seq1 = pF1KB8406.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KB8406/gi568815586f_123912145.tfa (gi568815586f:123912145_124112927), 200783 bp

>pF1KB8406 783
>gi568815586f:123912145_124112927 (Chr12)

1-783  (100001-100783)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCTACAAGTGCCCCATGTGTAGGGAATTTTTCTCTGAGAGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCTACAAGTGCCCCATGTGTAGGGAATTTTTCTCTGAGAGAGCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTTTTATGCATCAGAAAATTCACACAGCTGAGAAGCCCCATAAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTTTTTATGCATCAGAAAATTCACACAGCTGAGAAGCCCCATAAATGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAAGTGTGATAAGGGTTTCTTTCATATATCAGAACTTCATATTCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAAGTGTGATAAGGGTTTCTTTCATATATCAGAACTTCATATTCATTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGAGACCATACAGGAGAGAAGGTCTATAAATGTGATGATTGTGGTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGAGACCATACAGGAGAGAAGGTCTATAAATGTGATGATTGTGGTAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTTAGCACTACAACAAAACTTAATAGACATAAGAAAATCCACACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTTAGCACTACAACAAAACTTAATAGACATAAGAAAATCCACACAGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAAGCCCTATAAATGTTACGAGTGTGGCAAAGCCTTCAATTGGAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAAGCCCTATAAATGTTACGAGTGTGGCAAAGCCTTCAATTGGAGCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CATCTTCAAATTCATATGAGAGTTCATACAGGTGAGAAACCGTATGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CATCTTCAAATTCATATGAGAGTTCATACAGGTGAGAAACCGTATGTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TAGTGAGTGTGGAAGGGGCTTTAGTAATAGTTCAAACCTTTGCATGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TAGTGAGTGTGGAAGGGGCTTTAGTAATAGTTCAAACCTTTGCATGCATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGAGAGTCCACACCGGAGAGAAGCCCTTTAAATGTGAAGAGTGTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGAGAGTCCACACCGGAGAGAAGCCCTTTAAATGTGAAGAGTGTGGGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCTTCAGGCACACCTCCAGCCTCTGCATGCATCAAAGAGTCCACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCTTCAGGCACACCTCCAGCCTCTGCATGCATCAAAGAGTCCACACAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGAGAAACCCTATAAATGTTATGAGTGTGGGAAGGCGTTCAGTCAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGAGAAACCCTATAAATGTTATGAGTGTGGGAAGGCGTTCAGTCAGAGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGAGCCTCTGCATCCACCAGAGAGTCCACACTGGAGAGAAACCCTATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGAGCCTCTGCATCCACCAGAGAGTCCACACTGGAGAGAAACCCTATAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGTTGTGGATGTGGGAAGGCCTTCAGTCAGAGTTCGAGCCTGTGCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGTTGTGGATGTGGGAAGGCCTTCAGTCAGAGTTCGAGCCTGTGCATCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCAGAGAGTCCACACAGGAGAGAAACCTTTCAAATGTGATGAGTGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCAGAGAGTCCACACAGGAGAGAAACCTTTCAAATGTGATGAGTGCGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGCCTTCAGTCAGAGTACGAGCCTCTGCATCCACCAGAGAGTCCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGCCTTCAGTCAGAGTACGAGCCTCTGCATCCACCAGAGAGTCCACACA

    750     .    :    .    :    .    :
    751 AAGGAGAGAAACCATCTCAAAATATCAGTTATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAGGAGAGAAACCATCTCAAAATATCAGTTATA