTGGTGGATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CGGGCCGGAGCCGAGCAGCTGAAGGCACCCGCTGGGTCATGTGGTTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166327 CGGGCCGGAGCCGAGCAGCTGAAGGCACCCGCTGGGTCATGTGGTTCGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GACGGCAAATTCTCAGTG         GTGTGTGTTGAGAAGCTGATGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 166377 GACGGCAAATTCTCAGTGGTA...CAGGTGTGTGTTGAGAAGCTGATGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCTGAGCTCGTTTTGCAGTGCGTTCCACCAGGCCACGTACAACAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166850 GCTGAGCTCGTTTTGCAGTGCGTTCCACCAGGCCACGTACAACAAGCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCATGTACCGCAAAGCCATCTACGAGGTCCTGCAG         GTGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 166900 CCATGTACCGCAAAGCCATCTACGAGGTCCTGCAGGTG...CAGGTGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGCAGCCGCGCGGGGAAGCTGTTCCCGGTGTGCCACGACAGCGATGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167215 AGCAGCCGCGCGGGGAAGCTGTTCCCGGTGTGCCACGACAGCGATGAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGACACTGCCAAGGCCGTGGAGGTGCAGAACAAGCCCATGATTGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167265 TGACACTGCCAAGGCCGTGGAGGTGCAGAACAAGCCCATGATTGAATGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCCTGGGGGGCTTCCAGCCTTCTGGCCCTAAGGGCCTGGAGCCACCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167315 CCCTGGGGGGCTTCCAGCCTTCTGGCCCTAAGGGCCTGGAGCCACCAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 G         AAGAGAAGAATCCCTACAAAGAAGTGTACACGGACATGTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167365 GGTA...CAGAAGAGAAGAATCCCTACAAAGAAGTGTACACGGACATGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGTGGAACCTGAGGCAGCTGCCTACGCACCACCTCCACCAGCCAAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167716 GGTGGAACCTGAGGCAGCTGCCTACGCACCACCTCCACCAGCCAAAAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCCGGAAGAGCACAGCGGAGAAGCCCAAGGTCAAGGAGATTATTGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167766 CCCGGAAGAGCACAGCGGAGAAGCCCAAGGTCAAGGAGATTATTGATGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CGCACAAGAG         AGCGGCTGGTGTACGAGGTGCGGCAGAAGTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 167816 CGCACAAGAGGTA...CAGAGCGGCTGGTGTACGAGGTGCGGCAGAAGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCGGAACATTGAGG         ACATCTGCATCTCCTGTGGGAGCCTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 167952 CCGGAACATTGAGGGTA...CAGACATCTGCATCTCCTGTGGGAGCCTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ATGTTACCCTGGAACACCCCCTCTTCGTTGGAGGAATGTGCCAAAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168680 ATGTTACCCTGGAACACCCCCTCTTCGTTGGAGGAATGTGCCAAAACTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AAG         AACTGCTTTCTGGAGTGTGCGTACCAGTACGACGACGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168730 AAGGTA...TAGAACTGCTTTCTGGAGTGTGCGTACCAGTACGACGACGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CGGCTACCAGTCCTACTGCACCATCTGCTGTGGGGGCCGTGAGGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169371 CGGCTACCAGTCCTACTGCACCATCTGCTGTGGGGGCCGTGAGGTGCTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGTGCGGAAACAACAACTGCTGCAG         GTGCTTTTGCGTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 169421 TGTGCGGAAACAACAACTGCTGCAGGTG...CAGGTGCTTTTGCGTGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TGTGTGGACCTCTTGGTGGGGCCGGGGGCTGCCCAGGCAGCCATTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169663 TGTGTGGACCTCTTGGTGGGGCCGGGGGCTGCCCAGGCAGCCATTAAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AGACCCCTGGAACTGCTACATGTGCGGGCACAAGGGTACCTACGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169713 AGACCCCTGGAACTGCTACATGTGCGGGCACAAGGGTACCTACGGGCTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGCGGCGGCGAGAGGACTGGCCCTCCCGGCTCCAGATGTTCTTCGCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169763 TGCGGCGGCGAGAGGACTGGCCCTCCCGGCTCCAGATGTTCTTCGCTAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AACCACGACCAGGAATTT         GACCCTCCAAAGGTTTACCCACC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 169813 AACCACGACCAGGAATTTGTG...TAGGACCCTCCAAAGGTTTACCCACC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TGTCCCAGCTGAGAAGAGGAAGCCCATCCGGGTGCTGTCTCTCTTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170026 TGTCCCAGCTGAGAAGAGGAAGCCCATCCGGGTGCTGTCTCTCTTTGATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GAATCGCTACAG         GGCTCCTGGTGCTGAAGGACTTGGGCATT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 170076 GAATCGCTACAGGTG...CAGGGCTCCTGGTGCTGAAGGACTTGGGCATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CAGGTGGACCGCTACATTGCCTCGGAGGTGTGTGAGGACTCCATCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172307 CAGGTGGACCGCTACATTGCCTCGGAGGTGTGTGAGGACTCCATCACGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GGGCATGGTGCGGCACCAGGGGAAGATCATGTACGTCGGGGACGTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172357 GGGCATGGTGCGGCACCAGGGGAAGATCATGTACGTCGGGGACGTCCGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 GCGTCACACAGAAGCAT         ATCCAGGAGTGGGGCCCATTCGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 172407 GCGTCACACAGAAGCATGTA...CAGATCCAGGAGTGGGGCCCATTCGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 CTGGTGATTGGGGGCAGTCCCTGCAATGACCTCTCCATCGTCAACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173279 CTGGTGATTGGGGGCAGTCCCTGCAATGACCTCTCCATCGTCAACCCTGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 TCGCAAGGGCCTCTACG         AGGGCACTGGCCGGCTCTTCTTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 173329 TCGCAAGGGCCTCTACGGTA...CAGAGGGCACTGGCCGGCTCTTCTTTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 AGTTCTACCGCCTCCTGCATGATGCGCGGCCCAAGGAGGGAGATGATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173559 AGTTCTACCGCCTCCTGCATGATGCGCGGCCCAAGGAGGGAGATGATCGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 CCCTTCTTCTGGCTCTTTGAGAATGTGGTGGCCATGGGCGTTAGTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173609 CCCTTCTTCTGGCTCTTTGAGAATGTGGTGGCCATGGGCGTTAGTGACAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 GAGGGACATCTCGCGATTTCTCGAG         TCCAACCCTGTGATGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 173659 GAGGGACATCTCGCGATTTCTCGAGGTA...TAGTCCAACCCTGTGATGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 TTGATGCCAAAGAAGTGTCAGCTGCACACAGGGCCCGCTACTTCTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174786 TTGATGCCAAAGAAGTGTCAGCTGCACACAGGGCCCGCTACTTCTGGGGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 AACCTTCCCGGTATGAACAG         GCCGTTGGCATCCACTGTGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 174836 AACCTTCCCGGTATGAACAGGTT...TAGGCCGTTGGCATCCACTGTGAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 TGATAAGCTGGAGCTGCAGGAGTGTCTGGAGCATGGCAGGATAGCCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 177001 TGATAAGCTGGAGCTGCAGGAGTGTCTGGAGCATGGCAGGATAGCCAAGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2479         TTCAGCAAAGTGAGGACCATTACTACGAGGTCAAACTCCATA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177051 TC...TAGTTCAGCAAAGTGAGGACCATTACTACGAGGTCAAACTCCATA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 AAGCAGGGCAAAGACCAGCATTTTCCTGTCTTCATGAATGAGAAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178202 AAGCAGGGCAAAGACCAGCATTTTCCTGTCTTCATGAATGAGAAAGAGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 CATCTTATGGTGCACTGAAATGGAAAG         GGTATTTGGTTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 178252 CATCTTATGGTGCACTGAAATGGAAAGGTA...CAGGGTATTTGGTTTCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 CAGTCCACTATACTGACGTCTCCAACATGAGCCGCTTGGCGAGGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179579 CAGTCCACTATACTGACGTCTCCAACATGAGCCGCTTGGCGAGGCAGAGA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 CTGCTGGGCCGGTCATGGAGCGTGCCAGTCATCCGCCACCTCTTCGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179629 CTGCTGGGCCGGTCATGGAGCGTGCCAGTCATCCGCCACCTCTTCGCTCC

   2900     .    :    .    :    .
   2712 GCTGAAGGAGTATTTTGCGTGTGTG
        |||||||||||||||||||||||||
 179679 GCTGAAGGAGTATTTTGCGTGTGTG