seq1 = pF1KB8426.tfa, 654 bp
seq2 = pF1KB8426/gi568815597f_229186485.tfa (gi568815597f:229186485_229402974), 216490 bp

>pF1KB8426 654
>gi568815597f:229186485_229402974 (Chr1)

1-31  (84856-84886)   100% ->
32-112  (100002-100082)   100% ->
113-227  (102245-102359)   100% ->
228-290  (109364-109426)   100% ->
291-447  (110998-111156)   98% ->
448-541  (112495-112588)   100% ->
542-654  (116378-116490)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCAGACGGCCATGTCCGAAACCTACG         ATTTTTTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  84856 ATGTCGCAGACGGCCATGTCCGAAACCTACGGTA...CAGATTTTTTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TAAGTTCTTGGTTATTGGAAATGCAGGAACTGGCAAATCTTGCTTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 TAAGTTCTTGGTTATTGGAAATGCAGGAACTGGCAAATCTTGCTTACTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATCAGTTTATTGAAAAAAAAT         TCAAAGATGACTCAAATCAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100062 ATCAGTTTATTGAAAAAAAATGTA...TAGTCAAAGATGACTCAAATCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACAATAGGAGTGGAATTTGGTTCAAAGATAATAAATGTTGGTGGTAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102265 ACAATAGGAGTGGAATTTGGTTCAAAGATAATAAATGTTGGTGGTAAATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTAAAGTTACAAATATGGGATACAGCAGGACAAGAACGATTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102315 TGTAAAGTTACAAATATGGGATACAGCAGGACAAGAACGATTCAGGTA..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    228     GTCCGTGACGAGAAGTTATTACCGAGGCGCGGCCGGGGCTCTCCTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102365 .CAGGTCCGTGACGAGAAGTTATTACCGAGGCGCGGCCGGGGCTCTCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTCTATGATATCACCAG         CCGAGAAACCTACAATGCGCTTAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109410 GTCTATGATATCACCAGGTA...CAGCCGAGAAACCTACAATGCGCTTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TAATTGGTTAACAGATGCCCGAATGCTAGCGAGCCAGAACATTGTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111022 TAATTGGTTAACAGATGCCCGAATGCTAGCGAGCCAGAACATTGTGATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCCTTTGTGGAAACAAGAAGGACCTGGATGCAGATCGTGAAGTTACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111072 TCCTTTGTGGAAACAAGAAGGACCTGGATGCAGATCGTGAAGTTACCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTAGAAGCCTCCAGATTTGCTCAAGAAAATG  AG         CTGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||--| >>>...>>>||||||
 111122 TTAGAAGCCTCCAGATTTGCTCAAGAAAATGGCAAGTG...GAGCTGATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    454 TTTTTGGAAACAAGTGCGCTCACAGGGGAGAATGTAGAAGAGGCTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112501 TTTTTGGAAACAAGTGCGCTCACAGGGGAGAATGTAGAAGAGGCTTTTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    504 ACAGTGTGCAAGAAAAATACTTAACAAAATCGAATCAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112551 ACAGTGTGCAAGAAAAATACTTAACAAAATCGAATCAGGTA...TAGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    545 AGCTGGACCCAGAAAGAATGGGCTCAGGTATTCAGTACGGAGATGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116381 AGCTGGACCCAGAAAGAATGGGCTCAGGTATTCAGTACGGAGATGCTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    595 TTGAGACAGCTGAGGTCACCGCGGCGCGCACAGGCCCCGAACGCTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116431 TTGAGACAGCTGAGGTCACCGCGGCGCGCACAGGCCCCGAACGCTCAGGA

    700     .    :
    645 GTGTGGTTGT
        ||||||||||
 116481 GTGTGGTTGT