seq1 = pF1KB8425.tfa, 2064 bp
seq2 = pF1KB8425/gi568815597r_169753716.tfa (gi568815597r:169753716_169988840), 235125 bp

>pF1KB8425 2064
>gi568815597r:169753716_169988840 (Chr1)

(complement)

1-165  (100001-100165)   100% ->
166-351  (110022-110207)   100% ->
352-465  (112750-112863)   99% ->
466-522  (115089-115145)   100% ->
523-625  (118484-118586)   100% ->
626-737  (119802-119913)   100% ->
738-815  (121868-121945)   100% ->
816-955  (124333-124472)   100% ->
956-1140  (126044-126228)   100% ->
1141-1312  (129629-129800)   99% ->
1313-2007  (133877-134571)   99% ->
2008-2064  (135069-135125)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGATCAGAGAACAGTGCTTTAAAGAGCTATACACTGAGAGAACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGATCAGAGAACAGTGCTTTAAAGAGCTATACACTGAGAGAACCACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTACCTTACCCTCTGGACTTGCTGTTTATCCCGCTGTACTGCAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTTACCTTACCCTCTGGACTTGCTGTTTATCCCGCTGTACTGCAAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAATTTGCTTCAGTTTTTGTGTATAAGAGAGAAAATGAAGACAAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAATTTGCTTCAGTTTTTGTGTATAAGAGAGAAAATGAAGACAAGGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATAAAGCTGCCAAG         CATTTGAAGACACTTCGTCACCCTTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATAAAGCTGCCAAGGTA...AAGCATTTGAAGACACTTCGTCACCCTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTGCTAAGATTTTTATCTTGTACTGTGGAAGCGGATGGCATTCATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110048 CTTGCTAAGATTTTTATCTTGTACTGTGGAAGCGGATGGCATTCATCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCACTGAGCGAGTACAGCCCCTGGAAGTGGCTTTGGAAACATTGTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110098 TCACTGAGCGAGTACAGCCCCTGGAAGTGGCTTTGGAAACATTGTCTTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCAGAGGTCTGTGCTGGGATCTATGACATATTGCTGGCTCTTATCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110148 GCAGAGGTCTGTGCTGGGATCTATGACATATTGCTGGCTCTTATCTTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCATGACAGA         GGACACCTAACACACAATAATGTCTGTTTAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110198 TCATGACAGAGTA...CAGGGACACCTAACACACAATAATGTCTGTTTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CATCTGTGTTTGTGAGTGAAGATGAACACTGGAAGCTAGGAGGAATGGAA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 112781 CATCTGTGTTTGTGAGTGAAGATGGACACTGGAAGCTAGGAGGAATGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTGTTTGTAAAGTTTCTCAGGCCACACCAGAG         TTTCTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112831 ACTGTTTGTAAAGTTTCTCAGGCCACACCAGAGGTA...TAGTTTCTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAGTATTCAGTCAATAAGAGACCCAGCATCTATCCCTCCTGAAGAGATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 115097 GAGTATTCAGTCAATAAGAGACCCAGCATCTATCCCTCCTGAAGAGATGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523         TCTCCAGAATTCACAACTCTCCCAGAGTGTCATGGACATGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115147 TA...TAGTCTCCAGAATTCACAACTCTCCCAGAGTGTCATGGACATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGGGATGCCTTTTCATTTGGAACATTGGTGGAAAGTTTGCTCACAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118526 CGGGATGCCTTTTCATTTGGAACATTGGTGGAAAGTTTGCTCACAATCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AAATGAACAGG         TTTCAGCGGATGTTCTCTCCAGCTTTCAAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118576 AAATGAACAGGGTG...CAGTTTCAGCGGATGTTCTCTCCAGCTTTCAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGACCTTGCACTCAACTTTGCTGAATCCCATTCCAAAATGTCGGCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119832 AGACCTTGCACTCAACTTTGCTGAATCCCATTCCAAAATGTCGGCCAGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTCTGCACCTTACTATCTCATGACTTCTTCAG         AAATGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 119882 CTCTGCACCTTACTATCTCATGACTTCTTCAGGTG...TAGAAATGATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCTGGAAGTTGTGAATTTCTTGAAAAGTTTAACATTGAAGAGTGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121877 TCTGGAAGTTGTGAATTTCTTGAAAAGTTTAACATTGAAGAGTGAAGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGAAAACGGAATTCTTTAA         ATTTCTGCTGGACAGAGTCAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 121927 AGAAAACGGAATTCTTTAAGTA...CAGATTTCTGCTGGACAGAGTCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGCTTGTCAGAGGAATTGATAGCTTCAAGGTTGGTGCCTCTTCTGCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124355 TGCTTGTCAGAGGAATTGATAGCTTCAAGGTTGGTGCCTCTTCTGCTTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCAGTTGGTGTTTGCAGAGCCAGTGGCTGTTAAGAGTTTTCTTCCTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124405 TCAGTTGGTGTTTGCAGAGCCAGTGGCTGTTAAGAGTTTTCTTCCTTATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGCTTGGCCCCAAAAAAG         ATCATGCGCAGGGAGAAACTCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 124455 TGCTTGGCCCCAAAAAAGGTG...TAGATCATGCGCAGGGAGAAACTCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGCTTGCTCTCACCAGCCCTGTTCCAGTCACGGGTGATCCCCGTGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126067 TGCTTGCTCTCACCAGCCCTGTTCCAGTCACGGGTGATCCCCGTGCTTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCAGTTGTTTGAAGTTCATGAAGAGCATGTGCGGATGGTGCTGCTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126117 CCAGTTGTTTGAAGTTCATGAAGAGCATGTGCGGATGGTGCTGCTGTCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACATCGAGGCCTACGTGGAGCACTTCACTCAGGAGCAGCTGAAGAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126167 ACATCGAGGCCTACGTGGAGCACTTCACTCAGGAGCAGCTGAAGAAAGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCTTGCCACAG         GTTTTGCTGGGCCTGCGTGATACTAGTGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||| ||
 126217 ATCTTGCCACAGGTC...TAGGTTTTGCTGGGCCTGCGTGATACTAGCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TTCCATTGTGGCAATTACTCTGCATAGCCTAGCAGTGCTGGTCTCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129658 TTCCATTGTGGCAATTACTCTGCATAGCCTAGCAGTGCTGGTCTCTCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTGGACCAGAGGTGGTTGTGGGAGGAGAACGAACCAAGATCTTCAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129708 TTGGACCAGAGGTGGTTGTGGGAGGAGAACGAACCAAGATCTTCAAACGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACTGCCCCAAGTTTTACTAAAAATACTGACCTTTCTCTAGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 129758 ACTGCCCCAAGTTTTACTAAAAATACTGACCTTTCTCTAGAAGGTA...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1313   GTGATCCATTTTCTCAGCCTATTAAATTTCCCATAAACGGACTCTCAG
        >>| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 133875 AGGCGATCCATTTTCTCAGCCTATTAAATTTCCCATAAATGGACTCTCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATGTAAAAAATACTTCGGAGGACAGTGAAAACTTCCCATCAAGTTCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133925 ATGTAAAAAATACTTCGGAGGACAGTGAAAACTTCCCATCAAGTTCTAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AAGTCTGAGGAGTGGCCTGACTGGAGTGAACCTGAGGAGCCTGAAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133975 AAGTCTGAGGAGTGGCCTGACTGGAGTGAACCTGAGGAGCCTGAAAATCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AACTGTCAACATACAGATTTGGCCTAGAGAACCTTGTGATGATGTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134025 AACTGTCAACATACAGATTTGGCCTAGAGAACCTTGTGATGATGTCAAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CCCAGTGCACTACCTTGGATGTGGAAGAGTCATCTTGGGATGACTGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134075 CCCAGTGCACTACCTTGGATGTGGAAGAGTCATCTTGGGATGACTGCGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CCCAGCAGCTTAGATACTAAAGTAAACCCAGGAGGTGGAATCACTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134125 CCCAGCAGCTTAGATACTAAAGTAAACCCAGGAGGTGGAATCACTGCTAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AAAACCTGTTACCTCAGCGGAGCAGAAGCCTATTCCTGCTTTGCTTTCAC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 134175 AAAACCTGTTACCTCAGGGGAGCAGAAGCCTATTCCTGCTTTGCTTTCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TCACTGAAGAGTCTATGCCTTGGAAATCAAGCTTACCCCAAAAGATTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134225 TCACTGAAGAGTCTATGCCTTGGAAATCAAGCTTACCCCAAAAGATTAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CTTGTACAAAGGGGGGATGACGCAGACCAAATCGAGCCGCCAAAAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134275 CTTGTACAAAGGGGGGATGACGCAGACCAAATCGAGCCGCCAAAAGTGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 ATCACAAGAAAGGCCCCTTAAGGTTCCATCAGAACTTGGTTTAGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134325 ATCACAAGAAAGGCCCCTTAAGGTTCCATCAGAACTTGGTTTAGGAGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AATTCACCATTCAAGTAAAAAAGAAGCCAGTAAAAGATCCCGAGATGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 134375 AATTCACCATTCAAGTAAAAAAGAAGCCAGTAAAAGATCCTGAGATGGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 TGGTTTGCTGATATGATCCCAGAAATTAAGCCTTCTGCTGCTTTTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134425 TGGTTTGCTGATATGATCCCAGAAATTAAGCCTTCTGCTGCTTTTCTTAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 ATTACCTGAACTGAGGACAGAAATGGTCCCAAAAAAGGATGATGTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134475 ATTACCTGAACTGAGGACAGAAATGGTCCCAAAAAAGGATGATGTCTCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 CAGTGATGCAGTTTTCCTCAAAATTTGCTGCAGCAGAAATTACTGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 134525 CAGTGATGCAGTTTTCCTCAAAATTTGCTGCAGCAGAAATTACTGAGGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2008       GGAGAGGCTGAAGGCTGGGAAGAAGAAGGGGAGCTGAACTGGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134575 ...CAGGGAGAGGCTGAAGGCTGGGAAGAAGAAGGGGAGCTGAACTGGGA

   2150     .    :
   2052 AGATAATAACTGG
        |||||||||||||
 135113 AGATAATAACTGG