seq1 = pF1KB8429.tfa, 1305 bp
seq2 = pF1KB8429/gi568815597r_36241758.tfa (gi568815597r:36241758_36461332), 219575 bp

>pF1KB8429 1305
>gi568815597r:36241758_36461332 (Chr1)

(complement)

1-112  (100001-100112)   99% ->
113-198  (102511-102596)   100% ->
199-342  (102951-103094)   100% ->
343-570  (105900-106127)   100% ->
571-623  (106917-106969)   100% ->
624-739  (112518-112633)   100% ->
740-884  (117069-117213)   100% ->
885-1004  (117354-117473)   100% ->
1005-1089  (117885-117969)   98% ->
1090-1305  (119360-119575)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCGGAGAGCATCAGACAGAGGAGCTGGGGAAACGTCGGCCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCGGAGAGCATCAGACAGAGGAGCTGGGGAAACGTCGGCCAGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGGCTCTGGGAAGTGGGATTTCTGGAAATAATGCAAAGAGAGCTGGAC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGGCTCTAGGAAGTGGGATTTCTGGAAATAATGCAAAGAGAGCTGGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CATTCATCCTTG         GTCCCCGTCTGGGCAACTCACCGGTGCCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CATTCATCCTTGGTA...TAGGTCCCCGTCTGGGCAACTCACCGGTGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCATAGTGCAGTGTTTGGCGAGGAAAGATGGCACGGATGACTTCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102540 AGCATAGTGCAGTGTTTGGCGAGGAAAGATGGCACGGATGACTTCTATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGAAG         ATCCTGACCCTGGAGGAGAGGGGGGACCAAGGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102590 GCTGAAGGTA...AAGATCCTGACCCTGGAGGAGAGGGGGGACCAAGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGAGAGCCAGGAAGAGCGGCAGGGCAAGATGCTGCTGCACACCGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102985 TAGAGAGCCAGGAAGAGCGGCAGGGCAAGATGCTGCTGCACACCGAGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCACTGCTGTCTCTCCTGCACACGCAGGATGGCGTGGTGCACCACCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103035 TCACTGCTGTCTCTCCTGCACACGCAGGATGGCGTGGTGCACCACCACGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTCTTCCAG         GACCGCACCTGTGAAATCGTTGAGGACACAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103085 CCTCTTCCAGGTG...CAGGACCGCACCTGTGAAATCGTTGAGGACACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AATCCAGCCGGATGGTTAAGAAGATGAAGAAGCGCATCTGCCTCGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105931 AATCCAGCCGGATGGTTAAGAAGATGAAGAAGCGCATCTGCCTCGTCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACTGCCTCTGTGCTCATGACTTCAGCGATAAGACCGCTGACCTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105981 GACTGCCTCTGTGCTCATGACTTCAGCGATAAGACCGCTGACCTCATCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGCAGCACTACGTCATCAAGGAGAAGAGGCTCAGCGAGAGGGAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106031 CCTGCAGCACTACGTCATCAAGGAGAAGAGGCTCAGCGAGAGGGAGACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGTAATCTTCTACGACGTGGTCCGCGTGGTGGAGGCCCTGCACCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106081 TGGTAATCTTCTACGACGTGGTCCGCGTGGTGGAGGCCCTGCACCAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    571       AAAAATATCGTGCACAGAGACCTGAAGCTGGGGAACATGGTGCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106131 ...CAGAAAAATATCGTGCACAGAGACCTGAAGCTGGGGAACATGGTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAACAAGAG         GACACATCGGATAACCATCACCAACTTCTGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106961 CAACAAGAGGTA...TAGGACACATCGGATAACCATCACCAACTTCTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCGGGAAGCATCTGGTGAGCGAGGGGGACCTGCTGAAGGACCAGAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112550 TCGGGAAGCATCTGGTGAGCGAGGGGGACCTGCTGAAGGACCAGAGAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCCCTGCCTACATCAGTCCCGACGTGCTCAGCG         GCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112600 AGCCCTGCCTACATCAGTCCCGACGTGCTCAGCGGTA...TAGGCCGGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTACCGTGGCAAGCCCAGTGACATGTGGGCCCTGGGCGTGGTGCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117076 GTACCGTGGCAAGCCCAGTGACATGTGGGCCCTGGGCGTGGTGCTCTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCATGCTGTATGGCCAGTTCCCCTTCTACGACAGCATCCCGCAGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117126 CCATGCTGTATGGCCAGTTCCCCTTCTACGACAGCATCCCGCAGGAGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCCGCAAGATCAAGGCTGCCGAGTATACCATTCCTGA         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117176 TTCCGCAAGATCAAGGCTGCCGAGTATACCATTCCTGAGTG...CAGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGGACGGGTTTCTGAGAACACCGTGTGTCTCATCCGGAAGCTGCTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117357 TGGACGGGTTTCTGAGAACACCGTGTGTCTCATCCGGAAGCTGCTGGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGACCCCCAGCAGCGCCTGGCCGCCGCCGACGTCCTGGAGGCCCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117407 TTGACCCCCAGCAGCGCCTGGCCGCCGCCGACGTCCTGGAGGCCCTCAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCATCATTGCATCATG         GCAGTCCCTGTCATCTCTGAGTGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117457 GCCATCATTGCATCATGGTA...CAGGCAGTCCCTGTCATCTCTGAGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCCTTTGCAGGTGGTTCCTGACATTGATGACCAAATGAGCAATGCGGATA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117909 GCCTTTGCAAGTGGTTCCTGACATTGATGACCAAATGAGCAATGCGGATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCTCCCAGGAG         GCGAAGGTGACGGAGGAGTGCTCCCAGTAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117959 GCTCCCAGGAGGTG...AAGGCGAAGGTGACGGAGGAGTGCTCCCAGTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAGTTTGAGAACTACATGCGTCAGCAGCTGCTGCTGGCCGAGGAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119390 GAGTTTGAGAACTACATGCGTCAGCAGCTGCTGCTGGCCGAGGAGAAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTCCATCCATGACGCCCGGAGCTGGGTACCCAAGCGGCAGTTCGGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119440 CTCCATCCATGACGCCCGGAGCTGGGTACCCAAGCGGCAGTTCGGCAGCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CACCACCGGTGCGACGGCTGGGCCACGACGCACAGCCCATGACCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119490 CACCACCGGTGCGACGGCTGGGCCACGACGCACAGCCCATGACCTCCTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .
   1270 GACACGGCCATCCTGGCGCAGCGCTACCTGCGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119540 GACACGGCCATCCTGGCGCAGCGCTACCTGCGGAAA