seq1 = pF1KB8436.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KB8436/gi568815589r_77621326.tfa (gi568815589r:77621326_78131235), 509910 bp

>pF1KB8436 1077
>gi568815589r:77621326_78131235 (Chr9)

(complement)

130-321  (208884-209075)   98% ->
322-476  (315466-315620)   100% ->
477-605  (333588-333716)   100% ->
606-735  (336644-336773)   100% ->
736-889  (402569-402722)   100% ->
890-1077  (409723-409910)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    130 CTGCTC GGGACAGGAGAGAGTGGCAAGAGTACGTTTATCAAGCAGATGA
        || -||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208884 CTT TCAGGGACAGGAGAGAGTGGCAAGAGTACGTTTATCAAGCAGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    179 GAATCATCCATGGGTCAGGATACTCTGATGAAGATAAAAGGGGCTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208933 GAATCATCCATGGGTCAGGATACTCTGATGAAGATAAAAGGGGCTTCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    229 AAGCTGGTGTATCAGAACATCTTCACGGCCATGCAGGCCATGATCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208983 AAGCTGGTGTATCAGAACATCTTCACGGCCATGCAGGCCATGATCAGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279 CATGGACACACTCAAGATCCCATACAAGTATGAGCACAATAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 209033 CATGGACACACTCAAGATCCCATACAAGTATGAGCACAATAAGGTA...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322   GCTCATGCACAATTAGTTCGAGAAGTTGATGTGGAGAAGGTGTCTGCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315464 AGGCTCATGCACAATTAGTTCGAGAAGTTGATGTGGAGAAGGTGTCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    370 TTTGAGAATCCATATGTAGATGCAATAAAGAGTTTATGGAATGATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315514 TTTGAGAATCCATATGTAGATGCAATAAAGAGTTTATGGAATGATCCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    420 AATCCAGGAATGCTATGATAGACGACGAGAATATCAATTATCTGACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315564 AATCCAGGAATGCTATGATAGACGACGAGAATATCAATTATCTGACTCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    470 CCAAATA         CTATCTTAATGACTTGGACCGCGTAGCTGACCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315614 CCAAATAGTG...TAGCTATCTTAATGACTTGGACCGCGTAGCTGACCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511 GCCTACCTGCCTACGCAACAAGATGTGCTTAGAGTTCGAGTCCCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333622 GCCTACCTGCCTACGCAACAAGATGTGCTTAGAGTTCGAGTCCCCACCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    561 AGGGATCATCGAATACCCCTTTGACTTACAAAGTGTCATTTTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 333672 AGGGATCATCGAATACCCCTTTGACTTACAAAGTGTCATTTTCAGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606     AATGGTCGATGTAGGGGGCCAAAGGTCAGAGAGAAGAAAATGGATA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 333722 .CAGAATGGTCGATGTAGGGGGCCAAAGGTCAGAGAGAAGAAAATGGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    652 CACTGCTTTGAAAATGTCACCTCTATCATGTTTCTAGTAGCGCTTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 336690 CACTGCTTTGAAAATGTCACCTCTATCATGTTTCTAGTAGCGCTTAGTGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    702 ATATGATCAAGTTCTCGTGGAGTCAGACAATGAG         AACCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 336740 ATATGATCAAGTTCTCGTGGAGTCAGACAATGAGGTA...CAGAACCGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    743 TGGAGGAAAGCAAGGCTCTCTTTAGAACAATTATCACATACCCCTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 402576 TGGAGGAAAGCAAGGCTCTCTTTAGAACAATTATCACATACCCCTGGTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    793 CAGAACTCCTCGGTTATTCTGTTCTTAAACAAGAAAGATCTTCTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 402626 CAGAACTCCTCGGTTATTCTGTTCTTAAACAAGAAAGATCTTCTAGAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843 GAAAATCATGTATTCCCATCTAGTCGACTACTTCCCAGAATATGATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 402676 GAAAATCATGTATTCCCATCTAGTCGACTACTTCCCAGAATATGATGGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890       GACCCCAGAGAGATGCCCAGGCAGCCCGAGAATTCATTCTGAAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 402726 ...AAGGACCCCAGAGAGATGCCCAGGCAGCCCGAGAATTCATTCTGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    934 ATGTTCGTGGACCTGAACCCAGACAGTGACAAAATTATCTACTCCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 409767 ATGTTCGTGGACCTGAACCCAGACAGTGACAAAATTATCTACTCCCACTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 CACGTGCGCCACAGACACCGAGAATATCCGCTTTGTCTTTGCTGCCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 409817 CACGTGCGCCACAGACACCGAGAATATCCGCTTTGTCTTTGCTGCCGTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 AGGACACCATCCTCCAGTTGAACCTGAAGGAGTACAATCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 409867 AGGACACCATCCTCCAGTTGAACCTGAAGGAGTACAATCTGGTC