seq1 = pF1KB8428.tfa, 1401 bp
seq2 = pF1KB8428/gi568815597f_44113754.tfa (gi568815597f:44113754_44320615), 206862 bp

>pF1KB8428 1401
>gi568815597f:44113754_44320615 (Chr1)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-197  (100597-100688)   100% ->
198-393  (100950-101145)   100% ->
394-552  (104558-104716)   98% ->
553-720  (104835-105002)   100% ->
721-906  (105303-105488)   100% ->
907-978  (105653-105724)   100% ->
979-1051  (106053-106125)   100% ->
1052-1344  (106264-106556)   99% ->
1345-1401  (106806-106862)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTACGGGCGCGGATGTACGGGACATTCTAGAACTCGGGGGTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTACGGGCGCGGATGTACGGGACATTCTAGAACTCGGGGGTCCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGGATGCAGCCTCTGGGACCATCAGCAAGAAGGACATTATCAACCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGGGATGCAGCCTCTGGGACCATCAGCAAGAAGGACATTATCAACCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAAG         AAAAAATCCAAGAAGTCCTCTGAGACACTGACTTTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAAGGTA...CAGAAAAAATCCAAGAAGTCCTCTGAGACACTGACTTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAGGCCCGAGGGCATGCACCGGGAAGTCTATGCCTTGCTCTACTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100633 AAGAGGCCCGAGGGCATGCACCGGGAAGTCTATGCCTTGCTCTACTCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAGAA         GGATGCACCCCCACTGCTACCCAGTGACACTGGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100683 CAAGAAGCA...CAGGGATGCACCCCCACTGCTACCCAGTGACACTGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGGATACCGTACAGTGAAGGCCAAGTTGGGCTCCAAGAAGGTGCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100985 AGGGATACCGTACAGTGAAGGCCAAGTTGGGCTCCAAGAAGGTGCGGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGAAGTGGATGCCATTCACCAACCCGGCCCGCAAGGACGGAGCAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101035 TGGAAGTGGATGCCATTCACCAACCCGGCCCGCAAGGACGGAGCAATGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCCACTGGCGACGTGCAGCGGAGGAGGGCAAGGACTACCCCTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101085 CTTCCACTGGCGACGTGCAGCGGAGGAGGGCAAGGACTACCCCTTTGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGTTCAATAAG         ACTGTGCAGGAGCCTGTGTACTCGGAGCAG
        |||||||||||>>>...>>>|||||||||| |||||||||||||||||||
 101135 GGTTCAATAAGGTA...TAGACTGTGCAGGTGCCTGTGTACTCGGAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGTACCAGCTTTATCTCCACGATAATGCTTGGACTAAGGCAGAAACTGA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 104588 GAGTACCAGCTTTATCTCCACGATGATGCTTGGACTAAGGCAGAAACTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCACCTCTTTGACCTCAGCCGCCGCTTTGACCTGCGTTTTGTTGTTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104638 CCACCTCTTTGACCTCAGCCGCCGCTTTGACCTGCGTTTTGTTGTTATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGACCGGTATGACCACCAGCAGTTCAAG         AAGCGTTCTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104688 ATGACCGGTATGACCACCAGCAGTTCAAGGTG...CAGAAGCGTTCTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGACCTGAAGGAGCGGTACTACCACATCTGTGCTAAGCTTGCCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104847 GAAGACCTGAAGGAGCGGTACTACCACATCTGTGCTAAGCTTGCCAACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCGGGCTGTGCCAGGCACAGACCTTAAGATACCAGTATTTGATGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104897 GCGGGCTGTGCCAGGCACAGACCTTAAGATACCAGTATTTGATGCTGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACGAACGACGGCGGAAGGAACAGCTTGAGCGTCTCTACAACCGGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104947 ACGAACGACGGCGGAAGGAACAGCTTGAGCGTCTCTACAACCGGACCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGCAG         GTGGCAGAGGAGGAGTACCTGCTACAGGAGCTGCG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104997 GAGCAGGTA...CAGGTGGCAGAGGAGGAGTACCTGCTACAGGAGCTGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAAGATTGAGGCCCGGAAGAAGGAGCGGGAGAAACGCAGCCAGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105338 CAAGATTGAGGCCCGGAAGAAGGAGCGGGAGAAACGCAGCCAGGACCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGAAGCTGATCACAGCGGCAGACACCACTGCAGAGCAGCGGCGCACGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105388 AGAAGCTGATCACAGCGGCAGACACCACTGCAGAGCAGCGGCGCACGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGCAAGGCCCCCAAAAAGAAGCTACCCCAGAAAAAGGAGGCTGAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105438 CGCAAGGCCCCCAAAAAGAAGCTACCCCAGAAAAAGGAGGCTGAGAAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 G         GCTGTTCCTGAGACTGCAGGCATCAAGTTTCCAGACTTCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105488 GGTG...CAGGCTGTTCCTGAGACTGCAGGCATCAAGTTTCCAGACTTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGTCTGCAGGTGTCACGCTGCGGAGCCAACGG         ATGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105693 AGTCTGCAGGTGTCACGCTGCGGAGCCAACGGGTA...CAGATGAAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCAAGCTCTGTGGGACAGAAGAAGATCAAGGCCCTGGAACAGATGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106062 CCAAGCTCTGTGGGACAGAAGAAGATCAAGGCCCTGGAACAGATGCTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAGCTTGGTGTGG         AGCTGAGCCCGACACCTACGGAGGAGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106112 GGAGCTTGGTGTGGGTG...CAGAGCTGAGCCCGACACCTACGGAGGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGGTGCACATGTTCAATGAGCTGCGAAGCGACCTGGTGCTGCTCTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106291 TGGTGCACATGTTCAATGAGCTGCGAAGCGACCTGGTGCTGCTCTACGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTCAAGCAGGCCTGTGCCAACTGCGAGTATGAGCTGCAGATGCTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106341 CTCAAGCAGGCCTGTGCCAACTGCGAGTATGAGCTGCAGATGCTGCGGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCGTCATGAGGCACTGGCCCGGGCTGGTGTGCTAGGGGGCCCTGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106391 CCGTCATGAGGCACTGGCCCGGGCTGGTGTGCTAGGGGGCCCTGCCACAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAGCATCAGGCCCAGGCCCGGCCTCTGCTGAGCCGGCAGTGTCTGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 106441 CAGCATCAGGCCCAGGCCCGGCCTCTGCTGAGCCGGCAGTGACTGAACCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGACTTGGTCCTGACCCCAAGGACACCATCATTGATGTGGTGGGCGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106491 GGACTTGGTCCTGACCCCAAGGACACCATCATTGATGTGGTGGGCGCACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTCACGCCCAATTCG         AGAAAGCGACGGGAGTCGGCCTCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106541 CCTCACGCCCAATTCGGTA...CAGAGAAAGCGACGGGAGTCGGCCTCCA

   1450     .    :    .    :    .    :
   1370 GCTCATCTTCCGTGAAGAAAGCCAAGAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 106831 GCTCATCTTCCGTGAAGAAAGCCAAGAAGCCG