seq1 = pF1KB8408.tfa, 1710 bp
seq2 = pF1KB8408/gi568815578r_10305250.tfa (gi568815578r:10305250_10513514), 208265 bp

>pF1KB8408 1710
>gi568815578r:10305250_10513514 (Chr20)

(complement)

1-985  (100001-100985)   100% ->
986-1161  (104712-104887)   100% ->
1162-1272  (105789-105899)   100% ->
1273-1710  (107828-108265)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCGTTTGGAAGCTAAGAAGCCATCATTGTGTAAGAGTGAACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCGTTTGGAAGCTAAGAAGCCATCATTGTGTAAGAGTGAACCACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACAACTGAGAGAGTCAGGACCACACTTTCTGTCTTGAAAAGAATTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACAACTGAGAGAGTCAGGACCACACTTTCTGTCTTGAAAAGAATTGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CATCATGCTATGGCCCCTCAGGTAGGCTGAAGCAGCTGCACAATGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CATCATGCTATGGCCCCTCAGGTAGGCTGAAGCAGCTGCACAATGGCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGAGGTTACGTGTGTACAACCTCACAGTCCTCAGCTCTGCTCAGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGAGGTTACGTGTGTACAACCTCACAGTCCTCAGCTCTGCTCAGTCACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTGGTCACACATCCCATTTTAAAGATCCTGACAGCCTCCATACAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTGGTCACACATCCCATTTTAAAGATCCTGACAGCCTCCATACAGAATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGTGTCAAGCTTCAGTGATTGTGGCTTATTCACAGCTATTCTTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGTGTCAAGCTTCAGTGATTGTGGCTTATTCACAGCTATTCTTTGCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACCTGATTGAAAATGTTCAGAGATTAGGCTTGACACCCACCACTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACCTGATTGAAAATGTTCAGAGATTAGGCTTGACACCCACCACTGTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TAGATTAAATAAACATCTTTTGAGTCTTTGCATCAGTTATCTCAAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TAGATTAAATAAACATCTTTTGAGTCTTTGCATCAGTTATCTCAAGTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGACCTGTGGTTGTCGAATCCCAGTGGACTTTAGTAGTACTCAGATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGACCTGTGGTTGTCGAATCCCAGTGGACTTTAGTAGTACTCAGATCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTTTGTTTGGTGCGTAGTATATTAACAAGTAAACCTGCCTGTATGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTTTGTTTGGTGCGTAGTATATTAACAAGTAAACCTGCCTGTATGCTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGAAAGGAAACAGAGCATGTCAGTGCTTTGATCCTGAGAGCCTTTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGAAAGGAAACAGAGCATGTCAGTGCTTTGATCCTGAGAGCCTTTTTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTACAATTCCAGAAAATGCTGAAGGCCACATCATTTTAGGAAAGAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTACAATTCCAGAAAATGCTGAAGGCCACATCATTTTAGGAAAGAGTTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTGTACCTTTAAAAGGTCAAAGAGTTATAGATTCCACTGTATTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATTGTACCTTTAAAAGGTCAAAGAGTTATAGATTCCACTGTATTACCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GATACTCATTGAAATGTCAGAAGTTCAATTAATGAGGCTATTACCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GATACTCATTGAAATGTCAGAAGTTCAATTAATGAGGCTATTACCTATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAAAATCAACTGCCCTCAAGGTGGCACTCTTTTGTACAACTTTATCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAAAATCAACTGCCCTCAAGGTGGCACTCTTTTGTACAACTTTATCCGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GACACTTCTGACACTGGAGAAGGAACTGTGGTGGTCAGTTATGGGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GACACTTCTGACACTGGAGAAGGAACTGTGGTGGTCAGTTATGGGGTTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCTTGAAAATGCAGTCTTGGACCAGCTGCTTAACCTAGGAAGGCAGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCTTGAAAATGCAGTCTTGGACCAGCTGCTTAACCTAGGAAGGCAGCTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCAGTGACCACGTAGATCTTGTCCTGTGCCAAAAAGTTATACATCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCAGTGACCACGTAGATCTTGTCCTGTGCCAAAAAGTTATACATCCATCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTGAAGCAGTTTCTCAATATGCATCGTATTATTGCCATAGACAGAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTGAAGCAGTTTCTCAATATGCATCGTATTATTGCCATAGACAGAATTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AGTGACTCTGATGGAACCCCTGACTAAAATGACAG         GAACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100951 AGTGACTCTGATGGAACCCCTGACTAAAATGACAGGTA...TAGGAACAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGCCTATTGGATCCCTAGGCTCAATATGTCCTAATAGTTATGGAAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104718 AGCCTATTGGATCCCTAGGCTCAATATGTCCTAATAGTTATGGAAGTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AAAGATGTGTGCACTGCAAAATTTGGCTCCAAACATTTTTTTCATCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104768 AAAGATGTGTGCACTGCAAAATTTGGCTCCAAACATTTTTTTCATCTTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TCCTAATGAAGCAACAATCTGCAGCTTGCTTCTCTGCAACAGAAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104818 TCCTAATGAAGCAACAATCTGCAGCTTGCTTCTCTGCAACAGAAATGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CTGCCTGGGATGAGCTGAAG         CTCACGTGTCAGACGGCACTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104868 CTGCCTGGGATGAGCTGAAGGTA...TAGCTCACGTGTCAGACGGCACTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CATGTCCTGCAGTTAACACTCAAGGAACCATGGGCTTTGTTGGGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105810 CATGTCCTGCAGTTAACACTCAAGGAACCATGGGCTTTGTTGGGAGGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CTGTACTGAAACTCATTTGGCTGCATATATCAGACACAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105860 CTGTACTGAAACTCATTTGGCTGCATATATCAGACACAAGGTA...TAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CTCACAACGACCCAGAAAGCATTCTCAAAGATGATGAATGTACTCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107829 CTCACAACGACCCAGAAAGCATTCTCAAAGATGATGAATGTACTCAAACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GAACTTCAATTAATTGCTGAAGCATTTTGCAGTGCCCTAGAATCTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107879 GAACTTCAATTAATTGCTGAAGCATTTTGCAGTGCCCTAGAATCTGTTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TGGCTCTTTAGAACATGATGGAGGTGAAATTCTCACTGACATGAAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107929 TGGCTCTTTAGAACATGATGGAGGTGAAATTCTCACTGACATGAAGTATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GACACCTTTGGTCAGTTCAGGCAGATTCTCCCTGTGTTGCTAACTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107979 GACACCTTTGGTCAGTTCAGGCAGATTCTCCCTGTGTTGCTAACTGGCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GATTTGCTTTCACAGTGTGGCTGTGGATTATACAATAGCCAGGAAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108029 GATTTGCTTTCACAGTGTGGCTGTGGATTATACAATAGCCAGGAAGAACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CAACTGGTCTTTCTTAAGAAGCACACGTCGTCCATTTGTGCCACAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108079 CAACTGGTCTTTCTTAAGAAGCACACGTCGTCCATTTGTGCCACAAAGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 GCCTTCCACATGAAGCTGTGGGCTCAGCCAGCAACCTGACCTTGGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108129 GCCTTCCACATGAAGCTGTGGGCTCAGCCAGCAACCTGACCTTGGACTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 TTGACTGCAAAGCTTAGTGGCCTACAGGTGGCTGTAGAGACAGCCAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108179 TTGACTGCAAAGCTTAGTGGCCTACAGGTGGCTGTAGAGACAGCCAATTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .
   1674 GATTTTGGATCTTTCATATGTTATTGAAGATAAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108229 GATTTTGGATCTTTCATATGTTATTGAAGATAAAAAC