seq1 = pF1KB8431.tfa, 1887 bp
seq2 = pF1KB8431/gi568815597f_63425573.tfa (gi568815597f:63425573_63672513), 246941 bp

>pF1KB8431 1887
>gi568815597f:63425573_63672513 (Chr1)

1-187  (100001-100187)   100% ->
188-399  (106248-106459)   99% ->
400-486  (107098-107184)   100% ->
487-682  (107882-108077)   100% ->
683-804  (108523-108644)   98% ->
805-946  (120344-120485)   100% ->
947-1056  (126153-126262)   100% ->
1057-1214  (129786-129943)   99% ->
1215-1348  (131542-131675)   100% ->
1349-1497  (136137-136285)   100% ->
1498-1707  (142738-142947)   100% ->
1708-1815  (145449-145556)   100% ->
1816-1887  (146870-146941)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGATCAGTCCACGAAGCGATGCAACTTTCTCCAGTCAGAAATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGATCAGTCCACGAAGCGATGCAACTTTCTCCAGTCAGAAATCAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCTTCAGAGAGTCCTCGAACAAAGAAATTTCCACTAACTGAAGAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCTTCAGAGAGTCCTCGAACAAAGAAATTTCCACTAACTGAAGAGGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATTTTATATGAATTGTAGAGCTGCCTACTTAACTGTCTTCAAAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TATTTTATATGAATTGTAGAGCTGCCTACTTAACTGTCTTCAAAAGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGGAAAACATTATTTCTAAAGATCAACTTTACTTAG         CTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100151 TTGGAAAACATTATTTCTAAAGATCAACTTTACTTAGGTA...CAGCTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGCATGCAGGAAGAAATCCATCCCAAAAGACCATTAATAAGTATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106252 TCAGCATGCAGGAAGAAATCCATCCCAAAAGACCATTAATAAGTATTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCCTCAAACTGCCAAACTGAATTTTGATGATTTTTGTATAATTTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106302 CTCCTCAAACTGCCAAACTGAATTTTGATGATTTTTGTATAATTTTAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGAAAAACCTACTTCAAAAGCAGAACTACTAAAATCTTTTAAGCAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 106352 AAGGAAAAACCTACTTCAAAAGCAGAACTACTAAAATCATTTAAGCAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGATGTAAATGATGATGGCTGTATTTTACACACTGACCTTTATAAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106402 AGATGTAAATGATGATGGCTGTATTTTACACACTGACCTTTATAAATTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TAACAAAG         AGAGGTGAGAAGATGACTCGAGAAGAAGTAAAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106452 TAACAAAGGTA...CAGAGAGGTGAGAAGATGACTCGAGAAGAAGTAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCATAATAAATTTGGCTGATGTAAATGCTGATGGCAAATTTGACTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107131 GCCATAATAAATTTGGCTGATGTAAATGCTGATGGCAAATTTGACTACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAG         TTTTGTAAATTATATATGACAACCAACGAGCAATGTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107181 CAAGGTA...TAGTTTTGTAAATTATATATGACAACCAACGAGCAATGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCAAGACTACACTAGAAAAACTAGAGGTTGACAGTAAATTGATGCGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107919 TCAAGACTACACTAGAAAAACTAGAGGTTGACAGTAAATTGATGCGTCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGTTTGGAAACCACATCGAAGGGTCCCCTGAAAGGGACCCATCACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107969 CAGTTTGGAAACCACATCGAAGGGTCCCCTGAAAGGGACCCATCACCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACCAAAACCATCACCTAAAATCACAAGAAAAACTGATCCAGAAACATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108019 ACCAAAACCATCACCTAAAATCACAAGAAAAACTGATCCAGAAACATTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TAAATAAAG         GTGACACCAGGAGTTCTTTACTGTCAGCAACC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 108069 TAAATAAAGGTA...CAGGTGACACCAGGAGTTCTTTACTGTCAGCAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGGAAGTTCAAAACATCTGTTTCCTTCATAGTTACCATGGGGGCTAATGG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 108555 AGGAAGTTCAAAACATCTGTTTCCTTCACAGTTACCATGGGGGCTAATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TAACCGAAACTCAAAGTTAACGGAGCCAAATTTAATAAAG         G
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108605 TAACCGAAACTCAAAGTTAATGGAGCCAAATTTAATAAAGGTA...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACTGGCAACACATGCAATCAAAAGGTTGCTTCTTCTTAGAAGAAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120345 ACTGGCAACACATGCAATCAAAAGGTTGCTTCTTCTTAGAAGAAGATGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAAATCATTAGTCATCAGTACAGGATGCAAATAGCTCAGAGGTCCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120395 GAAATCATTAGTCATCAGTACAGGATGCAAATAGCTCAGAGGTCCATGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTATCTAACAATTAAGCCATTAAACCTGAGTCAAGTTGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 120445 TTATCTAACAATTAAGCCATTAAACCTGAGTCAAGTTGAAGGCA...TAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAAAACCATCCCCTTGGTTATCCGTTGATACTGCCTTGTATATTCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126153 GAAAACCATCCCCTTGGTTATCCGTTGATACTGCCTTGTATATTCTCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAAAATGAGAGTCAAGCAAATCTACAGCTTGTGTGTTTTACCGAACTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126203 GAAAATGAGAGTCAAGCAAATCTACAGCTTGTGTGTTTTACCGAACTACG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AAATAGAGAA         GTGTTTGGATGGACTGGTGAACTAGGACCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 126253 AAATAGAGAAGTA...AAGGTGTTTGGATGGACTGGTGAACTAGGACCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GAATTTACTGGTTAATTCCTTCCACAACTGGCTGTAAGCTGAGGAAAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 129817 GAATTTACTGGTTAATTCCTTCCACAACTGGCTGTAGGCTGAGGAAAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATAAAACCAGTAACAGATGAAGCCCAACTTGTATATAGAGATGAAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129867 ATAAAACCAGTAACAGATGAAGCCCAACTTGTATATAGAGATGAAACAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGAATTATTCCTTACAAAGGAATTTAA         GTCTACTTTATCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 129917 GGAATTATTCCTTACAAAGGAATTTAAGTA...TAGGTCTACTTTATCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATATATTTGAAGTAATTGATTTAGATGGAAATGGTCTTCTTAGCCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131556 ATATATTTGAAGTAATTGATTTAGATGGAAATGGTCTTCTTAGCCTTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GAATATAATTTTTTTGAATTGAGAACAAGTGGTGAGAAATGTGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131606 GAATATAATTTTTTTGAATTGAGAACAAGTGGTGAGAAATGTGATGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGCTTGGGCTGTCTGCAGAG         AGAATTTTGATACAAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 131656 TGCTTGGGCTGTCTGCAGAGGTA...CAGAGAATTTTGATACAAAGAGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ATGAACTAACAAGACAAGGATTTATGGATTTGAATCTAATGGAAGCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136158 ATGAACTAACAAGACAAGGATTTATGGATTTGAATCTAATGGAAGCTAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GATCGAGAAGGAGATCCTTGTGACCTTTGGGTAACTCTACACTCTATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136208 GATCGAGAAGGAGATCCTTGTGACCTTTGGGTAACTCTACACTCTATGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTACAATAAAGCTCTGGAGTTGACAGAG         GCATGTCCATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 136258 CTACAATAAAGCTCTGGAGTTGACAGAGGTA...CAGGCATGTCCATTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TCATTGATATCTATGCAGAAAAATGCAAGCCAAAAATTAAAGCTGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142751 TCATTGATATCTATGCAGAAAAATGCAAGCCAAAAATTAAAGCTGTCCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ATGGAGGCATGTAGTGGACAACTTGAGAAGGCCATTTGTAAATCTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142801 ATGGAGGCATGTAGTGGACAACTTGAGAAGGCCATTTGTAAATCTGTTCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TAGCAACGGTGATGCCAAAGTAATGGATGGCTATGAAAATATAATCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142851 TAGCAACGGTGATGCCAAAGTAATGGATGGCTATGAAAATATAATCGTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 ATACTTACAGTTGTGACACCTGGATAACGTCAGTTATTGAAAACAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 142901 ATACTTACAGTTGTGACACCTGGATAACGTCAGTTATTGAAAACAAGGTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1708       TCAGATGAGAAAGTGATTATTCACATCAGCAATGAGCTAAGTAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142951 ...TAGTCAGATGAGAAAGTGATTATTCACATCAGCAATGAGCTAAGTAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 AAACTGCATAAACAACAGAGGACTCAACATATTTGCAGTAGAAGTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145493 AAACTGCATAAACAACAGAGGACTCAACATATTTGCAGTAGAAGTGGGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CCAAATCTACAATG         GTTTGTCAACATGTAATGCCTTTGAAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 145543 CCAAATCTACAATGGTA...CAGGTTTGTCAACATGTAATGCCTTTGAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1843 GAACGACAAGAATGGATATATTATTGTATATATTCTCTTATTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146897 GAACGACAAGAATGGATATATTATTGTATATATTCTCTTATTTCT