seq1 = pF1KB8445.tfa, 903 bp
seq2 = pF1KB8445/gi568815576r_42519776.tfa (gi568815576r:42519776_42736847), 217072 bp

>pF1KB8445 903
>gi568815576r:42519776_42736847 (Chr22)

(complement)

1-21  (87533-87553)   100% ->
22-153  (100002-100133)   100% ->
154-226  (105398-105470)   100% ->
227-333  (105860-105966)   100% ->
334-463  (108567-108696)   100% ->
464-547  (109160-109243)   100% ->
548-633  (109459-109544)   100% ->
634-733  (112960-113059)   100% ->
734-903  (116903-117072)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGCCCAGCTCAGCACG         TTGGGCCATATGGTGCTCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  87533 ATGGGGGCCCAGCTCAGCACGGTA...CAGTTGGGCCATATGGTGCTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCAGTCTGGTTCCTGTACAGTCTGCTCATGAAGCTGTTCCAGCGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 CCCAGTCTGGTTCCTGTACAGTCTGCTCATGAAGCTGTTCCAGCGCTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGCCAGCCATCACCCTCGAGAGCCCGGACATCAAGTACCCGCTGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 CGCCAGCCATCACCCTCGAGAGCCCGGACATCAAGTACCCGCTGCGGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCGACCGGGAG         ATCATCAGCCATGACACCCGGCGCTTCCG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100122 ATCGACCGGGAGGTG...CAGATCATCAGCCATGACACCCGGCGCTTCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTTTGCCCTGCCGTCACCCCAGCACATCCTGGGCCTCCCTGTCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105427 CTTTGCCCTGCCGTCACCCCAGCACATCCTGGGCCTCCCTGTCGGTG...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    227    GCCAGCACATCTACCTCTCGGCTCGAATTGATGGAAACCTGGTCGTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105857 CAGGCCAGCACATCTACCTCTCGGCTCGAATTGATGGAAACCTGGTCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGGCCCTATACACCCATCTCCAGCGATGATGACAAGGGCTTCGTGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105907 CGGCCCTATACACCCATCTCCAGCGATGATGACAAGGGCTTCGTGGACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTCATCAAG         GTTTACTTCAAGGACACCCATCCCAAGTTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105957 GGTCATCAAGGTG...CAGGTTTACTTCAAGGACACCCATCCCAAGTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCGCTGGAGGGAAGATGTCTCAGTACCTGGAGAGCATGCAGATTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108598 CCGCTGGAGGGAAGATGTCTCAGTACCTGGAGAGCATGCAGATTGGAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCATTGAGTTCCGGGGCCCCAGTGGGCTGCTGGTCTACCAGGGCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108648 ACCATTGAGTTCCGGGGCCCCAGTGGGCTGCTGGTCTACCAGGGCAAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    464         GGAAGTTCGCCATCCGACCTGACAAAAAGTCCAACCCTATCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108698 TG...CAGGGAAGTTCGCCATCCGACCTGACAAAAAGTCCAACCCTATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCAGGACAGTGAAGTCTGTGGGCATGATCGCGGGAGGGACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109202 TCAGGACAGTGAAGTCTGTGGGCATGATCGCGGGAGGGACAGGTA...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    548  GCATCACCCCGATGCTGCAGGTGATCCGCGCCATCATGAAGGACCCTGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109458 GGCATCACCCCGATGCTGCAGGTGATCCGCGCCATCATGAAGGACCCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGACCACACTGTGTGCCACCTGCTCTTTGCCAACCAG         ACCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109508 TGACCACACTGTGTGCCACCTGCTCTTTGCCAACCAGGTC...CAGACCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AGAAGGACATCCTGCTGCGACCTGAGCTGGAGGAACTCAGGAACAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112964 AGAAGGACATCCTGCTGCGACCTGAGCTGGAGGAACTCAGGAACAAACAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCTGCACGCTTCAAGCTCTGGTACACGCTGGACAGAGCCCCTGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 113014 TCTGCACGCTTCAAGCTCTGGTACACGCTGGACAGAGCCCCTGAAGGTG.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    734      CCTGGGACTACGGCCAGGGCTTCGTGAATGAGGAGATGATCCGGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113064 ..CAGCCTGGGACTACGGCCAGGGCTTCGTGAATGAGGAGATGATCCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACCACCTTCCACCCCCAGAGGAGGAGCCGCTGGTGCTGATGTGTGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116948 ACCACCTTCCACCCCCAGAGGAGGAGCCGCTGGTGCTGATGTGTGGCCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CCACCCATGATCCAGTACGCCTGCCTTCCCAACCTGGACCACGTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116998 CCACCCATGATCCAGTACGCCTGCCTTCCCAACCTGGACCACGTGGGCCA

    950     .    :    .    :    .
    879 CCCCACGGAGCGCTGCTTCGTCTTC
        |||||||||||||||||||||||||
 117048 CCCCACGGAGCGCTGCTTCGTCTTC