seq1 = pF1KB8413.tfa, 2160 bp
seq2 = pF1KB8413/gi568815578r_46267363.tfa (gi568815578r:46267363_46494482), 227120 bp

>pF1KB8413 2160
>gi568815578r:46267363_46494482 (Chr20)

(complement)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-119  (100394-100434)   100% ->
120-192  (100882-100954)   100% ->
193-243  (101340-101390)   100% ->
244-425  (105263-105444)   100% ->
426-525  (107046-107145)   100% ->
526-677  (108208-108359)   100% ->
678-756  (110989-111067)   100% ->
757-807  (114180-114230)   100% ->
808-930  (118693-118815)   100% ->
931-1065  (119113-119247)   100% ->
1066-1170  (119843-119947)   100% ->
1171-1279  (120043-120151)   100% ->
1280-1416  (120948-121084)   100% ->
1417-1580  (122514-122677)   100% ->
1581-1693  (122792-122904)   100% ->
1694-1801  (123024-123131)   100% ->
1802-1884  (123958-124040)   100% ->
1885-1962  (125515-125592)   100% ->
1963-2160  (126923-127120)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCACCACCGTCAGACATTGTCAAAGTGGCCATTGAGTGGCCAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCACCACCGTCAGACATTGTCAAAGTGGCCATTGAGTGGCCAGGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAACGCCCAGCTCCTTGAAATCGACCAG         AAACGGCCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 TAACGCCCAGCTCCTTGAAATCGACCAGGTA...CAGAAACGGCCCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATCCATTATCAAGGAAGTTTGTGATGG         GTGGTCGTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100407 CATCCATTATCAAGGAAGTTTGTGATGGGTA...TAGGTGGTCGTTGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AACCCAGAGTATTATACCCTCCGTTATGCAGATGGTCCTCAGCTGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100895 AACCCAGAGTATTATACCCTCCGTTATGCAGATGGTCCTCAGCTGTACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACCGAACAG         ACTCGCAGTGACATTAAGAATGGGACAATCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100945 CACCGAACAGGTT...CAGACTCGCAGTGACATTAAGAATGGGACAATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TACAACTGGCTATCTCCCCG         TCCCGGGCTGCACGCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 101371 TACAACTGGCTATCTCCCCGGTA...TAGTCCCGGGCTGCACGCCAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 ATGGAGAGGACCCAGTCATCCAACATGGAGACCCGGCTGGATGCCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105284 ATGGAGAGGACCCAGTCATCCAACATGGAGACCCGGCTGGATGCCATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGAGCTGGCCAAGCTCTCTGCCGACGTGACTTTCGCTACTGAGTTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105334 GGAGCTGGCCAAGCTCTCTGCCGACGTGACTTTCGCTACTGAGTTCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACATGGATGGCATCATTGTGCTGACAAGGCTCGTGGAAAGTGGAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105384 ACATGGATGGCATCATTGTGCTGACAAGGCTCGTGGAAAGTGGAACCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTCTTGTCCCA         CTACAGTGAGATGCTGGCATTCACCCTGAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105434 CTCTTGTCCCAGTG...CAGCTACAGTGAGATGCTGGCATTCACCCTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGCCTTCCTAGAGCTCATGGACCATGGCATTGTCTCCTGGGACATGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107076 TGCCTTCCTAGAGCTCATGGACCATGGCATTGTCTCCTGGGACATGGTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAATCACCTTTATTAAGCAG         ATTGCAGGGTATGTGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107126 CAATCACCTTTATTAAGCAGGTG...TAGATTGCAGGGTATGTGAGCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCCATGGTGGACGTGTCAATCCTTCAGAGGTCCCTGGCCATCCTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108229 CCCATGGTGGACGTGTCAATCCTTCAGAGGTCCCTGGCCATCCTGGAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CATGGTCTTGAACAGCCAGAGTCTGTACCAGAAGATAGCCGAGGAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108279 CATGGTCTTGAACAGCCAGAGTCTGTACCAGAAGATAGCCGAGGAAATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCGTGGGACAGCTCATCTCACACCTCCAGGT         CTCCAACCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108329 CCGTGGGACAGCTCATCTCACACCTCCAGGTGTG...CAGCTCCAACCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAGATTCAGACCTACGCCATTGCACTGATTAATGCACTTTTTCTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110999 GAGATTCAGACCTACGCCATTGCACTGATTAATGCACTTTTTCTGAAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCCTGAGGACAAACGACAG         GATATGGCAAATGCATTTGCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 111049 TCCTGAGGACAAACGACAGGTC...CAGGATATGGCAAATGCATTTGCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGAAGCATCTCCGGTCTATAATCCTGAAT         CATGTGATCCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114202 AGAAGCATCTCCGGTCTATAATCCTGAATGTG...TAGCATGTGATCCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GGGAACCGCCCCATCAAAACTGAGATGGCCCATCAGCTATATGTCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118705 GGGAACCGCCCCATCAAAACTGAGATGGCCCATCAGCTATATGTCCTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AGTCCTAACCTTTAACCTTCTGGAAGAAAGGATGATGACCAAGATGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118755 AGTCCTAACCTTTAACCTTCTGGAAGAAAGGATGATGACCAAGATGGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCAATGACCAG         GCTCAAAGGGACATCATATTTGAACTGAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118805 CCAATGACCAGGTA...CAGGCTCAAAGGGACATCATATTTGAACTGAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AGGATTGCATTTGACGCAGAGTCTGATCCTAGCAATGCCCCTGGGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119143 AGGATTGCATTTGACGCAGAGTCTGATCCTAGCAATGCCCCTGGGAGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GACCGAAAAACGCAAAGCCATGTACACAAAGGACTACAAAATGCTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119193 GACCGAAAAACGCAAAGCCATGTACACAAAGGACTACAAAATGCTGGGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TTACC         AACCACATCAATCCAGCCATGGACTTTACCCAGACT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119243 TTACCGTA...TAGAACCACATCAATCCAGCCATGGACTTTACCCAGACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CCTCCTGGAATGCTGGCCTTGGACAACATGCTGTACTTGGCTAAAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119879 CCTCCTGGAATGCTGGCCTTGGACAACATGCTGTACTTGGCTAAAGTCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CCAGGACACCTACATCCGG         ATTGTCTTGGAGAACAGTAGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 119929 CCAGGACACCTACATCCGGGTA...CAGATTGTCTTGGAGAACAGTAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GGGAAGACAAACATGAATGCCCCTTTGGCCGCAGTGCCATTGAGCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120065 GGGAAGACAAACATGAATGCCCCTTTGGCCGCAGTGCCATTGAGCTCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAAATGCTCTGTGAAATCCTGCAGGTTGGGGAACTAC         CAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 120115 AAAATGCTCTGTGAAATCCTGCAGGTTGGGGAACTACGTA...CAGCAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TGAAGGACGCAATGACTACCACCCGATGTTCTTTACCCATGACCGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120952 TGAAGGACGCAATGACTACCACCCGATGTTCTTTACCCATGACCGAGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TTGAAGAGCTCTTTGGAATCTGCATCCAGCTGTTGAACAAGACCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121002 TTGAAGAGCTCTTTGGAATCTGCATCCAGCTGTTGAACAAGACCTGGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GAGATGAGGGCAACAGCAGAGGACTTCAACAAG         GTTATGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 121052 GAGATGAGGGCAACAGCAGAGGACTTCAACAAGGTC...TAGGTTATGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AGTCGTCCGAGAGCAAATCACTCGAGCTTTGCCCTCCAAACCCAACTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122522 AGTCGTCCGAGAGCAAATCACTCGAGCTTTGCCCTCCAAACCCAACTCTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TGGATCAGTTCAAGAGCAAATTGCGTAGCCTGAGTTACTCTGAGATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122572 TGGATCAGTTCAAGAGCAAATTGCGTAGCCTGAGTTACTCTGAGATTCTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CGACTGCGCCAGTCTGAGAGGATGAGTCAGGATGACTTCCAGTCCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122622 CGACTGCGCCAGTCTGAGAGGATGAGTCAGGATGACTTCCAGTCCCCGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 AATTGT         GGAGCTGAGGGAGAAGATCCAGCCCGAGATCCTTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122672 AATTGTGTA...CAGGGAGCTGAGGGAGAAGATCCAGCCCGAGATCCTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 AGCTGATCAAGCAGCAGCGCCTGAACCGGCTCTGTGAGGGCAGCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122827 AGCTGATCAAGCAGCAGCGCCTGAACCGGCTCTGTGAGGGCAGCAGCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 CGAAAGATTGGGAACCGCCGAAGGCAAG         AACGGTTCTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 122877 CGAAAGATTGGGAACCGCCGAAGGCAAGGTG...CAGAACGGTTCTGGTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CTGCCGGTTGGCACTGAACCACAAGGTCCTTCACTATGGTGACTTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123037 CTGCCGGTTGGCACTGAACCACAAGGTCCTTCACTATGGTGACTTGGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 ACAACCCACAAGGGGAGGTGACATTTGAATCCCTGCAGGAGAAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 123087 ACAACCCACAAGGGGAGGTGACATTTGAATCCCTGCAGGAGAAAAGTA..

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802     TTCCTGTTGCAGACATTAAGGCCATTGTCACTGGGAAAGATTGTCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123137 .CAGTTCCTGTTGCAGACATTAAGGCCATTGTCACTGGGAAAGATTGTCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 CCACATGAAAGAGAAAAGTGCTCTGAAACAGAACAAG         GAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 124004 CCACATGAAAGAGAAAAGTGCTCTGAAACAGAACAAGGTG...CAGGAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 TGTTGGAATTGGCCTTCTCCATCCTGTATGACCCTGATGAGACCTTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125519 TGTTGGAATTGGCCTTCTCCATCCTGTATGACCCTGATGAGACCTTAAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 TTCATCGCACCTAATAAATATGAG         TACTGCATCTGGATTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 125569 TTCATCGCACCTAATAAATATGAGGTG...CAGTACTGCATCTGGATTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 CGGCCTCAGTGCCCTTCTGGGGAAGGACATGTCCAGTGAGCTGACCAAGA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126940 TGGCCTCAGTGCCCTTCTGGGGAAGGACATGTCCAGTGAGCTGACCAAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 GTGACCTGGACACCCTGCTGAGCATGGAGATGAAGCTGCGGCTCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126990 GTGACCTGGACACCCTGCTGAGCATGGAGATGAAGCTGCGGCTCCTGGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 CTGGAGAACATCCAGATTCCCGAAGCCCCACCCCCCATCCCCAAGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127040 CTGGAGAACATCCAGATTCCCGAAGCCCCACCCCCCATCCCCAAGGAGCC

   2300     .    :    .    :    .    :
   2130 CAGCAGCTATGACTTTGTCTATCACTATGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 127090 CAGCAGCTATGACTTTGTCTATCACTATGGC